DNA

SEBAGAI BAHAN GENETIKA

Dr. Muzuni, S.Si., M.Si.

- Pusat Studi Wallacea Lembaga Penelitian Univ. Haluoleo Kendari
- Jurusan Biologi, FMIPA, Univ. Haluoleo Kendari
E-mail: muzuni71@yahoo.co.id
 SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1865, Gregor Mendel menduga bahwa
suatu bagian dari sel
bertanggungjawab atas sifat yang
diturunkan dari satu generasi ke
generasi berikutnya
1868, Friedrich Miescher menemukan
senyawa kimia yang berasal dari inti
sel
1879, Albrecht Kossel menemukan asam
nukleat
 SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1882, Walther Flemming menemukan
kromosom adalah bagian dari sel
yang ditemukan Mendel
1887, Edouard-Joseph-Louis-Marie van
Beneden menemukan bahwa suatu
jasad memiliki jumlah kromosom
tertentu
1902, Walter Stanborough Sutton
menyatakan bahwa kromosom
berpasangan
SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1910, Thomas Hunt Morgan menemukan
bahwa bahan pembawa sifat adalah
gen yang berada di dalam kromosom
1926, Hermann Muller menemukan
bahwa sinar X dapat menginduksi
mutasi
1928, Fred Griffith menemukan
perubahan bentuk dinding sel
Streptococcus pneumoniae
Penemuan transformasi sel: Penelitian
Griffith (1928)
SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1935, Andrei Nikolaevitch Belozersky
berhasil mengisolasi DNA murni
1940, Erwin Chargaff menemukan
bahwa organisme berbeda memiliki
nisbah 4 basa penyusun DNA yang
berbeda
 KOMPOSISI BASA PENYUSUN DNA
Organisme A G C T
Escherichia coli 24,7 26,0 25,7 23,6

Khamir 31,3 18,7 17,1 32,9

Gandum 27,3 22,7 22,8 27,1

Salmon 29,7 20,8 20,4 29,1

Ayam 28,8 20,5 21,5 29,3

 Hasil Penelitian Chargaf
1. DNA yang diisolasi dari berbagai
jaringan organisme yang sama
memiliki komposisi basa yang sama
2. Komposisi basa DNA beragam pada
organisme yang berbeda
3. Komposisi basa DNA suatu spesies
tidak berubah oleh umur, nutrisi, dan
lingkungan
4. Jumlah residu adenin selalu setara
dengan jumlah residu timin,
sedangkan jumlah residu guaninn
selalu setara dengan jumlah residu
sitosin
SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1941, George Beadle dan Edward Tatum
menemukan hubungan mutasi dengan
kerusakan proses biokimia sel
1944, Oswald Theodore Avery, Colin
MacLeod dan Maclyn McCarty yang
melanjutkan pekerjaan Griffith
menemukan bahwa DNA adalah bahan
yang menyebabkan perubahan bentuk
dinding sel Streptococcus pneumoniae
Penelitian Avery, MacLeod, dan
McCarty
SEJARAH PENEMUAN BAHAN
GENETIKA
1952, Alfred Hershey dan Martha Chase
melalui penelitian menggunakan P
dan S radioisotop membuktikan DNA
sebagai bahan pembawa informasi
genetika
1953, James Watson and Francis Crick
menyatakan bahwa DNA adalah
benang ganda anti paralel, berbentuk
heliks yang saling berkomplemen
Penelitian Alfred Hershey dan
Martha Chase
Penelitian
Watson dan Crick
 Dengan dukungan data
difraksi sinar-X dari
Rosalind Franklin dan
Maurice Wilkins
 Dengan dukungan data
analisis kimia basa
nitrogen dari Erwin
Chargaff
 Memformulasikan
struktur DNA
 Mengelompokkan basa
DNA menjadi purin dan
pirimidin
 Memformulasikan model
replikasi DNA
STRUKTUR
NUKLEOTIDA
Tiga komponen pembentuk
nukleotida:
Basa nitrogen
Gugus fosfat (pirimidin atau purin)

Gula pentosa
PIRIMIDIN & PURIN
 Diekspresikan
dengan huruf
pertamanya (A, G, C,
T, U).
 Purin (A, G) dimiliki

oleh RNA dan DNA

 Pirimidin, C
dimiliki oleh RNA
dan DNA, tetapi
 T terdapat di DNA,

dan
 U terdapat di RNA
 DEOKSIRIBONUKLEOTI
DA
2'-deoksiribosa dengan
basa (dalam contoh ini
purin, adenin atau guanin)
terikat pada atom C-1'
adalah deoksiribonukleosida
(dalam contoh ini
deoksiadenosin dan
deoksiguanosin).
Terfosforilasi pada atom
C- 5' menjadi nukleotida
(dalam contoh ini,
deoksiadenilat dan
deoksiguanilat)

Deoksiribonukleotida dinamai dengan singkatan

(pada contoh ini) A, atau dA (deoksiA), atau dAMP
(deoksiadenosin monofosfat)
Deoksiribonukleotida
Utama
DNA
Monomer nukleotida dapat
berikatan satu sama lain
melalui ikatan fosfodiester
antara -OH di atom C nomor
3‘nya dengan gugus fosfat
dari nukleotida berikutnya.
Kedua ujung poli- atau
oligonukleotida yang
dihasilkan menyisakan
gugus fosfat di atom karbon
nomor 5' nukleotida
pertama dan gugus
hidroksil di atom karbon
 STRUKTUR DNA
 DNA terdiri atas dua
rangkaian heliks anti-
paralel (paralel
berlawanan arah) yang
melilit ke kanan suatu
poros.
 Ukuran lilitan adalah 36 Å,

yang mengandung 10.5

pasangan basa per
putaran.
 Kerangka yang berselang-

seling antara gugus

deoksiribosa dan fosfat
terletak di bagian luar.
 Ikatan hidrogen antara
STRUKTUR
DNA
IKATAN HIDROGEN ANTAR
RANGKAIAN BASA DNA

Watson-Crick base pairing

RANGKAIAN BENANG
DNA
 Basa penyusun suatu
benang DNA yang
antiparallel tidak sama
melainkan bersifat
komplemen terhadap
benang pasangannya.
 Basa C berpasangan dengan

G, sedangkan A dengan T.
Hal ini sangat bemanfaat
dalam kaitan untuk
penyimpanan dan
pemindahan.
 PERAN DNA
• DNA terletak di kromosom dan
kloroplas
• DNA mengandung gen, informasi
yang mengatur sintesis protein dan
RNA.
• DNA mengandung bagian-bagian
yang menentukan pengaturan
ekspresi gen (promoter, operator,
dll.)
Sintesis Protein terjadi di
Ribosom
PERAN RNA
• Messenger RNAs (mRNA)
merupakan bahan pembawa
informasi genetik dari gen ke
ribosom
• Ribosomal RNA (rRNA) merupakan
komponen dari ribosom, mesin
biologis pembuat protein
• Transfer RNAs (tRNAs) merupakan
bahan yang menterjemahkan
informasi dalam mRNA menjadi
urutan asam amino
• RNAs memiliki fungsi-fungsi yang
RNA
 Monomer nukleotida dapat
berikatan satu sama lain
melalui ikatan fosfodiester
antara -OH di atom C nomor
3‘nya dengan gugus fosfat
dari nukleotida berikutnya.
 Kedua ujung poli- atau

oligonukleotida yang
dihasilkan menyisakan
gugus fosfat di atom karbon
nomor 5' nukleotida
pertama dan gugus hidroksil
di atom karbon nomor 3'
nukleotida terakhir.
 RIBONUKLEOTIDA
 Gula ribosa yang
berikatan dengan basa
nitrogen (dalam contoh
di samping adalah suatu
pirimidin, urasil dan
sitosin) pada atom
karbon nomor 1‘nya
disebut ribonukleosida
(dalam contoh di
samping adalah uridin
dan sitidin).
 Ribonukleosida yang  Penyampaian
terfosforilasi pada atom ribonukleotida biasanya
karbon nomor 5‘nya dalam bentuk singkatan
disebut ribonukleotida (misalnya) U, atau UMP
(dalam contoh di (uridin monofosfat)
RIBONUKLEOTIDA
UTAMA
PENAMAAN
NUKLEOTIDA
 DOGMA UTAMA BIOLOGI
Replikasi

Transkripsi Translasi
 Ringkasan tentang Replikasi DNA
• Terjadi secara semikonservatif, masing-
masing benang DNA berfungsi sebagai
cetakan untuk sintesis DNA pasangannya
• Terjadi di replikon yang terdiri dari
“origin of replication” dan dua garpu
replikasi (bidirectional)
• Masing-masing garpu replikasi tersusun
atas kompleks enzim, termasuk di
dalamnya DNA polymerase
– Terlibat juga enzim-enzim primase, helikase,
topoisomerase
REPLIKASI DNA
• Pada replikasi DNA,
masing-masing untai DNA
berfungsi sebagai cetakan
untuk sintesis untai
pasangannya yang baru,
menghasilkan dua molekul
DNA.
• Cara ini disebut cara
replikasi semikonservatif.
• Replikasi cara
semikonservatif
membutuhkan pemisahan
untai DNA (pelelehan
sebagian, atau denaturasi)
PERCOBAAN MESELSON-STAHL
 SINTESIS DNA
Pertumbuhan benang
Pertumbuhan 5’ DNA 3’
garpu
replikasi

3’ 5’
Pertumbuhan benang
DNA
 Benang DNA ‘Leading’ and ‘Lagging’
• Terjadi karena sintesis DNA terjadi
hanya pada arah 5’ ke 3’
• Kedua benang DNA mengalami
proses yang berbeda
– Sintesis DNA pada benang ‘leading’
terjadi secara ‘continuous’+
– Sintesis DNA pada benang ‘lagging’
terjadi secara discontinuous
• Membentuk fragmen Okazaki
leading • Fragment-fragmen kemudian akan
terhubung oleh aktivitas DNA ligase

lagging
Sintesis benang DNA ‘Lagging’
Harus ada primer (i.e.
3’-OH) untuk memulai
sintesis DNA
Primase berfungsi untuk
membuat primer RNA

Harus menyambung
fragmen-fragmen DNA
Hal ini dilaksanakan oleh
enzim DNA ligase
 Mesin Replikasi DNA

Fungsi primase? Fungsi helikase?

Fungsi topoisomerase? Fungsi single-stranded DNA
binding proteins?
 ‘Origin’ dari Replikasi DNA
• Replikasi DNA dimulai dari suatu urutan
nukleotida spesifik yang disebut ‘origins
of replication’
– Dikenali oleh protein yang berfungsi
membuka lilitan benang DNA
• Sintesis DNA terjadi dalam dua arah dari
‘origin’
 Bidirectional DNA Replication
DNA synthesis occurs in replicons consisting
of an origin of replication and two diverging
replication forks (bidirectional)

Fork movement Fork movement

Diagram Skematik dari DNA ke RNA kemudian
menjadi Protein
Gen terekspresi
melalui 2
langkah:
Transkripsi:
Membentu
k RNA
Translasi:
Sintesis
Protein
 Transcription
• RNA polymerase catalyzes RNA synthesis
– uses one DNA strand as template
• always the same strand for a given gene
– locally unwinds DNA
– adds free nucleotides to growing RNA strand at 3’ end
• 5’ to 3’ RNA synthesis
• template read 3’ to 5’
• uses rules of base pairing to synthesize complementary RNA
molecule
• starts RNA chain de novo
• Transcript is identical in sequence to nontemplate strand,
except T’s replaced by U’s
Transcription is asymmetric – only one strand of the DNA is
transcribed into RNA; the template strand
The RNA transcript has the same sequence as the
nontemplate strand

RNA is synthesized in a 5’ to 3’ direction only

The template strand is read in the 3’ to 5’ direction
Either strand of the DNA can be used as the template strand
for transcription
However, in any one gene only one strand of the DNA serves as
the template for transcription

DNA
Multiple RNA polymerases
can transcribe a gene
simultaneously creating a
train of RNA polymerases
 RNA polymerases
• Prokaryotes: single RNA polymerase
– Transcribes mRNA, rRNA and tRNA
– Transcription and translation are coupled
• Eukaryotes: three RNA polymerases
– RNA polymerase I transcribes rRNA genes
– RNA polymerase II transcribes protein-encoding genes; i.e. makes
mRNA
• primary transcript will be processed
– RNA polymerase III transcribes tRNA genes and 5S rRNA genes
• Transcription and translation occur in separate compartments of
the eukaryotic cell
– In organelles they occur in the same compartment
 Translation (protein synthesis)

• Information in mRNA translated

into primary sequence of a protein
in 4 steps:
– ACTIVATION
– INITIATION
– ELONGATION
– TERMINATION
 Translation (protein synthesis)

• ACTIVATION
– Each amino acid
activated by reacting
with ATP
– tRNA synthetase
enzyme attaches
activated amino acid
to own particular
tRNA
Protein synthesis: Translation initiation
Protein synthesis:
elongation (2)
Protein translation:
termination (3)
Protein translation: summary

Elongation

Initiation

Termination
 Cell Information: Instruction Book of Life

• DNA, RNA, and Proteins are

examples of strings written
in either the four-letter
nucleotide alphabet of
DNA and RNA (A C G T/U)
• or the twenty-letter amino
acid alphabet of proteins.
Each amino acid is coded
by 3 nucleotides called
codon. (Leu, Arg, Met, etc.)
Terima Kasih