Dra. Murnah, MSI.Med., Apt.

Fakultas Kedokteran UNDIP.

 PROTEIN

Makrobiomolekul
dengan susunan
kompleks

Polimer asam-asam alfa

amino
 H
R C COOH

NH 2
α
C C C C COOH asam - α - amino
NH 2

β
C C C C COOH asam - β - amino
NH 2
γ
C C C C COOH asam - γ - amino
NH 2

Asam amino penyusun protein adalah

ASAM - α - AMINO
 Merupakan asam amino dimana gugus NH2 nya
terikat pada atom C alfa.

δ γ β α
C C C C COOH

NH 2

α
C C C C COOH asam - α - amino

NH 2
 H
R C COOH
Rumus umum asam amino
NH2

H H2 H
H3C C C C COOH leusin
glisin
H
H C COOH
CH3 NH2

NH2

H2 H H
H3C
H
C COOH alanin
H3C C C C COOH isoleusin
CH3 NH2
NH2

asam aspartat
H2 H
CH3 HOOC C C COOH

valin
H NH2
H3C C C COOH
H
treonin
H H
NH2 HO C C COOH

CH3 NH2
H2
serin
H
HO C C COOH
metionin
H2 H
HS C C COOH

NH2
NH2
 H2
asparagin
H
O C C C COOH

tirosin
H2 H NH2 NH2
HO C C COOH

H2 H2
glutamina
NH2 H
O C C C C COOH

H2 NH2 NH2
fenilalanin
H
C C COOH

H2 H2
asam glutamat
NH2 H
HOOC C C C COOH

NH2
triptofan
H2 H H
C C COOH
H H2 H2 H2 H
H2N C N C C C C COOH
NH2
N
H
arginin
NH2 NH2

H2 H
C C COOH histidin H2
H2 H2 H2
lisin
H
N N H2N C C C C C COOH
NH2
H
NH2

prolin H3C S
H2
C
H2
C
H
C COOH sistein
COOH
N NH2
H
 Dalam molekul protein asam-asam α-amino
membentuk suatu rantai yang disebut rantai
peptida.

 Rantai peptida :
◦ Tersusun 2 asam amino = dipeptida
◦ Tersusun 3 asam amino = tripeptida
◦ Tersusun 4 asam amino = tetrapeptida
◦ Tersusun 5 asam amino = pentapeptida
◦ dst.
 Dimensi rantai peptida dalam molekul
protein.

R O R O

H H H H
H 2N C C N C C N C C N C C
H H H

O R O R

O H 1,32 Å R
DIMENSI H
120° 120°
RANTAI C N
117°
C
PEPTIDA C 120°
122° C 121°
H
R O 1,23 Å
Pauling :
N C
Sudut sekitar nitrogen 120° dan ikatan antara lebih
O

pendek dari N ― C
 Protein tersusun atas satu atau lebih rantai
polipeptida.
◦ Ribonuklease : 1 rantai – 124 asam amino
◦ Lisozim : 1 rantai – 129 asam amino
◦ Insulin : 2 rantai – 51 asam amino
◦ Hemoglobin : 4 rantai polipeptida

 Dalam rantai peptida :

◦ Jarak atom-atom tidak sama
◦ Sudut-sudut dalam satu atom pada umumnya
sama, jika berbeda maka perbedaannya hanya
sedikit
 Dari 2 residu asam amino
H H H H H H

H2N C C OH + H N C C OH H2N C C N C C OH

R O R O
H2O R O R O

dipeptida

 Dari 3 asam amino

H H H H H

H2N C C OH + H N C C OH + H N C C OH

R O R O R O

H H H H H

H2N C C N C C N C C OH

H2O R O R O R O

tripeptida
 Tersusun atas 2 residu asam amino
H H H

H2N C C N C C OH

R O R O

dipeptida

 Contoh :
H O H H O H O H H O

H2N C C N C C OH H2N C C N C C OH

CH3 CH2SH H3C C CH3 CH2OH

H

alanilsistein valilserin
 Tersusun atas 3 residu asam amino
H O H H O H H O

H2N C C N C C N C C OH

R R R

tripeptida
 Contoh :
H O H H O H H O

H2N C C N C C N C C OH metionilglisilalanin
CH2CH2 SCH3 H CH3

H O H H O H H O

H2N C C N C C N C C OH
tirosilsisteilserin
CH2
CH2 CH2

SH OH

OH
  Tersusun atas 4 residu asam amino
H O H H O H H O H H O

H2N C C N C C N C C N C C OH

R R R R
tetrapeptida

 Contoh :
H O H H O H H O H H O

H2N C C N C C N C C N C C OH

H3C CH CH2CH2CH2CH2 H H2C SH

valillisilglisilsistein
CH3 NH2

H O H H O H H O H H O

H2N C C N C C N C C N C C OH

CH3 H H CH3 alanilglisilglisilalanin

 H O H H O H H O H H O

H2N C C N C C N C C N C C OH

CH3 H H CH3

alanilglisilglisilalanin

Singkatan 3 huruf

ala – gly – gly - ala

Singkatan 1 huruf
AGGA
 H O H H O H H O

H2N C C N C C N C C

R R R

 Ikatan utama
◦ Ikatan kovalen (kovalen = homopoler)
◦ Ikatan peptida

 Ikatan pendukung (gaya-gaya sekunder)

◦ Ikatan garam
◦ Ikatan sistin
◦ Interaksi hidrofobik
◦ Ikatan hidrogen
 H2N
A B

C D

 A → ikatan garam
 B → ikatan sistin
 C → interaksi hidrofobik
 D → ikatan hidrogen
 (1)
A C
(2)
B D

(3)

 (1), (2), (3) → rantai peptida

 A → ikatan garam
 B → ikatan sistin
 C → interaksi hidrofobik
 D → ikatan hidrogen
 Syarat : ―NH2 dan ―COOH berdekatan.
O

C H2N

OH

O O

C H 2N C
H H 3N

O O

heteropoler
elektrovalen
interaksi ionik
 Syarat : ―SH dan ―SH berdekatan.
H N H H N H

H C C S H H S C C H

O C H H C O

H N H H N H
H N H H N H
atau H C C S S C C H
H C C S S C C H
O C H H C O
O C H H C O

homopoler
kovalen
 Kecenderungan dari rantai samping residu
asam amino non polar yang netral untuk
saling berdekatan
 Syarat : radikal-radikal non polar berdekatan
 Radikal-radikal non polar bersifat hidrofobik
 Contoh :
◦ Fenil
◦ Alkil O C N H
H2 H2
H C C C C H

H N C O

interaksi hidrofobik
 O C CH3 CH3 N H

H C C CH3 H3C C C H
H H

H N C O

interaksi hidrofobik

H O H H O

H N C C H H2C O H H2C O N C C

R N C C N C C R

H H
 Syarat : Atom O dan H dari 2 molekul berbeda
saling berdekatan

 Contoh :
C O H N

H C R R C H

N H O C

N H O HO O C
H2 H2
H C C C C C C H

C O OH O H N
 H H H H H H
N C C N C C N C C N C C

H H O CH2 O H CH2 O H3C CH O

S CH2 CH3

S S

H O CH2 H CH3 H
H2C
H
C CH N C C N C C N C C N

CH2
O H O CH2 O H H

COO

NH3
CH2
CH2
H O H O
CH2 H2C CH2
H
N C C N C C N C C N CH C
H

H H O CH2 H O CH3

COOH S SH CH3

O CH2 H O CH2 H O CH2 H HC CH3

C C N C CH N C C N C C N
H H

O H H
 Organisasi asam-asam amino dalam
molekul protein

 Struktur primer
 Struktur sekunder
 Struktur tersier
 Struktur kuartener
 Jumlah, macam, dan urutan asam α-amino
dalam rantai polipeptida (protein
R O R O

H H H H
N C C N C C NH C C N C C
H H H

O R O R

R H O R H O

CH N C CH N C

N C CH N C CH

H O R H O R
 Struktur primer yang membentuk spiral atau
lembaran-lembaran berlipat
H
H
R
C C NH2 C
N
C
C R O O
O
H N C R
O HN
N C C
H C H C
N N H O
R
NH O NH
C O
R O R
C C H
H C N C
H C
R
H H C
R H NH C
O H 2C N
C O O
H C H
H C O
N
H C C N N
C O R
R
O H
N H O H
N
H C
R C N C C N
O R
 Struktur sekunder merupakan struktur primer
yang membentuk spiral yang distabilkan
dengan adanya ikatan hidrogen
 lembaran-lembaran tersebut berbentuk
paralel dan anti paralel
R H O R H O

CH N C CH N C

N C CH N C CH

H O R H O R

Lembaran O R H O

Paralel
R H

CH N C CH N C

N C CH N C CH

H O R H O R
R H O R H O

CH N C CH N C

N C CH N C CH

H O R H O R
 R H O R H O

CH N C CH N C

N C CH N C CH

H O R H O R

O H R O H R

Lembaran C N CH C N CH

Anti Paralel CH C N CH C N

R O H R O H

R H O R H O

CH N C CH N C

N C CH N C CH

H O R H O R
 Rantai polipeptida melingkar membentuk
bulatan karena distabilkan oleh gaya-gaya
sekunder
 Stabilitas, dikarenakan :
◦ Ikatan sistin
◦ Ikatan garam
◦ Interaksi hidrofobik
 H O H H O H H O

H2N C C N C C N C C N H

CH2
R
CH2 CH2 H C H
C
C C O
C S C O
C O
S H C CH3
C
NH3
NH 3 CH2
H H O H O H N H
O C (CH2)3

C O C O C C N C C N C C N C O
C
C
H N CH3 H H

H C CH3
CH2
O C H O H H O H H
C
S
H N C C N C C N C R

S
CH2 CH2 C O
C
CH2 C OH S
C N H
O O
C S

H3C C H
O CH2 O CH2

N C C N C C N C O

H H H H H
 Struktur pada protein oligomer
ikatan hidrogen

C=O H―N

PROTOMER PROTOMER
+H N―
―COO- 3

ikatan garam

 Merupakan protein molekul besar dengan 2

atau lebih protomer
 Hubungan antara protomer adalah ikatan
garam dan ikatan hidrogen
 Fungsi biologis
 Bentuk molekul
 Komponen penyusun
 Tingkat degradasi
 Protein struktural :
◦ Kolagen
◦ Fibroin
◦ Keratin
◦ Miosin
◦ Elastin
 Protein transfer
◦ Seruloplasmin
◦ Hemoglobin
◦ Lipoprotein
◦ Mioglobin
 Protein enzim
◦ Peroksidase
◦ Nuklease
◦ Pepsin
◦ amilase
 Protein hormon
◦ Insulin
◦ Hormon-hormon pertumbuhan
 Protein pelindung
◦ Imunoglobin (IgG, IgA, IgM, IgE, IgD)
◦ Antibodi
 Protein kontraktil
◦ Miosin
◦ Aktin
 Protein simpanan
◦ Gliadin
◦ Ovoglobulin
◦ kasein
 Protein sederhana
hanya tersusun atas asam-asam amino,
pada hidrolisa dihasilkan asam-asam amino.
Contoh:
◦ Globulin
◦ Histon
◦ Protamin
◦ Albumin
◦ Glutein
◦ Prolamin
 Protein majemuk
tersusun atas protein sederhana + zat non
protein (radikal prostetik)

protein sederhana
radikal prostetik

 Contoh:
Protein majemuk Radikal prostetik
Fosfoprotein Asam fosfat
Nukleoprotein Asam nukleat
Lipoprotein Lipida
Glikoprotein Karbohidrat
Kromoprotein Zat berwarna
 Protein globular
◦ Bentuk bulat / hampir bulat
◦ pm < 10

◦ Contoh : albumin plasma, glubulin plasma, insulin

 Protein fibrosa
◦ Bentuk serat / serabut
◦ pm > 10

◦ Contoh : keratin, kolagen, miosin, fibroin

 alam protein alam
PROTEIN
derivat
protean
protein
metaprotein derivat
primer
koagulasi protein

protease
protein
pepton derivat
sekunder
peptida

asam-asam amino
 Sifat protein sebagai PROTEIN
H
C COOH

asam atau basa NH2

H
PROTEIN C COO H

NH 3

H
PROTEIN C COO

NH 3

alkali asam
OH- H+
H
H PROTEIN C COOH
PROTEIN C COO

anion kation
NH 3
NH 2
 Larutan asam
 Larutan basa
 Larutan enzim

• Air dalam larutan menghidrolisa

• Asam, basa, dan enzim sebagai katalisator
• Hasil akhir berupa asam-asam amino
 protein sederhana + HOH → asam-asam α-amino
H H H H
hidrolisa
H 2N C C N C C N C C N C C + HOH
R1 O H R2 O H R3 O H R4 O

HO H HO H HO H

H H H H
OH OH OH OH

H 2N C C + H 2N C C + H 2N C C + H 2N C C dst.....
R1 O R2 O R3 O R4 O

radikal prostetik
protein hidrolisa
majemuk protein sederhana

asam-asam α-amino
radikal protein sederhana
prostetik
 Keuntungan : hidrolisa sempurna
 Kerugian :
◦ Triptofan rusak
◦ Sebagian serin dan treonin terurai
◦ Deaminasi glutamin dan asparagin
◦ Dehidrasi intermolekuler beberapa asam amino

DEAMINASI ASPARAGIN
COOH COOH

H C NH2 + HOH H C NH2 + NH3

CH2 CH2
O O
C C

NH2 OH
DEHIDRASI INTERMOLEKULER 2 ASAM AMINO
H H

R C C O R C C O

H N OH

H
+ HOH
H H N
N H

OH N H 2 H2O
O C C R O C C R

H H
 Dilakukan dengan KOH, Ba(OH)2, Ca(OH)2,
NaOH
 Keuntungan :
◦ Reaksi berjalan sempurna
◦ Semua protein terhidrolisa menjadi asam-asam
amino
 Kerugian :
◦ Produk hidrolisa yang berupa threonin, serin,
arginin, dan sistein rusak
 Keuntungan :
◦ Asam-asam amino produk hidrolisa tidak rusak.

 Kerugian :
◦ Reaksi lambat
◦ Banyak faktor yang mempengaruhi, seperti pH,
temperatur (T), [E], [S].
 Perubahan bentuk dan sifat protein karena
pengaruh fisik dan kimia
 Rusaknya gaya-gaya sekunder, yaitu : ikatan
ionik, ikatan sistin, ikatan hidrogen, dan
ikatan hidrofobik
Pengaruh Perubahan / Kerusakan
Asam Ikatan garam
Alkali Ikatan garam
Reduksi Ikatan sistin
Netral Ikatan hidrogen
Panas Ikatan garam
Radiasi UV Ikatan peptida dekat lingkar aromatik
Sel ultrasonik Lingkar aromatik
penggojokan Permukaan protein
 O asam O

C H 3N C

O ( H+ ) OH NH 3

 Semula ada tarik menarik antara + dan –

 Dengan penambahan H+, muatan – hilang,
sehingga mengakibatkan ikatan garam rusak.
 OH-
COO H 3N

COO H2N

- H2O

 Semula ada tarik menarik + dan –

 Penambahan OH- (basa) → tak ada tarik
menarik lagi sebab muatan + hilang,
sehingga mengakibatkan ikatan garam rusak.
 Merusak atau memutuskan ikatan sistin

S
+ H2 SH SH

fibrosa
globular

 Ikatan sistin yang secara homopoler atau

kovalen akan putus / rusak
  Merusak lingkar aromatik

 Secara tidak
langsung memutus
interaksi
C
C

hidrofobik
 A : denaturasi

B : renaturasi

A
B
 Sifat fisis
 Sifat kimia :
◦ Reaksi presipitasi
◦ Reaksi warna
◦ Reaksi hidrolisa
◦ Sifat asam-basa
◦ Denaturasi
◦ Sifat koloid
 larutan protein dapat diendapkan atau
digumpalkan oleh :
 Larutan alkaloida reagensia
 Larutan garam-garam logam berat
 Larutan asam mineral pekat
 Larutan etanol
 Radiasi UV
 Panas

reaksi umum : berlaku untuk semua protein

 Test ninhidrin
 Test biuret
khusus untuk protein tertentu

Khusus untuk
Test protein dengan Hasil
residu
Ksantoprotein Fenil alanin Kuning
Hopkin’s cole Triptofan Violet
Millon Tirosin Merah
Sulivan Sistein Merah
Sakaguchi Arginin Merah
Molisch Karbohidrat Violet