ENZIM

1
SIFAT ENZIM
Merupakan molekul protein
Termolabil
Reaksi yang dikatalisis terjadi pada
kondisi lunak (suhu optimum)
Mempunyai spesifitas terhadap
substrat

2
Nomenclatur enzim
Nama resmi enzim ditentukan
menurut International Union of
Biochemistry (IUB). Tiap enzim
ditetapkan ke dalam empat tingkat
nomor kelas dan diberikan suatu
nama sistematik dan diberi nomor
EC ( EC number )

3
 Contoh: EC 2.7.1.1. fosfotransferase
ATP : glukosa
 Angka 2  nama kelas (transferase),
 Angka 7 subkelas fosfotransferase,
 Angka 1 sub subkelas (fosfo
transferase dengan gugus hidroksil
sebagai penerima )
 Angka 1  penerima gugus fosfat :
glukosa. Jika nama panjang terlalu
rumit, maka biasanya digunakan nama
trivialnya yaitu heksokinase
4
KELAS ENZIM REAKSI YG DIKATALISIS
EC 1 Pemindahan elektron/reaksi
Oxydorecuctase oksidasi/reduksi
EC 2 Transferase Reaksi transfer gugus fungsi
(misal gugus methyl atau
fosfat )
EC 3 Hydrolase Reaksi hidrolisis berbagai
ikatan kimia
EC 4 Lyase Penambahan gugus ke ikatan
ganda atau sebaliknya
EC 5 Isomerase Pemindahan gugus di dalam
molekul menghasilkan bentuk
isomerisas
EC 6 Ligase Pembentukan ikatan kovalen 5
Berdasarkan pusat aktivitas enzim
dikelompokkan menjadi
 Kelompok sulhidril : gugus –SH—
Sistein
Contoh : papain, bromelein
 Kelompok serin : gugus –OH— Serin
Contoh : tripsin, kimotripsin, elastin,
renin
 Kelompok asam : gugus –COOH (asam
aspartat)
Contoh : pepsin
 Metaloenzim : untuk aktivitasnya
memerlukan ion logam
Contoh : ATP-ase memerlukan Mg2+
6
Enzim Menstabilkan Bentuk Transisi
T = Transition state
Perubahan Energi
ST
Energy required (no catalysis)

Energy decreases (under catalysis)

EST
S

ES
EP P

Reaction direction
Enzim mengkatalisis reaksi dengan
menurunkan energi aktivasi
Adapted from Alberts et al (2002) Molecular Biology of the Cell (4e) p.166
Mekanisme kerja enzim

8
Model reaksi enzimatik
 MODEL Lock &  MODEL Induced
key fit

9
Reaksi enzimatik

E + S ES E + P

10
Dasar Reaksi Enzimatik
Catalyst
A B
Reactant Product

Enzyme
S P
Substrate Product

S+E ES (Kompleks Enzyme-substrate)

ES P+E
k1 k2
S E S E P
k-1
Langkah Lagkah
pengikatan katalitik
Lock & key Emil Fischer

12
Induced fit Daniel Koshland

13
 2 model interaksi enzyme-substrat
The active site:
•The Substrate Binding Site
1. Lock and key model Emil Fischer (1890) •The Catalytic Site

2. Induced fit model Daniel Koshland (1958)

14
Untuk aktvitasnya, enzim dibantu
oleh kofaktor

Protein (in aktiv)+non protein holoenzim

(aktiv)

Apoenzim kofaktor/
koenzim

15
Kofaktor dapat berupa senyawa
anorganic misalnya ion logam Mg
atau senyawa organic. Kofaktor
senyawa organic dapat berupa –
koenzim dan – gugus prostetik

Koenzim adalah kofaktor yang

berupa senyawa organic, terikat
lemah dengan molekul enzim.
Gugus prostetik adalah senyawa
organic yang terikat kuat dengan
molekul enzim
16
 Unsur Fungsi
Fe Gugus prostetik enzim katalase, oksidase
sitokrom
Iodium Struktur tiroid

Cu Gugus prostetik oksidase sitokrom

Mn Kofaktor arginase

Zn Kofaktor enzim dehidrogenase, Polimerase

DNA, Anhidrase karbonik
Mo Kofaktor xantin oksidase

Se Kofaktor peroksidase glutation

Ni Kofaktor enzim urease

17
 KOENZIM GUGUS YG
DIPINDAHKAN
Thiamin pirofosfat Dekarbosilasi
Flavin adenin Atom hydrogen
dinukleotida (FAD) Ioh hidrida (H-
Nikotinamida adenin
dinukleotida (NAD)
Koenzim A Gugus asil
Piridoksal fosfat Gugus amino
Deoksiadenosilkobalam Atom H dan
in (koenzim B-12) gugus alkil
Biositin CO2
18
Satuan Enzim
 1 unit aktivitas enzim = jumlah enzim yang menyebabkan
pengubahan 1 mol substrat pada kondisi optimum (25o
C 1 menit)

PENGUKURAN AKTIVITAS
 Bertambahnya produk (increase)
 Berkurangnya substrat (decrease)

Aktivitas enzim dipengaruhi beberapa factor yaitu :

 pH
 Suhu
 Konsentrasi substrat [S]
 Konsentrasi enzim [E]
 Inhibitor

19
 1. Temperatur
• Pada suhu rendah activitas rendah (sedikit tumbukan)
• Kecepatan meningkat jika suhu naik (lebih banyak
tumbukan)
– Setiap kenaikan 10°C, kecepatan reaksi 2X lipat
• Paling aktif pada suhu optimum (sekitar 37° C pada
manusia)
• Kecuali pada organisme termofilik dan psikrofilik
• Activitas hilang jika terdenaturasi pada suhu tinggi

20
 2. pH
• pH berpengaruh pada ionisasi sisi active
• pH berpengaruh pada denaturasi enzim
• Setiap enzim mempunyai pH optimum (~ 6 - 8 )
– Kecuali :
enzym digestive pada lambung ( pH 2)
enzim digestive intestin (pH 8)

21
pH
ENZIM pH optimum

Pepsin 1,5
Tripsin 7,7
Katalase 7,6
Arginase 9,7
Fumarase 7,8
Ribonuklease 7,8

22
 3. Konsentrasi Enzim
• Kecepatan (v) reaksi meningkat sebanding
dengan konsentrasi enzim [E] ([S] is high).

23
 4. Konsentrasi Substrat
• Peningkatan [S] meningkatkan kecepatan reaksi
(enzyme concentration is constant) TETAPI
• Kecepatan Maximum tercapai jika semua E berikatan
dengan S membentuk ES

24
Kurva
0 1 2 3 4 5 6 7 8
Velocity S
enzim +
80 E

60
P
Kec. reaksi (v)

40
(in a fixed
20 period of
time)
0
0 2 4 6 8
Substrate (mole) [S] 25
Juang RH (2004) BCbasics
 Persamaan Michaelis-Menten
k1 k2
S E S E P
k-1

maximal velocity, Vmax

4
v, µmol/min

3 0.5Vmax

1 Km

0
0 10 20 30 40 50
[S], mM
26
 Konsentrasi Substrat
Hubungan konsentrasi Substrat dengan Kecepatan
reaksi Enzimatik dinyatakan dengan KM (tetapan
Michaelis Menten) didefinisikan sebagai
konsentrasi substrat tertentu pada saat enzim
mencapai setengah kecepatan maksimum.
Vo = Vmax [S]
KM + [S]
Vo = kecepatan awal pada konsentrasi
substrat [S]
Vmax = kecepatan maksimum
KM = tetapan Michaelis Menten enzim bagi
substrat tertentu

27
28
 lanjutan
Bentuk aljabar (persamaan Lineweaver-Burk)

1 = KM 1 = KM 1 + 1

Vo Vmax [S] Vo Vmax [S] Vmax

29
30
 Practical Summary- Vmax and Km
• Vmax
– How fast the reaction can occur under ideal circumstances.
• Km
– Range of [S] at which a reaction will occur.
– Binding affinity of enzyme for substrate
• LARGER Km  the WEAKER the binding affinity

Enzyme Substrate Km (mM)

Catalase H2O2 1,100
Chymotrypsin Gly-Tyr-Gly 108
Carbonic anhydrase CO2 12
Beta-galactosidase D-lactose 4
Acetylcholinesterase acetylcholine (ACh) 0.09
• Kcat / Km
– Practical idea of the catalytic efficiency, i.e. how often a
molecule of substrate that is bound reacts to give product. 31
 Order of reaction

1. When [S] << Km

vo = (Vmax / Km )[S] zero order
2. When [S] = Km Mixed order
2
vo = Vmax /2
3. When [S] >> Km
First order
vo = Vmax

32
 Lineweaver-Burk plot

1
vo vo
1/2
-1
Km 1
Vmax
Double reciprocal 1/S Km Direct plot S

1 Km 1 1 Vmax [S]
  v

Juang RH (2004) BCbasics

v Vmax [S] Vmax Km  [S]
33
INHIBISI ENZIM
Penghambatan kompetitif
 reversibel, bisa kembali ke keadaan semula bila [S]
ditambah
 Vmax tetap
 KM meningkat
 Contoh : malonat, PABA

Penghambatan non kompetitif

 Enzim dan inhibitor berikatan pada tempat yang berbeda
 Vmax menurun
 KM tetap
 Irreversible
 Contoh : Ag, Hg, Pb merintangi enzim dengan
membentuk garam merkaptida.

34
Inhibitor Pengikatan Efek kinetik
Kompetitif Berikatan pada sisi Vmax tetap
aktif anzim, reversibel Km meningkat

Non kompetitif Berikatan bukan pada Vmax menurun

sisi aktif enzim, Km tetap
terbentuk kompleks
ESI, tidak
menghasilkan produk
Unkompetitif Berikatan bukan pada Vmax menurun
sisi aktif enzim, Km menurun
memodifikasi strurktur
enzim

35
Inhibisi kompetitif

36
Inhibisi nonkompetitif

37
38
Pengaturan Aktivitas Enzim
 Pengaturan ekpresi gen untuk mengatur
jumlah kecepatan sintesis enzim
 Aktivitas enzim proteolitik untuk
memecah enzim
 Pengaturan oleh hormon
 Modifikasi kovalen  pembentukan atau
hidrolisis ikatan kovalen
Contoh : proenzim (inaktif)  enzim aktif

39
Koenzim
Vitamin  koenzim Enzim
Vitamin B1 pyruvate and a-ketoglutarate
Tiamin  tiamin pirofosfat dehydrogenase
Vitamin B2: Riboflavin  succinate dehydrogenase
FAD ; Flavin adenin and xanthine oxidase
dinukleotida
Vitamin B3 lactate and malate
Nicotinamid NAD dehydrogenases
Nicotinamid ddinukleotida
Vitamin B6 :piridoksin glycogen phosphorylase
piridoksalfosfat
Biotin carboxylase and pyruvate
carboxylase.
40
Vitamin B 12 : methylmalonyl-CoA
cyanocobalamin mutase

Asam folat
Tetrahidrofolat

41