Tujuan katabolisme :
Untuk membebaskan energi yang terkandung di dalam senyawa
sumber.
Respirasi aerob yaitu
pemecahan molekul Respirasi anaerob yaitu
pemecahan molekul tanpa
dengan menggunakan menggunakan oksigen, umunya
oksigen. dengan bantuan mikroorganisme
1. Endokrin
•Molekul sinyal : Hormon
•Mediator sinyal: Peredaran darah
•Jarak ke sel target jauh (ke
seluruh tubuh)
•Contoh: Adrenalin,Kortisol,
Estradiol, Glukagon, Insulin,
Testosteron, Tiroksin
2. Parenkim
Molekul sinyal : Lokal mediator
Mediator sinyal: Medium ekstraseluler
Jarak ke sel target dekat (sekitar sel)
Contoh: EGF (Epidermale Growth
Factor)
PDGF (Platelet-derived Growth
Factor)
NGF (Nerve Growth Factor)
Histamin
Gas NO
3. Sinapsis
• Molekul sinyal :
Neurotransmiter
• Mediator sinyal: Axon
• Jarak ke sel target jauh (ke
seluruh tubuh)
• Contoh: Asetilkolin
• GABA (Gama-Amino Bitric
Acid)
4. Adanya kontak dalam sel
• Molekul sinyal : molekul signal
yang tergantung adanya kontak
• Mediator sinyal: kontak langsung
dengan membran plasma
• Jarak ke sel target paling dekat
• Contoh: Protein delta (dalam
perkembangan embri0) Protein
dalam respon imun
5. Autrokrin
• Suatu sel mensekresikan
molekul, dan molekul
tersebut
bekerja/berpengaruh
terhadap sel itu sendiri
atau sel-sel lain yang
sejenis.
Molekul sinyal yang sama, pada sel yang berbeda
akan memberikan respon yang berbeda
Contoh: Asetilkolin
Kombinasi sinyal yang berbeda, yang
diterima dengan suatu sel maka memberikan
respon yang berbeda
Untuk dapat menimbulkan respon, molekul sinyal ekstraseluler
mengikat reseptor yang spesifik pada sel
Ada 2 jenis reseptor
Reseptor permukaan sel
- tersisip dalam membran plasma
- untuk molekul sinyal hidrofilik, yang besar
• Reseptor intraseluler
• - terdapat di dalam sel
• - untuk molekul signal hidrofobik, yang kecil
• - merupakan protein regulator yang mengaktifkan gen
• - Contoh molekul sinyal: hormon steroid, hormon tiroid,
retinoids, vitamnin D, dll
Jenis reseptor pada sel
Satu molekul signal mempunyai reseptor yang berbeda pada sel yang
berbeda
Contoh: Asetilkolin, di sel otot muskel mengikat reseptor permukaan sel
di sel otot jantung mengikat reseptor intraseluler
• Sinyal + reseptor
Kanal terbuka
Sinyal + reseptor
mengikat G-protein
• Aktifasi g-protein
Aktifasi enzim aktifasi
kanal ion
Perubahan Perubahan
konsentrasi permeabilitas ion
mediator pada membran
intraseluler plasma
Proses yang mengikat G-protein
Proses “signaling” melalui reseptor yang mengikat G-protein :
-terbesar dari reseptor pemukaan sel
-Ditemukan pada semua eukariota
-Memperantarai respon dari banyak molekul sinyal, seperti hormon,
neurotransmitter, lokal mediator.
-strukturnya: protein transmembran yang membentuk 7 lipatan (seven-pass
transmembrane protein)
- Mengikat trimerik G-protein (GTP-binding protein)
G-protein (GTP-binding protein)
1. Kanal ion
Contoh : asetikolin
menyebab disosiasi α dan ßγ Enzim yang terikat pada membran plasma
aktif a. Adenil siklase
mengikat kanal merubah ATP cAMP
kanal terbuka
cAMP
molekul sinyal intraseluler yang berperan sebagai mediator sinyal
molekul yang larut dalam air, membawa sinyal dari membran dalam
sitoplasma ke inti sel atau bagian lain di dalam sel
cepat di sintesis dan di degradasi
Mekanisme transduksi
sinyal yang diperantarai
oleh cAMP sebagai
meditor sinyal
Protein kinase A
infektif
CAMP
Protein kinase A aktif
Grup G protein
PKA aktif:
•Mengaktifkan protein pengatur transkripsi gen,
sehingga terjadi transkripsi gen tertentu
•Memfosforilasi glykogen menjadi glukosa
STRUKTUR GEN
• Gen pada sel eukariotik bersifat
monosistromik.
• Pada eukariot tidak dikenal namanya
operon karena satu gen structural
dikendalikan oleh satu promoter.
• Bagian Sruktural gen ( loding region ) :
(+) Intron
(+) Ekson
TRANSKRIPSI PADA SEL
EUKARIOTIK
• RNA polimerase pada eukariot bermacam-macam yaitu :
(+) RNA Polimerase 1
(+) RNA Polimerase II
(+) RNA Polimerase III
• Berbeda dengan prokariot, RNA polymerase eukariot tidak menempel
secara langsung pada DNA di daerah promoter namun melalui
perantaraan protein-protein lain disebut faktor
transkripsi/transcription factor (TF) , Yaitu :
(+) TF umum
(+) TF Khusus
TRANSKRIPSI PADA SEL EUKARIOTIK
• Promoter eukariot sangat beragam dan sulit
untuk dikarakterisasi. Basal promoter
elements dikenal dengan TATA-box dan CCAAT-
box, dinamakan berdasarkan sekuen motifnya
(Gambar 11). TATA-box berada pada 20 sampai
30 basa upstream dari transcriptional start site
dan ini sama dengan sekuen pada prokariot TFIID sebenarnya merupakan
atau Pribnow-box (sekuen konsensusnya kompleks protein yang terdiri dari
adalah TATAAA, TATAT/AAT/A, dimana T/A protein pengikat kotak TATA (TATA-
menandakan basa yang mungkin ditemukan
box binding protein, TBP) dan TAF
pada posisi tersebut). TFIID adalah faktor
transkripsi pertama yang secara langsung (TBPassociated factors). CCAAT-box
berikatan dengan TATA box dan penempelan terdapat pada posisi -100. CCAAT-box
ini mengarahkan faktor transkripsi lainnya dan diketahui mengikat protein FT CCAAT-
RNA polymerase II untuk mengenali promoter. binding transcription factor (CTF) dan
CCAAT-enhancerbinding protein
(C/EBP).
TRANSKRIPSI PADA SEL EUKARIOTIK
• Dihipotesiskan terdiri dari 2
ekson dan 1 intron. Diagaram
menunjukkan adanya TATA-box
dan CCAAT box basal element
masingmasing pada posisi -25 dan Proses pemanjangan transkrip
berlangsung sama seperti pada
-100. FTIID terlihat berikatan
prokariot. Proses ini akan
dengan TATA-box binding protein, berlangsung sampai RNA polymerase
TBP. [CREB = cAMP response II mencapai daerah terminator.
element binding protein] [C/EBP Terminasi transkripsi dapat terjadi
= CCAAT-box/enhancer binding karena adanya aktivitas fosfatase
protein]. Lingkaran besar hijau yang spesifik untuk CTD sehingga
menggambarkan RNA polymerase mengembalikan RNA polymerase II
II menjadi bentuk yang tidak
terfosforilasi. Pada keadaan ini, RNA
polymerase dapat digunakan secara
berulangulang.
TRANSKRIPSI PADA SEL EUKARIOTIK
• Proses pasca-transkripsi :
1. Pemberian topi (capping) dan ekor
(poliadenilasi)
• Setiap ujung molekul pre-mRNA dimodifikasi
dengan cara tertentu. Ujung 5’ yaitu ujung
depan, pertama kali dibuat saat transkripsi
segera ditutup dengan mukleotida guanin (G)
yang termodifikasi. Pemerian topi ini mempunyai
setidaknya 2 fungsi. Ujung ini melindungi mRNA
dari degradasi enzim hidrolisis. Setelah mRNA
sampai di sitoplasma, ujung 5’ berfungsi sebagai
bagian dari tanda “lekatkan di sini” untuk
Poliadenilasi merupakan proses
ribosom. penambahan poliA (rantai AMP) pada
• Pada ujung 3’ suatu enzim menambahkan ekor ujung 3′ nukleotida mRNA. Fungsinya
polia(A) yang terdiri dari 30-200 nukleotida untuk meningkatkan stabilitas mRNA
adenin. Ekor poli(A) berfungsi mempermudah dan meningkatkan efisiensi translasi.
ekspor mRNA dari nukleus.
TRANSKRIPSI DALAM SEL EUKARIOTIK
• Saat proses transkripsi, RNA polimerase
mentranskripsi intron maupun ekson dari DNA.
Splicing merupakan proses pembuangan intron
dan penyambungan ekson. Intron adalah bagian
penyela, merupakan segmen asam nukleat bukan
pengkode dan terletak diantara daerah pengkode.
Sedangkan ekson adalah daerah yang yang
diekspresikan atau ditranslasi menjadi asam
amino. Dalam penyambungan RNA, intron
dikeluarkan dan ekson bergabung.
Penyambungan RNA dikatalis oleh
ribonukleoprotein nucleus kecil (snRNP), yang
beroperasi de dalam susunan yang lebih besar
disebut spliosom. Setelah dilakukan berbagai
modifikasi di atas, jadilah mRNA matang (mature
mRNA)
Tahap-Tahap Utama dalam Ekspresi
Gen-Gen Pengkode Protein
TRANSKRIPSI
• Transkripsi : Proses pengkopian DNA untuk menghasilkan
transkrip RNA komplemennya / RNA Transcript.
• Ini adalah tahap pertama dari proses ekspresi dari setiap
gen.
• Pada proses transkripsi hanya 1 untai DNA yang disalin
DNA RNA
• menghasilkan tiga jenis RNA yaitu: RNA duta (mRNA=
messenger RNA), RNA transfer (tRNA = transfer RNA)
dan RNA ribosomal (rRNA = ribosomal RNA)
REGULASI EKPRESI GEN PADA
TRANSKRIPSI
• Regulasi ekspresi gen yang sering dijumpai adalah
pengaturan proses transkripsi
• Apakah suatu gen proses transkripsinya akan meningkat
atau menurun
• Aktivator protein regulator yang berperan
meningkatkan tingkat transkripsi, disebut juga inducer
• Represor protein regulator yang berperan
menghambat transkripsi, disebut juga inhibitor
ILUSTRASI SECARA SKEMATIS
PROSES TRANSKRIPSI
PROSES TRANSKRIPSI
2. Inisiasi
Setelah mengalami pengikatan oleh promotor
1. PROMOTER RNA polimerase dapat mengenali sisi awal dari
suatu gen, dengan demikian enzim ini mengetahui
Adalah Suatu sekuen DNA tempat dimana harus mulai mensintesis mRNA.
dimana proses transkripsi dimulai. Ini merupakan suatu sekuen satu arah pada satu
Pada prokariot, sekuen dari suatu untaian DNA yang memberitahu RNA Polymerase
promoterdikenali oleh faktor sigma tempat mulai serta arah (pada untaian mana)
(s) dari RNA polymerase. sintetis.
Pada eukariot, promoter dikenali Seperti pada Bakteri, regulasi insiasi transkripsi
pada eukariot melibatkan protein-protein yang
oleh faktor transkripsi khusus.
berikatan ke DNA dan memfasilitasi atau
menghambat pengikatan RNA polimerase. Akan
tetapi, proses pada eukariot lebih rumit.
PROSES TRANSKRIPSI
3. ELONGASI 4. TERMINASI
Pemanjangan
RNA Polymerase kemudian menambahkan Berakhirnya polimerisasi DNA
nukleotida untuk memperpanjang rantai
Bagaimana RNA polymerase mengetahui
mRNA yang komplemen dengan untaian
tempat berhentinya ?
DNA.
Sistem ini didasarkan pada sistem pada
RNA Polymerase menempatkan rNPTs prokariot. Berhubung tidak ada inti pada
(ribonucleic nucleotides triphosphates) prokariot, ribosom dapat mulai
dengan cara yang sama seperti yang mensintesis protein berdasarkan mRNA
dilakukan DNA Polymerase dalam segera setelah mRNA disintesis. Pada
mengambil dan menempatkan dNTPs. ujung akhir dari suatu gen, sekuen mRNA
Namun demikian, karena sintesis ini hanya membentuk suatu loop yang memblock
berlangsung dalam untai tunggal dan ribosom, sehingga ribosom kemudian
hanya berlangsung dalam arah 5’ ke 3’ , terlepas dari mRNA, dan inilah signal
maka tidak perlu adanya fragmen Okazaki. terminasi yang dikenali oleh RNA
Penting untuk diketahui bahwa sintesis Polymerase. Segera setelah ribosom lepas
RNA ini berlangsung dalam satu arah dari mRNA, RNA polymerase lepas dari
(unidirectional). DNA dan proses transkripsi terhenti.
FAKTOR EKSPRESI GEN
Dalam melakukan proses ekspresi gen, terdapat beberapa faktor
yang mempengaruhi kemampuan suatu sel dalam meregulasi hal
tersebut, yaitu :
1. Struktur kromatin, ketika terjadi perubahan struktur kromatin
sehingga kesalahan dalam modifikasi histon sehingga terjadi
metilasi sehingga tidak dapat melakukan hubungan denan RNA
polymerase dan transkripsi terganggu
2. control epigenik, epigenik adalah ekspresi gen yang
disebabkan oleh mekanisme selain perubahan skuens DNA dasar.
Apabila terjadi kesalahan pada pola untuk ekspresi gen dan terjadi
modifikasi histon, metilasi DNA dan hal lainnya maka transkripsi
akan terganggu juga
3. inisiasi transkripsi, komponen paling penting karna tanpa
adanya hal ini maka transkripsi tidak akan berlangsung. Inisiasi
transkripsi termasuk enhancer, protein aktivasi dan protein untuk
inhibisi.
4. proses transport dan modifikasi, pada proses ini intron harus
dibuang dengan akurat untuk mencegah erbentuknya protein yang
FAKTOR EKSPRESI GEN