KARAKTERISASI GENOM

NOVEL SARS-COV 2

GENOMIC CHARACTERIZATION
OF A NOVEL SARS-COV-2
(KARAKTERISASI GENOM DARI
NOVEL SARS-COV 2)
Oleh:

NAMA : FENYSIA ALFIANA

NIM: E1A018026
SEMESTER: IV(EMPAT)
KELAS: A PENDIDIKAN BIOLOGI
: SUMBER JURNAL UTAMA :

Khailany, Rozhgar A. Khailany., Muhammad

Safdar., Mehmet Ozaslan. 2020. Genomic
Characterization of A Novel SARS-CoV-2. Gene
Report. DOI: 10.1016/j. Genrep.2020. 100682.
 PENGANTAR

 Genom (bahasa Inggris: genome), dalam genetika dan biologi

molekular modern, adalah keseluruhan informasi genetik
yang dimiliki suatu sel atau organisme, atau khususnya
keseluruhan asam nukleat yang memuat informasi tersebut
 Virus adalah mikroorganisme patogen yang menginfeksi sel
makhluk hidup. Virus hanya dapat bereplikasi di dalam sel
makhluk hidup karena virus tidak memiliki perlengkapan seluler
untuk bereproduksi sendiri.

 Virus merupakan agen infeksius terkecil (diameter sekitar 20 nm

hingga300 nm) dan hanya mengandung satu jenis asam nukleat
(RNA atau DNA) sebagai genom mereka.
 genom virus dapat terdiri dari DNA untai ganda, DNA untai
tunggal, RNA untai tunggal, RNA untai gan da. Selain itu asam
nukleat genom virus dapat berbentuk linear tunggal atau
sirkuler.
 Jumlah gen virus bervariasi dari empat untuk yang terkecil
hingga beberapa ratus untuk yang terbesar.
Bobot molekul genom DNA virus berkisar antara 1,5 x
106 sampai 160 x 106.
Bobot molekul genom RNA virus berkisar antara 1 x
106 sampai 15 x 106.Semua kelompok utama virus
DNA memiliki genom berupa molekul
RNA virus terdapat dalam beberapa bentuk. RNA dapat
berupa molekul linear tunggal DNA tunggal dan
memiliki konfigurasi linier atau sirkular.
Sekuens dan komposisi nukleotida tiap asam nukleat
virus bersifat khas.
Sekuens dapat memperlihatkan hubungan genetik
antar isolat termasuk hubungan yang tak terduga
antara virus-virus yang sebelumya tidak diperkirakan
berkerabat erat. Jumlah gen dalam satu virus dapat
diperkirakan dari bingkai pembacaan terbuka yang
diperoleh dari sekuens asam nukleat.
Asam nukleat virus dapat dikakterisasi berdasarkan
kandungan G + C-nya.
Genom virus DNA dapat dianalisis dan dibandingkan
dengan menggunakan endonuklease retriks( enzim
yang memutus DNA pada sekuens nukleotida spesifik).
Tiap genom akan menghasilkan pola fragmen DNA
yang khas setelah dipecah oleh enzim tersebut. Dengan
menggunakan salinan DNA yang digandakan secara
molekulaer dari RNA, peta retriksi dapat pula diperoleh
dari genom virus RNA. Pemeriksaan PCR dan teknik
hibridisasi molekular (DNA ke DNA , DNA ke RNA, atau
RNA ke RNA) memungkinkan dipelajarinya transkripsi
genom virus dalam sel yang terinfeksi serta
perbandingan kekerabatan berbagai virus
GENOMIC CHARACTERIZATION OF A
NOVEL SARS-COV-2 Oo
(KARAKTERISASI GENOM DARI
NOVEL SARS-COV 2)
PENDAHULUAN
 PENDAHULUAN

Wabah penyakit virus corona (covid-

19)pertama kali dilaporkan dari Wuhan,
China, pada bulan Desember 2019. wabah
epidemi ini sudah menyebar ke 206 negara
dan wilayah di dunia dengan 1,203,456 kasus
yang sudah terkonfirmasi secara
internasional, termasuk 64,754 kematia yang
terjadi pada bulan April tanggal 5 2020.
Virus ini diduga merupakan hasil kecelakaan
laboratorium atau kemungkinan merupakan
penularan dari hewan ke manusia
PENYEBARAN VIRUS CORONA
SUMBER PENYEBARAN VIRUS CORONA
Penelitian dalam artikel “karakterisasi
genom dari novel SARS-CoV-2” bertujuan
untuk:
1) Menganalisis genom yang telah dilaporkan
dalam kurun waktu terdekat pada saat ini ,
di tempat atau lokasi dan waktu yang
bervariasi.
2) untuk mengkarakterisasi struktur genom
SARS-CoV 2
3) memahami struktur genom dan variasi
dari SARS-Cov 2.
 FAKTA VIRUS CORONA

 Coronavirus adalah virus RNA dengan ukuran partikel 120-160

nm.
 Coronavirus yang menjadi etiologi COVID-19 termasuk dalam
genus betacoronavirus.
 Hasil pemodelan melalui komputer menunjukkan bahwa SARS-
CoV-2 memiliki struktur tiga dimensi pada protein spike domain
receptor-binding yang hampir identik dengan SARS-CoV.
 Pada SARS-CoV, protein ini memiliki afinitas yang kuat terhadap
angiotensinconverting- enzyme 2 (ACE2).20 Pada SARS-CoV-2,
data in vitro mendukung kemungkinan virus mampu masuk ke
dalam sel menggunakan reseptor ACE2.17 Studi tersebut juga
menemukan bahwa SARS-CoV-2 tidak menggunakan reseptor
coronavirus lainnya seperti Aminopeptidase N (APN) dan
Dipeptidyl peptidase-4 (DPP-4)
 REPLIKASI GENOM/REPLIKASI CORONA
VIRUS
Setelah virus menemukan sel host maka berikut beberapa
siklus yang terjadi:
1) Penempelan dan virus masuk ke sel host diperantai oleh
protein S yang ada di permukaan virus.
2) Protein S penentu utama dalam menginfeksi spesies
hostnya serta penentu tropisnya.
3) Protein SARS-CoV dengan reseptor di sel host yaitu enzim
ACF-2 (angiotensin-converting enzyme 2).
4) Setelah berhasil masuk selanjutnya translasi replikasi gen
dan RNA genome virus
5) Replikasi dan transkripsi dimana sintesis virus RNA melalui
translasi dan perakitan dari komleks replikasi virus.
6) Tahap selanjutnya adalah perakitan dan rilis virus.
Ukuran genom dari SARS-CoV2 bervariasi mulai dari
ukuran 29,8 kb sampai 29,9 kb dan struktur genome ini
mengikuti karakteristik gen spesifik yang dikenal dengan
CoVs
Pada bagian ujung 5’ genome SARS-CoV 2 lebih dari 2-3
genome terdiri dari orf1 ab yang mengkode protein
orf1abpolyprotein, sedangkan ujung 3’ terdiri dari gen
yang mengkode struktural protein diantaranya yaitu
protein permukaan (S), protein pembungkus (E)/
envelope protein, membrane protein (M), dan
nukleokapsid (N protein). Selain itu SARS-CoV 2
mengandung 6 protein tambahan atau protein aksesori
yang dikode oleh ORF3a, ORF6, ORF7b, dan ORF8 genes.
STRUCTURE OF THE SARS-COV 2
 Pengembangan dalam pengurutan genom telah menghasilkan
data dengan kualitas yang bagus. Urutan genom yang lengkap
untuk isolat virus baik virus yang biasa atau virus dengan
karakteristik yang tidak biasa.
 NCBI (Nantional Center for Biotechnology Information), NGCD
(National Genomic Data Center), membuat informasi genom
tersedia secara umum bersamaan dengan data epidemilogi
 Temuan ini sangat mendukung persyaratan investigasi yang
mengkombinasikan kombinasi genom yang detail, infoemasi
epidemilogi dan catatan grafik dari fitur klinis pasien
penderita covid 19.
 Pada masa yang akan datang, Pengetahuan mengenai data ini
berguna dalam membangun kerangka statistik berdasarkan
epidemiologi, antigenik, dan informasik genetik dimana
informasi ini dapat digunakan untu memperluas wawasan
keppada peraturan pemerintah yang dikeluarkan dan
membangun pencegahan serta cara mengontrol yang lebih
efektif.
METODE PENELITIAN
Metode penelitian yang dilakukan untuk mengkarakterisasi genome dan
menentukan variasi SARS-CoV-2 adalah sebagai berikut :
 Pada penelitian mengegnai karakterisasi genom SARS-CoV-2 ini,
sebanyak 94 genom yang tersedia hingga 12 maret didownload atau
didapatkan dari Genbank.
 Diantara 94 genom, ada beberapa genom yang tidak digunakan dalam
analisis dikarenakan genom tersebut memiliki variasi dengan
perbedaan yang tidak biasa.
 Urutan genom NC-045512 digunakan sebagai referensi dan penyelaran
untuk menganalisis genom pada lainnya. (walaupun demikian, genom
penyelaras harus dibandingkan dengan penelitian yang telah dilakukan
sebelumnya.
 Setiap genom yang akan dianalisis dengan NC_045512 disesuaikan
menggunakan EMBOSS dengan celah standar ketepatan dari 10 dan
penambahan ketepatan dari 0,5.
 Genom yang memiliki perbedaan dengan NC-045512 diekstrak untuk
menciptakan suatu variasi genom baru .
 Perbedaan tersebut ditentukan Berdasarkan keterangan protein,
variasi tingkat nukleotida yang diubah menjadi variasi kode asam
amino, untuk disesuaikan dnegan lokasinya didalam gen yang
diidentifikasi.
 Mutasi nukleotida didalam genom juga telah terbukti terjadi.
HASIL PENELITIAN
 Sebanyak 156 telah
ditemukan dan terdapat 116
variasi unik.
 Diantara 95 genom yang
dianalisis , 24 sampel tidak
menunjukkan variasi kecuali
hanya kehilangan pasangan
basa pada ujung awal dan
akhirnya.
 Variasi yang terjadi antara
lain: 46 missense, 52
synonymous, 2 insertion, 1
deletion, dan 14 alel
nonkoding.
 Variasi yang paling umum
terjadi pada 8782c>T(ORF1ab)
di 13 sampel,
28144T>C(ORF8) di 14 sempel
dan 29095C>T (N) di 8
sampel.
 8782C>T(ORF1ab) dan 28144T>C
muncul bersamaan. Sedangkan
29095C>T ditemukan pada bagian
mereka.
 8782C>T dan 28144T>C merupakan
sy nonymous, meskipun 18144T>C
menyebabkan asam amino mengubah
L84S didalam ORF8.
 Sebagian besar 8782C>T dan
28144T>C variasi substrain
ditemukan diluar Wuhan.
 Untuk 46 variasi missense, 24 variasi
ditemukan di dalam ORF 1ab, yang
merupakan ORF terpanjang
menempati 2/3 dari keseluru han
genom.
 ORF1ab memecah menjadi bany ak
non struktural protein (NSP1-NSP16).
 Diantara NSP’s, NSP3 memiliki lebih
banyak variasi pad a sampel analisis
 Non kode mutasi terdapat pada
bagian 5’ UTR atau 3’UTR.
 Perubahan basa paling sering diamati
pada C>T.
PEMBAHASAN
Informasi genetik dari suatu kehidupan tersimpan
didalam genomnya.
Sejumlah investigasi telah menggambarkan bahwa gen
ORFs dan ACE2 memegang peranan penting dalam
penyakit virus corona.
Enzim replicase digambarkan sebagai 2 polyprotein
(ORF1a dan ORF1ab) yang akan disiapkan untuk berubah
menjadi 12 nonstruktural protein oleh protease virus.
Protein nps 1-3 termasuk ke dalam polyprotein ORF1ab.
ORFF1ab merupakan bagian yang menjadi faktor penting
diantara virus corona.
Banyak penelitian menunjukkan hubungan antara ORFs
dengan COVID-19 i.e.8782C>T(ORF1ab) dan 28144T>C
(ORF8) yang tersedia didalam data genom, oleh karena
itu secara klinik sangat penting untuk merusak fungsi
biologi dari protein ORF1ab tertentu dalam SARS-CoV-2.
 Protein Orf8 dari SARS-CoV-  ORF10 merupkan protein yang
2 masih belum diketahui
secara pasti fungsi dan pendek.
juga tempatnya. Tujuan ORF10 merupakan protein
atau fungsi VLVVL (amino dimana protein tersebut tidak
corrosive 75-79) telah
ditemukan dalam
memiliki protein pembanding
orf8SARS-CoV-2 yang hadir didalam NCBI.
untuk memicu terjadinya Protein jenis ini merupakan
tekanan (setres) pada jalur protein yang dapat digunakan
intraseluler dan bertindak
sebagai reseptor seperti untuk menentukan dan
NOD pada wilayah keluarga membedakan jenis infeksi
pirin yang tersusun dari lebih cepat dari pada strategi
NLRP3. PCR.
 Pada virus corona yang
Karakterisasi dari protein ini
berbeda, urutan ORF8
menunjukkan bahwa L84 sangat dibutuhkan.
yang terdapat pada
28144T>C(L84s) tidak
selalu dipertahanan pada
virus corona yang berbeda.
Beberapa penelitian menunjukkan bahwa NCBI menggambarkan
anotasi(catatan) baru untuk untuk ORF1ab akhir-akhir ini.
NSP6 dipertimbangkan sebagai protein dugaan, jadi NCBI
membuat anotasi/catatan untuk NSP.
NCBI memberi petunjuk bahwa 12 variasi yang luar biasa didalam
protein NSP3 pda ORF1ab.
Dapat disimpulkan bahwa terdapat hubungan dasar antara NSP3
dengan awal terjadinya infeksi virus corona.
Hasil investigasi menunjukkan bahwa NSP3 tersusun atas
protease seperti papain yang dianggap sebagai faktor penting
dalam infeksi SARS.
Variasi mulai pertama kali diteukan di WUHAN.
 Perbadaan transformasi titik tunggal berasal dari subtitusi
nonsynonymous dalam nsp 4, 5, 10, 12, 14, dan 16.
 Protein ORF1b nsp 12, 14, dan 16 mengkaraterisasi cistrons tertentu ,
sedangkan protein ORF1a nps 4, 5, 10 membentuk kompartemen
bersama pada bagian urutan kode sekuens dari ORF1ab
 8 mutasi yang diumumkan telah terjadi dalam MHV, 7 diantaranya
mempengaruhi susunan asam amino yang berhubungan dengan SARS-
CoV-2
 Metode ini memungkinkan untuk menentukan fenotipik wisatwan yang
dibedakan oleh interaksi protein. Hal ini juga memungkinkan terjadinya
kemajuan dalam mengetahui SARS-CoV-2, menentukan fenotip mana
yang dapat muncul kembali dari temuan ini berhubung dengan cepatnya
proses penyusunan atau pembentukan dalam SARS-CoV-2
 Garis keturunan Covid-19 muncul secara pilogeniberhubungan satu sama
lain, namun titik paparan pada setiap individu berbeda pada seluruh
populasi
KESIMPULAN
KESIMPULAN
Kenaikan kasus yang sangat cepat memberikan lebih
banyak genom yang mungkin dapat memberikan visibilitas
dan bukti struktur penduduk/populasi, terutama peluang
berbagai persentasi covid-19 yang ada didalam populasi
manusia. Memperkenalkan pemahaman tentang
reservoir(gudang pengetahuan) biologi mengenai infeksi
ini, dan pembelajaran mengenai penularan mereka melalui
kontak manusia akan sangat penting untuk memahami
resiko penyakit covid-19 kedepannya. Penelitian pada
jurnal ini menunjukkan bagaimana penyakit covid-19
menyebar diantara banyak wisatawan. Perjuangan
melawan Covid-19 menjadi sangat panjang sampai
ditemukannya perwatan yang efektif dan vaksin. Walaupun
begitu, berbagi pengetahuan mengenai variasi virus ini
sangat efektif. Kita dapat terus menurus waspada pada
munculnya variasi baru atau substrain dan data harus
dikumpulkan pada satu tempat untuk mendapatkan
pemahaman yang lebih baik
 DAFTAR PUSTAKA

Susilo,Adityo, C. Martin Rumende., Ceva W Pitoyo., Widayat Djoko

Santoso., Mira Yulianti., Herikurniawan., Robert Sinto.,
Gurmeet Singh., Leonard Nainggolan., Erni J Nelwan., Lie Khie
Chen., Alvina Widhani., Edwin Wijaya., Bramantya Wicaksana.,
Maradewi Maksum., Firda Annisa., Chyntia OM Jasirwan., Evy
Yunihastuti.2020. Coronavirus Disease 2019: Review of Current
Literatures. Jurnal Penyakit Dalam Indonesia. 1(7);45-67.
Suprobowati, Oki Dwi dan Iis Kurniati. 2018. Virologi. Jakarta:
Pusat Pendidikan Sumber Daya Manusia Kesehatan
Yulian. 2020. Corona Virus Deseases (COVID-19); Sebuah Tinjauan
Literatur. Wellnes and Healthy Magazine. 1(2):187-192.
ISSN: 2655-99451.