REPLIKASI DNA

Replikasi DNA
 Replikasi DNA
 Replikasi DNA dimulai dengan membukanya DNA
double helix pada suatu daerah yang disebut
replication fork.
 Membukanya double helix ini disempurnakan
oleh kerja enzim DNA helicase. Daerah
membukanya double helix DNA ini, terlihat
dengan mikroskop electron seperti gelembung
(bubble), dan dengan demikan disebut sebagai
suatu replication bubble.
 Bubble ini akan mengalami peningkatan
ukurannya sejalan dengan bergeraknya
replication fork pada DNA helix dalam dua arah
 Replikasi DNA
• Salah satu rantai DNA
ganda (parental strand)
akan menjadi rantai ‘anak;
yang identik.
• Step Replikasi:
– DNA tidak terlipat dan rantai
DNA terpisah (replication
fork)
– Nukleotida bebas akan
berikatan pada
pasangannya
– DNA polymerase akan
bergabung dengan
nukleotida
– Terbentuknya rantai DNA
baru
Unpad/Mikro/APW/2010
Sejalan dengan terpisahnya dua untai DNA ("unzip") dan Basa-basa
nitrogennya terdedah, enzim DNA polymerase Bergerak ke posisi pada titik
tempat sisntesis akan dimulai.
 Enzim-enzim dalam replikasi DNA
1.Topoisomerase:
 bertanggung jawab dalam proses dimulainya pembukaan double heliks DNA.
Tegangan ikat pada struktur gulungan double heliks DNA dapat dipatahkan
dengan penorehan (nicking) salah satu untai DNA tunggal (topoisomerase I).
Topisomerase II menoreh untai DNA dua-duanya. Topoisomerases I dan II
tetap berikatan dengan DNA setelah nicking.

2.Helicase;
 menyempurnakan proses membukanya double heliks, setelah gulungan
supercoil dihilangkan oleh topoisomerase. Dua untai DNA ini secara alami
ingin berikatan satu sama lain karena adanya afinitas ikatan hidrogen,
dengan demikian, aktivitas helikase memerlukan energi dalam bentuk ATP
untuk memisahkan menjadi dua untai DNA.
 3.DNA polymerase:
 mengkatalisis pembentukan ikatan hidrogen antara nukleotida baru yang
akan membentuk untai baru dengan nukleotida pada untai DNA lama yang
berfungsi sebagai pencetak (template strand).
 mengkatalisis reaksi antara 5' phosphate pada nukleotida baru dan 3' OH
bebas pada polinukleotida yang sedang dibentuk (ikatan phosphodiester).
Sebagai hasilnya, untai baru DNA hanya dapat bertambah panjang pada arah
dari 5' ke 3‘. Sekali lagi, untuk diketahui bahwa ikatan phosphodiester
dibentuk antara gugus 3' OH pada gula dengan gugus 5' phosphate dari
nukleotida yang baru.
 Terdapat beberapa bentuk polymerase DNA; DNA polymerase III
bertanggungjawab dalam proses sintesis untai DNA baru.
 DNA polymerase adalah kelompok yang terdiri dari beberapa sub-unit protein
yang berbeda (disebut holoenzyme). Enzim ini memiliki aktivitas
proofreading, yaitu dapat memastikan bahwa enzim ini menyisipkan basa
nitrogen yang tepat, dan memiliki aktivitas sebagai 3'à 5' exonuclease
(excision of nucleotides) dengan demikian enzim ini dapat memotong bila
terjadi kesalahan.
 Arah replikasi

Untai DNA baru, selalu disintesis dalam arah 5' ke 3'.

5' triphosphate hanya dapat ditambahkan ke gugus 3'OH
dari deoxyribose.
 4.Primase, adalah bagian dari agregat protein yang disebut
primeosome. Enzim ini berfungsi menempelkan primer RNA
pendek ke untai tunggal/ single-stranded DNA untuk bertindak
sebagai pengganti 3'OH bagi DNA polymerase sebagai tempat
darimana memulai sintesis. Primer RNA ini pada akhirnya akan
dibuang oleh RNase, dan gap/ tempat lowong ini akan diisi oleh
kerja DNA polymerase I.
5.Ligase: mengkatalisis pembentukan ikatan phosphodiester antara
3'OH dan 5'phosphate yang berdekatan. Enzim ini dapat
menyambung gap yang tidak tersambungketika RNA primer
dibuang dan kemudian digantikan.
6.Single-stranded binding proteins: sangat penting untuk menjaga
stabilitas dari replication fork. Single-stranded DNA adalah sangat
labil, atau tidak stabil, oleh karena itu protein ini akan berikatan
dengannya ketika masih dalam keadaan untai tunggal (single
stranded) dan menjaganya agar tdk terdegradasi.
Enzym2 yang terlibat dalam replikasi
Unpad/Mikro/APW/2010
 Step 1: Hydrogen bonds
between complimentary
bases break

DNA “unzips”

Unpad/Mikro/APW/2010
 Step 2: DNA strands
pull apart from each other

Unpad/Mikro/APW/2010
 Step 3: DNA nucleotides in the cell
match up with each side of the
“unzipped” DNA

each “unzipped’ strands forms a

template for a new strand

Unpad/Mikro/APW/2010
 Step 3: DNA nucleotides in the cell
match up with each side of the
“unzipped” DNA

each “unzipped’ strands forms a

template for a new strand

Unpad/Mikro/APW/2010
Unpad/Mikro/APW/2010
 Replication fork
3’
1 Helicase separates 5’
the double-stranded Synthesis of the leading strand
molecule proceeds continuously: 5’ to 3’
Synthesis of the lagging strand is
3’ Discontinuous: also 5’ to 3’
DNA Polymerase III
RNA primer

Okazaki fragments
2 Primase
Synthesizes an RNA
primer fragment
5 DNA ligase seals
3 DNA polymerase III adds the gaps between
nucleotides onto the 3' adjacent fragments
end of the fragment
4 DNA polymerase I replaces the
RNA primer with deoxynucleotides 3’
5’
Unpad/Mikro/APW/2010
 Dimana dan bagaimana enzim DNA polymerase
memulai sintesis?
 Titik mulai (start point) bagi enzim DNA polymerase
adalah pada segmen pendek yang dikenal sebagai
RNA primer. Secara termnologi, "primer" menunjukkan
perannya untuk memulai (to "prime“) sintesis DNA
pada suatu titik tertentu. Primer ini terletak secara
komplemen terhadap DNA template oleh enzim yang
dikenal dengan RNA polymerase atau Primase.
 DNA polymerase, kemudian menambahkan nukleotida
satu persatu dalam urutan yang betul-betul
komplemen, yaitu A--T dan G--C.
Bagaimana DNA polymerase mengetahui basa mana yg
harus ditambahkan?
 DNA polymerase digambarkan sebagai "template
dependent" (tergantung pada template/ cetakannya)
sehingga enzim ini akan “membaca” sekuen basa
nitrogen pada template DNA, dan kemudian
mensintesis untai komplemennya. Untai DNA template
selalu dibaca dari arah 3' ke 5' (yaitu dimulai dari
ujung 3’ DNA template dan membaca nukleotida-
nukleotida secara urut ke arah ujung 5’ dari DNA
template).
 Untai DNA yang baru dibentuk (karena komplemen
dengan DNA template) maka pasti disintesis pada
arah 5’ ke 3’. (ingat bahwa 2 untai DNA berpasangan
secara antiparallel).
THE TWO STRANDS OF DNA ARE ANTIPARALLEL
Ikatan Phospho diester
 Replikasi Discontinue
 DNA selalu direplikasi dari ujung 5' ke ujung 3‘.
 Karena dua untai DNA adalah antiparalel, ini berarti
ada satu untai sebagai "leading strand", yang dapat
melakukan replikasi secara kontinu, dan terdapat
untai satunya sebagai "lagging strand" yang terdiri
dari fragmen-fragmen pendek yang kemudian harus
disambung menjadi satu untaian (oleh enzim DNA
Ligase).
 Fragmen Okazaki
 Karena untai DNA asli (template) terdiri dari dua untai tunggal
yang komplemen dan antiparalel, maka hanya satu untai DNA
baru yang dapat mulai pada ujung 3' dari DNA template dan dapat
bertambah panjang (tumbuh) secara kontinue ketika titik replikasi
(the replication fork) bergerak di sepanjang DNA template.
 Untai DNA yang lain harus tumbuh pada arah yang berlawanan,
dan hasil dari replikasi secara diskontinue ini adalah berupa urutan
fragmen-fragmen pendek DNA baru yang disebut fragmen
Okazaki. Untuk menjadikan segmen-segmen pendek DNA baru ini
dibuat dalam untai yang kontinue, segmen-segmen ini
digabungkan oleh kerja enzim DNA ligase yang “merekatkan”
potongan-potongan ini menjadi satu untaian dengan pembentukan
ikatan phosphodiester
 Tahap terakhir adalah membuang RNA primer oleh
kerja enzim, dan kemudian mengisi kekosongan ini
dengan deoksinukleotida sehingga menjadi untai
DNA yang utuh.
The replication fork
Okazaki Fragments
 Replikasi semi-konservatif
 Karena masing-masing untai DNA baru
adalah komplemen terhadap untai
templatenya, maka kopi DNA baru yang
identik dengan template double heliks
dihasilkan selama replikasi.
 Pada masing-masing heliks baru, satu
untai adalah template DNA lama, dan untai
lainnya adalah untai DNA baru yang baru
saja disintesis, inilah yang disebut dengan
replikasi secara semi-conservative.
 Dengan demikian dihasilkan dua kopi DNA
yang identik.
Semiconservative vs conservative model
DNA is replicated "semi-conservatively"
DNA Replication