EKSTRAKSI

ASAM
DEOKSIRIBONUKLE
AT(DNA)
Lindiyani Bahrudin (1913010043)
Deoxyribonucleic acid
(DNA) adalah polimer
asam nukleat yang
tersusun secara sistematis
dan merupakan pembawa
informasi genetik yang
diturunkan kepada
keturunannya. Informasi
genetik disusun dalam
bentuk kodon yang berupa
tiga pasang basa
nukelotida.
 Deoxyribonucleic acid (DNA) Polimer Nukleotida
membentuk struktur
dua untai heliks
Secara struktural, DNA
ganda yang
merupakan polimer
disatukan oleh
nukleotida, di mana
ikatan hydrogen
setiap nukelotida
antara basa-basa
tersusun atas gula
yang ada.
deoksiribosa, fosfat,
dan basa

Empat basa dalam DNA, yaitu adenin

(A), sitosin (C), guanin (G), dan timin (T).
Adenin akan membentuk dua ikatan
hydrogen dengan timin, sedangkan
guanin akan membentuk tiga ikatan
hidrogen dengan sitosin.
 DNA Mitokondria , DNA Inti, dan Jaringan Otot

Jaringan otot
merupakan salah satu Sel-sel dalam jaringan
jaringan tubuh yang otot membutuhkan
berfungsi untuk energi yang lebih besar
menggerakkan sistem daripada sel-sel dalam
rangka tubuh yang jaringan lainnya untuk
tersusun dari jaringan mendukung aktifitas Sebagai pusat pembentukan energi,
tulang, sehingga geraknya mitokondria mengendalikan proses
jaringan otot metabolisme sel yang berarti bahwa
merupakan jaringan pembentukan molekul protein yang
yang sangat aktif digunakan sebagai bio-katalis dalam
bergerak dalam tubuh proses metabolisme sci sebagian
Kebutuhan energi
suatu individu. besar diproduksi di dalam
dalam sistem
selular disokong mitokondria , karena mitokondria
oleh salah satu menyimpan sejumlah materi genetik:
organela sel yang (DNA) tersendiri yang
dinamakan karakteristik:nya berbeda dengan
mitokondria, yang materi genetik yang terdapat di
juga dikenal dalam inti sel.
sebagai house of
power.
DNA Mitokondria , DNA Inti, dan Jaringan Otot

Sejumlah DNA tersebut selanjutnya dikenal sebagai DNA

mitokondria (mtDNA). DNA mitokondria hanya merupakan
bagian kecil DNA dalam suatu sel eukariotik di mana sebagian
besar DNA terdapat di dalam inti sel.

DNA menghasilkan asam amino yang kemudian terangkai

membentuk protein yang digunakan dalam proses
metabolisme sel. Sejumlah DNA yang terdapat dalam
mitokondria inilah yang lebih sering digunakan dalam analisis
genetik untuk tujuan tertentu

Jaringan otot digunakan dalam proses ekstrasi DNA, karena

jumlah mitokondria dalam jaringan otot Iebih banyak daripada
jaringan yang lain. Hal ini berkaitan dengan tingkat aktifitas
geraknya yang lebih tinggi daripada jaringan lainnya, sebingga
membutuhkan suplai energi yang lebih besar.
 Ekstraksi DNA

Ekstraksi DNA adalah proses dan

tahapan pertama yang dilakukan untuk
mendapatkan total DNA dari suatu biota.

Ekstraksi DNA meliputi beberapa

tahapan proses penting, yaitu dari mulai
tahap persiapan hingga akhirnya
diperoleh ekstrak DNA yang terlarut
dalam suatu larutan penyangga
(buffer) khusus.
 Ekstraksi DNA

Secara kualitatif, berarti larutan

penyangga tersebut harus dapat
1 mempertahankan kualitas DNA yang
terlarut tetap dalam kondisi baik

Secara kuantitatif berarti larutan

penyangga tersebut harus mampu
mempertahankan jumlah DNA yang
terlarut, sehingga jumlahnya tetap
2 (tidak terdegradasi/rusak) dan cukup
untuk digunakan dalam tahapan
selanjutnya tanpa mengalami
penurunan kualitas maupun kuantitas
DNA terlarut.
 Persiapan Ekstraksi DNA
1 2
Sebelum masuk dalam proses ekstraksi
DNA, sampel biota yang diperoleh dari
lapangan harus dipersiapkan secara
khusus terlebih dahulu.
Sampel yang telah terpisahkan,
selanjutnya disimpan dalam larutan
Ethanol (99,99%) atau minimal 96% untuk
menjaga kualitas sampel dan kualitas DNA
yang akan diekstrak. Proses tersebut
dinamakan preservasi sampel untuk
ekstraksi DNA. 3 4
Pisahkan sampel menjadi dua bagian,
yaitu sampel yang akan diekstrak dan
sampel yang akan disimpan sebagai
koleksi yang ataupun diproses untuk
tujuan yang lain.
larutan Ethanol 96%-100%
mampu menjaga kestabilan
kondisi DNA di dalam sel untuk
waktu yang relatif lama.
 Metode Ekstraksi DNA

Metode Phenol  Metode Ion Metode

Chloroform Exchange Resin Double Spin
Isoamly Alcohol Chelex Column
(PClA)
 Metode Phenol Chloroform Isoamly Alcohol
(PClA)
metode ini merupakan
metode ekstraksi DNA yang
konvensional (tanpa kit)
dengan menggunakan
perpaduan reaksi kimia dari
berbagai macam reagen
kimia
kelemahan metode ini adalah larutan fenol
PClA merupakan
serangkaian larutan yang
terdiri dari larutan phenol,
klorofrom, dan isoarnil-
alkohol yang digunakan
untuk mengekstrak DNA
Kelebihan utama penggunaan metode
ini adaIah ekstrak DNA yang diperoleh
berupa pelet DNA transparan yang dapat
teramati, sehingga mempermudah
peneliti untuk memastikan keberadaan
ekstrak DNA di akhir proses ekstraksi.
dan larutan kloroform merupakan dua
larutan beracun dan karsinogenik yang
dapat mengganggu saluran pernafasan,
dan dalam kasus tertentu dapat
menyebabkan kematian. Selain itu, kedua
larutan tersebut sangat volatile (mudah
menguap), mudah terbakar, dan proses
biodegradasinya di alam memerlukan
waktu yang lama.
 Metode Ion Exchange Resin Chelex
Penamaan
Chelex merupakan singkatan kata dari Chelating Ion
Exchange Resin yang kemudian oleh sebuah perusahaan
Kelebihan
biokimia digunakan menjadi sebuah nama dagang suatu
Hanya membutuhkan waktu yang relatif singkat
produk ekstraksi DNA, yaitu Chelex"
(30-45 menit), proses pembuatan larutan resin
Chelex sangat praktis (tidak rumit). Chelex
merupakan resin stabil yang mampu bekerja
Kegunaan secara efektif pada kisaran pH yang luas, yaitu
antara pH 2 - 14, dan juga dianggap sebagai
Resin Chelex digunakan pilihan reagen yang sangat ekonomis untuk
untuk mengekstrak DNA proses ekstraksi DNA, karena harganya relative
dengan cara murah.
memanaskannya pada
suhu tertentu (hot shock),
biasanya dilakukan dengan
Kelemahan
menggunakan hot plate
pada suhu 95 - 100°C DNA dan RNA yang dihasilkan relatif sedikit, tahap
selama 30-45 menit. pemanasan yang dilakukan selama proses ekstraksi
dapat merusak struktur rantai ganda DNA (denaturasi)
yang dihasilkan
 Metode Double Spin Column
Reaksi enzimatis dari
Metode double spin column proteinase K yang
dengan penggunaan digunakan dalam metode
membran silika untuk ini mampu melisiskan DNA
memerangkap DNA yang 01 02 dari dalam selnya,
telah keluar dari sel. sehingga mempermudah
proses ekstraksi DNA

kelemahan utama penggunaan

Kelebihan yaitu metode tersebut adalah secara
penggunaan beberapa umum proses ekstraksinya
Iarutan buffer khusus memerlukan waktu yang relative
dalam kit terse but, yang
03 04 lama, yaitu sekitar 2 jam babkan
mungkin lebih dari 24 jam, mulai
bekerja dengan mengikat dari proses pemecahan sel hingga
DNA mampu menjaga diperoleh ekstrak DNA, sehingga
kualitas ekstrak DNA untuk dianggap kurang praktis dan
penyimpanan yang lebih harga kit yang masih mahal
lama (lebih dari 2-3 tabun) dibanding dengan harga reagen
yang dipakai dalam metode yang
lain
 Penyimpanan Ekstrak DNA

Ekstrak DNA yang telah

diperoleh dan terlarut
dalam larutan bufeer
01 02 disimpan di dalam freezer
yang bersuhu -200C
(buffer TE atau
sejenisnya),

semakin rendah suhu ideal untuk penyimpanan

temperatur di dalam
freezer, maka ekstrak DNA
semakin lama dapat
disimpan. 03
ekstrak DNA adalah -70°C, dan saat
ini telah memungkinkan untuk
menyimpan sampel ekstrak DNA
04 dalam freeze: khusus (molecular
grade) dengan suhu -86°C.
Hal yang perlu diperhatikan dalam proses ekstraksi DNA

Semua peralatan yang digunakan harus dalam kondisi steril. Bila perlu,
lakukan sterililasi ulang selama proses ekstraksi, contohnya dengan
menggunakan lampu spirtus. Hal ini dapat dilakukan sesering mungkin
untuk menghindari kontaminasi.

Diperlukan kehati-hatian dan ketrampilan dalam pengambilan

ekstrak DNA, khususnya saat menggunakan metode ion
exchangeresin Chelex karena banyak bagian permukaan kolom
laturan (supernatan) yang mengandung ekstrak DNA, sedangkan
resin Chelex yang merupakan bagian endapan justru dapat
menghambat aktifitas enzim Taq-polymerase di dalam reaksi PCR.

Ukuran sampel yang dimasukkan harus terukur, terutama terkait dengan

penggunaan metode ion exchange resin Chelex. Sampel yang perlu
dimasukkan dalam resin Chelex hanya sekitar 0,2 - 0,5 mm. sedangkan
sampel yang diperlukan dalam metode double sipn column hanya
seukuran 1/2 bulir beras. Hal ini perlu diperhatikan, karena terlalu besar
ukuran sampel yang dimasukkan justru dapat menghambat proses
ekstraksi DNA dari sampel tersebut.
 Hal yang perlu diperhatikan dalam proses ekstraksi DNA

Penggunaan wujud sampel

yang berbeda (misalkan
daging, darah, ekor, atau
rambut) terkadang Khusus selama
memerlukan perlakukan penggunaan metode ion
khusus, karena kadang kala exchange resin Chelex,
akan menampilkan hasil seandainya tidak
ekstraksi yang berbeda, didapatkan ekstrak DNA
meskipun menggunakan pada proses esktraksi kali
metode ekstraksi yang sama, pertama, maka bukan
khususnya ketika berarti sampel sudah tidak
menggunakan resin Chelex. dapat dipakai kembali.
Satu sampel mungkin dapat Solusinya adalah semua
terekstrak DNAnya dengan tahap dalam metode ion
sangat cepat, namun sampel exchange harus diulang
yang lain harus menunggu dari awal dengan proses
selama satu Malam. Di inkubasi yang perlu
samping itu, hasil ekstraksi diperpanjang, namun
dapat sangat bervariasi tanpa perlu mengganti
tergantung jenis biota yang resin Chelex dan
digunakan. sampelnya.
THANK YOU