BIOSINTESA PROTEIN

MISRAN LAWANI

BIOSINTESA PROTEIN
Biosintesa protein pada prinsipnya
melalui tahapan replication,
transcription dan translation :


Replication transcription translation
DNA RNA

Alur informasi genetik: DNA RNA Protein
Replikasi DNA
Translasi
RNA disintesis melalui suatu proses yang disebut Transkripsi
mRNA, rRNA dan tRNA ditranskripsikan melalui mekanisme yang
sama
Translasi adalah proses penterjemahan dari mRNA yang
mengkode suatu asam amino tertentu untuk membentuk protein.


Transkripsi
Biosentesa Protein
STRUKTUR DNA
DNA adalah materi genetik
Pada eukariotik ada di inti sel, mitokondria dan
kloroplas
Sistem penomoran Pada bagian nukleotida : 1, 2,
3, 4, 5 dst
Pada bagian gula : 1, 2, 3,
4 dan 5
STRUKTUR DNA
Pada DNA terdapat empat macam nitrogen
bases yaitu Adenin (A), dan Guanin (G) yang
keduanya mempunyai inti purin serta Thymin
(T) dan Cytosin (C) yang keduanya
mempunyai inti pyrimidin.
Senyawa-senyawa yang hanya terdiri dari inti
purin atau pyrimidin yang berkaitan dengan
gula deoksiribosa saja (tanpa phosphat)
disebut nukleotida.
Definisi
Basa
Adenin (A) Guanin (G) Sitosin (C) Thymin (T)

Gabungan deoksiribosa
dan basa nitrogen
disebut deoksinukleosida

Deoksiadenosin Deoksiguanosin Deoksisitidin Deoksitimidin

Deoksinukleotida
adalah deoksinukleosida
yang mengikat posfat

Deoksiadenilat Deoksiguanilat Deoksisitidilat Deoksitimidilat
Penamaan Nukleosida dan Nukleotida
STRUKTUR DNA
DNA mempunyai berat molekul beberapa juta
dan terdiri dari kira-kira 200.000 molekul
nukleotida yang disebut polinukleotida, yang
berpasangan, atau dikenal sebagai double
helix (double helical) (untai ganda).
DNA terdiri dari dua rantai yang bergabung
menjadi satu melalui ikatan antara dua
nitrogen bases, yaitu antara A dengan T atau
G dengan C adalah hydrogen bonds.

STRUKTUR DNA
Satu ikatan hydrogen bonds adalah sangat lemah,
tetapi karena molekul DNA mengandung berjuta-juta
hydrogen bonds maka menjadi kuat sekali.
Setiap putaran penuh dalam pembentukan double
helix memerlukan sepuluh pasang nukleotida. Nitogen
bases terletak di tengah-tengah helix dengan gula
ribosa dan phosphat mengelilinginya. Gugusan
phosphat terikat pada atom nomor 3 dan nomor 5.
Di dalam sistem ini tidak pernah terjadi hubungan antara
Purin dengan Purin atau Pyrimidin dengan Pyrimidin.

Structure of a DNA Chain
BEBERAPA CATATAN
Model struktur double helix Watson dan Crick
memberikan jawaban bagi kenyataan ditemukannya
komposisi basa yang bersifat teratur dan sifat
fisiologis (misalnya replikasi).
Komposisi basa nitrogen bervariasi, namun dengan
jumlah Adenin sama dengan Thymin (A = T) dan
Sitosin sama dengan Guanin (C = G). Jadi, A + C =
T + G.
Nukleotida melakukan fungsi lain (disamping
menjadi komponen penyusun asam nukleat), yaitu
menyimpan dan memindahkan energi (misalnya
ATP).
Diagram double helix dari DNA



5
3 2
4 1 1 4

5 2 3






dst .
dst



















R

R

R

R

R
R
R
R
A
G
G
A
T
C
C
T
P
P
P
P
P
P
Perhatikan :
Kerangka gula/posfat ada di
bagian luar, sedangkan basa
nitrogen mengarah ke dalam.
Nitrogen bases menumpuk
di atas sesamanya.
Menurut kebiasaan,
polinukleotida dibaca dari
arah 5 ke ujung 3.
Orientasi kedua rantai
(pasangan) adalah
antiparalel: arah 5 - 3
berlawanan.
Ikatan hidrogen antara basa
nitrogen kedua rantai
bersifat spesifik A dengan T,
G dengan C.
STRUKTUR DNA
DNA DOUBLE HELIX
STRUKTUR RNA
STRUKTUR RNA
Definisi
Basa
Adenin (A) Guanin (G) Sitosin (C) Urasil (U)
Nukleosida : Basa nitrogen
berikatan dengan gula
Adenosin Guanosin Sitidin Uridin
Nukleotida : nukleosida berikatan
dengan posfat
Adenilat Guanilat Sitidilat Uridilat
Nukleosida dan Nukleotida
BEBERAPA JENIS RNA
1.messengerRNA atau mRNA : membawa informasi
genetik (kodon).
2.transferRNA atau tRNA : mengangkut asam amino.
3.RibosomalRNA atau rRNA : bergabung bersama
protein menyusun ribosom.
RNA POLYMER
DNA TEMPLATE DAN RNA
DNA REPLICATION
Dogma sentral di dalam
biologi molekular adalah bahwa
informasi genetik mengalir dari
DNA ke RNA ke protein. Proses
pembuatan DNA dari cetakannya
dikenal sebagai replikasi, DNA
ke RNA transkripsi, sedangkan
RNA ke protein translasi. DNA
dapat disintesis dengan
menggunakan cetakan RNA dan
bantuan reverse transcriptase
(prosesnya adalah kebalikan
transkripsi). Proses translasi di
eukariot memerlukan transport
RNA dari nukleus ke sitoplasma.
DNA REPLICATION
Watson dan Crick
menggambarkan mekanisme
terjadinya DNA replication,
yaitu ujung DNA membelah
menjadi dua belahan yang
disebut belahan Watson dan
belahan Crick.
Dua belahan lama kemudian
masing-masing membentuk
belahan baru yaitu belahan
Watson lama membentuk
belahan Crick baru dan belahan
Crick lama membentuk
belahan Watson baru, sehingga
akhirnya terbentuk dua
molekul yang masing-masing
mengandung satu belahan
lama dan satu belahan baru.
DNA REPLICATION
Masing-masing belahan lama
yang terlepas tadi dapat
dianggap sebagai cetakan
(template), dimana belahan
yang baru tersebut dibentuk.
Sistem replication semacam
ini disebut sistem
semikonservatif.
Sistem replication
semikonservatif berlawanan
dengan hipotesa lain yang
konservatif, dimana satu
molekul lama akan membentuk
satu anak molekul yang baru.
Hipotesa yang lain adalah
disversif, dimana belahan
lama dan baru terdapat
berselang-seling.
Sifat Replikasi
1. Sifat : semi conservative
2. Replication fork, tempat untai ganda
terbuka untuk mulai replikasi
3. Memerlukan beberapa molekul protein
untuk membuka untai ganda dan
menstabilkan untai tunggal (helikase,
SS binding protein)
4. Perlu enzim DNA primase, DNA
polimerase I, III dan DNA ligase
5. Ada untai leading, lagging dan
fragmen Okazaki
6. Arah replikasi, dari ujung 5 ke 3
Enzim yang penting dalam di dalam sintesa DNA adalah
DNA-polimerase (sering juga disebut enzim Kornberg).
DNA-polimerase selain membutuhkan DNA primer yang
mempunyai berat molekul tinggi, juga membutuhkan
semua (empat macam) deoksiribonukleosida triphosphat ,
yaitu ATP (adenosin triphosphat), GTP (guanosin
triphosphat), TTP (thyminosin triphosphat) serta CTP
(cytosin triphosphat).
Sintesa DNA dapat dituliskan secara singkat dengan
reaksi sbb:
ATP
GTP DNA primer
TTP DNA-polimerase
CTP
DNA
Mekanisme Replikasi DNA
Replikasi DNA dikatalisis oleh DNA polimerase.
DNA polimerase diperlukan sebagai RNA primer.
DNA polimerase menambahkan nukleotida
terhadap ujung 3 dari untai yang sedang
bertambah (growing strand).
Nukleotida yang ditambahkan merupakan
pasangan basa complement dengan untai
cetakannya.
Substratnya yaitu deoksiribonukleotida trifosfat
dihidrolisis sehingga melepaskan energi untuk
sintesis DNA.
Gambar Keseluruhan Replikasi
REPLIKASI DNA
RNA TRANSCRIPTION
TRANSKRIPSI memerlukan ?
1. DNA
Pada eukariot :
Ada daerah tak berkodon (intron) di antara
gen yang membawa kodon (ekson).
Adanya promotors dan deret regulasi.
2. RNA polimerase
Enzim yang mensintesis berbagai RNA.
3. Faktor lainnya
Faktor sigma menstabilkan polimerase pada sisi
spesifik DNA dan memulai polimerisasi.
RNA TRANSCRIPTION
Untuk membentuk polimer RNA diperlukan enzim RNA-
polimerase yang ditemukan oleh Ochoa.
Enzim RNA-polimerase membutuhkan DNA sebagai cetakan
(template) dan empat macam ribonukleosida triphosphat,
yaitu : ATP (adenosin triphosphat), GTP (guanosin
triphosphat), CTP (cytosin triphosphat). Dan UTP (Uracil
triphosphat), dengan pertolongan katalis metal seperti
pada reaksi berikut :
Sintesa DNA dapat dituliskan secara singkat dengan reaksi
sebagai berikut :
ATP
GTP DNA (template)
CTP RNA-polimerase
UTP Mg
++
RNA
Messenger RNA
Messenger RNA (m-RNA) dibentuk
dengan cara transcription dari
DNA.
Kemudian m-RNA bergabung dengan
sejumlah ribosoma.
Terjadinya m-RNA transcription
dan pembentukan polisoma, secara
skematis adalah sebagai berikut:

Skema m-RNA transcription dan Polisoma
m-RNA transcription :
m-RNA
A U G U U A C C A

T A C A A T G G T
Satu belahan
DNA
(template)
Pembentukan Polisoma :
m-RNA



Messenger RNA

Keterangan Skema :
m-RNA dibentuk atau dicetak dari satu belahan
DNA yang berfungsi sebagai template.
Gugusan Adenin (A), Guanin (G), Cytosin (C) dan
Uracil (U) dari m-RNA masing-masing
mengadakan ikatan berturut-turut dengan Thymin
(T), Cytosin (C), Guanin (G) dan Adenin (A) dari
DNA.
Perbandingan antara (A+U) dengan (G+C) atau
(A+U)/(G+C) pada m-RNA sama dengan
(A+T)/(G+C) pada DNA.
Sense strand
Ribosomal RNA
Ribosomal RNA (r-RNA) terjadi di
dalam struktur organik yang disebut
ribosoma, yaitu suatu partikel
nukleoprotein yang sangat kecil
dengan diameter 200 A
o
.
Ribosama sebagian terdapat dalam
bentuk bebas, sedangkan sebagian
lagi terikat dengan permukaan dari
membran lipoprotein dan disebut
retikulum endoplasma.
Ribosomal RNA
Masing-masing ribosoma mempunyai
berat molekul kira-kira 2,8 juta dan
terdiri dari sub-unit. Sub unit yang
lebih besar mempunyai berat molekul
1,8 juta dan yang lebih kecil 0,9 juta.
Meskipun struktur yang kompleks
dari ribosoma serta kandungan RNA
di dalamnya belum dapat diketahui
dengan jelas, tetapi nyata bahwa
ribosoma memegang peranan penting
di dalam sintesa protein.
Transfer RNA
Transfer RNA (t-RNA) adalah molekul-
molekul RNA yang merupakan aseptor
dari asam-asam amino, jadi memegang
peranan penting di dalam sintesa
protein.
Bentuk t-RNA merupakan suatu rantai
tunggal (single strand), tetapi karena
rantai tersebut memutar (melipat)
kembali dan membentuk ikatan-ikatan
hidrogen, maka terlihat seolah-olah
seperti susunan suatu double helix.
Transfer RNA
Salah satu ujung t-RNA selalu diakhiri berturut-turut
dengan adenin, cytosin dan cytosin, sedangkan
pada ujung yang lainnya diakhiri dengan guanin.
Asam amino terikat dengan r-RNA melalui adenin.
T-RNA mempunyai bagian yang disebut antikodon
dimana terdapat pasangan nukleotida yang terdiri
dari tiga molekul, misalnya G-G-U, U-A-C, A-A-U
dan sebagainya.
Antikodon ini selama protein translation akan
bergabung dengan kodon yang terdapat pada
m-RNA.

t-RNA STRUCTURE
G
PROTEIN TRANSLATION
Tahap I
Tahap pertama yang terjadi di dalam protein
translation adalah reaksi aktifasi dari asam-asam
amino dengan ATP.
Gugusan karboksil (-COOH) dari asam amino
bereaksi dengan ATP menghasilkan aminoasil-
adenilat dengan membebaskan pirophosphat.
Di dalam reaksi ini dibutuhkan sejumlah besar
enzim aminoasil sintetase yang spesifik untuk
masing-masing asam amino.
Reaksi ini juga memerlukan adanya ion magnesium
(Mg
++
) sebagai katalis.
H O
R C C OH + ATP + Aminoasil sintetase
NH2
Mg++

H O
R C C O ~ P-adenosin + ~
NH2
aminoasil adenilat pirophosphat


P P
PROTEIN TRANSLATION
Tahap II
Pada tahap kedua terjadi ikatan antara aminoasil-
adenilat dengan t-RNA yang khusus untuk asam
amino tersebut, menghasilkan aminoasil- t-RNA.
Enzim yang berperan di dalam reaksi aktifasi
asam amino juga berfungsi untuk membawa
aminoasil-adenilat ke t-RNA, karenya enzim ini
juga disebut enzim aminoasil- t-RNA sintetase.
Pada reaksi tahap kedua tersebut Asam amino
dipindahkan dan diikat pada gugus adenin (A) yang
terdapat pada salah satu ujung molekul t-RNA,
dimana adenosin dan enzim aminoasil sintetase
dibebaskan kembali.
H O PEMBENTUKAN AMINOASIL-t-RNA :
R C C O ~ P- adenosin +
NH2
aminoasil adenilat

t-RNA

G
H O
R C C O + adenosin + aminoasil sintetase
NH2


aminoasil-t-RNA
G
PROTEIN TRANSLATION
Tahap III
Terjadi penggabungan antara antikodon pada
t-RNA dengan kodon (triplet) yang terdapat pada
m-RNA.
Pada tahap ini aminoasil-t-RNA bereaksi dengan
kompleks m-RNA-ribosoma (polisoma) dengan
membebaskan ikatan-ikatan peptida.
Gugusan karboksil (-COOH) dari aminoasil-t-RNA
yang lama akan mengikat gugusan amino (-NH
2
)
dari aminoasil-t-RNA yang baru masuk, kemudian
t-RNA yang lama melepaskan diri dari ikatan
tersebut.
Demikian seterusnya sehingga terbentuk ikatan
polipeptida dan kemudian menjadi protein.
PEMBENTUKAN IKATAN PEPTIDA
Peptide Bond Formation
PEMBENTUKAN POLIPEPTIDA
PELEPASAN IKATAN POLIPEPTIDA DARI t-RNA
TRANSKRIPSI
DAN TRANSLASI
TRANSLASI, DARI RNA KE PROTEIN
SINTESIS PROTEIN
TERIMA KASIH
ATAS PERHATIAN ANDA