Naruto telah kembali dari latihannya dengan menggunakan pakaian seperti baju hokage. Naruto meminta agar Tsunade untuk mundur dari pertarungan melawan Pain. Kekuatan sage naruto diperlihatkan, ternyata satu tubuh pain mati ditangan naruto. Pain kemudian mengeluarkan kuchiyose no jutsunya tapi naruto berhasil menangkisnya. Bahkan naruto berhasil menghajar 2 tubuh pain sekaligus dengan rasengan. setelah mengalami pertempuran yang dahsyat akhirnya hanya 1 pain yang tersisa dan diketahui memiliki kenyataan yang mengerikan bahwa pain yang terakhir,bukan yang asli.Tubuh asli pain ada di dalam pohon yang terbuat dari kertas bersama dengan konan .Kesal karena naruto akan kalah hinata turun dan melindungi naruto akan tetapi hinata langsung sekarat oleh pain, sebelumnya oleh pain hinata mengungkapkan perasaanya kepada naruto. Naruto yang mengetahui hinata diserang, marah hingga mengeluarkan chakra kyuubi hingga ekor 6.Pain yang terdesak mengeluarkan segel terkuat dan terlarang yang disebut "chibaku tensei" untuk mengurung kyuubi .Di saat yang sama naruto dihasut oleh siluman rubah agar membuka seluruh segelnya , pada saat akan membuka segel terakhir yaitu segel ekor ke sembilan,tiba tiba datanglah hokage ke empat menemui naruto. Yondaime memberitahu bahwa naruto adalah anaknya sendiri, dan membuat naruto bangga karena ayahnya adalah hokage. Ternyata Yondaime juga mengetahui tentang Jiraiya, Tobi aka Madara, dan kekuatan Pain. Lalu naruto bangkit dan mengeluarkan chakra Sage akhirnya ia mulai menyerang Pain god Realm dengan Rasengan Shuriken. Lalu God Realm melawan Rasengan Shuriken dengan Shinra Tensei. Ditempat lain, Hinata akhirnya bisa diselamatkan oleh Sakura. Kagebunshin Naruto memegang Pain agar tidak bergerak. Tapi Shinrai Tensei yang gagal melawan Rasengan Shuriken juga menyelamatkan Pain. Akhirnya Naruto mengeluarkan Jurus Seribu bayangan dan Pain hanya memberi waktu 5 detik. Serangan kagebunshin tidak bisa menyelamatkan naruto. Tapi Jurus terakhir, Rasengan mengenai tubuh Pain. Pain terlempar dan kalah. Dia lalu mengambil besi di tubuh pain agar nagato tidak bisa mengendalikan pain god realm.Dia bertemu ayah Ino dan Shikamaru. Mereka menahan naruto untuk diselamatkan. Tapi Naruto mendesak ingin pergi. Ayah shikamaru melepaskan naruto karena teringat perkataan shikamaru. Naruto pergi ke sebuah pohon yang terbuat dari kertas buatan konan lalu masuk ke dalam pohon itu dengan merobeknya. Naruto menanyakan pada Nagato kebenaran sebelum Naruto menjawab pertanyaan dari Nagato. Nagato pun menceritakan bahwa orang tuanya telah dibunuh oleh orang Konoha ketika perang besar ninja terjadi di desa Amegakure. Secara tidak sengaja Nagato membunuh kedua orang Konoha tersebut. Setelah mengubur orang tuanya, Nagato bertemu Konan dan Yahiko. Ketika mereka melihat pertarungan 3 orang Konoha (Jiraiya, Tsunade, Orochimaru) dan Hanzou, Yahiko mengatakan bahwa dia akan menjadi dewa agar peperangan tidak akan pernah terjadi. Disaat yang sama Nagato menginginkan impian yang sama dengan Yahiko. Setelah itu mereka mencari shinobi yang dapat bertahan hidup di medan perang tersebut. Mereka bertemu Jiraiya, Tsunade dan Orochimaru. Jiraiya akhirnya mengajarkan mereka Ninjutsu. Setelah tiga tahun bersama akhirnya Jiraiya kembali ke Konoha dan ketiga orang itu (Yahiko, Konan, Nagato) mencari rekan yang senasib dengan mereka. Organisasi mereka cukup terkenal dengan pemimpinnya yaitu Yahiko. Hanzou yang merasa kekuasaannya akan terganggu dengan organisasi Yahiko dkk. akhirnya bergabung dengan Danzou. Konan diculik oleh mereka dan mengajukan syarat agar Konan selamat, yaitu membunuh Yahiko. Nagato merasa
bimbang akan syarat itu karena tidak mau membunuh temannya dan tidak ingin pula temannya dibunuh Hanzou. Yahiko akhirnya berlari ke Nagato dan menusukkan kunai ke tubuhnya sendiri. Yahiko pun akhirnya gugur. Kemarahan Nagato pada Hanzou tak terbendung. Ia mengeluarkan kekuatan dari mata 'Rinnegan' nya memanggil Kuchiyose : 'Gedou Mazou'. Lalu muncul lah sebuah patung besar (Yang kini menjadi alat penyimpanan Bijuu oleh Akatsuki) yang melahap pasukan Amegakure milik Hanzou dan ANBU Konoha. Dan Hanzou pun berhasil kabur dari serangan Nagato,dan itulah jawaban yang nagato berikan pada naruto. kini nagato pun menginginkan jawaban dari naruto. naruto berkata bahwa petapa mesum telah mempercyainya dan naruto percaya apa yang dipercayai oleh petapa mesum dan itulah jawaban yang naruto berikan pada nagato. nagato pun akhirnya mempercyai naruto uzumaki dan ia pun menggunakan jurusnya yaitu Gedo Rinne Tensei no Jutsu untuk menghidupkan kembali semua warga desa Konoha yang telah ia bunuh dalam penyerangabbta. Semua telah berakhir, sebagai perpisahan Konan pun memberikan bunga harapan kepada Naruto.
Dunia Shinobi. Pada saat ia akan mati ia memberi harapan pada kedua anaknya. Anak pertama diberikannya Chakra sage rinnegan dan anak kedua diberikannya dan percaya bahwa kekuatan adalah kunci kedamaian. Anak keduanya diberikan Kekuatan Sage dan percaya bahwa cinta adalah kunci kedamaian. Kemudian Rikudo Sage memilih anak keduanya untuk meneruskan impiannya. Dengan dikuasai rasa iri, anak pertama menyerang anak kedua. Pertarungan ini mempengaruhi keturunan Senju(anak kedua) dan Uchiha(anak pertama).Balas dendam adalah takdir dari anggota Klan Uchiha.
akan membuat dunia damai dan tidak akan ada lagi peperangan antar ninja dengan Genjutsu sempurna. tetapi raikage dan para kage lainnya tidak setuju dengan uchiha madara, dan menyebut kedamaian seperti itu sebagai kedamaian semu. dan akhirnya uchiha madara berkata pada para kage, dia akan memunculkan perang baru sampai dia mendapatkan semua jincuriki.di lain tempat killer bee yg menghadapi kisame kewalahan pedang samehada membesar karena trus menyerap cakra hachibi di saat kritis raikage datang bersama 2 pengawalnya raikage langsung memenggal kepala kisame. tetapi, yang dipenggal adalah zetsu berwarna putih. lalu zetsu berwarna putih menanyakan kepada yang hitam untuk menyudahi penyamarannya. sementara itu, kisame sudah menyatu dengan samehada yang dibawa oleh killer bee.
Naruto disuruh ketempat killer bee berlatih,di lembah awan petir.supaya naruto dapat dilatih untuk mengendalikan bijuu nya yaitu kyuubi,tetapi killer bee malah menolak, maka naruto memutuskan berlatih sendiri di air terjun tempat bee berlatih tapi tiba-tiba dibalik air terjun muncul diri naruto yang jahat, yang selama ini menguasai diri naruto saat melepas cakra kyuubi yang begitu besar.naruto pun menyerah karena diri naruto yang jahat memiliki kekuatan yang sama dengan nya,naruto mendengarkan cerita tentang masa lalu killer bee 30 tahun yang lalu, dan naruto pun mengerti bahwa killer bee masa lalu nya sama dengan nya, seorang jicuriki.diapun meminta maaf dan killer bee pun memutuskan untuk mengajari Naruto. Setelah Naruto berhasil menyelesaikan masalah dengan sisi jahatnya, Killer Bee kemudian menyuruh Naruto mengalahkan Kyuubi untuk menguasai seluruh chakra Kyuubi yang ada di dalam tubuhnya. Awalnya Naruto kesulitan untuk mengalahkan Kyuubi, bahkan Killer Bee pun membantu Naruto dari serangan Kyuubi. kemudian Naruto menggunakan Kagebunshin No Jutsu dalam jumlah besar untuk melepaskan Oodama Rasengan dalam jumlah besar pula, namun dapt dengan mudah di hindari Kyuubi. Ternyata, Naruto telah siap melepaskan jutsu Fuuton : Rasen shuriken dalam bentuk besar yang membuat Kyuubi terlempar kesakitan. Kesempatan itu dimanfaatkan Naruto untuk menarik chakra Kyuubi. namun, di antara chakra kyuubi terdapat pula chakra hitam yang mengandung kebencian yang membuat Naruto mengingat kembali penderitaannya di masa lampau. tubuh asli Naruto yang berada bersama Killer Bee dan Yamato pun perlahan-lahan mengeluarkan chakra kyuubi dan mulai mengeluarkan ekor. Killer Bee pun terkejut dan tak menduga chakra Kyuubi mengandung kebencian lebih besar dari yang ia duga, sementara Yamato bersiap-siap mengeluarkan jurus segelnya bila Naruto berubah menjadi Miniatur Kyuubi kembali. kembali ke Naruto; di tengah-tengah ingatan akan penderitaannya di masa lamapu, muncul seorang wanita yang ternyata adalah kushina, ibu kandung Naruto. Sementara itu, kyuubi terikat rantai yang merupakan bantuan dari ibu Naruto. Awalnya Naruto tidak mengenali ibunya, dan menyangka ibunya adalah penyabaran Kyuubi, dan langsung dipukul ibunya. Setelah memberi isyarat mengenai dirinya, Naruto pun langsung memeluk ibunya. Kemudian ibunya bercerita, awal perkenalan ibunya dengan ayahnya, dan ternyata naruto memiliki sifat milik ibunya. Setelah melepas rindu, ibunya kemudian menyuruh Naruto mengalahkan Kyuubi untuk selamanya dengan bantuan kekuatannya. Naruto kemudian masuk dalam Sage mode dan menggunakan chakra senjutsu untuk membuat kagebunsin dalam jumlah banyak dan melepaskan Oodama rasengan yang kali ini dirasakan Kyuubi lebih kuat dari serangan pertama. Setelah kyuubi terlempar akibat Oodama rasengan, naruto langsung menyerang kembali dan melepaskan fuuton : Rasen Shuriken yang membuat Kyuubi tak berdaya. naruto kemudian menarik habis chakra Kyuubi dan setelah itu, seluruh tubuh Naruto dipenuhi chakra. Kyuubi kemudian memohon kepada naruto, tetapi Naruto tetap menyegel chakra Kyuubi tersebut menggunakan segel yang diajarkan Tetua Kodok kepadanya. Kyuubi yang marah kemudian mengeluarkan sisasisa chakranya yang berwarna kehitaman untuk menyerang Naruto. namun, sebelum sempat menyerang Naruto, terlebih dahulu Kyuubi tersegel oleh segel yang dikenal Kyuubi milik Rikudou Sennin. Sebelum Kyuubi tersegel sepenuhnya, naruto meminta maaf kepada Kyuubi. Setelah Naruto berhasil menyegel Kyuubi, Kushina ibu Naruto muncul dan memberitahukan peristiwa yang sebenarnya terjadi, dan ternyata ibu Naruto adalah Jinchuuriiki Kyubi sebelum Naruto. Ternyata naruto adalah jincuriki kyubi ketiga.
Naruto disuruh ketempat killer bee berlatih,di lembah awan petir.supaya naruto dapat dilatih untuk mengendalikan bijuu nya yaitu kyuubi,tetapi killer bee malah menolak, maka naruto memutuskan berlatih sendiri di air terjun tempat bee berlatih tapi tiba-tiba dibalik air terjun muncul diri naruto yang jahat, yang selama ini menguasai diri naruto saat melepas cakra kyuubi yang begitu besar.naruto pun menyerah karena diri naruto yang jahat memiliki kekuatan yang sama dengan nya,naruto mendengarkan cerita tentang masa lalu killer bee 30 tahun yang lalu, dan naruto pun mengerti bahwa killer bee masa lalu nya sama dengan nya, seorang jincuriki.diapun meminta maaf dan killer bee pun memutuskan untuk mengajari Naruto. Setelah Naruto berhasil menyelesaikan masalah dengan sisi jahatnya, Killer Bee kemudian menyuruh Naruto mengalahkan Kyuubi untuk menguasai seluruh chakra Kyuubi yang ada di dalam tubuhnya. Awalnya Naruto kesulitan untuk mengalahkan Kyuubi, bahkan Killer Bee pun membantu Naruto dari serangan Kyuubi. kemudian Naruto menggunakan Kagebunshin No Jutsu dalam jumlah besar untuk melepaskan Oodama Rasengan dalam jumlah besar pula, namun dapt dengan mudah di hindari Kyuubi. Ternyata, Naruto telah siap melepaskan jutsu Fuuton : Rasen shuriken dalam bentuk besar yang membuat Kyuubi terlempar kesakitan. Kesempatan itu dimanfaatkan Naruto untuk menarik chakra Kyuubi. namun, di antara chakra kyuubi terdapat pula chakra hitam yang mengandung kebencian yang membuat Naruto mengingat kembali penderitaannya di masa lampau. tubuh asli Naruto yang berada bersama Killer Bee dan Yamato pun perlahan-lahan mengeluarkan chakra kyuubi dan mulai mengeluarkan ekor. Killer Bee pun terkejut dan tak menduga chakra Kyuubi mengandung kebencian lebih besar dari yang ia duga, sementara Yamato bersiap-siap mengeluarkan jurus segelnya bila Naruto berubah menjadi Miniatur Kyuubi kembali. kembali ke Naruto; di tengah-tengah ingatan akan penderitaannya di masa lamapu, muncul seorang wanita yang ternyata adalah kushina, ibu kandung Naruto. Sementara itu, kyuubi terikat rantai yang merupakan bantuan dari ibu Naruto. Awalnya Naruto tidak mengenali ibunya, dan menyangka ibunya adalah penyabaran Kyuubi, dan langsung dipukul ibunya. Setelah memberi isyarat mengenai dirinya, Naruto pun langsung memeluk ibunya. Kemudian ibunya bercerita, awal perkenalan ibunya dengan ayahnya, dan ternyata naruto memiliki sifat milik ibunya. Setelah melepas rindu, ibunya kemudian menyuruh Naruto mengalahkan Kyuubi untuk selamanya dengan bantuan kekuatannya. Naruto kemudian masuk dalam Sage mode dan menggunakan chakra senjutsu untuk membuat kagebunsin dalam jumlah banyak dan melepaskan Oodama rasengan yang kali ini dirasakan Kyuubi lebih kuat dari serangan pertama. Setelah kyuubi terlempar akibat Oodama rasengan, naruto langsung menyerang kembali dan melepaskan fuuton : Rasen Shuriken yang membuat Kyuubi tak berdaya. naruto kemudian menarik habis chakra Kyuubi dan setelah itu, seluruh tubuh Naruto dipenuhi chakra. Kyuubi kemudian memohon kepada naruto, tetapi Naruto tetap menyegel chakra Kyuubi tersebut menggunakan segel yang diajarkan Tetua Kodok kepadanya. Kyuubi yang marah kemudian mengeluarkan sisasisa chakranya yang berwarna kehitaman untuk menyerang Naruto. namun, sebelum sempat menyerang Naruto, terlebih dahulu Kyuubi tersegel oleh segel yang dikenal Kyuubi milik Rikudou Sennin. Sebelum Kyuubi tersegel sepenuhnya, naruto meminta maaf kepada Kyuubi. Setelah Naruto berhasil menyegel Kyuubi, Kushina ibu Naruto muncul dan memberitahukan peristiwa yang sebenarnya terjadi, dan ternyata ibu Naruto adalah Jinchuuriiki Kyubi sebelum Naruto. Ternyata naruto adalah jincuriki kyubi ketiga.
Naruto yang dilahirkan pada 10 Oktober (sesuai dengan cerita naruto chapter 500) dilahirkan dengan penuh drama. Kelahiran yang dirahasiakan dan dilindungi oleh banyak pasukan rahasia tapi tetap saja bisa ditembus oleh seorang ninja bertopeng (yang kemungkinan besar adalah uciha madara). Uciha Madara yang ternyata sampai saat itu belum mati memiliki kekuatan dan kemampuan serta mengetahui titik kelemahan kushina ibu naruto sebagai jincuriki. Ketika kushina melahirkan itulah waktu yang dapat dia gunakan untuk memanfaatkan serigala ekor sembilan. Tapi ayah naruto Minato tidak tinggal diam. Dia terus berusaha untuk menyelamatkan bayi Naruto dan juga istrinya. Minato berhasil mengalahkan uchina madara dengan kecepatan. Sementara serigala ekor sembilan yang semakin liar disegel oleh Minato dan Kushina orang tua Naruto meskipun dibayar dengan kematian. Karena Minato menggunakan Dead Demon Seal untuk mengunci JIncuriki pada tubuh anak mereka Naruto.