BAB I PENDAHULUAN I.

1 Latar Belakang Ilmu genetika mendefinisikan dan menganalisis keturunan atau konstansi dan perub ahan pengaturan dari berbagai fungsi fisiologis yang membentuk karakter organism e. Unit keturunan disebut gen yang merupakan suatu segmen DNA yang nukleotidanya membawa informasi karakter biokimia atau fisiologis tertentu. Pendekatan tradis ional pada genetika telah mengidentifikasikan gen sebagai dasar kontribusi karak ter fenotip atau karakter dari keseluruhan stuktural dan fisiologis dari suatu s el atau organisme, karakter fenotif seperti warna mata pada manusia atau resiste nsi terhadap antibiotik pada bakteri, pada umumnya di amati pada tingkat organis me. Dasar kimia untuk variasi dalam fenotif atau perubahan urutan DNA dalam suat u gen atau dalam organisasi gen. Penelaahan tentang genetika pertama kali dilakukan oleh seorang ahli botani bang sa Austria, Gregor Mendel pada tanaman kacang polongnya. Pada tahun 1860-an ia menyilangkan galur-galur kacang polong dan mempelajari akibat-akibatnya. Hasilny a antara lain terjadi perubahan-perubahan pada warna,bentuk, ukuran, dan sifat-s ifat lain dari kacang polong tersebut. Penelitian inilah ia mengembangkan hukumhukum dasar kebakaan. Hukum kebakaan berlaku umum bagi semua bentuk kehidupan. H ukum-hukum mendel berlaku manusia dan juga organisme percobaan dahulu amat popul er dalam genetika, yakni lalat buah Drosophila. Namun sekarang, percobaan-percob aan ilmu kebakaan dengan menggunakan bakteri Escherichia coli. Bakteri ini dipil ih karena paling mudah dipelajari pada taraf molekuler sehingga merupakan organi sme pilihan bagi banyak ahli genetika. Hal ini membantu perkembangan bidang gene tika mikroba. Jasad renik yang di pelajari dalam bidang genetika mikroba meliput i bakteri, khamir, kapang, dan virus. Genetika mikroba tradisional terutama berdasarkan pada pengamatan atau observasi perkembangan secara luas. Variasi fenotif telah diamati berdasar kemampuan gen untuk tumbuh dibawah kondisi terseleksi, misalnya bakteri yang mengandung satu g en yang resisten terhadap ampisilin dapat dibedakan dari bakteri kekurangan gen selama pertumbuhannya dalam lingkungan yang mengandung antibiotik sebagai suatu bahan penyeleksi. Catatan bahwa seleksi gen memerlukan ekspresinya dibawah kondi si yang tepat dapat diamati pada tingkat fenotif. Genetika bakteri mendasari per kembangan rekayasa genetika, suatu teknologi yang bertanggung jawab terhadap per kembangan di bidang kedokteran. I.2 Rumusan Masalah Berdasarkan latar belakang di atas maka dapat diambil rumusan masalah sebagai be rikut Apa pengertian dari genetika bakteri Apa saja komponen yang menyusun genetika dari bakteri I.3 Tujuan Penulisan Penulisan ini betujuan untuk mengetahui pengertian dari genetika bakteri dan kom ponen apa sajakah yang menyusun genetika bakteri. Genetika merupakan bagian yang sangat penting dalam kehidupan bakteri. Tanpa adanya faktor genetika ini, kelan jutan spesies bakteri yang bersangkutan tentu sangat dipertanyakan. Oleh karena pentingnya masalah ini, kelompok kami mencoba untuk membahas dan mempresentasika nnya pada presentasi kali ini. Adapun terdapat beberapa tujuan dari pengambilan materi genetika bakteri ini, antara lain adalah ? untuk menambah wawasan dan pengetahuan penulis mengenai faktor genetika bakteri. ? Penulis mendapat banyak pengetahuan tentang bagaimana genetika bakteri d apat berpindah dari satu sel ke sel lainnya. ? Penulis dapat mengetahui lebih dalam bagaimana suatu sel bakteri dapat m engalami proses mutasi dan menjadi mutagen dalam kesehariannya. Semua tujuan-tujuan ini diharapkan dapat tercapai setelah terwujudnya laporan ma kalah ini. Selain itu, pengetahuan-pengetahuan yang penulis dapat dari pembahasa n materi ini bisa menjadi wawasan awal yang dapat penulis ambil dan kembangkan m enjadi pengetahuan yang lebih tinggi lagi berikutnya.

I.4 Manfaat penulisan Penulisan ini memberikan beberapa manfaat. Aspek akademis memberikan informasi i lmiah kepada masyarakat tentang pengertian dari genetika bakteri serta komponen apa sajakah yang menyusun genetika bakteri. Mengetahui genetika dari mikroorgani sme serta kompoen penyusunnya maka dapat membuat mikoorganisme yang mempunyai ku alitas yang sama yang digunakan dalam industri dengan memanfaatkan genetika dari mikroorganisme yang mempunyai sifat unggul. I.5 metode penulisan Dalam pembahasan materi Genetika Bakteri ini, penulis menggunakan metode k epustakaan untuk mendapatkan bahan materi yang menyeluruh. Kepustakaan yang penu lis gunakan tak hanya memakai beberapa buku untuk menjadi sumber acuan. Akan tet api, penulis juga mencari bahan dari internet baik berupa materi maupun gambar y ang dapat melengkapi pembahasan materi sebelumnya BAB II PEMBAHASAN II. 1 Struktur DNA Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan model molekul DNA seba gai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal dengan heliks ganda Watson-Crick. Informasi genetika disimpan sebagai suatu urutan basa pada DNA. Kebanyakan molek ul DNA adalah rantai ganda, dengan basa-basa komplementer (A-T; G-C) berpasangan menggunakan ikatan hidrogen pada pusat molekul. Sifat komplementer dari basa me mungkinkan satu rantai (rantai cetakan, template) menyediakan informasi untuk sa linan atau ekpresi informasi pada suatu rantai yang lain (rantai penyandi). Pasangan-pasangan basa tersusun dalam bagian pusat double helix DNA dan menentuk an informasi genetiknya. Setiap empat basa diikatkan pada phosphor-2-deoxyribose membentuk suatu nukleotida. Setiap nukleotida dibentuk dari tiga bagian yaitu 1) Sebuah senyawa cincin yang mengandung nitrogen, disebut basa nitrogen. D apat berupa purin atau pirimidin. 2) Sebuah gugusan gula yang memiliki lima karbon (gula pentosa), disebut de oksiribosa. 3) Sebuah molekul fosfat. Bagian-bagian tersebut terhubungkan bersama-sama dalam urutan basa nitrogen-deok siribosa-fosfat.

Gambar 1. Double Helix DNA Purin dan pirimidin yang membentuk nukleotida, masing-masing memiliki dua macam basa 1) Purin yaitu adenine dan guanine, 2) Pirimidin yaitu cytosine dan thymine. Karena ada empat jenis basa, maka pada DNA dijumpai empat jenis nukleotida 1) Deoksiadenosin-5 -monofosfat (adenine + deoksiribosa + fosfat), 2) Deoksiguanosin-5 -monofosfat (guanine + deoksiribosa + fosfat), 3) Deoksitidin-5 -monofosfat (cytosine + deoksiribosa + fosfat), 4) Timidin-5 -monofosfat (thymine + deoksiribosa + fosfat). Keempat jenis nukleotida ini dihubungkan menjadi utasan polinukleotida DNA oleh ikatan-ikatan fosfodiester, yaitu setiap gugusan fosfat menghubungkan atom karbo n nomor 3 pada deoksiribosa sebuah nukleotida dengan atom karbon nomor 5 pada de oksiribosa nukleotida berikutnya, dengan gugusan fosfat terletak di luar rantai. Hasilnya ialah suatu rantai yang mengandung gugusan fosfat berselang-seling den gan gugusan deoksiribosa dan basa-basanya yang mengandung nitrogen menonjol dari gugusan. Ikatan-ikatan hidrogen menghubungkan basa dari satu rantai ke rantai y

ang lain. Muatan negatif phosphodiester backbone dari DNA berhadapan dengan pela rut, dan muatan ini tersusun sepanjang struktur linear dari molekul. Panjang mol ekul DNA pada umumnya tersusun dalam ribuan pasang DNA ribuan pasang basa, atau kilobase pavis (kbp). Suatu kromosom Eshericia coli memiliki 4639 kbp. Panjang k eseluruhan kromosom E.coli diperkirakan I nm. Oleh karena keseluruhan dimensi se l bakteri diperkirakan 1000 kali lebih kecil dari pada panjangnya tersebut sehin gga terbentuk lipatan yang melipat lagi atau supercoiling, menyusun struktur fis ik dari molekul in vivo. Presentase basa nitrogen Adenin Sitosin Guanin Timin Kamir (yeast) 32 18 18 32 Mycrobacterium tuberculosis 16 34 34 16 Manusia 131 19 19 131 Antara setiap pasangan Adenin-Timin terbentuk dua ikatan hidrogen (A=T), sedangk an antara setiap pasangan Guanin-Sitosin terbentuk tiga ikatan hidrogen (G=C). A kibat dari pembentukan pasangan-pasangan tersebut ialah bahwa kedua utasan helik s DNA bersifat anti-paralel, yang berarti bahwa setiap utas menuju arah yang ber lawanan sehingga yang satu diakhiri dengan gugusan hidroksil-3 bebas dan yang lai n dengan gugusan fosfat-5 . II. 2 Genetika Bakteri Ada dua fenomena biologi pada konsep hereditas yaitu 1. Hereditas yang bersifat stabil di mana generasi berikut yang terbentuk d ari pembelahan satu sel mempunyai sifat yang identik dengan induknya. 2. Variasi genetik yang mengakibatkan adanya perbedaan sifat generasi berik ut dari sel induknya akibat peristiwa genetik tertentu, misalnya mutasi. Pada bakteri, unit herediternya disebut genom bakteri. Genom bakteri lazimnya di sebut sebagai gen saja. Gen bakteri biasanya terdapat dalam molekul DNA (asam de oksirinukleat) tunggal, meskipun dikenal pula adanya materi genetik di luar krom osom (ekstra kromosomal), yang di sebut plasmid, yang tersebar luas dalam popula si bakteri. Meskipun bakteri bersifat haploid, transimisi gen dari satu generasi ke generasi berikutnya berlangsung secara linier, sehingga pada setiap siklus p embelahan sel, sel anaknya menerima satu set gen yang identik dengan sel indukny a. Kromosom bakteri yang terdiri dari DNA mempunyai berat lebih kurang 2-3% dari b erat kering satu sel. Dengan mikroskop elektron, DNA tampak sebagai benang-benan g fibriler yang menempati sebagian besar dari volume sel. Molekul DNA bila dieks traksi dari sel bakteri biasanya mempunyai bentuk yang sirkuler, dengan panjang kira-kira 1 mm. DNA ini mempunyai berat molekul yang tinggi karena terdiri dari heteropolimer dari deoksiribonukleotida purin yaitu Adenin dan Guanin dan deoksi ribonukleotida pirimidin yaitu Sitosin dan Timin. Watson dan Crick, dengan sinar X menemukan bahwa struktur DNA terdiri dari dua r antai poliribonukleotida yang dihubungkan satu sama lain oleh ikatan hidrogen an tara purin di satu rantai dengan pirimidin di rantai lain, dalam keadaan antipar alel, dan disebut sebagai struktur double helix. Ikatan hidrogen ini hanya dapat menghubungkan Adenin (6 aminopurin) dengan Timin (2,4 dioksi 5 metil pirimidin) dan antara Guanin (2 amino 6 oksipurin) dengan Sitosin (2 oksi 4 amino pirimidi n). Singkatnya pasangan basa pada suatu sekuens DNA adalah A-T dan S-G. Karena a danya sistem berpasangan demikian, maka setiap rantai DNA dapat dijadikan cetaka ntemplate untuk membangun rantai DNA yang komplementer. Waktu terjadinya proses replikasi DNA dalam pembelahan sel, molekul DNA dari sel anaknya terdiri dari sa tu rantai DNA yang komplememter tapi dibuat baru, dengan kata lain, pemindahan m ateri genetik dari satu generasi ke generasi berikutnya adalah dengan cara semik onservatif. Fungsi primer DNA pada hakikatnya adalah sebagai sumber perbekalan informasi gen etik yang dimiliki oleh sel induk. Proses replikasi di kerjakan dengan amat leng kap sehingga sel anaknya mendapatkan pula informasi genetik yang lengkap, sehing ga terjadi kesetabilan genetik dalam suatu populasi mikroorganisme. Satu benang kromosom biasanya terdiri dari lima juta pasangan basa dan terbagi atas segmen atau sekuens asam amino tertentu yang akan membentuk stuktur protein. Protein in i kemudian menjadi enzim-enzim, komponen membran sel dan struktur sel yang lain

yang secara keseluruhan menentukan karakter dari sel itu. Mekanisme yang menunjukan bahwa sekuen nukleotida di dalam gen menentukan sekuen s asam amino pada pembentukan protein adalah sebagai berikut 1. Suatu enzim amino sel bakteri yang disebut enzim RNA polimerase membentu k satu rantai oliribonukleotida (= messesnger RNA = mRNA) dari rantai DNA yang a da. Proses ini diseut transkripsi. Jadi pada transkripsi DNA, terbentuk satu ran tai RNA yang komplementer dengan salah satu rantai double helix dari DNA. 2. Secara enzimatik asam amino akan teraktifasi dan ditransfer kepada trans fer RNA (= tRNA yang mempunyai daptor basa yang komplementer dengan basa mRNA di satu ujungnya dan mempunyai asam amino spesifik di ujung lainnya tiga buah basa pada mRNA di sebut triplet basa yang lazim disebut sebagai kodon untuk suatu as am amino. 3. mRNA dan tRNA bersama-sama menuju kepermukaan ribosom kuman, dan disinil ah rantai polipeptida terbentuk sampai seluruhkodon selesai dibaca menjadi menja di suatu sekwen asam amino yang membentuk protein tertentu. Proses ini disebut t ranslasi. II. 3 DNA Bakteri Bakteri memiliki kekurangan unsur-unsur yang mengacu pada stuktur komplek yang t erlibat dalam pemisahan kromsom-kromosom eukariota menjadi nukleid anak yang ber beda. Replikasi dari DNA bakteri dimulai pada satu titik dan bergerak ke semua a rah. Dalam prosesnya, dua pita lama DNA terpisah dan digunakan sebagai model unt uk mensistensiskan pita-pita baru (replikasi semikonservatif). Strukur dimana du a pita terpisah dan sintesis baru terjadi disebut sebagai percabangan replikasi. Replikasi kromosom bakteri sangat terkontrol, dan kromosom tiap sel yang tumbuh berkisar antara satu dan empat. Beberapa plasmida bakteri bias memiliki sampai 30 tiruan dalam satu sel bakteri, dan mutasi yang menyebabkan kontrol bebas dari relikasi plasmida bahkan bias menghasilkan tiruan yang lebih banyak. Replikasi pita DNA ganda sirkular dimulai pada locus ori dan membutuhkan interak si dengan beberapa protein. Dalam E coli, replikasi kromosom berakhir pada suatu tempat yang disebut ter . Dua kromosom anak terpisah, atau terpecah sebelum pembag ian sel, sehingga tiap-tiap keturunan memiliki satu DNA anak. Hal ini dapat dise mpurnakan dengan bantuan topoisomerase atau melakukan pengkombinasian. Proses se rupa yang mengacu pada replikasi DNA plasmida, kecuali pada beberpa kasus, repli kasinya adalah tidak terarah. Transposon tidak membawa informasi genetika yang dibutuhkan untuk memasangkan re plikasi sendiri terhadap pembagian sel, sehingga perkembangbiakannya tergantung pada penyatuan fisiknya dengan replika bakteri. Penyatuan ini dibantu oleh kemam puan transposon untuk membentuk tiruannya sendiri, yang mungkin disisipkan dalam replika yang sama atau mungkin disatukan pada replika lainnya. Spesifisitas dar i rangkaian pada bagian sisipan biasanya rendah, sehingga transposon kadang cend erung menyisip dalam sistem acak. Sebagian besar plasmida ditransfer antar sel-s el bakteri, dan penyisipan dari sebuah transposon ke dalam suatu plasmida bisa m enyebabkan penyebaran dalam sebuah populasi. II. 4 Replikasi DNA Sintesis perbanyakan bahan genetik seperti DNA, dilakukan melalui proses yang di sebut replikasi. Replikasi dapat dikatakan merupakan reaksi kimia yang mencirika n proses kehidupan. Melalui suatu replikasi, senyawa kimia dapat membentuk dirin ya untuk menghasilkan senyawa baru yang mirip dengan dirinya. Replikasi hanya te rjadi pada asam nukleat, DNA atau RNA. Molekul asam nukleat yang mampu bereplika si disebut replikon. Tidak ditemukan senyawa lain yang sintesisnya dilakukan mel alui replikasi. Pada sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokario ta terus-menerus melakukan replikasi DNA. Pada eukariota, waktu terjadinya repli kasi DNA sangatlah teratur, yaitu pada fase S daur sel, sebelum mitosis atau mei osis I. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA polimerase yang membantu pem bentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida penyusun polimer DNA. Proses replik asi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR). Dengan demikian, setiap sel yang melakukan mitosis akan dihasi lkan 2 sel anak yang memilki DNA lengkap sama persis dengan yang dimiliki indukn ya.

II. 4. 1 Biosintesis Nukleotida Sebelum rantai polinukleotida DNA dapat disintesis oleh bakteri atau organisme l ain, harus tersedia sekumpulan nukleotida seluler. Pada bakteri tertentu, nukleo tida harus disuplai dalam medium dalam bentuk jadi. Pada bakteri lain dapat mens intesis nukleotida dari nutrien yang sederhana, seperti glukosa, ammonium sulfat , dan mineral. Perubahan nutrien sederhana menjadi nukleotida bagi sintesis DNA menyangkut sederetan reaksi yang rumit, beberapa di antaranya membutuhkan energi berupa ATP. Salah satu dari reaksi-reaksi ini ialah pembentukan bentuk teraktiv asi nukleotida bagi sintesis rantai polinukleotida DNA berutasan ganda Nukleotida + ATP kinase ? nukleotida-fosfat + ADP Nukleotida-fosfat + ATP kinase ? nukleotida-difosfat + ADP Energi dalam bentuk ATP disediakan. Pada setiap nukleotida teraktivasi terikat d ua gugusan fosfat yang berasal dari peruraian dua ATP. Berdasarkan struktur DNA heliks ganda (double helix), timbul tiga hipotesis meng enai pola replikasi DNA. Ketiga hipotesis tersebut adalah 1. Semikonservatif Menurut hipotesis replikasi secara semi-konsevatif, setiap utas DNA menjadi ceta kan bagi pembentukan utas baru, sehingga pada akhir proses replikasi akan ditemu kan dua utas ganda yang masing-masing mengandung satu utas baru dan satu utas la ma. 2. Konservatif Menurut hipotesis replikasi secara konservatif, rantai polinukleotida induk tida k berpisah dan dua utas dari dua utas ganda DNA secara bersama-sama membentuk du a utas ganda baru, sehingga akan dihasilkan dua utas ganda baru dan dua utas gan da lama. 3. Dispersif Menurut hipotesis replikasi secara dispersif, rantai polinukleotida induk putusputus kemudian memisah dan akhirnya membentuk rangkaian baru yang terdiri dari c ampuran antara potongan dari pasangan nukleotida lama dan potongan dari polinukl eotida yang baru disintesis.

Gambar. 2 Pola-pola Replikasi DNA II. 4. 2 Regulasi Replikasi DNA Kromosom suatu bakteri yang khas ialah sebuah molekul DNA berutasan-ganda, yang mempunyai berat molekul kira-kira 2,5 x 109 Dalton (satu Dalton sama dengan mass a satu atom hidrogen). Jumlah pasangan basanya kurang lebih 4 x 106. Bila kromos om tersebut ditarik secara linier dalam bentuk heliks-ganda, ukurannya akan menc apai kira-kira 1,25 mm, yaitu beberapa ratus kali lebih panjang daripada sel bak teri yang memilikinya. a. Replikasi mensyaratkan situs awal Syarat pertama agar suatu DNA dapat bereplikasi ialah ba hwa pada DNA tersebut terdapat situs awal replikasi. Hasil pengamatan terhadap k romosom E.coli memperlihatkan bahwa replikasi selalu dimulai dari titik awal ter tentu (Cairns, 1963). Situs awal replikasi dikenal dengan istilah titik ori (sin gkatan dari origin of replication). Pada kromosom bakteri diketahui hanya ada sa tu titik ori, sedangkan pada kromosom eukariot terbukti mempunyai banyak titik o ri. DNA yang tidak mempunyai titik ori tidak akan dapat bereplikasi. b. Replikasi memerlukan untaian ganda Persyaratan kedua untuk dapat berlangsungnya proses repl ikasi ialah bahwa asam nukleat harus berada dalam bentuk untaian ganda. Hal ini telah diuraikan oleh Watson dan Crick (1953), yaitu bahwa implikasi genetik dari heliks ganda ialah memungkinkan pembentukan DNA baru secara swaproduksi (replik asi). Adanya dua untai polinukleotida serta per pasangan antiparalel antara basa -basanya akan mendukung proses replikasi, yaitu setiap untaian akan menjadi mode

l bagi pembentukan untai pasangannya. Bukti bahwa untai ganda menjadi syarat dal am replikasi dapat dilihat pada DNA virus yang sedang bereplikasi. Virus mempuny ai genom bervariasi, baik beruntai ganda maupun tunggal, tetapi pada saat berepl ikasi virus selalu berada dalam keadaan untai ganda. c. Replikasi DNA mengikuti pola hipotesis semikonservatif Untuk dapat terjadi proses replikasi seperti yang telah dijelaskan sebelumnya, Watson dan Crick mengajukan suatu usulan pola replikasi D NA yang disebut pola semikonservatif. Pola konservatif mula-mula dibuktikan oleh Mathew Maselson dan Francis Stahl yang bekerja dengan E.coli yang telah menggun akan teknik radio isotop, sentrifugasi, dan spektrofotometer. Dengan pola semiko nservatif ini akan terpenuhi dua hal. Pertama, fungsi pewarisan dalam replikasi satu utasan DNA. Kedua, fungsi pemeliharaan sifat, yaitu struktur DNA yang baru akan sama dengan struktur DNA sebelumnya. d. Sintesis DNA mempunyai arah pertumbuhan 5 ? 3 Molekul nukleotida dalam keadaan bebas akan terbentuk nu kleotida tripospat. Dalam proses sintesis DNA, dua nukleotida digabungkan satu d engan yang lainnya dengan cara merangkaikan karbon gula kelima (C5) yang mengand ung fosfat dari satu nukleotida kepada karbon gula ketiga (C3) yang mengandung OH dari nukleotida lain dan membentuk ikatan 5 -3 fosfodieter. e. Replikasi berjalan secara bertahap Dalam proses replikasi terjadi dua proses. Pertama, pele pasan heliks ganda menjadi untai tunggal dan membentuk cabang replikasi. Kedua, sintesis rantai baru dengan menggunakan untaian tunggal tersebut sebagai model. Pada situs awal replikasi, enzim DNA polimerase akan memutus pilinan heliks gand a menjadi dua untaian tunggal. Dalam proses ini akan terbentuk struktur huruf Y, titik persimpangannya disebut titik tumbuh. Replikasi bergerak berurutan dari t itik tumbuh, baik pada satu arah (replikasi satu arah) atau dua arah (replikasi dua arah). Situs awal dan titik tumbuh terikat pada membran sel dan dari sinilah kedua utasan diduplikasi. Masing-masing utasan mempunyai urutan basa pada utasa n-utasan DNA yang mula-mula. f. Sintesis DNA bersifat tidak sinambung Utasan-utasannya direplikasi dalam bentuk segmen-segmen kecil ya ng disebut fragmen Okazaki, dengan arah 5 ke 3 . Fragmen-fragmen ini kemudian digab ungkan menjadi satu oleh enzim DNA ligase. Inisiasi (pengawalan) replikasi DNA membutuhkan suatu pancingan, yaitu sepotong pendek RNA yang disintesis oleh RNA polimerase dan komplementer terhadap DNA. De ngan adanya pemula ini, DNA polimerase dapat mulai mensintesis deoksiribonukleot ida. Sekali pancingan mengena, DNA polimerase lalu mencerna RNA tersebut dan men ggantikannya dengan DNA. Berpartisipasinya RNA sebagai pancing tampaknya ekstens if karena setiap fragmen Okazaki juga mengandung sebagian RNA sebagai pancing. II. 5 Perpindahan Gen Perpindahan gen merupakan suatu kegiatan yang dilakukan bakteri dengan mengirimk an informasi genetik (DNA) dari sel donor ke sel resipien. Kegiatan perpindahan gen ini ada tiga yakni 1. Transformasi 2. Konjugasi 3. Transduksi II. 5. 1 Transformasi Transformasi pertama kali diah akan oleh Frederick Griffith pada tahun 1928. Dia mempelajari transformasi satu tipe Streptococcus pneumoniae menjadi tipe yang b erbeda. S. pneumoniae dibagi menjadi 100 tipe lain yang berbeda atas dasar perbe daan kimia pada kapsulnya. Jadi, tipe 1 menghasilkan kapsul yang berbeda dengan tipe 2, dan seterusnya. Transformasi ialah proses pemindahan DNA bebas sel yang mengandung sejumlah info rmasi genetik (DNA) dari satu sel ke sel lainnya. DNA tersebut diperoleh dari se l donor melalui lisis sel alamiah atau dengan cara ekstraksi kimiawi. Begitu fra gmen DNA dari sel donor tertangkap oleh sel resipien, maka terjadilah rekombinas i.

Gambar. Manfaat a. b. c.

3 Proses Transformasi yang didapat dari transformasi gen pada bakteri adalah Sarana penting dalam rekayasa genetika. Memetakan kromosom bakteri. Bermanfaat dalam penelitian-penelitian genetik bakteri di laboratorium.

II. 5. 2 Konjugasi Konjugasi merupakan mekanisme perpindahan informasi genetik (DNA) dari sel donor ke sel resipien yang terjadi akibat adanya kontak sel dengan sel. Konjugasi bak teri pertama kali ditemukan oleh Lederberg dan Tatum pada tahun 1946. Mereka men ggabungkan dua galur mutan Escherichia coli yang berbeda yang tidak mampu mensin tesis satu atau lebih faktor tumbuh esensiil dan memberinya kesempatan untuk kaw in.

Gambar. 4 Proses Konjungasi pada Sel Bakteri Pada proses konjugasi, sel donor (jantan) memasukkan sebagian DNA ke dalam sel r esipien melalui pili seks yang dimiliki oleh sel jantan. Setelah DNA donor masuk ke dalam sel resipien, enzim-enzim yang bekerja pada DNA resipien menggunting d an mengeksisi suatu fragmen DNA resipien. Kemudian DNA donor dipadukan ke dalam kromosom resipien di tempat DNA yang tereksisi. Mekanisme ini sebenarnya berlang sung juga pada kegiatan transformasi dan transduksi. Dengan adanya proses konjugasi ini, gen-gen tertentu yang membawa sifat resisten si pada obat dapat berpindah dari populasi bakteri yang resisten ke populasi bak teri yang tidak resisten. Oleh karenanya, bila hal tersebut terjadi pada populas i bakteri bisa timbul multi drug resistance.

Gambar. 5 Proses Konjungasi pada Sel Bakteri II. 5. 3. Transduksi Beberapa jenis virus berkembang biak di dalam sel bakteri. Virus-virus yang inan gnya adalah bakteri seringkali disebut bakteriofage atau fage. Pada waktu fage m enginfeksi bakteri, fage memasukkan DNA-nya ke dalam bakteri tersebut. DNA fage ini kemudian bereplikasi di dalam sel bakteri atau berintegrasi dengan kromosom bakteri. Inilah yang dikenal dengan transduksi. Jadi, transduksi adalah proses p erpindahan gen dari suatu bakteri ke bakteri lain oleh bakteriofage lalu oleh ba kteriofage tersebut plasmid ditransfer ke populasi bakteri. Transduksi ditemukan oleh Norton Zinder dan Joshua Lederberg pada tahun 1952. Pada waktu DNA fage di kemas di dalam pembungkusnya untuk membentuk bakteri-bakteri fage baru, DNA fage tersebut dapat membawa sebagian dari DNA bakteri yang telah menjadi inangnya. S elanjutnya, bila fage menginfeksi bakteri lainnya, maka fage akan memasukkan DNA -nya yang mengandung sebagian dari DNA bakteri inang sebelumnya. Dengan demikian , fage tidak hanya memasukkan DNA-nya sendiri ke dalam sel bakteri yang diinfeks inya, tetapi juga memasukkan DNA dari bakteri lain yang ikut terbawa pada DNA fa ge. Jadi, secara alami fage memindahkan DNA dari satu sel bakteri ke bakteri lai

nnya. Ada dua tipe transduksi, yaitu 1. Transduksi terbatas Pada proses ini tidak semua gen dapat ditransfer. Transduksi terbatas terjadi sa at profage telah terintegrasi pada kromosom bakteri. Gen-gen bakteri yang menga lami transduksi terbatas adalah yang berdekatan dengan profage yang terintegrasi . 2. Transduksi umum Transduksi umum terjadi bila suatu fage memindahkan gen dari kromosom bakteri at au plasmid. Pada saat fage memulai siklus litik, enzim-enzim virus menghidrolisi s kromosom bakteri menjadi potongan-potongan kecil DNA. Setiap bagian dari kromo som bakteri tersebut dapat digabungkan dengan kepala fage selama perakitan fage. Fage yang telah berisi DNA sel bakteri dapat menginfeksi sel lain dan mentransf er gen bakteri di dalam sel resipien DNA bakteri dan bergabung dengan rekombinas i homolog menggantikan gen dalam sel resipien. Transduksi ini terjadi pada bakte ri gram positif dan gram negatif.

Gambar. 6 Proses Transduksi pada Sel Bakteri II. 6 Mutasi Mutasi adalah perubahan di dalam rangkaian nukleotida suatu gen. Mutasi menimbul kan ciri genetik yang baru atau genotif berubah. Sel atau organisme yang menimbu lkan efek mutasi disebut mutan. Mutasi pada gen akan menyebabkan produk protein yang dihasilkan. II. 6. 1 Mutagenesis Mutagenesis merupakan suatu teknik biologi molekuler di mana suatu mutasi dicipt akan pada suatu bagian molekul DNA tertentu, yang dikenal sebagai plasmid. Mekanisme dasar 1. Mensintesis DNA yang di dalamnya terdapat bagian yang ingin dimutasi. 2. Hasil sintesis ini harus dihibridisasi dengan DNA lain dari gen yang dii nginkan. 3. Fragmen tersebut diperluas lagi oleh DNA polimerase. 4. Molekul yang diperoleh akan diadaptasikan ke dalam sel inang dan dikloni ng. 5. Pemilihan mutan. Gambar. 7 Mutagenesis II. 6. 2 Mutagen Bahan-bahan yang menyebabkan terjadinya mutasi disebut mutagen. Mutagen terbagi menjadi tiga, yaitu 1. Mutagen bahan kimia Mutagen bahan kimia, contohnya adalah kolkisin dan zat digitonin. Kolkisin adala h zat yang dapat menghalangi terbentuknya benang-benang spindel pada proses anaf ase dan dapat menghambat pembelahan sel pada anafase. Mutagen bahan kimia dapat menimbulkan mutasi melalui beberapa cara. Gugusan alkil aktif dari bahan mutagen kimia dapat ditransfer ke molekul lain pada posisi dimana kepadatan elektron c ukup tinggi seperti phosphate groups dan juga molekul purine dan pyrimidine yang merupakan penyusun struktur deoxyribonucleic acid (DNA). Seperti diketahui umum , DNA merupakan struktur kimia yang membawa gen. Basa-basa yang menyusun struktu r DNA terdiri dari adenine, guanine, thyimine, dan cytosine. Adenine dan guanine merupakan basa bercincin ganda (double-ring bases) disebut purines, sedangkan t hymine dan cytosine bercincin tunggal (single-ring bases) disebut pyrimidines. S truktur molekul DNA berbentuk pilitan ganda (double helix) dan tersusun atas pas angan spesifik Adenine-Thymine dan Guanine-Cytosine. Contoh mutasi yang paling s ering ditimbulkan oleh mutagen kimia adalah perubahan basa pada struktur DNA yan g mengarah pada pembentukan 7-alkyl guanine. 2. Mutagen bahan fisika Mutagen bahan fisika, contohnya sinar ultraviolet, sinar radioaktif, dan lain-la in. Sinar ultraviolet dapat menyebabkan kanker kulit. Mutagen fisika bersifat se

bagai radiasi pengion (ionizing radiation) yang dapat melepas energi (ionisasi), begitu melewati atau menembus materi. Mutagen fisika termasuk diantaranya sinar -X, radiasi gamma, radiasi beta, neutron, dan partikel dari aselerators sudah um um digunakan dalam pemuliaan tanaman. Karakteristik untuk masing-masing jenis ra diasi disajikan dalam tabel di bawah ini. Begitu materi reproduksi tanaman dirad iasi, proses ionisasi akan terjadi dalam jaringan dan dapat menyebabkan perubaha n pada jaringan itu sendiri, sel, genom, kromosom, dan DNA atau gen. Perubahan yang ditimbulkan pada tingkat genom, kromosom, dan DNA atau gen dikenal dengan i stilah mutasi (mutation). 3. Mutagen bahan biologi Diduga virus dan bakeri dapat menyebabkan terjadinya mutasi. Bagian virus yang d apat menyebabkan terjadinya mutasi adalah DNA-nya. II. 7 DNA Rekombinan DNA rekombinan adalah sebuah teknik membuat susunan DNA baru den gan cara menyisipkan potongan DNA asing ke dalam DNA organisme sehingga menghasi lkan molekul DNA rekombinan yang aktif. Dan pada saat organism tersebut membelah diri molekul DNA rekombinan tersebut ikut bereplikasi. Sebenarnya pada tahun 19 73 telah muncul dan dikembangkan teknik untuk mengisolasi dan menggabungkan poto ngan-potongan DNA yang tak sama sehingga dapat dihasilkan molekul DNA rekombinan yang aktif. Teknik ini memungkinkan adanya isolasi, manipulasi, dan produksi da lam jumlah besar ruas DNA apa saja yang diinginkan dari tipe sel apa saja. Pada pokoknya sel-sel bakteri semacam itu telah menerima gen asing dan merupakan orga nisme baru. Sifat serta kemampuannya bias sangat berbeda dari inang maupun donor nya. II. 7. 1 PROSES Proses rekombinasi DNA diawali dengan enzim endonuklease restriksi yang memotong susunan DNA. Potongan DNA tersebut biasanya mengandung beberapa gen dari kromos om tipe apapun. Tumbuhan, hewan, bakteri ataupun virus. Potongan-potongan ini m empunyai ujung yang lengket atau kohesif yang akan dengan mudah digabungkan seca ra perpasangan basa pada daerah-daerah berutasan tunggal dengan utasan-utasan DN A lain. Dengan cara ini, fragmen-fragmen yang diperoleh dari kromosom sel apapun atau virion dapat disambungkan ke plasmid atau genom fage dengan bantuan enzim lain, seperti polinukleotide ligase. Intinya sel-sel bakteri seperti itu telah m enerima gen asing dan merupakan organisme batu yang sifatnya dapat amat berbeda dengan inang maupun donornya. Sehingga saat mereka memperbayak diri, komponen DN A tersebut ikut juga tereplikasi.

Gambar. 8 DNA Rekombinan Perangkat yang dibutuhkan Enzim endonuklease restriksi Untuk memotong DNA dengan sangat spesifik sehingga sekuennya disebut molindrom (MOM). Dapat memotong DNA dari sistem biologi apapu n apabila mempunyai sekuens yang sama. Enzim ligase Enzim yang menggabungkan potongan DNA, beberapa diantaranya dapat menggabungkan fragmen-fragmen DNA yang berbeda. Plasmid sebagai vektor untuk mengklonkan gen atau fragmen DNA, dan juga untuk m engubah sifat bakteri. Pustaka genom untuk menyimpan gen atau fragmen DNA yang telah diklonkan II. 7. 2 KEUNTUNGAN Bakteri yang dapat menghasilkan kromosom insulin telah ditemukan. ? Bakteri suatu spesies Pseudomonas telah dikembankan dan dipatenkan efekt if membersihkan tumpahan minyak (tapi jika dimasukkan ke sumur minyak justru aka n sangat merugikan, oleh karena itu, harus sangat hati-hati dalam menggunakan te knik ini). ? Dalam bidang pertanian dapat dilakukan untuk penambatan nitrogen oleh pr okariota untuk peningkatan kesuburan tanah. Gen untuk fiksasi nitrogen (nif) mem bentuk tandan pada kromosom Klebsiella pneumoniae dan dapat dipindahkan. Gen-gen tersebut dapat terpadu ke dalam atau bersegregasi dari DNA kromosom maupun plas mid, dan plasmid yang mengandung nif dapat mendapatkan sifat-sifat baru melalui

rekombinasi. Dan mungkin pada akhirnya dapat membuat tumbuhan dapat menambat nit rogen oleh dirinya sendiri. II. 7. 3 KEKHAWATIRAN Teknologi ini menimbulkan beberapa kekhawatiran diantara para ahli ? Kekhawatiran bahwa produksi molekul-molekul DNA rekombinan yang fungsion al in vivo dapat terbukti berbahaya secara biologis. Sebagai contoh bila bakter i tersebut dibawa ke mikroba seperti Escherichia coli yang merupakan bakteri kom ensal di usus manusia dan dapat mempertukarkan informasi genetis dengan tipe-tip e bakteri yang lain dan dapat menyebar luas diantara manusia, hewan, tumbuhan, d an yang lainnya. ? Kekhawatiran terbentuknya palsmid-plasmid bakteri baru yang dapat berepl ikasi secara swantantra yang bila tidak diawasi secara ketat, dapat memasukkan d eterminan genetis untuk resistensi antibiotik atau pembentukan toksin bakteri ke dalam galur-galur bakteri yang pada waktu tersebut tidak membawa determinan sem acam itu. ? Percobaan untuk menghubungkan semua segmen DNA virus onkogenik ataupun v irus hewani yang lain menjadi unsur-unsur DNA yang melangsungkan replikasi secar a swantantra, seperti plasmid bakteri atau DNA viral lainnya, sebab penyebaran m olekul DNA dengan cara seperti itu mungkin meningkatkan terjadinya kanker ataup un penyakit yang lain. BAB III PENUTUP III. 1 Kesimpulan DNA adalah sebuah molekul panjang yang menyerupai tali, biasanya terdiri dari du a utas, saling membelit membentuk heliks ganda (double helix). Setiap utas terdi ri dari nukleotida-nukleotida yang tergabung membentuk rantai polinukleotida. Untuk memperbanyak dirinya, DNA melakukan suatu proses yang disebut replikasi. R eplikasi dapat dikatakan merupakan reaksi kimia yang memungkinkan senyawa kimia dapat membentuk dirinya untuk menghasilkan senyawa baru yang mirip dengan diriny a. Replikasi DNA mengikuti pola semi konservatif yang sintesisnya dimulai dari t itik ori dan arah pertumbuhannya ialah 5 ? 3 Perpindahan gen yang dilakuakan bakteri melalui tiga cara, yaitu konjugasi, tra nsformasi, dan transduksi. Konjugasi merupakan proses perpindahan gen bakteri me lalui kontak antar selnya. Transformasi merupakan proses perpindahan gen bakteri melalui sel bebas. Transduksi merupakan proses perpindahan gen dari suatu bakte ri ke bakteri lain dengan bantuan bakteriofage. Mutagenesis merupakan suatu teknik untuk menciptakan mutasi yang meliputi lima t ahapproses. Mutagen adalah bahan yang menyebabkan terjadinya mutasi. Mutagen ter bagi menjadi tiga mutagen bahan kimia, mutagen bahan fisika, dan mutagen bahan biologi. DNA rekombinan adalah DNA yang telah mengalami proses rekombinasi atau penyusuna n kembali. Proses ini diawali oleh terpotongnya struktur DNA oleh enzim restriks i endonuklease kemudian potongan DNA tersebut disisipkan pada DNA resipien dan d igabungkan kembali oleh enzim ligase. Struktur DNA yang baru ini akan ikut berep likasi apabila organism pembawanya berkembangbiak. Meskipun banyak kontroversi t eknologi baru ini, teknologi ini cukup mendatangkan manfaat bagi kehidupan umat manusia. DAFTAR PUSTAKA Pelczar J. Michael, Jr. Dasar-dasar mikrobiologi. 1986. Jakarta Penerbit Univers itas Indonesia. Staff Pengajar Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia. Mikrobiologi Kedoktera n. 1993. Jakarta Binarupa Aksara. Anonim. httpwikipedia.comgenetika bakteri. 12 Maret 2010. Pk. 15.00. Anonim. httpgoogle.comgenetika bakteri dan virus. 12 Maret 2010. Pk. 16.30.

Genetika mikrobia telah mengungkapkan bahwa gen terdiri dari DNA, suatu pengamat an yang melekat dasar bagi biologi molekuler. Penemuan selanjutnya dari bakteri telah mengungkapkan adanya restriction enzymes (enzim restriksi) yang memotong D NA pada tempat spesifik, menghasilkan fragmen potongan DNA. Plasmida diidentifik asikan sebagai elemen genetika kecil yang mampu melakukan replikasi diri pada ba kteri dan ragi. Pengenalan dari sebuah fragmen potongan DNA kedalam suatu plasmi d memungkinkan fragmen di perbanyak (teramplifikasi). Amplifikasi regio DNA spes ifik dapat di capai oleh enzim bakteri menggunakan polymerase chain reaction (PC R) atau metode amplifikasi nukleotida berdasar enzim yang lain (misalnya amplifi kasi berdasar transkripsi). DNA yang di masukkan kedalam plasmid dapat di kontro l oleh promoter ekspresi pada bakteri yang mengamati protein, di ekspresi pada t ingkat tinggi.