SOAL UTS BIOKIMIA DOSEN: SARMOKO, S.FARM., APT UJIAN TERTUTUP Petunjuk. 1. Soal boleh di bawa pulang 2.

Dikerjakan secara urut 3. Mulailah dengan berdoa semoga diberi kelancaran dan kelapangan berfikir 4. Bekerjalah dengan usaha sendiri, tidak boleh bekerjasama selama ujian.

Soal 1 Rumus umum dari asam amino adalah sebagai berikut

. Lys (L) adalah asam amino dengan R adalah (CH2)4-NH2. Pertanyaan: a. Gambarkan struktur zwiter ion dari asam amino Lys (L). b. Apakah pengertian zwiter ion? c. Gambarkan reaksi ionisasi Lys pada berbagai pH. d. Jika pK1 adalah 2,18; pK2 adalah 8,95; dan pKR adalah 10,53, tentukan nilai titik isoelektriknya (pI). e. Kondisi apa yang terjadi ketika asam amino berada pada pI-nya? e. Gambarkan reaksinya dengan asam amino Glisin dan tunjukkan ikatan peptidanya.

Soal 2 Struktur protein bisa dibgai menjadi empat yaitu struktur primer, sekunder, tersier, dan kuarterner.

a. Lengkapi keterangan A, B, C, D masing-masing masing masing merupakan struktur apa? b. Pada gambar B (-sheet), sheet), termasuk ter orientasi paralel atau antiparalel? c. Pada struktur B, ikatan apakah yang dominan mempengaruhi? d. Jika struktur C atau D mengalami denaturasi, maka akan membentuk strukur .................. Mengapa? e. Struktur kuartener merupakan struktur protein yang terdiri dari lebih satu polipeptida (lebih dari satu sub unit). Gambar D merupakan struktur Hemoglobin, merupakan metalprotein pengangkut oksigen yang mengandung besi dalam sel merah dalam darah mamalia dan hewan lainnya. Molekul hemoglobin terdiri dari globin, apoprotein dan empat gugus heme. Heme merupakan suatu molekul berbentuk cincin pipih yang mengandung besi. besi Heme di sini berfungsi sebagai gugus prostetik, yang berperan untuk memberikan kekuatan tambahan terhadap kerja ja enzim. Gugus prostetik terdiri dari molekul-molekul molekul molekul organik yang terikat rapat/kuat dengan enzim. Ada juga Koenzim yaitu molekul organik non protein kompleks yang fungsinya memindahkan gugus kimia, atom, atau elektron dari suatu enzim ke 2

enzim lain. Contoh NAD+ . Koenzim dilepaskan dari enzim selama berlangsungnya reaksi. Berdasarkan informasi ini, simpulkan perbedaan gugus prostetik dan konzim, berdasarkan kekuatan ikatannya dengan enzim! Soal 3 Bayi yang mendapatkan suplemen makanan dengan tingkat DHA (Docosahexaenoic acid) dan ARA (asam arakidonat) dalam dosis tepat terbukti lebih dapat berkonsentrasi daripada mereka yang kekurangan kedua zat itu. DHA mempunyai struktur ditulis dengan 22:6 cis4, 7, 10, 13, 16, 19 . Asam arakidonat mempunyai strukur ditulis dengan: 20:4 cis5,8,11,14 a. DHA dan ARA termasuk asam lemak tidak jenuh (PUFA= poly-unsaturated fatty acid). Manakah yang merupakan omega 3 dan omega 6? Jelaskan singkat. c. Contoh fosfogliserida (suatu penyusun lipid membran yang umum) adalah fosfatidilkolin.
O O R1 C O H2C CH H2C O O C O P O O CH2 CH2 R2 CH3 + N CH 3 CH3

phosphatidylcholine

(a)

(b) Gambarkan fosfatidilkolin dalam strukur (b) dengan penyusun asam lemak di C1 adalah DHA dan C2 adalah ARA.

d. Fosfatidilkolin menyumbang 27% dari total membran pospolipid. Berdasarkan data distribusi di membran tabel di atas (inner nner dan outer monolayer), dimanakah kecenderungan posisi fosfatidilkolin (di posisi A atau B)?

e. Apa guna kolestrol sebagai penyusun membran sel? Soal 4. Mengapa protein bisa ditentukan kadarnya secara spektrofotometri? spektrofotometri? Soal 5. Gambarkan garis besar biosintesis nukleotida purin dari ribosa-5-pospat pospat sampai terbentuk AMP dan GMP. Soal 6. Obat pirai adalah alopurinol. Enzim apakah yang dihambat? Soal 7

Metotreksat (MTX) adalah suatu antimetabolit dan antifolat yang digunakan pada tritmen kanker dan penyakit autoimun. MTX bekerja dengan menghambat metabolisme asam folat. Strukturnya adalah mirip dengan asam folat sbb:

Pada biosintesis pirimidin reaksi berikut memerlukan derivat tetrahidrofolat. Selama proses pemindahan, gugus metilen pada senyawa N5, N10-metilen-tetrahidrofolat (H4 folat) direduksi menjadi gugus metil, sedangkan pembawa tetrahidrofolat dioksidasi menjadi dihidrofolat (H2 folat). Agar terjadi sintesis lebih lanjut, dihidrofolat harus direduksi menjadi tetrahidrofolat dalam reaksi yang dikatalisis oleh dihidrofolat reduktase (DHFR). Sebagai akibatnya, sel-sel yang sedang membelah yang harus menghasilkan dTMP serta dihidrofolat peka terhadap inhibitor MTX.

MTX

Pertanyaan:

a. Gambarkan strukur dari dTMP. Bantuan, strukut timin adalah

b. DHFR menurut penamaan NC-IUBMB adalah EC. 1.5.1.3. Termasuk kelas apakah enzim DHFR? c. MTX berikatan secara spesifik pada sisi aktif enzim, berkompetisi langsung dengan dihidrofolat mengakibatkan perubahan pada kemampuan katalitik enzim. Tipe inhibisi apakah kerja dari metotreksat? d. Grafik kompetisi di atas bisa digambarkan sebagai berikut:

Apakah terjadi perubahan Km dan Vmax? Jelaskan. Nilai Km DHFR pada suhu 37oC adalah sebagai berikut:

(Tahar et al., Molecular & Biochemical Parasitology 113 (2001) 241249) d. Km DHFR terhadap dihidrofolat adalah 107 M, apakah artinya? e. Jika dibandingkan terhadap dihidrofolat dengan MTX, manakah yang lebih kuat ikatannya terhadap enzim?