LAMPIRAN

A. Pengambilan data sikuen dari GenBank

Kunjungi alamat www.ncbi.nlm.nih.gov lalu pilih menu nucleotide pada pilihan popular resources B. Pengolahan Data Sikuen (Analisis Filogenetik) dengan Program ClustalX dan Mega4x1 1) Pengolahan data dengan Clustal X

klik file -> load sequences -> pilih data sikuen dalam bentuk notepad, maka tampilan akan berubah untuk menampilkan nama species beserta urutan basanya. Klik Allignment -> Do complete allignment. Kemudian hasilnya disimpan (file -> save sequences as.) ; file dalam format .aln

1) Melanjutkan pengolahan data alignment dengan program Mega4x1 sampai terbentuk pohon filogeni

Tampilan awal program Mega

Buka pilihan file -> Text editor lalu pilih data format alignment (.aln) dari hasil ClustalX. Kemudian konversi file ke dalam MEGA format (.meg) pada layar text editor.

Klik pilihan Activate an example file pada layar tampilan awal,kemudian pilih file yang sudah dalam format MEGA (.meg) -> jika muncul banyak layar menu baru pilih OK saja. Setalah itu, klik pilihan phylogeny pada menu atas -> Construct phylogeny > Neighbor joining

Setelah itu akan muncul tampilan seperti di atas, kemudian pilih Compute