STRUKTUR ASAM NUKLEAT

Didik Sudarsono/1206242555/ Program S1 Reguler/ Prodi Teknik Kimia/ / Departemen Teknik Kimia/Fakultas Teknik/ Universitas Indonesia

Abstrak Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang memegang peranan sangat penting dalam kehidupan organisme karena berfungsi sebagai penyimpan informasi genetik untuk pertumbuhan sel dan reproduksi. Asam nukleat merupakan senyawa polimer dimana monomer penyusunnya adalah molekul nukelotida. Berdasarkan strukturnya, setiap nukleotida tersusun atas gula pentosa, gugus fosfat dan basa nitrogen atau basa nukleotida. Setiap nukleotida terikat satu sama lain dengan ikatan fosfodiester. Ada dua macam asam nukleat,yaitu asam deoksiribonukleat (DNA) dan asam ribonukleat (RNA). Dilihat dari strukturnya, perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terutama terletak pada komponen gula pentosanya serta perbedaan lain terletak pada bentuk rantai dan juga basa nitrogennya.
Kata Kunci : Struktur Asam Nukleat, Gugus Fosfat, Gula pentose, Basa Nitrogen, Struktur DNA, Struktur RNA

A. Struktur Asam Nukleat Asam nukleat merupakan salah satu makromolekul yang berperan sebagai penyimpanan informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida dengan molekul nukleotida sebagai monomernya.Nukleotida tersusun dari tiga gugus yaitu gugus fosfat, gula pentosa dan basa nitrogen.

Gambar 1. Nukleotida

A.1. Gula Pentosa Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA). Perbedaan di antara kedua macam asam nukleat ini terletak salah satunya pada komponen gugus gula pentosanya. Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya adalah 2-deoksiribosa. Pada RNA, atom C nomor 2 berikatan dengan gugus hidroksil (OH). Sedangkan, pada DNA atom C nomor 2 nya berikatan dengan atom H. Selain itu, Penggantian OH oleh H di atom C nomor 2 pada gula ribose juga memiliki perbedaan struktur molekulnya.

Gambar 2. Gula Ribosa (RNA) dan Gula 2-deoksiribosa (DNA)

Jenis gula dalam asam nukleat adalah gula aldopentosa yakni ribosa yang memiliki struktur cincin segi lima, empat atom C (C1 C4) , satu atom O membentuk struktur cincin dan satu atom C yaitu C5 ada di luar cincin. A.2. Gugus Fosfat Gugus fosfat, berikatan dengan gugus gula melalui ikatan fosfodiester. Ikatan fosfodiester merupakan ikatan kovalen yang menghubungkan antara gugus fosfat dengan karbon pada posisi 5 gula pentosa pada satu nukleotida dan gugus fosfat dengan gugus hidroksil pada posisi 3 gula pentosa pada nukleotida yang lain. Ikatan ini dinamakan ikatan fosfodiester karena secara kimia gugus fosfat berada dalam bentuk diester. Ikatan gugus gula dengan basa nitrogen dinamakan ikatan glikosidik pada posisi 1 gula pontosa. Ujung gugus fosfat yang terikat pada posisi 5 gula pentosa dinamakan ujung P atau ujung 5. Ujung yang lainnya berupa gugus hidroksil yang terikat pada posisi 3 gula pentosa dinamakan ujung OH atau ujung 3. Adanya ujung-ujung tersebut menjadikan rantai polinukleotida linier mempunyai arah tertentu.

Gambar 3. Ikatan fosfodiester dan Ikatan glikosidik pada suatu Nukleotida

Ikatan fosfodiester menghubungkan gugus gula pada suatu nukleotida dengan gugus gula pada nukleotida berikutnya. Oleh karena itu, ikatan ini menghubungkan kedua nukleotida yang berurutan tersebut. Dengan demikian, akan terbentuk suatu rantai polinukleotida yang masingmasing nukleotidanya satu sama lain dihubungkan oleh ikatan fosfodiester. Pada pH netral, adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif dan bersifat asam kuat. Inilah alasan pemberian nama asam kepada molekul polinukleotida meskipun di dalamnya juga terdapat banyak basa N.

Gambar 4. Kerangka Gula Phospat dalam Nukleotida

Setiap nukleotida pada asam nukleat dapat dilihat sebagai nukleosida monofosfat. Namun, pengertian nukleotida secara umum sebenarnya adalah nukleosida dengan sebuah atau lebih gugus fosfat. Nukleosida merupakan kompleks gugus gula pentose dan basa nitrogennya.Sebagai contoh, molekul ATP (adenosin trifosfat) adalah nukleotida yang merupakan nukleosida dengan tiga gugus fosfat.

Adenosin Mono-fosfat (AMP)

Adenosin di-fosfat (ADP)

Adenosin tri-fosfat (ATP)

Gambar 4. Variasi jumlah fosfat dalam Nukleotida

A.3. Basa Nitrogen Basa Nitrogen , baik pada DNA maupun pada RNA, mempunyai struktur berupa cincin aromatic heterosiklik yang mengandung atom karbon (C) dan atom Nitrogen (N) dan dapat dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu purin dan pirimidin. Basa purin mempunyai dua buah cincin (bisiklik), sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan juga RNA, purin terdiri atas adenin (A) dan guanin (G). Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa pirimidin terdiri atas sitosin(C) dan timin (T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai gantinya terdapat urasil (U). Timin berbeda dengan urasil hanya karena adanya gugus metil pada posisi nomor 5 sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai 5-metilurasil.

Gambar 5. Pirimidin (Citosin, Timin, dan Urasil) dan Purin ( Adenin dan Guanin)

Basa nitrogen berikatan dengan gula pentosa melaui ikatan glikosidik atau glikosilik pada atom karbon nomor 1' dari gula ribosa atau deoksiribosa. Pirimidin berikatan dengan gula ribosa pada atom N-1 dari struktur cincinnya.sedangkan, purin berikatan ke gula ribosa pada atom N-9 dari struktur cincinnya .

Gambar 6. Ikatan pada basa Pirimidin dan basa Purin

B. Struktur DNA DNA terdiri atas dua rangkaian heliks anti-paralel (paralel berlawanan arah) yang melilit ke kanan suatu poros..Model tersebut dikenal sebagai tangga berplilin (double helix). Secara alami DNA pada umumnya mempunyai struktur molekul tangga berpilin ini. Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral .

Gambar 7. Struktur DNA

Kerangka gula deoksiribosa dan fosfat yang menyusun DNA terletak di bagian luar molekul, sedangkan basa purin dan pirimidin terletak di sebelah dalam untaian (helix). Basa-basa purin dan pirimidin yang berpasangan terletak pada bidang datar yang sama dan tegak lurus terhadap aksis untaian DNA. Diameter untaian DNA adalah 20 Angstrom. Diameter untaian bersifat konstan karena basa purin akan selalu berpasangan dengan basa pirimidin. Pasangan-pasangan basa yang berurutan berjarak 3,4 A satu sama lain dan jarak putaran untaian yaitu sebesar 36 A. Struktur untaian berulang setiap 10 basa, atau dengan kata lain ada 10 pasangan basa setiap putaran untaian. Double helix tersebut berikatan dengan adanya ikatan hidrogen yang lemah (non-kovalen) antara basa adenine (A) dengan thymine (T), dan antara guanine (G) dengan cytosine (C). Menurut Watson-Crick, ikatan antara adenine dan timin adalah Ikatan hidrogen terbentuk karena exocyclic amino group di C6 pada adenin dan karbonil di C4 pada timin, serta Ikatan hidrogen juga terbentuk di N1 pada adenin dan N3 pada timin. Sedangkan Ikatan hidrogen terbentuk antara exocyclic NH2 di C2 pada Guanin dan karbonil di C2 pada Citosyne.ikatan hidrogen juga tebentuk di N1 pada Guanin dan N3 pada Citosin, serta karbonil C6 pada guanin dan exocylic NH2 citosin. Ikatan A-T berupa ikatan hydrogen rangkap dua, sedangkan antara G-C berupa ikatan hidrogen rangkap tiga sehingga ikatan G-C lebih kuat. Spesifitas pasangan basa semacam ini disebut sebagai komlementaritas. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui, maka sekuens pada rantai yang lainnya dapat ditentukan.

Gambar 8. Ikatan Hidrogen pada pasangan Basa Nitrogen

Oleh karena basa bisiklik (purin) selalu berpasangan dengan basa monosiklik (pirimidin), maka jarak antara kedua rantai polinukleotida disepanjang molekul DNA akan selalu tetap.. Akan tetapi, jika rantai yang satu dibaca dari arah 5 ke 3, maka rantai pasangannya dibaca dari arah 3 ke 5.Jadi, kedua rantai berlawanan arah (antiparalel). Proporsi basa A dan T serta G dan C selalu sama sehingga komposisi DNA dapat dinyatakan dengan kandungan G + C yang berkisar 26% sampai 74%. Hal ini dikenal sebagai hokum Chargaff. Hasil studi pada berbagai jasad hidup menunjukkan bahwa kandungan G + C pada DNA sangat bervariasi. Diketahui bahwa [A] = [T] dan [G] = [C], tetapi rasio ([G] + [C])/([A] + [T]) tidak sama antara jasad satu dengan jasad yang lain bervariasi. Semakin tinggi nilai G + C maka semakin sukar molekul untai ganda DNA tersebut dipisahkan. Oleh karena itu jasad-jasad hidup termofilik (jasad yang mampu tumbuh pada suhu tinggi) memiliki kecenderungan kandungan G + C yang tinggi. C. Struktur RNA RNA pada umumnya berupa untai tunggal sehingga tidak memiliki struktur tangga berpilin. Namun, modifikasi struktur juga terjadi akibat terbentuknya ikatan hidrogen di dalam untai tunggal itu sendiri (intramolekuler). Dengan adanya modifikasi struktur molekul RNA, kita mengenal 4 macam RNA, yaitu RNA duta atau messenger RNA (mRNA), RNA pemindah atau transfer RNA (tRNA), dan RNA ribosomal (rRNA). Perbedaan di antara ketiga struktur molekul RNA tersebut berkaitan dengan perbedaan fungsinya masing-masing. rRNA berfungsi untuk menyintesis protein dan membentuk Ribosom dengan presetanse berat 60% rRNA dan 40% protein. Bentuk rRNA ada dua bagian yaitu Large Subunit (LSU) dan Small Subunit (SSU).

Gambar 9. Struktur rRNA

mRNA berfungsi untuk membawa informasi genetik dan sebagai pola cetakan untuk membentuk polipeptida/protein (mRNA disebut juga kodon). Struktur mRNA tersusun atas polinukleotidayang terdiri dari gugus fosfat, gula ribosa, dan basa nitrogen (Guanin, Adenin, Sitosin dan Urasil) dan bentuk mRNA ialah satu rantai panjang tunggal

Gambar 9. Struktur mRNA

tRNA untuk menerjemahkan kode genetik dari kodon (mRNA) dan juga membawa asam amino spesifik ke Ribosom dalam proses sintesis protein (mRNA disebut pula sebagai anti kodon). Sebagian besar RNA memiliki struktur sekunder yang terdiri dari domain stem (batang) dan loop (lingkaran) Double helical stem domains terbentuk dari ikatan pasangan basa nitrogen yang saling berkomplemen dalam satu untaian yang sama Loop domains terbentuk ketika pasangan basa nitrogen tidak saling berkomplemen sehingga tidak terbentuk ikatan atau dapat disebakan adanya basa termodifikasi yang mencegah terbentuknya pasangan basa.

Gambar 11. Struktur tRNA

D. Kesimpulan 1. Nukleotida merupakan kompleks yang terdiri dari gugus fosfat, gula pentose dan basa nitrogen, sedangkan nukleosida merupakan kompleks yang terdiri dari gula pentose dan basa nitrogen. 2. Pada gugus fosfat terdapat ikatan fosfodiester yang mengikat antara gugus fosfor dengan gula pentose pada nukleotidanya dan nukleotida tetangganya. Selain itu, ikatan gugus gula dengan basa nitrogen dinamakan ikatan glikosidik. 3. Adanya gugus fosfat akan menyebabkan asam nukleat bermuatan negatif dan menyebabkan asam nukleat bersifat asam. 4. Perbedaan antara DNA dan RNA terdapat pada gula pentosa berupa molekul penyusunnya dan struktur serta basa nitrogennya dimana pada DNA terdapat sitosin dan timin pada basa pirimidin dan pada RNA terdapat sitosin dan urasil pada basa pirimidinnya. 5. DNA memiliki bentuk struktur molekul tangga berpilin dengan dua rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral, sedangkan RNA memiliki bentuk struktur molekul untai tunggal. 6. Pada DNA terdapat ikatan antara basa nitrogen antara basa adenine (A) dengan thymine (T), dan antara guanine (G) dengan cytosine (C). Ikatan A-T berupa ikatan hydrogen rangkap dua, sedangkan antara G-C berupa ikatan hidrogen rangkap tiga sehingga ikatan G-C lebih kuat. Spesifitas pasangan basa semacam ini disebut sebagai komlementaritas. 7. Pada RNA terdapat perbedaan struktur pada jenis-jenis RNA berdasarkan fungsi dari setiap jenis RNA masing-masing.

Daftar Pustaka Karp, Geral. (2006) Cell and Molecular Biology.6th ed. United States of America: Wiley Nelson, David L Michael M. Cox dan Lehninger.(2008) Principles of Biochemistry. 5th Ed. New York: WH Freeman and Company Saenger, W. (1984). Principles of Nucleic Acid Structure.. New York: Springer-Verlag Scribd. (201) Asam Nukleat 2. [online] Available from http://www.scribd.com/doc/53627625 /Asam-Nukleat-2. [Accessed : 15th February 2014] Scribd.(2014) BAB II Struktur Asam Nukleat . [online] Available from http://www.scribd.com/doc/ 71218969/Bab-II-Struktur-Asam-Nukleat [Accessed : 15th February 2014] Scribd.(2014) Struktur Asam Nukleat . [online] Available from http://www.scribd.com/doc/49858001 /Struktur-Asam-Nukleat. [Accessed : 15th February 2014]