RESUME

SKENARIO 2
BIOLOGI MOLEKULAR
Oleh kelompok G:









FAKULTAS KEDOKTERAN
UNIVERSITAS JEMBER
2012


I. KLARIFIKASI ISTILAH :
1. Plasmid : Materi genetik di luar kromosom dan dapat bereplikasi sendiri
2. Enzim Restriksi : Memotong rangkaian DNA tanpa merusak basa nitrogen dan
fosfat
3. EcoR1 : Enzim endonuklease yang diisolasi dari bakteri Escherichia
coli, restriction modification system memotong sekuen
G/AATTC
4. Double Helix : Konfigurasi lazim DNA untai ganda dua rantai polinukleotida,
anti parallel, komplementer yang terpilin satu sama lain
membentuk helix dengan ganda fosfat dan ikatan dalam ATP
dan trifosfat, dan rantai double helix berpilin sebagai pewaris
sifat dan sintesis protein.
5. DNA Ligase : Enzim yang mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester
antara ujung 5 fosfat dan 3 hidroksil dengan diikuti
pemecahan ikatan pirofosfat dan juga hydrogen antara
pasangan basa yang menghubungkan dua rantai.
6. Rekayasa Genetika : Kegiatan memanipulasi untuk mendapatkan produk dengan
cara membuat DNA rekombinan
7. DNA : Pembawa materi genetik suatu organism















I. RUMUSAN MASALAH
1. Strukur dan Fungsi Sel
1.1 DNA
1.2 RNA
2. Dogma Central
3. Replikasi DNA
4. Sintesis Protein
4.1 Transkripsi
4.2 Translasi
5. Dasar-dasar Enzim
5.1 Cara Kerja Enzim
5.2 Fungsi Enzim
5.3 Sifat Enzim
5.4 Faktor Yang Mempengaruhi Kerja Enzim
6. Rekayasa Genetika
6.1. Definisi
6.2 Teknik-teknik Rekayasa Genetika
7. Mutasi Gen

II. TUJUAN BELAJAR
1. Untuk mengetahui dan memahami strukur dan fungsi sel DNA dan RNA
2. Untuk mengetahui dan memahami dogma central
3. Untuk mengetahui dan memahami replikasi DNA
4. Untuk mengetahui dan memahami sintesis protein
5. Untuk mengetahui dan memahami dasar-dasar enzim
6. Untuk mengetahui dan memahami rekayasa genetika
7. Untuk mengetahui dan memahami mutasi gen








III. ANALISIS MASALAH
1. Struktur dan Fungsi Sel
1.1 DNA
3.2.1.1.1 Struktur DNA
Memiliki gula deoksiribosa.
Susunan basa primidin, yakni Sitosin dan Timin.
Rantai Panjang, Ganda dan Berpilin.
Terdapat di nukleus, kloroplas, mitokondria.
Kadarnya Tetap (karena tidak dipengaruhi sintesis protein)
Tersusun atas 2 rantai polinukleotida, berputar mengelilingi sumbu
sehingga membentuk helix ganda yang berputar ke kanan anti
parallel.
Polimer DNA terdiri dari 3 komponen :
1. Gugus fosfat
2. Gula dioxiribosa
3. Basa nitrogen
Purin :Adenin, Guanin
Pirimidin :Timin, Sytosin
Nukleutida berdasarkan kandungan basa nitrogen yang
menyusunnya dibedakan atas Adenosine monophosphate (AMP),
Guanine monophosphate (GMP), Cytidine monophosphate
(CMP), Thymidine monophosphate (TMP) dan Uridine
monophosphate (UMP). Macam-macam nukleusida berdasarkan
kandungan basa nitrogen yang menyusunnya dibedakan atas
Adenosine (A), Guanosine (G), Cytidine (C), Thymidine (T) dan
Uridine (U).
DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur
heliks ganda.Pada struktur heliks ganda, orientasi rantai nukleotida
pada satu untai berlawanan dengan orientasi nukleotida untai
lainnya. Hal ini disebut sebagai antiparalel. Masing-masing untai
terdiri dari rangka utama, sebagai struktur utama, danbasa nitrogen,
yang berinteraksi denganuntai DNA satunya pada heliks.Kedua
untai pada heliks ganda DNA disatukan oleh ikatan hidrogen antara
basa-basa yang terdapat pada kedua untai tersebut.Empat basa yang
ditemukan pada DNA adalah adenin (dilambangkan A), sitosin (C,
dari cytosine), guanin (G), dantimin (T). Adenin berikatan 2 atom
hidrogen dengan timin, sedangkan guanin berikatan 3 atom hirogen
dengan sitosin, sehingga ikatannya lebih kuat dari pada Adenin -
Timin. Jumlah Adenin harus sama dengan Timin, sedangkan
Guanin harus sama dengan Sitosin




















nukleosida"
Sebuah nukleotida selalu memiliki ujung 3 OH dan 5P,
sehingga dalam double helix menurut model Watson-Crick
terdapat satu buah pita dengan arah 3 5, sedangkan pita
pasangannya 5 3.
Letak DNA
a. Nukleus : memiliki persentase yang besar, sekitar 99%,
berasosiasi dengan histon, melakukan sintesis untuk seluruh
organel, jumlah nukleotida sekitar ratusan ribu, dan berbentuk
linier.
b. Sitoplasma : sintesis protein digunakan sendiri 45%, selebihnya
berasal dari inti, jumlah nukleotida puluhan ribu, dan berbentuk
cincin. Terdapat pada mitokondria, plastid.
Fungsi :
1. Pembawa informasi genetic suatu organisme.
2. Informasi genetic tersebut dipakai sebagai acuan proses
sintesis semua protein dan diturunkan kepada sel anak.
3. Setiap sel dalam suatu organisme mempunyai informasi
genetik yang sama tetapi ekspresi gen antara sel satu
dengan lainnya dapat berbeda.

1.2 RNA
a) stuktur RNA
o Pada umumnya molekul RNA lebih pendek dari molekul DNA
o Berbentuk pita tunggal (single strand)
o Kadang-kadang terdapat bagian rantai yang komplementer dan anti
parallel
o Jumlah sitosin tidak harus sama dengan guanine dan jumlah
adenine tidak perlu sama dengan urasil.
o RNA dapat dihidrolisis dengan alkali menjadi 2,3-diester siklik.

b) macam-macam RNA
1. RNA messenger / RNA duta (tergantung sintesa protein)
Dibentuk oleh DNA saat dibutuhkan untuk sintesa protein
Dibentuk di nukleus kemudian menuju ke ribosom
Fungsi:Membawa kode genetic tentang sintesa protein dari
DNA ke ribosom. Kode tersebut berupa triplet basa pada RNA
m, kadar berubah-ubah tergantung laju sintesa protein.
2. RNA transfer (tRNA)
Dibentuk di nukleus oleh DNA
Letaknya di plasma sel saat dibutuhkan atau tiduhkan atau tidak
Molekulnya terkecil
Bentuk seperti daun semanggi dengan 4 lengkung penting:
a. Ujung pengikat asam amino
-Terdapat ikatan ACC
-Bagian karboksial asam amino berikatan dengan hidroksil
dari adenosine.
b. Lengkungan anti kodon
Pengenal kodon
Melekat berpasangana dengan kodon mRNA
c. Lengkukng pengenal enzim aktifator asam amino yang
bersangkutan
d. lengkung pengenal ribosom
Diperlukan pada pengikatan tRNA ke ribosom
Fungsi :
Menerjemah kode genetic yang dibawa oleh mRNA
Mengikat dan mengangkut asam amino dari plasma ke ribosom
3. RNA ribosom (rRNA)
Dibentuk oleh DNA yang terletak di bagian nucleolus.
Ribosom sebagai tempat sintesa protein memiliki sub unit:
Sub unit besar (3 mol rRNA yang berikatan dengan tRNA)
Sub unit kecil (1 mol tRNA yang berikatan dengan mRNA)
Berfungsi untuk menyusun ribosom bersama dengan protein.
c. Perbedaan DNA dan RNA
NO Beda DNA RNA
1
Letak Dalam nucleus,
mitokondria, plastisida,
sentriol
Dalam nukleus dan
sitoplasma, terutama di
ribosom
2
Bentuk dan
Rantai
Ganda dan sangat panjang
(double helix), berpilin
Tunggal dan pendek

















2. Dogma Central
Dogma sentral adalah proses ekspresi gen yang mengikuti
tahapan-tahapan dalam info genetik yang terdiri proses dasar
replikasi DNA, transkripsi DNA menjadi RNA, dan translasi RNA
menjadi protein atau polipeptida. Atau Semua informasi yang
terkandung dalam DNA, kemudian akan digunakan untuk
menghasilkan molekul RNA melalui transkripsi, dan beberapa
informasi pada RNA tersebut akan digunakan untuk menghasilkan
protein melalui proses yang disebut translasi. Ada juga yang
mengartikan dogma central adalah proses ekspresi gen dari DNA
> RNA > protein
Substansi yang terlibat dalam dogma central
1. Protein
Pengertian
Senyawa gabungan yang mengandung atom
karbon,oksigen,hydrogen dan nitrogen serta protein-potein yang
mengandung sulfur dan fosfor. Asam amino yang merupakan dasar
(linear), tidak berpilin
3
Fungsi Sintesa protein,
pengendalian factor
genetic, pembentuk RNA
Pelaksana sintesa protein
4
Kadar Tidak dipengaruhi laju
sintesa protein (tetap)
Berubah dipengaruhi laju
sintesa protein
5
Komponen
basa
Purin : Adeni dan guanin
Pirimidin : Sitosin dan
timin
Purin : Adenin dan Guanin
Pirimidin : Sitosin dan
urasil
6
Komponen
gula
Deoksiribosa( ribosa yang
kehilangan satu atom
oksigennya)
Ribosom
7.
Jumlah basa
nitrogen
Jumlah A=T, G=C karena
double heliks
Jumlah A tidak sama
dengan T dan G tidak
sama dengan C karena
rantai tunggal
pembentuk polimer protein panjang,mengandung satu gugus asam
karboksil dan sedikitnya satu gugus amino,kedua gugus tersebut
terikat pada atom karbon yang sama.Setiap asam amino
mempunyai anak rantai yang disebut gugus R.Asam amino
bergabung membentuk protein melalui reaksi kondensasi
(dehidrasi) antara gugus karboksil dari salah satu asam amino dan
gugus amino dari asam amino lain. Asam amino yang berikatan
tersebut dinamakan ikatan peptida,dan senyawa yan terbentuk
adalah senyawa peptida.
2. Asam nukleat
a. Pengertian
Struktur molecular kompleks yang terdiri
darikarbon,hydrogen,oksigen,nitrogen dan fosfor.Asam
nukleat adalah molekul turunan dan pengatur fungsi protein
dalam sel.
b. Jenis
-Deoksiribosanukleat (DNA) yang dapat ditemukan dalam
kromosom semua makhluk hidup dan memiliki kemampuan
untuk menggandakan dirinya
-Ribonukleat yang berfungsi dalam sintesis protein di
bawah perintah DNA
c. Fungsi
Beberapa nukleotida ada dalam sel hidup sebagai bagian
dari molekul lain.contohnya:
-Nukleotida siklik,merupakan pembawa pesan intraseluler
-Adenosin trifostat,molekul berenergi tinggi yang dapat
menyimpan energy untuk dilepaskan
-Koenzim,membantu enzim menjalankan fungsinya sebagai
katalis biologis
3. Replikasi DNA
Mekanisme replikasi DNA :
Pembukaan rantai double helix
Enzim helicase membuka rantai double helix tersebut secara
progresif yang dibantu oleh suatu protein spesifik yaitu SSbs dengan
unwiding molekul yang memberati setiap rantai DNA sehingga DNA yang
telah terurai tidak berpilin kembali. Diperlukan molekul swivel untuk
memutuskan rantai polinukleotida sehingga pilinan heliks ganda akan
terurai. Rantai yang putus tersebut akan segera disambung kembali dan
enzim yang berperan pada pemutusan maupun penyambungan kembali
rantai yang putus tadi adalah enzim DNA topoisomerase.
Replikasi DNA
Replikasi dimulai saat double helix telah membuka. Proses
replikasi berjalan dari ujung 5-3. Enzim primase akan membentuk RNA
primer. Setelah terbentuk RNA primer, DNA polymerase III akan
menempel pada untaian tunggal DNA dan kemudian bergerak sepanjang
rantai untuk membentuk salinannya.
Akibat proses replikasi DNA berlangsung dari 5-3 maka nantiny,
salah satu untaian DNA akan selesai membentuk salinannya terlebih
dahulu yang disebut Leading Strand Template. Sedangkan untaian DNA
yang lain akan memliki bagian yang kosong, sehingga primase akan
mensintesis RNA primer kembali dan melakukan replikasi lagi, akibatnya
akan terbentuk fragmen-fragmen yang disebut Fragmen Okazaki. Untaian
DNA yang terdiri dari fragmen okazaki itu dinamakan Lagging Strand
Template. RNA primer yang sudah tidak dipakai lagi akan dibuang oleh
DNA polymerase I dari ujung-ujung yang terpisahkan, disatukan lagi oleh
enzim Ligase.
4. Sintesis Protein
4.1 Transkripsi
Transkripsi adalah proses pembentukan RNA berdasrkan cetakan pada
DNA. Transkripsi tidak terjadi pada seluruh molekul DNA, tetapi hanya
terjadi pada satu rantai DNA dan hanya terjadi pada gen atau serangkaian
gen. Dalam 1 molekul DNA rantai ganda dapat dijumpai banyak jenis dan
jumlah gen. Arah polimerisasi transkripsi adlah 5 ke 3. Rantai DNA yang
dijadikan sebagai cetakan untuk sintesis RNA disebut rantai cetakan DNA.
Proses transkripsi secara garis besar dapat dibagi menjadi 3 tahap, yaitu
inisiasi (permulaan), tahap perpanjangan rantai (elongasi), dan tahap
terminasi (termination).

Adalah proses penyalinan kode-kode genetic yang ada pada DNA menjadi
molekul RNA. Transkripsi mengawali ekspresi sifat-sifat genetic yang
nantinya akan muncul sebagai fenotip.
Transkripsi : pembentukan RNA oleh DNA. DNA ada dua macam, yaitu :
DNA template dan DNA complement (antisense strand). Yang digunakan
yaitu DNA template, utas DNA 3-5. Enzimnya menggunakan RNA
polimerase, diawali oleh basa promoter. RNA m ditranskripsi dalam
nukleus, RNA r ditranskripsi dalam nucleolar organizing center. RNA r
mensintesa protein dalam inti, dan bergabung dalam sub unit besar dan
kecil. Protein dan RNA r bergabung menjadi ribsom yang kemudian
dikeluarkan. RNA r menggunakan enzim RNA polimerase I.
1. Transkripsi
Transkripsi adalah proses pembentukan RNA berdasarkan cetakan pada
DNA. Macam-macam rantai DNA :
DNA template (sense strand) : rantai (-)
DNA complement (antisense strand) : rantai (+).
Yang digunakan dalam pencetakan RNA yaitu DNA template, utas DNA 3-
5. Enzimnya menggunakan RNA polimerase, diawali oleh basa promoter.
RNA m ditranskripsi dalam nukleus, RNA r ditranskripsi dalam nucleolar
organizing center. RNA r mensintesa protein dalam inti, dan bergabung dalam
sub unit besar dan kecil. Protein dan RNA r bergabung menjadi ribsom yang
kemudian dikeluarkan. RNA r menggunakan enzim RNA polimerase I.
Proses transkripsi tidak terjadi pada seluruh molekul DNA, tetapi hanya terjadi
pada gen atau serangkaian gen.
Transkripsi tidak terjadi pada seluruh molekul DNA , dan hanya terjadi pada
gen atau serangkaian gen.
Tahapan trankripsi
a. Tahap Inisiasi
Enzim RNA polymerase menempel dan berkerja pada rantai DNA pada
daerah inisiasi. Enzim polymerase membuka ikatan hydrogen selanjutnya
melakukan pencetakan basa nitrogen dalam brntuk rantai mRNA.
b. Tahap Elogasi
Proses pencetakan kode genetic pada rantai mRNA berjalan terus sejajar
dengan rantai DNA sehingga menjadi memanjang.
c. Tahap Terminasi
Enzim RNA polymerase berhenti bekerja dan melepaskan diri dari ujung
daerah terminasi dan secara bersamaan mRNA lepas.

Setelah proses transkripsi selesai, selanjutnya mRNA akan segera
meninggalkan inti menuju ribosom kecil. Diribosom kecil mRNA akan
menempel suatu sisi yang sesuai dengan kode genetic pada mRNA.
Dampaknya tRNA yang berada di sitoplasma segera mengikat asam amino
yang sesuai dengan kode genetiknya dan segera menyusul mRNA ke ribosom.
Tahap selanjutnya translasi.

3.3 Translasi
Pada intinya, translasi ini adalah proses penerjemahan kode basa nitrogen
yang dibawa oleh rantai mRNA dengan asam amino-asam amino yang sesuai.
Translasi terjadi di sitoplasma, tepatnya di ribosom. Proses ini dimulai saat
keluarnya rantai mRNA dari nucleus menuju ke sitoplasma, kemudian mRNA
menempel pada ribosom. Bersamaan dengan itu, datanglah rantai tRNA
menuju ke ribosom dengan membawa asam amino yang sesuai dengan kode
basa nitrogen yang dibawa oleh rantai mRNA. Maka terbentuklah asam amino-
asam amino tersebut. Kemudian asam amino itu saling berikatan membentuk
rantai, yang dinamakan rantai polipeptida.
Tahap-tahap pada translasi:
a. Tahap Insiasi
Untuk memulai biosintesis protein diperlukan tiga protein faktor inisiasi
(IF-1, IF-2, IF-3).
Pengikatan ke-3 faktor pada ribosom sub
unit kecil
IF-2 mengikat molekul GTP dan
membantu pengikatan tRNA pemula
(tRNAfmet ).
Pengikatan mRNA pada ribosom sub unit
kecil 30S terjadi melalui pembentukan
pasangan basa antara urutan Shine-
Dalgarno (SD) dengan komplemennya
yang terdapat pada 16S rRNA
SD biasanya merupakan daerah urutan
SD 10 nukleotida purin pada mRNA, sebelum kodon inisiasi metionin
Setelah terjadi pengikatan mRNA dan tRNA pemula mengenali kodon
AUG yang mengkode metionin,
IF-3 dilepaskan.
Selanjutnya, terjadi hidrolisis GTP
menjadi GDP dan Pi, pelepasan
IF-2 dan IF-1, penggabungan
ribosom sub unit besar 50S.
Penggabungan sub unit 50S
menghasilkan kompleks 70S yang
siap untuk menerima tRNA
berikutnya.
Sub unit 50S mempunyai dua
tempat untuk pengikatan tRNA,
yaitu peptidyl site (P) dan
aminoacyl site (A).
Exit site (E) adalah tempat untuk tRNA yang sudah kosong
Kodon inisiasi AUG mengikat tRNAfmet pada P site.
b. Tahap Elongasi
Diperlukan: EF (elongation factor), enzim peptidil transferase, GTP.
Asam amino dibawa oleh faktor perpanjangan/EF ke A site
Terjadi pembentukan ikatan peptida oleh peptidil transferase antara tRNA
pada P site dengan tRNA pada A site
Peptidil transferase akan melepaskan asam amino dr tRNA yg menempati
situs P, dan menggabungkannya pada asam amino yg ada pd situs A
Proses perpanjangan berulang sampai menemukan kodon terminasi UAA,
UAG, dan UGA






















c. Tahap terminasi
Reaksi perpanjangan rantai berjalan terus sampai pada suatu ketika yang
berada di situs A adalah kodon terminasi (UAG, UAA, atau UGA).
Tidak ada tRNA yang dapat mengenali kodon terminasi.
Kodon terminasi ini akan dikenali oleh protein khusus yang dikenal
dengan Release Factor dengan memicu pelepasan polipeptida yang telah
lengkap dari peptidil tRNA.
Reaksi perpanjangan rantai berjalan terus sampai pada suatu ketika yang
berada di situs A adalah kodon terminasi (UAG, UAA, atau UGA).
Tidak ada tRNA yang dapat mengenali kodon terminasi.
Kodon terminasi ini akan dikenali oleh protein khusus yang dikenal
dengan Release Factor dengan memicu pelepasan polipeptida yang telah
lengkap dari peptidil tRNA.


Jenis Asam Amino yang dihasilkan dari proses translasi RNA
Asam amino esensial
1. Histidin : pertumbuhan fisik & mental, menyembuhkan
rematik.
2. Leusin : untuk pertumbuhan
3. Isoleusin : pertumbuhan bayi dan keseimbangan nitrogen pada orang
dewasa.
4. Lisin : menyembuhkan penyakit herpes dan kelamin
5. Metionin : menjaga kenormalan metabolisme dan menghilangkan
kantuk
6. Threonin dan valin : menyeimbangkan nitrogen
7. Tritofan : untuk produksi serotonin pada otak.
Asam amino non esensial,
1. Arginin : menjaga kesehatan ginjal
2. Alanin : menjaga kesehatan fungsi hati
3. Asam Glutamat : menjaga kesehatan fungsi otak
4. Prolin : penyerapan zat gizi tubuh

5.Dasar-Dasar Enzim
5.1 Cara Kerja Enzim
- Menurunkan energiaktivasi
- E aktivasi: jumlah E yang diperlukan untuk membawa semua molekul dalam
satu mole suatu bahan pada suatu suhu tertentu dari keadaan awal menuju
keadaan transisi
-Cara enzim bereaksi dengan subtrat ada 2 cara, yakni :
o Induced fit, sisi aktif enzim dapat berubah bentuk seuai dengan bentuk
substratnya (sisi aktif enzim menyesuaikan sengan subatratnya)
o Lock and key, enzim dimisalkan sebagai gembok dan substrat adalah
kuncinya. Antara sisi aktif enzim memiliki bentuk yang serupa dengan
substratnya sehingga keduanya telah pas.
5.2 Fungsi Enzim
-Transduksi sinyal dan regulasi sel : enzim kinase dan fosfatase
-Menghasilkan pergerakan tubuh :myosin menghidrolisis ATP untuk
kontraksi otot
-Sisem pencernaan hewan : amilase untuk memecah molekul pati
(http://www.e-dukasi.net)

5.3 Sifat Enzim
Enzim merupakan biokatalisator yang mempercepat jalannya reaksi
tanpa ikut bereaksi
Thermolabil. Muda rusak bila dipanaskan lebih dari 60C
Merupakan senyawa protein, sehingga sifat protein masih melekat
pada enzim
Dibutuhkan dalam jumlah sedikit, sebagai biokatalisator, reaksinya
terjadi sangat cepat dan berulang-ulang
Umumnya enzim bekerja mengkatalis reaksi satu arah, meskipun ada
yang mengkatalis reaksi dua arah
Bekerjanya spesifik, karena sisi aktif enzim setangkup dengan
permukaan substrat tertentu
Umumnya enzim tidak dapat bekerja tanpa adanya suatu zat yang
disebut kofaktor
Enzim dibentuk dalam protoplasma sel
Bekerja di dalam sel tempat sintesisnya (endoenzim) maupun di tempat
lain diluar tempat sintesisnya (eksoenzim)
Sebagian besar enzim bersifat endoenzim
Enzim bersifat koloid, luas permukaan besar, dan hidrofil
Dapat bereaksi dengan senyawa asam maupun basa, kation maupun
anion
Enzim sangat peka terhadap factor-faktor yang menyebabkan
denaturasi protein misalnya suhu, pH,dll.
Enzim dapat dipicu ataupun dihambat aktifitasnya
Enzim merupakan biokatalisator yang dalam jumlah sedikit memacu
laju reaksi tanpa merubah keseimbangan reaksi
Enzim tidak ikut terlibat dalam reaksi, struktur enzim tetap baik
sebelum maupun sesudah reaksi berlangsung
Enzim bermolekul besar
Enzim bersifat khas/spesifik

5.4 Faktor-Faktor yang Mempengaruhi Kerja Enzim
1. Pengaruh konsentrasi enzim
Pengaruh konsentrasi enzim terhadap kecepatan reaksi kimia adalah
berbanding lurus, artinya makin tinggi konsentrasi enzim, makin
cepat reaksi kimia berlangsung.

2. Pengaruh konsentrasi substrat
Jika kadar enzim tetapdan konsentrasi substratnya ditingkatkan
maka pada suatu ketika hasil akhir dari suatu reaksi kimia juga akan
meningkat.


3. Pengaruh pH
Jika pH lingkungan dinaikkan, aktivitasnya akan menurun, bahkan
enzim tersebut akan rusak



4.Temperatur
Makin tinggi suhu mengakibatkan reaksi kimia yang dipengaruhi
enzim bekerjalebih .





5.Pengaruh aktivator dan inhibitor (zat penghambat)
Aktivator digunakan untuk mengaktifkan enzim agar dapat bekerja
dengan baik. Selain aktivator ada pula inhibitor (zat penghambat
kegiatan enzim).
Ada dua jenis inhibitor, yaitu :
Inhibitor kompetitif adalah zat penghambat mempunyai struktur
yang mirip dengan substrat sehingga dapat bergabung dengan
sisi aktif enzim. Terjadi kompetisi antara substrat dengan
inhibitor untuk bergabung dengan sisi aktif enzim (misal feed
back effect).
Inhibitor non kompetitif adalah zat penghambat menyebabkan
struktur enzim rusak sehingga sisi aktifnya tidak cocok lagi
dengan substrat.


5.5 Enzim yang Digunakan dalam Rekayasa Genetika
Molekul DNA dapat didepolimerisasi menjadi komponen dasar
penyusunnya (yaitu nukleutida) menggunakan enzim nuclease. Enzim
tersebut terdiri dari beberapa tipe , yaitu :
1. DNAse (Mendepolimerisasi DNA), dibagi dua :
(a) Eksonuklease,yaitu DNAse yang memotong DNA dari ujung
molekul 5 atau dari ujung 3
(b) Endonuklease,yaitu DNAse yang memotong DNA dari bagian
dalam untaian DNA
2. RNAse (Mendepolimerisasi RNA)
Ada beberapa enzim endonuclease yang bersifat khusus, disebut
dengan endonuclease restriksi. Enzim ini memiliki kekhususan
karena hanya memotong DNA untai ganda yang mempunyai urutan
nukleotida tertentu. Dibedakan menjadi 3 tipe yaitu :
Enzim endonuclease restriksi Tipe I
Merupakan enzim nuclease yang kompleks, misalnya enzim yang ada
pada E.coli B (disebut enzim EcoB) dan E.coli K12 (disebut EcoK).
Enzim ini memerlukan ATP, Mg
2+
, dan S-adenosil metionin sebagai
kofaktor. Enzim ini mengenali urutan nukleotida tertentu(recognition
site) yang berupa urutan pasangan basa sebagai berikut:
EcoK mengenali urutan 5-AACNNNNNNGTGCA-3
EcoB mengenali urutan 5-TGANNNNNNNNTGCT-3
N menyatakan basa nukleotida apa saja(tidak spesifik)
Meskipun enzim ini secara spesifik mengenali daerah tertentu, namun
enzim ini memotong daerah berlainan dengan daerah pengenalannya
tersebut sehingga pemotongannya tidak spesifik. Enzi mini tidak
terlalu banyak digunakan dalam rekayasa genetika
Enzim endonuclease restriksi Tipe II
Daerah yang dipotong dan dikenali bersifat spesifitas dan terletak pada
bagian yang sama. Enzim ini sangat stabil dan hanya memerlukan
Mg
2+
sebagai kofaktor. Contoh :
Enzim EcoR1, diisolasi dari bakteri E.coli RY13,memiliki daerah
pengenalan dan pemotongan 5-GAATC-3. Enzin EcoR1 secara
spesifik memotong ikatan G dan A sehingga hasil pemotonganya
menghasilkan molekul DNA dengan ujung yang tidak sama panjang
dan sering disebut ujung kohesif atau ujung lekat (cohesive end atau
sticky end)
5-GAATTC-3
3-CTTAAG-5
Kedua ujung hasil pemotongan tersebut dengan mudah disambung lagi
menggunakan enzim DNA ligase.
Enzim AluI merupakan contoh lain yang mengenali dan memotong
daerah yang berbeda sehingga ujung yang dihasilkan berbeda. Enzi
mini mengenali urutan 5-AGCT-3 dan memotong DNA tersebut
dengan ujung tumpul (blunt end) karena memotong ikatan antara G
dan C. enzim tipe ini banyak digunakan dalam rekayasa genetika.
Enzim endonuclease restriksi Tipe III
Memotong DNA pada bagian spesifik tapi pada daerah yang
berdekatan dengan daerah pengenalannya. Enzi mini memerlukan
ATP,dan Mg
2+
namun tidak S-adenosil metionin. Contoh adalah enzim
HgaI yang mengenali urutan basa nukleotida 5-GACGC-3, tetapi
memotong DNA pada urutan basa kelima atau kesepuluh dari urutan
yang dikenal tersebut.Enzim ini sangat jarang digunakan dalam
rekayasa genetika.

6. Rekayasa Genetika
6.1 Definisi
Rekayasa genetika merupakan transplantasi atau pencangkokan satu gen
ke gen lainnya dimana dapat bersifat antar gen dan dapat pula lintas gen
sehingga mampu menghasilkan produk. Rekayasa genetika juga diartikan
sebagai perpindahan gen.Teknologi Rekayasa Genetika merupakan inti
dari bioteknologi didifinisikan sebagai teknik in-vitro asam nukleat,
termasuk DNA rekombinan dan injeksi langsung DNA ke dalam sel atau
organel; atau fusi sel di luar keluarga taksonomi; yang dapat menembus
rintangan reproduksi dan rekombinasi alami, dan bukan teknik yang
digunakan dalam pemuliaan dan seleksi tradisional.Prinsip dasar
teknologi rekayasa genetika adalah memanipulasi atau melakukan
perubahan susunan asam nukleat dari DNA (gen) atau menyelipkan gen
baru ke dalam struktur DNA organisme penerima. Gen yang diselipkan
dan organisme penerima dapat berasal dari organisme apa saja. Misalnya,
gen dari sel pankreas manusia yang kemudian diklon dan dimasukkan ke
dalam sel E. Coli yang bertujuan untuk mendapatkan insulin
6.2 Teknik-Teknik Rekayasa Genetika
1. Rekombinasi DNA
Teknologi DNA rekombinan merupakan salah satu jenis rekayasa
genetika yang memanfaatkan DNA siklik dari bakteri yang disebut
plasmid. DNA ini memiliki beberapa gen yang berisi informasi
mengenai resisitensi antibiotik, konjugasi dan pembuatan zat kimia
tertentu. Teknik rekombinasi gen ini digunakan untuk pembuatan
insulin dan vaksin hepatitis.
Teknik ini juga memanfaatkan adanya enzim restriksi endonuklease
pada bakteri, pada dasarnya enzim ini bekerja untuk memotong DNA
bakteriofage namun pada teknik ini enzim restriksi digunakan untuk
memotong untaian DNA pada segmen tertentu. Potongan untaian DNA
inilah yang digunakan untuk menyambungkan DNA dari sel lain yag
berisi informasi tentang pembuatan suatu zat kimia. Pada penyatuan
DNA plasmid dan DNA lain membutuhkan enzim yang dinamakan
enzim ligase. Gabungan DNA sel lain dan Plasmid disebut DNA
rekombinan.


2. Hibridoma
(hibrid = sel asli yang dicampur, oma = kanker) teknik ini
menggabungkan dua sel yang salah satunya memiliki kecepatan
membelah yang baik seperti sel tumor. Dengan memanfaatkan
kemampuan sel tumor, karakter sel lain yang difusikan dengannya
menjadi memilik kemampuan membelah yang baik. Inilah yang
dimanfaatkan para peneliti dalam pembuatan antibodi monoklonal.


3. Tranfer Inti
Tranfer inti merupakan proses pemindahan inti sel tubuh dalam sel
telur yang tidak memiliki inti dengan bantuan aliran listrik. Sel telur
yang mengandung sel tubuh ini akan dikulturkan agar menjadi embrio
yang kemudian ditempatkan pada uterus induk.

7. Mutasi Gen

Definisi
Mutasi adalah peristiwa perubahan sifat gen (susunan kimia gen) atau
kromosom sehingga menyebabkan perubahan sifat yang baka (diturunkan)
tetapi bukan sebagai akibat persilangan atau perkawinan. Mutasi dapat terlihat
dalam jumlah kecil maupun besar. Mutasi kecil hanya menimbulkan
perubahan yang sedikit dan kadang kala tidak membawa perubahan fenotif
yang jelas, jadi hanya semacam variasi. Mutasi besar menimbulkan perubahan
besar pada fenotif, yang biasanya dianggap abnormal atau cacat. Mutasi terjadi
karena perubahan lingkungan yang luar biasa. Hal ini dapat diakibatkan oleh
adanya sifat yang tidak tetap dan selalu dipengaruhi oleh berbagai macam
faktor baik alamiah maupun buatan. Agar suatu species tidak mengalami
kepunahan diperlukan usaha untuk menyesuaikan diri terhadap timbulnya
suatu perubahan. Kejadian mutasi sangat jarang terlihat, hal ini disebabkan :
- mutasi yang terjadi pada suatu gen tidak dapat menunjukan penampakannya,
karena jumlah gen yang terdapat dalam satu individu banyak sekali
- gen yang bermutasi bersifat letal, sehingga gejala mutasi tidak dapat diamati
sebab individu segera mati sebelum dewasa
- gen yang bermutasi umumnya bersifat resesif, sehingga selama dalam keadaan
hetreozigot tidak akan terlihat
a. Mutasi Alami dan Mutasi Buatan
Berdasarkan faktor penyebabnya, mutasi dapat dibedakan menjadi dua bagian
yaitu:
1. Mutasi Alami (Mutasi Spontan) : yaitu mutasi yang disebabkan oleh alam,
misalnya oleh:
sinar kosmis (foton, positron, proton) yang berasal dari angkasa luar
batuan radioaktif (thorium, uranium, radium)
sinar ultraviolet matahari
sesuatu yang tak jelas dalam metabolisme sehingga terjadi kekeliruan
dalam sintesis bahan genetis
radiasi ionisasi internal dari bahan radioaktif yang mungkin terkandung
dalam jaringan lewat makanan atau minuman yang kena pencemaran
radioaktif
Mutasi alam sangan jarang terjadi dan bila terjadi adalah secara kebetulan,
amat lambat tetapi pasti. Penelitian mengenai mutasi ini sangat sulit karena
terjadinya sangat jarang dan lambat.
2 Mutasi Buatan (Induksi) : mutasi yang sengaja dilakukan manusia untuk
tujuan tertentu. Mutasi buatan dapat disebabkan oleh beberapa mutagen,
diantaranya adalah:
a. Bahan Fisika, terdiri dari:
Sinar X, sinar gamma, isotop radioaktif
Partikel yang dapat mengionisasi (netron, elektron, proton, partikel alva,
dan ion-ion berat)
Sinar ultra violet
Suhu yang tinggi
b. Bahan kimia, terdiri dari:
Pestisida (DDT, aziridin)
Makanan/minuman (kafein, siklamat, asam nitrit, natrium nitrit)
Agen alkilasi (gas mustard, dimetil dan dietil sulfat)
Kolkisin, digitonin
c. Bahan Biologi
Lebih dari 20 macam virus penyebab kerusakan kromosom. Virus
campak dan cacar juga dapat menimbulkan aberasi. Diduga ada banyak jenis
kanker dan tumor yang disebabkan karena inveksi virus.
Macam-macam Mutasi
Pada umunya, gen-gen sebagai kesatuan kimia bersifat mantap walaupun
mengalami peristiwa pewarisan sel selama ratusan kali dari generasi sel ke sel
berikutnya. Namun demikian pengaruh alama dalam jangka waktu yang amat
panjang dan spontan dapat saja menyebabkan berubahnya sifat individu
pembawanya dan diturunkan kepada generasi berikutnya, yang lazim dikatan
dengan mutasi. Individu yang bermutasi disebut mutan, dan zat yang
menyebabkan terjadinya mutasi disebut mutagen. Berdasarkan bagian yang
bermutasi, mutasi dapat dibedakan menjadi dua, yaitu :
1. Mutasi somatik
Mutasi somatik mempunyai ciri-ciri sebagai berikut :
- terjadi pada sel tubuh atau sel soma
- sifatnya tidak diturunkan pada keturunannya
- hanya berpengaruh pada individu yang mengalaminya
2. Mutasi germinal
Mutasi germinal mempunyai ciri-ciri sebagai berikut :
- terjadi pada sel induk kelamin atau sel kelamin
- apabila terjadi pada sel induk kelamin akan bersifat diturunkan dari
generasi ke generasi
- apabila terjadi pada sel kelamin akan bersifat diturunkan dari generasi ke
generasi jika terjadi fertilisasi, dan jika tidak terjadi akan hilang
pengaruhnya.
3. Mutasi gen (poin mutation atau mutasi kecil)
Mutasi gen mempunyai ciri-ciri sebagai berikut :
- berskala kecil dan terjadi pada satu gen atau bagian dari gen
- ada yang pengaruhnya tidak begitu nyata, biasanya berupa perubahan kimia
(misalnya perubahan kecil pada pigmen), disebut mutasi tampak
- ada yang pengaruhnya mengakibatkan kematian dini pada individu, disebut
mutasi letal
- dapat berlangsung secara spontan pada semua sel penyusun tubuh individu.
Mutasi gen adalah perubahan yang terjadi pada susunan molekul DNA atau
gen. Mutasi gen terjadi pada susunan kimianya (DNA). Bila struktur kimia gen
berubah maka fungsinya pun akan berubah pula. Gen yang mengalami mutasi
terdapat pada sel-sel tubuh (sel somatis) maka perubahan diturunkan ke sel
anakan melalui pembelahan mitosis. Bila gen yang mengalami mutasi terdapat
pada sel kelamin (gamet) maka perubahan akan diwariskan pada
keturunannya.
Peristiwa mutasi merupakan proses acak (random), dan sukar diamati karena ;
- jarang terjadi pada proses biasa dari replikasi DNA
- tidak ada cara untuk mengetahui manakah gen yang akan mengalami mutasi
dalam suatu sel atau suatu generasi
- munculnya bebas apakah ia mampu atau tidak beradaptasi terhadap
lingkungan hidup organisme bersangkutan.
Macam-macam mutasi gen, antara lain sebagai berikut:
1. Mutasi tak bermakna (nonsense mutation) : tejadi perubahan kodon (triplet)
dari kode basa N asam amino tetapi tidak mengakibatkan kesalahan
pembentukan protein, misalnya UUU diganti UUS yang sama-sama kode dari
fenilalamin.
2. Mutasi ganda tiga (triplet mutation) : terjadi karena adanya penambahan atau
pengurangan tiga basa secara bersama-sama.
3. Mutasi bingkai (frameshift mutation) : terjadi karena adanya penambahan
sekaligus pengurangan satu atau beberapa pasangan basa secara bersama-
sama.
4. Mutasi titik (point mutation) merupakan mutasi yang melibatkan penggantian
satu pasang basa (substitusi basa), di mana satu basa pada satu sekuens DNA
diganti dengan basa yang berbeda. Bila DNA direplikasi maka hasilnya
adalah substitusi pasangan basa.
5. Delesi : hilangnya satu atau beberapa basa nitrogen



6. Addisi : penambahan satu atau beberapa basa nitrogen (sering disebut juga
insersi)





7. Substitusi : pertukaran pasangan basa nitrogen. Bila pertukaran terjadi antar
pasangan basa nitrogen purin-pirimidin dengan purin-pirimidin yang lain
disebut transisi. Misalnya pasangan AT digantikan pasangan GS. Bila
pertukaran terjadi antar pasangan basa nitrogen purin-pirimidin dengan
pirimidin-purin disebut transversi. Misalnya AT digantikan pasangan TA.
Perhatikan bagan di bawah.









4. Mutasi kromosom (gross mutation atau mutasi besar)
Mutasi kromosom adalah perubahan yang terjadi pada struktur dan
susunan kromosom, yang disebut juga dengan mutasi aberasi. Mutasi ini dapat
ditemui pada peristiwa gagal berpisah pada saat peristiwa pindah silang
(crossing over), apabila kromosom hilang atau bertambah sehingga terjadi
perubahan jumlah kromosom.
Mutasi kromosom dapat dibedakan menjadi :
a. Perubahan set (aneuploidi)
Perubahan set kromosom adalah perubahan pada jumlah N-nya. Keadaan
heteroploidi banyak ditemui pada hewan invertebrata dan tanaman perdu,
pohon, jeruk, apel, bit gula.
Menurut kejadiannya aneuploidi dapat dibedakan menjadi :
- Autopoliploidi adalah genom (n) mengganda sendiri. Hal ini dapat terjadi
karena gangguan meiosis.
- Allopoliploidi adalah terjadi pada hibrid antara species yang set
kromosomnya berbeda.
Macam-macam aneuploidi, yaitu :
- monoploid (n) - tetraploid (4n)
- triploid (3n) - poliploid (4n ke atas)
Aneuploid pada manusia : dapat terjadi pada peristiwa :
- Digini adalah dua inti sel telur yang tetap terlindung satu plasma dan
selanjutnya dibuahi satu sperma, yang sering terjadi kaerana kegagalan sel
kutub (polosit) memeisah.
- Diandri adalah satu sel telur yang dibuahi satu sperma, yang sering pada
terlambatnya pembuahan.
Seseorang yang mengalami aneuploidi umumnya berumur pendek, di samping
itu pada sel-sel soma yang mengalami kanker juga dapat terjadi peristiwa
aneuploidi.
Perbahan set kromosom dapat diusahakan dengan cara menghambat
pemisahan, antara lain melalui :
- induksi kolkisin, karena kolkisin dapat menghalangi pembentukan gelendong
pembelahan dan merintangi terjadinya anafase, sehingga kromatid yang
terbentuk tidak berpisah ke kutub yang berseberangan
- pada ujung jagung, dapat dilakukan dengan menggunakan suhu tinggi
- pada tomat, dapat dilakukan dengan dekapitasi, yaitu dengan memotong
tunas. Dati bekas potongan tunas akan tumbuh tunas yang mengandung
polulasi sel 4n, dan selnjutnya dsapat dibiakan secara generatif.
b. Perubahan penggandaan (aneusomi)
Umumnya sel soma memiliki 2n kromosom, namun tidak sedikit
organisme yang mempunyai susunan kromosom yang mempunyai susunan
kromoaom yang pengadaannya tidak benar sehingga jumlah kromosomnya
menjdi lebih untuk kurang dari normal.
Contoh : - nulisomik 2n 2
- monosomik 2n 1
- trisomik 2n + 1
- tetrasomik 2n + 2
Aneusomik dapat terjadi karene beberapa hal, yaitu :
- anafase lag : tidak melekatnya kromatid pada gelendong waktu anafase
meiosis I
- nondisjunction: gagal berpisahnya kromosom homolog paa waktu anafase
dari meiosis I
Makhluk aneusomik dapat hidup sehat sampai dewasa, asal kromosom yang
kurang atau lebih tidak begitu besar dan tidak dapat mengandung gen yang
berperan vital, atau fungsi gen tersebut dapat digantikan oleh gen yang lain
pada kromosom lain.
Manusia aneusomik dapat ditemukan pada :
- Sindrom turner (45,XO) adalah manusia yang menalami pengurangan
kromosom Y-nya sehingga mempunyai kariotipe 22AA + XO (2n 1). Orang
ini berkelamin wanita tetapi ovariumnya tidak tumbuh. Hal ini disebut
ovariculardysgensis.


- Sindrom klinefelter (47,XXY) adalah trisomik pada genosom, dan
mempunyai kariotipe 22AA + XXY (2n + 1).
Orang yang mengalami kelainan ini mempunyai ciri-ciri testis tidak tumbuh,
aspermania, mandul, dan payudara tumbuh walaupun jenis kelamin pria.
kelaminini dikenal dengan istilah testicular dysgensis.


- Sindrom patau adalah trisomik autosom pada kromosom nomor 13, 14
dan 15, dan mempunyai kariotipe 45A + XX atau 45A + XY (2n + 1). Orang
yang mengalami kelainan ini mempunyai ciri-ciri kepala kecil, mata kecil,
telinga posisinya rendah dan biasanya tuli, jantung mengalmi kelainan dan
mempunyia kemampuan rendah. Kelainan yang berupa jumlah set kromosom
yang melebihi normal pada umumnya menyebabkan gigantisme (pertumbuhan
yang cepat).
- Sindrom down adalah trisomik autosom pada kromosom nomor 21, dan
mempunyai kariotipe 45A + XX atau 45A + XY (2n + 1), yang disebut juga
mongolisme. Orang yang mengalami kelainan ini mempunyai ciri-ciri mata
sipit, kaki pendek, gerak lamban.



- Sindrom edwards (47,XX/XY) adalah trisomik autosom pada kromosom
nomor 16, 17 dan 18. individu yang mengalami kelainan ini mempunyai ciri-
ciri tengkorak lonjong, dada pendek danlebar, dan telinga rendah.


Sindrom wanita super (47,XXX), Cirinya: kromosom sex ada tiga XXX,
tubuh seringnya tinggi, menderita schizoprenia.


c. Perubahan struktur kromosom
Mutasi karena perubahan struktur kromosom berlangsung secara spontan,
dan dapat juga dilakukan secara eksperimental dengan induksi bahan kimia
atau radiasi. Perubahan ini umumnya dapat dilihat pada sel selama mitosis
atau miosis.
Beberapa hal yang menyebabkan perubahan struktur kromosom adalah
sebagai berikut:
a. Delesi : hilangnya sebagian segmen kromosom yang mengandung gen
karena patah

b. Duplikasi : patahnya sebagian segmen kromosom, lalu patahan tersebut
tersambung pada kromosom homolognya

c. Translokasi : patahnya sebagian segmen kromosom, lalu patahan
tersebut tersambung pada kromosom lain yang tidak homolog. Ada dua
jenis translokasi yaitu translokasi resiprok (timbal balik) dan translokasi
nonresiprok.

d. Inversi : sebagian segmen kromosom patah, lalu patahan tersebut
tersambung kembali tetapi dengan posisi terbalik. Ada dua macam inversi,
yaitu inversi perisentrik bila peristiwa inversi melibatkan perubahan posisi
sentromer. Bila peristiwa inversi tidak melibatkan perubahan posisi
sentromer disebut inversi parasentrik.

e. Katenasi : merupakan translokasi dua kromosom tidak homolog
sedemikian rupa sehingga menyebabkan dua pasang kromosom membentuk
struktur seperti lingkaran.





















IV. KESIMPULAN
Biologi molecular adalah Ilmu yang mempelajari semua proses kehidupan
didalam sel pada tingkat molekuler. Biomol mencakup Biokimia, biosel dan
genetic. Dimana semua itu berjalan secara sirkular. Sintesis protein, mutasi
genetic, rekayasa gentic, jejas, adaptasi, dan kematian sel, serta dasar-dasar enzim
merupakan terapan dari biologi molecular yang saling berkaitan.


















DAFTAR PUSTAKA
Campbell, N.A., J.B. Reece, L.G. Mitchell. 2002. Biologi. Terj. dari Biology; oleh
Lestari, R. dkk. Jakarta; Erlangga.
Pringgoutomo, S., dkk. (2006). Buku Ajar Patologi 1 (Umum). Jakarta: Sagung Seto.
Price, S. A., & Wilson, L. M. (2003). Pathophysiology: Clinical Concepts of Disease
Proccesses. 6th Ed. (Terj. dr. Brahm U. Pendit, dkk). Jakarta: Penerbit Buku
KedokteranEGC.
Robbins & Cotran. (2009). Buku Saku Dasar Patologis Penyakit. Jakarta : EGC