1.
Untuk meningkatkan hasil pertanian pada masa sekarang ini dilakukan secara modern
misalnya pemuliaan tanaman dengan menciptakan tanaman transgenik (tanaman yang
gennya telah dimodifikasi), kultur jaringan, biopestisida, dan sebagainya.
2.
3.
4.
5.
RAPD
RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) adalah metode untuk mendeteksi
dengan cepat genomic polymorphisms dengan menggunakan oligonukleotida primer tunggal
dan pendek yang akan menempel secara acak dalam proses PCR, dan akan menghasilkan
serangkaian produk untuk dianalisis dengan gel elektroforesis serta dapat memperbanyak satu
atau lebih bagian DNA hingga jutaan kali secara cepat dan tepat.
Teknik RAPD dapat memberikan hasil lebih cepat tanpa harus menggunakan DNA
dalam jumlah banyak, serta proses preparasi relatif lebih mudah jika dibanding dengan teknik
lain.
RAPD mempunyai keterbatasan, salah satunya adalah tidak dapat membedakan
individu homozigot dan heterozigot karena bersifat sebagai penanda dominan. Adanya
perubahan sekecil apapun dalam reaksi dapat mengubah jumlah dan intensitas produk
amplifikasi sehingga keterulangan sulit untuk dipertahankan.
RFLP
Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) atau Polimorfisme Panjang
Berkas Restriksi adalah suatu teknik untuk mengetahui perbedaan antar
organisme dengan analisis pola yang berasal dari pembelahan DNA.
RFLP dapat digunakan dalam berbagai pengaturan yang berbeda untuk mencapai tujuan
yang berbeda. Menurut Abuzenadah (2009) serta Dudu dan koleganya (2010), RFLP dapat
diaplikasikan dalam hal-hal berikut:
1. RFLP dapat digunakan dalam kasus paternitas atau kasus kriminal untuk menentukan sumber
sampel DNA, biasanya dalam hal forensik.
2. RFLP dapat digunakan untuk menentukan status penyakit dari suatu individu.
3. RFLP dapat digunakan untuk mengukur tingkat rekombinasi yang dapat mengarah kepada
peta genetik dengan jarak antara lokus RFLP, diukur dalam centiMorgans (cM: unit yang
digunakan untuk mengukur tingkat hubungan genetik).
AFLP
Merupakan teknik yang bekerja atas dasar selektif PCR amplifikasi dari DNA
fragmen yang degenerate dengan enzim retriksi. Pada dasarnya AFLP merupakan
gabungan dari teknik RLFP dan teknik PCR.
Keunggulan teknik AFLP menurut Vos et al. (1995),
tidak memerlukan informasi sekuen dari genom dan perangkat (kit)
kromosom,
jumlah lokus yang diperoleh dari setiap reaksi lebih banyak, hal ini
keterampilan khusus
serta pengadaan alat dan bahan sangat mahal. Teknik ini sedikit rumit karena
melibatkan enzim restriksi dan amplifikasi.
Prosedur AFLP lebih banyak membutuhkan tenaga dan lebih mahal daripada
analisis RAPD, Marka AFLP mirip dengan RAPD, tetapi primernya spesifik dan
jumlah pitanya lebih banyak.