BIOKIMIA LANJUT

Pemilahan dan
Distribusi Protein
Disusun oleh :
Noorma Paramitha 4411413009
Novi Latifa 4411413033
Irma Susanti 4411413043

Pendahuluan
Pemilahan protein
Pemilahan atau penyortiran protein adalah
mekanisme yang dilakukan sel untuk
mengangkut protein ke posisi yang tepat di
dalam maupun di luar sel.

 sintesis DNA mempertahankan

informasi genetik dan
diwariskan ke generasi
berikutnya
sintesis RNA (transkripsi)
adalah transfer informasi dari
DNA di mana disimpan ke
dalam RNA yang dapat
diangkut dan diinterpretasikan.
Ribosom menerjemahkan
nukleotida pada mRNA
menjadi urutan asam amino
yang menghasilkan polipeptida

Transcription
INITIATION

ELONGATION

TERMINATION

TRANSLASI
Inisiasi - perakitan
ribosom pada
molekul mRNA.
Elongasi-siklus
berulang
penambahan asam
amino.
Terminasi pelepasan dari
rantai protein baru.

 Baik pada prokariot dan eukariot, protein yang baru

disintesis harus dikirimkan ke lokasi subselular
tertentu atau diekspor dari sel untuk kegiatan
tepat. Fenomena ini disebut protein targeting.
Penargetan protein diperlukan untuk protein yang
bekerja di luar sitoplasma.
Proses pengangkutan ini dilakukan berdasarkan
informasi yang terkandung dalam protein itu
sendiri.
penyortiran yang benar sangat penting untuk sel;
kesalahan dapat menyebabkan penyakit.

Protein translocation
Pada tahun 1970, Gnter Blobel
melakukan percobaan pada translokasi
protein melintasi membran.
Ia dianugerahi Hadiah Nobel tahun 1999
untuk penemuannya.
Ia menemukan bahwa banyak protein
memiliki urutan sinyal, yaitu, amino acid
pendek di salah satu ujung yang berfungsi
seperti kode pos untuk organel sasaran.

TARGETING PATHWAYS

Posttranslational
translocation
Meskipun sebagian besar protein
ditranslokasikan secara co
translational, beberapa
diterjemahkan dalam sitosol dan
kemudian diangkut ke tujuan
mereka. Hal ini terjadi bagi protein
yang masuk ke mitokondria,
kloroplas, atau Peroksisom.

Co translational translocation
Protein yang telah disintesis
ditransfer ke reseptor SRP pada
retikulum endoplasma (ER), sebuah
organel membran tertutup.
Di sana, protein baru dimasukkan ke
dalam kompleks translokasi

Targeting signals
sinyal penargetan adalah potongan-potongan informasi yang
memungkinkan mesin transportasi seluler untuk benar posisi protein di
dalam atau di luar sel.
Informasi ini terdapat dalam rantai polipeptida atau protein lipatan.
Dengan tidak adanya menargetkan sinyal, protein akan tetap di sitoplasma
Peregangan terus menerus residu asam amino dalam rantai yang
memungkinkan menargetkan disebut peptida sinyal atau penargetan
peptida.

Ada dua jenis penargetan peptida.

The presequences

The internal targeting peptides

- Peptida penargetan internal

The Presequences
presequences dari peptida menargetkan pada ekstensi
N-terminal.
Hal ini terdiri dari antara 6-136 asam amino dasar dan
hidrofobik.
Dalam kasus peroksisom kebanyakan targeting
sequence pada perpanjangan C-terminal.
urutan sinyal dikeluarkan dari protein akhir oleh sinyal
peptidase khusus setelah proses penyortiran telah
selesai

The internal targeting peptides

the targeting peptides are often found at
the with in polypeptide chain, not at any
end .

Compartmentalization of Cells
2 Types of Sorting Signals in Proteins
1.

Signal Sequence
continuous sequence of 15-60 aa
sometimes removed from finished protein
sometimes a part of finished protein

2.

Signal Patch

specific 3d arrangement of atoms on protein surface; aas

distant
persist in finished protein

Compartmentalization of Cells
Signal Sequences/Patches
Direct Proteins to Final Destination
Signal patches direct proteins to:
1. nucleus
2. lysosomes
Signal Sequences direct proteins to:
1.ER proteins possess N-terminal signal of 5-10 hydrophobic aa
2. mito proteins have alternating + chg aa w/ hydrophobic aa
3. proxisomal proteins have 3 aa at C-terminus

Sorting signals recognize complementary

sorting receptors

Receptors unload cargo

Function catalytically and are reusable

Proteins Can Move Between Compartments in Different Ways

3 Types of Transport Mechanisms

1. Gated Transport (Nucleus):

gated channels
topologically equivalent spaces
2. Transmembrane Transport
(Mitokondria, kloroplas, Peroksisom):
protein translocators
topologically distinct space
3. Vesicular transport (ER):
membrane enclosed intermediates
topologically equivalent spaces

Gated transport
The protein traffic between
the cytosol and nucleus
occurs
between
topologically
equivalent
spaces,
which
are
in
continuity
through
the
nuclear pore complexes.

The
nuclear
pore
complexes function as
selective
gates
that
actively transport specific
macromolecules
and
macromolecular
assemblies,

Transmembrane transport
Protein
tranlocator
ikatanmembran
secara
langsung
mentransport protein spesifik dari
sitosol
melewati
membran
menuju ruang yang letaknya
berbeda-beda
Molekul
protein
transport
biasanya harus unfold (tidak
terlipat)
untuk
memudahkan
molekul
tersebut
mengular
melalui translocator
Inisial transport dari prtoein yang
terpilih dari sitosol menuju lumen
lumen R.E atau dari sitosol
menuju mitokondria.

vesicular transport
Protein dari R.E ke aparatus
golgi dan protein ke R.E, contoh
yang terjadi pada jalur berikut:
Intermediet
transport---yang
mana biasanya ukurannya kecil,
transport vesikel sphaerik atau
yang lebih luas, bagian-bagian
kecil organela yang berbentuk
tidak beraturan protein ferry dari
satu bagian ke bagian lain.
Transfer
dari
bagian
yang
mudah
larut
dikenali
oleh
reseptor
pelengkap
pada
membran yang tepat

Gated transport

Transport of Molecules Btwn Nucleus and

Cytosol

Nuclear Envelope

Two concentric membranes

-Outer membrane berdekatan w/ER
-Inner membrane contains proteins
that act as
binding sites for chromatin and
nuclear lamina

Perforated (banyak lubang) by nuclear

pores for selective
import and export

transport molekul antara nukleus

dan sitosol

Membran yang membungkus nukleus melingkupi DNA dan

menegaskan perbatasan bagian nukleus tersebut
Membran pembungkus nukleus ini terdiri dari dua membran
konsentris yang dipenetrasi oleh kompleks pori nuklesus
Membran inti dan membran luar nukleus yang secara
berkelanjutan menjaga komposisi protein yang berbeda.
Membran inti dari nukleus ini mengandung protein spesifik yang
bertindak sebagai binding site (tempat terikatnya) kromatin dan
untuk protein meshwork (tautan) dari membran nukleus yang
dilengkapi struktur yang mendukung untuk membran inti.
Membran inti dikelilingi oleh membran luar nukleus, yang mana
berkelanjutan dengan membran RE. Seperti membran RE,
membran luar nukleus terdapat ribosom tersebar yang
digunakan dalam sintesis protein (khususnya translasi).
Protein dibuat pada ribosom yang ditransport menuju ruang
diantara membran luar dan membran dalam nukleus (perinuclear
space), yang mana berkelanjutan dengan lumen RE dengan
ribosom yang digunakan dalam sintesis protein.
Jalur lintas dua arah terjadi secara berkelanjutan antara sitosol
dan nukleus.
Beberapa protein seperti protein histon, DNA, RNA polymerase,
gen regulator diimpor ke bagian nukleus dari sitosol.
Protein dan RNA-processing protein diseleksi tRNA dan mRNA
yang disintesis dalam bagian nukleus dan kemudian diekspor ke
sitosol.

TRANSPORT OF MOLECULES BTWN NUCLEUS

AND CYTOSOL
Nuclear Pore Complex
Contains >1 aqueous channels
thru which sm molec can readily
pass <5,000; molec > 60,000
cannot pass
Receptor proteins actively
transport molec thru nuclear pore

Transport of Molecules Between Nucleus and

Cytosol
Nuclear Localization Signal (NLS)

Generally comprised of two short

sequences rich in + chged aa lys & arg
Can be located anywhere
Thought to form loops or patches on
protein surface
Resident, not cleaved
Transport thru aqueous pores as opposed
to translocator proteins
Transports proteins in folded state
Energy requiring process

Transport of Molecules Between Nucleus and Cytos

Nuclear Import- the players
Importins = cytosolic receptor
protein binds to NLS of cargo
proteins
Nucelar Export Receptors =
binds macromolecules to be
exported from nucelus
Adaptors = sometimes required
to bind target protein to nuclear
receptor
Ran = cytosolic GTP/GDP
binding protein complexes with
importins in the cytosol.
Fibril proteins and nucleoporins
contain phenylalanine/glycine
repeats (FG) repeats. Repeats
transiently bound and released
by importin/cargo/Ran-GDP,
causing the complex to hop
into the nucleus

Import Receptors release cargo in nucleus and return to cytosol

Export Receptors release cargo in cytoplasm and return to nucleus

Impor dan Ekspor protein pada nukleus

Protein mengkode protein

reseptor yang
terspesialisasi untuk
transport sekelompok
protein dari nukleus yang
terbagi secara struktural
sinyal lokalisasi yang sama
seperti pada nukleus.
Reseptor impor pada
nukleus tidak selalu terikat
secara langsung pada
protein nukleus.
Penambahan protein
adaptor kadang digunakan
sebagai jembatan antara
reseptor impor dan sinyal
lokalisasi nukleus pada
protein untuk ditransport.
Ekspor-ribosomal subunit
dan molekul RNA.
Untuk ekspor dan impor
energi yang dibutuhkan.

Transport of Molecules Btwn Nucleus and

Cytosol
Ran GTPase= molecular switch
Drives directional transport in appropriate directin
Conversion btwn GTP and GDP bound states mediated by Ran specific regulatory
proteins
GAP converts RNA-GTP to Ran-GDP via GTP hydrolysis
GEF promotes exchg of GDP for GTP converting Ran-GDP to Ran-GTP
Ran GAP in cytosol thus more Ran-GDP in cytosol
Ran GEF in nucleus thus more Ran-GTP in nucleus

Transport of Molecules Between Nucleus and

Cytosol
Nuclear Export
Works like import in reverse
Export receptors bind export signals and nucleoporins to guide
cargo thru pore
Import and export receptors member of same gene family

Transport of Molecules Btwn Nucleus and

Cytosol

Regulation Afforded by Access to Transport Machinery

Controlling rates of import and export determines steady state location

phosphorylation/dephosphorylation of adjacent aa may be required for receptor binding
Cytosolic anchor or mask proteins block interaction w/ receptors
Protein made and stored in inactive form as ER transmembrane protein

Transport of Molecules Between Nucleus and

Cytosol
Control of mRNA Export

Proteins w/ export signals loaded onto RNA during transcription and

processing (RNP)
Export signals guide RNA out of nucleus thru pores via exportin proteins than
bind RNP
Export mediated by transient binding to FG repeats
Imature mRNAs retained by anchoring to transcription and splicing
machinery
Proteins disassociate in cytosol and return to nucleus

Transmembrane
transport

Mitokondria dan kloroplas

Mitokondria dan kloroplas adalah organela yang
dilindungi double membran
Keduanya terspesialisasi dalam sintesis ATP,
menggunakan energi derivat dari transport
electron dan fosforilasi oksidatif dalam mitokondria
dan dari fotosintesis dalam kloroplas.
Kedua organel tersebut mengandung DNA,
ribosom, dan komponen lain mereka sendiri yang
dibutuhkan untuk sintesis protein.
Perkembangan mereka tergantung terutama pada
import protein dari sitosol.

THE TRANSPORT OF PROTEINS INTO

MITOCHONDRIA AND CHLOROPLASTS


Translokasi
protein
ke
membran
mitokondria
dijembatani oleh multi-subunit
protein
kompleks
yang
berfungsi
sebagai
protein
translocator.
TOM ,TIM 23,TIM22 ,OXA
TOM mentransport protein
perkusor mitokondria, nukleus
mengkode protein mitokondria
TIM23-proteins menuju ruang
matriks.
TIM22-mediasi sisipan dari
subclass
protein
membran
dalam,
termasuk
protein
carrier
yang
mentransport
ADP, ATP dan fosfat.
OXA-mediasi
sisipan
protein membran dalam.

dari

Protein Transport into the Mitochondria

Impor dari protein mitokondria.

Post-translational: Unfolded polypeptide chain
1. protein prekursor terikat pada protein reseptor dari TOM complex
2. interaksi protein tersebut melepaskan dan membuka polipeptida untuk
memudahkan polipeptida masuk dalam channel translokasi
Terjadi penggabungan hubungan situs membran inti dan membran luar, TOM
mentransport sinyal target mitokondria ke membran luar dan sekali hal tersebut tercapai,
sinyal target membran dalam terikat pada TIM, membuka channel kompleks melalui jalur

Protein Transport into the Mitochondria

Import dari protein mitokondria:

Dibutuhkan energi dalam bentuk ATP dan gradien H+ dan and bantuan dari hsp70
-melepaskan protein unfolded dari hsp70 membutuhkan hidrolisis ATP
sekali melewati TOM dan terikat pada TIM, translokasi melewati TIM
membutuhkan gradien elektrokimia.

Protein Transport into the Mitochondria

Transpor Protein menuju Membran Inti atau Ruang membran Inti membutuhkan
2 sequence sinyal
1. Sinyal kedua (Second signal)= hydrophobic sequence; segera setelah sequence sinyal
pertama
2. Pembelahan dari sequence N-terminal unmasks sinyal kedua digunakan untuk translokasi
protein dari matriks ke bagian membran inti menggunakan OXA
3. OXA juga digunakan untuk transport protein yang dikode dalam mitokondria menuju
membran inti

Protein Transport into the

Mitochondria and Chloroplast
Protein Transport into Chloro Similar to Transport into
Mito
1.
2.
3.
4.
5.
6.

occur posttranslationally
Use separate translocation complexes in ea membrane
Translocation occurs at contact sites
Requires energy and electrochemical gradient
Use amphilpathic N-terminal signal seq that is removed
Like the mito a second signal sequence required for
translocation into thylakoid mem or space

CHLOROPLAST
Preprotein untuk kloroplas bisa
mengandung sekuens impor
dari stroma atau stroma, dan
sekuens
target
tilakoid.
Sebagian
besar
preprotein
ditranslokasi melalui Toc dan Tic
kompleks yang terletak dalam
membran kloroplas.
dalam stroma, sekuens impor
stroma terpotong dan melipat
seperti
yang
terjadi
pada
pemilahan intra-kloroplas yang
membentuk
tilakoid
terusmenerus
Protein
menargetkan
pada
membran kloroplas umumnya
kekurangan sekuens pemilahan
protein yang mampu terbelah.

TRANSLOCATION OF PROTEIN IN
CHLOROPLAST

The vast majority of chloroplast proteins are

synthesized
as
precursor
proteins
(preproteins) in the cytosol and are imported
post-translationally into the organelle.
Most proteins that are destined for the
thylakoid membrane,
Preproteins that contain a cleavable transit
peptide are recognized in a GTP-regulated
manner12 by receptorsof the outer-envelope
translocon,
which
is
called
theTOC
complex.
The preproteins cross the outer envelope
through an aqueous pore and are then
transferred to the translocon in the inner
envelope,which is called the TIC complex.
The TOC and TIC translocons function
together during the translocation process
Completion of import requires energy,which
probably comes from the ATP-dependent
functioning of molecular chaperones in the
stroma.
The stromal processing peptidase then
cleaves the transit sequence to produce the
mature form of the protein, which can fold
into its native form.

vesicular transport

vesicular transport
Proteins from the ER to the
Golgi
apparatus
and
proteins to E.R, for example,
occurs in this way.
transport
intermediates
which may be small, spherical
transport vesicles or larger,
irregularly shaped organelle
fragmentsferry proteins from
one compartment to another.
The
transfer
of
soluble
recognized
by
a
complementary receptor in
the appropriate membrane.

Peroxisomes and Protein Import

Peroxisomes
Use O2 and H2O2 to carry out oxidative reactions
R + H2O2
Remove H from specific organic compounds RH2 + O2
Catalases use H2O2 to oxidize other substances, particularly in liver and kidney detoxification
H2O2 + RH2
R + H2O
Beta Oxidation
Formation of plasmalogens (abundant class of phospholipids in myelin)
Photorespiration and glyoxylate cycle in plants

Peroxisomes and Protein Import

Peroximsomes in Plants
Site of Photorespiration= glycolate pathway in leaves
Called glyoxysomes in seeds where fats converted into
sugar

Proxisomes and Protein Import

Peroxisomes arise from pre-existing peroxisomes
Signal sequence of 3 aa at COOH end of peroxisomal proteins=
import signal
Some have signal sequence at N-terminus
Involves >23 distinct proteins
Driven by ATP hydrolysis
Import mechanism distinct, not fully characterized
Oligomeric proteins do not unfold when imported
Zellweger Disease= peroxisomal deficiency

THE ENDOPLASMIC RETICULUM

RE terorganisasi menjadi sebuah jaringan seperti labirin percabangan
tubulus dan kantung pipih yang mengulur melalui sitosol, untuk
menghubungkan antara bagian-bagiannya tersebut..
RE memiliki peranan utama dalam biosintesis lipid dan protein.
Membran RE merupakan sisi produksi dari semua protein transmembran
dan lipid untuk sebagian besar organel (RE, apparatus golgi, lisosom,
endosom, vesikel sekretori, dan membran plasma).
Membran RE membuat kontribusi utama ke mitokondria dan membran
peroksisom melalui produksi sebagian besar lipid mereka.
Hampir sebagian besar protein yang akan disekresi menuju luar sel
sekaligus ditujukan untuk lumen ER, Golgi apparatus, atau lisosom yang
awalnya dikirimkan menuju lumen RE.

TRANSLOCATION OF PROTIENS IN E.R

Utilization of different coats in

vesicular traffic

VESICULAR TRANSPORT FROM ER to GC

Protein RE yang keluar dari RE

dikembalikan ke RE melalui
transport vesikel
(A)Reseptor KDEL hadir dalam
rangkaian tubular vesikular dan
apparatus golgi, menangkap
protein RE yang mudah larut
dan membawa mereka ke
COPI-coated
transport
kembali
ke
RE.
Selama
pengikatan
ligan
pada
lingkungan
ber-PH
rendah,
reseptor
KDEL
mungkin
mengubah konformasi,sehingga
memudahkan, pengerahannya
menuju budding COPI-coated
vesicles.
(B) Perbaikan dari protein RE,
mulai dalam rangkaian tubulus
vesikular dan melanjutkan dari
semua bagian apparatus golgi.

TARGETING OF SECRETARY
PROTEINS

The Golgi apparatus

Apparatus golgi merupakan organel
integral dalam modifikasi, pemilahan,
dan, pengemasan makromolekul ini
untuk sekresi sel (eksositosis) atau
menggunakan dalam sel.
Post office; it packages and labels
items(amannose-6-phosphate label to
proteins destined forlysosomes) which
it then sends to different parts of the
cell.
glycosylationrefers to the enzymatic
process
that
attachesglycansto
proteins,lipids,
or
other
organic molecules.
Glycosylation is a form of cotranslational
and
post-translational modification

Five classes of glycans are produced :

N-linked glycans attached to nitrogen of asparagine or arginine
side-chains. N-linked glycosylation requires participation of a
special lipid called dolichol phosphate.
O-linked glycans attached to the hydroxy oxygen of serine,
threonine, tyrosine, hydroxylysine, or hydroxyproline sidechains, or to oxygens on lipids such as ceramide
phospho-glycans linked through the phosphate of a phosphoserine;
C-linked glycans, a rare form of glycosylation where a sugar is
added to a carbon on a tryptophan side-chain
Glypiation, which is the addition of a GPI anchor that links
proteins to lipids through glycan linkages.

Protein trafficking or site specific transport

THANK YOU