TUGAS UAS MATA KULIAH PEMULIAAN MOLEKULAR DAN TEKNOLOGI TRANSGENIK

Metode Evaluasi Tanaman Transgenik - Padi Transgenik Toleran Kekeringan

DISUSUN OLEH :

Indrawan Adi Sucipto

PROGRAM STUDI AGROTEKNOLOGI FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS PADJADJARAN 2012/2013

BAB I PENDAHULUAN Kekeringan merupakan salah satu faktor yang berdampak pada penurunan produksi tanaman padi. Salah satu usaha untuk menanggulangi masalah kekeringan adalah menanam varietas toleran. Perakitan varietas padi toleran terhadap cekaman kekeringan dapat dilakukan menggunakan teknik rekayasa genetik dengan mengintroduksikan gen ke genom padi melalui Agrobacterium tumefaciens. Respon dari berbagai genotipe tanaman terhadap cekaman kekeringan bersifat dinamis, sehingga pengujian tingkat toleransi terhadap cekaman kekeringan perlu dilakukan pada berbagai tingkat pertumbuhan tanaman (fase vegetatif dan generatif).

BAB II Metode Evaluasi Tanaman Transgenik Identifikasi dan karakterisasi gen diperlukan dalam berbagai percobaan molekuler antara lain isolasi ataupun mempelajari ekspresinya Setelah melewati tahap perakitan, tanaman transgenic yang telah jadi sebelum dirilis perlu dilakukan beberapa evaluasi, diantaranya evaluasi karakterisasi molekuler dan karakterisasi agronomi. A. Karakterisasi molekuler Konfirmasi keberadaan transgen serta kestabilannya. Untuk mengkonfirmasi keberadaan dan integrasi transgen dapat dilakukan dengan polymerase chain reaction (PCR) dan hibridisasi Southern-blot. Southern Blot atau DNA Blot digunakan untuk mendeteksi DNA sekuens yang spesifik untuk gen tertentu pada suatu spesies dan untuk mengetahui jumlah salinan transgen pada tanaman transgenik. Teknik ini dikenalkan oleh Edwin Southern pada tahun 1975. Tahapan Sothern Blot secara sederhana adalah: Isolasi DNA, Pemotongan DNA genomic dengan enzim restriksi, Gel elektroforesis, Transfer DNA dari gel ke membrane nitroselulose dan deteksi keberadaan gen target dengan probe. Pada tanaman transgenic toleran kekeringan biasanya digunakan PCR untuk proses karakterisasi molekulernya, Polymerase chain reaction adalah teknik cepat untuk mengamplifikasi fragmen DNA spesifik secara in vitro dengan menggunakan sepasang primer untai tunggal pendek (primer reverse dan forward). Sejumlah kecil fragmen DNA yang diinginkan dapat di amplifikasi secara berulang sampai jutaan kali dalam beberapa jam menggunakan teknik ini. Polymerase chain reaction merupakan metode yang sensitif, selektif, dan cepat dalam menggandakan DNA target yang diinginkan (Murray et al. 2003), sehingga dari satu pasag molekul DNA dapat diperbanyak menjadi jutaan kali lipat setelah 30-40 siklus PCR (Campbell et al. 2002). Komponen-komponen yang dibutuhkan untuk PCR yaitu fragmen DNA yang akan diamplifikasi (DNA cetakan),

sepasang primer oligonukleotida, enzim DNA polymerase yang tahan panas, empat macam nukleotida (dATP, dGTP, dCTP, dan dTTP), serta bufer reaksi yang mengandung MgCl2. Alat ini mampu secara cepat mengubah temperatur yang dibutuhkan untuk siklus berulang.

Konfirmasi ekspresi dari gen yang di introduksi serta kestabilannya. Konfirmasi ekspresi gen yg di introduksi perlu dilakukan untuk mengetahui apakah gen tersebut dapat terekspresi pada tanaman target. Analisis dapat dilakukan dengan dot-blot (ELISA) maupun Western-blot. Western blot adalah sebuah metode untuk mendeteksi protein pada sampel jaringan serta dapat memberikan informasi tentang ukuran protein dan tentang ekspresi protein. Imunoblot menggunakan elektroforesis gel untuk memisahkan protein asli atau perubahan oleh jarak polipeptida atau oleh struktur 3-D protein. Protein tersebut dikirim ke membran, di mana mereka dideteksi menggunakan antibodi untuk menargetkan protein. Western blot tergantung pada kualitas antibodi digunakan untuk menyelidiki protein, dan bagaimana spesifik itu untuk protein ini.

B. Karakterisasi agronomi/ fenotipik Padi Transgenik Toleran kekeringan. Untuk karakterisasi agronomi/ fenotipik pada tanaman padi transgenic dapat dilakukan dengan cara mengamati tinggi tanaman padi. Setelah itu dilakukan pemanenan dan diamati panjang malai, jumlah cabang malai dalam satu malai, jumlah gabah hampa dalam satu malai, jumlah gabah isi dalam satu malai, dan berat 100 bulir padi isi dari setiap sampel.

BAB III KESIMPULAN Dalam tahap perilisan, tanaman transgenic perlu dievaluasi berdasarkan karakter agronomi dan karakter molekuler. . Evaluasi ini diperlukan untuk memastikan bahwa gen yang di transfer ke tanaman transgenic sesuai dengan yang diharapkan. Dalam evaluasi karakter molekuler dapat menggunakan berbagai teknik diantaranya PCR, teknik Western Blot, teknik Southern Blot serta ELISA. Semua teknik itu dilakukan untuk mendeteksi transgen pada tanaman transgenic dan untuk mengetahui ekspresi yang dihasilkan. Selain itu evaluasi karakter agronomi dilakukan dengan melihat penampilan/fenotipik tanaman transgenic yang kemudian dibandingkan dengan karakter agronomi tanaman non-transgenik. Jika karakter agronomi sama atau tidak berbeda jauh dengan karakter agronomi tanaman non-transgenik maka tanaman transgenic tersebut dianggap aman untuk dikonsumsi dan dapat dirilis.

REFERENSI Southern EM. 1975. Detection of specific sequences among DNA fragments separated by gel electrophoresis. J Mol Biol 98:503-517. Diakses online at http://biotektanaman.wordpress.com/2009/11/06/mengenal-southern-blot/, (8-1-13) Anonym. Definition Southern Blot. Avaible Online at

http://www.nature.com/scitable/definition/southern-blot-289, diakses 8-1-13 Kartini, Rizki Ayu. 2012. Karakterisasi Molekuler Padi Transgenik Dengan Beberapa Metode Isolasi DNA.

http://repository.ipb.ac.id/bitstream/handle/123456789/58980/G12rak1.pdf?sequence=1, diakses 5-1-13 Molecular Station. Western Blot. Available online at :

http://www.molecularstation.com/protein/western-blot/ (diakses 8-1-13)