Tugas Kelompok

Mk: Bioteknologi
KEGUNAAN DNA DAN PROTEIN SEBAGAI REAGENT

Oleh
Kelompok 3
Muallimah
irawati
lutf
Ahmad rivai
PRODI PENDIDIKAN BIOLOGI
FAKULTAS TARBIYAH DAN KEGURUAN
UNIVERSITAS ISLAM NEGERI (UIN) ALAUDDIN MAKASSAR

2012

KATA PENGANTAR
1

Puji
hidayanya
Kegunaan

syukur atas kehadirat Allah swt, karena dengan

sehingga
DNA

makalah

dan

Protein

Bioteknologi
Sebagai

dengan

judul

Reagent

dapat

terselesaikan sesuai dengan waktu yang telah diprogramkan.

Terimah kasih penyusun ucapkan kepada dosen mata kuliah yang
bersangkutan atas bantuannya dalam menyelesaikan makalah ini.
Makalah ini kami susun sebagai tugas persyaratan untuk
lulus dalam mengikuti mata kuliah ini. Penyusun mengharapkan
agar makalah ini dapat memberikan manfaat bagi semua kalangan,
terutama dalam kalangan mahasiswa khususnya bagi penyusun.
Penyusun menyadari bahwa laporan ini masih jauh dari
kesempurnaan, oleh karena itu penyusun mengharapkan kritikan
dan saran yang bersifat membangun demi penyelesaian makalah
selanjutnya.

Makassar, 28 Maret 2012

Penyusun

Kelompok 3

BAB I
PENDAHULUAN

Teknologi yang melibatkan sistim biologis dengan mengeksploitasi aktivitas

biokimia dari organisme hidup atau produknya. Suatu bidang penerapan biosain dan
teknologi yang menyangkut penerapan praktis organisme hidup atau komponen sub
selulernya pada industri jasa manufactur pengelolaan lingkungan.
Penggunaan secara terpadu ilmu pengetahuan biokimia, mikrobiologi dan
teknik dalam upaya untuk menghasilkan suatu penerapan teknologi (industri) dari
kemampuan mikroorganisme , sel kultur jaringan dan bagian-bagiannya.
Penerapan prinsip-prinsip ilmu pengetahuan dan teknik dalam pengolahan
materi oleh

unsur-unsur biologis untuk menghasilkan barang dan jasa. Ilmu

pengetahuan tentang berbagai proses produksi yang berdasarkan pada kerja

mikroorganisme serta komponen aktifnya dan pada proses produksi yang
melibatkan penggunaan sel dan jaringan dari organisme yang lebih tinggi.
Bioteknologi tidak lebih dari sebuah nama yang diberikan pada seperangkat
teknik dan proses. Penggunaan organisme hidup dan komponennya dalam proses
pertanian, industri pangan serta berbagai proses industri lainnya. Dalam pembuatan
hal tersebut bahan yang dipakai adalah DNA dan Protein sebagai reagentnya.

BAB II
PEMBAHASAN

Asam deoksiribonukleat. Mungkin terdengar asing di telinga. tapi Bagaimana

kalau DNA? tedengar familiar bukan. Setiap orang pernah mendengarnya, namun
banyak yang belum memahami DNA dan kegunaannya.Sebenarnya Asam
deoksiribonukleat, lebih dikenal dengan DNA (bahasa Inggris: deoxyribonucleic
acid), adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun
berat kering setiap organisme. Di dalam sel, DNA umumnya terletak di dalam
inti sel.
Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi
genetik; artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku
umum bagi setiap organisme. Di antara perkecualian yang menonjol adalah
beberapa jenis virus (dan virus tidak termasuk organisme) seperti HIV (Human
Immunodeficiency Virus).
Penggunaan DNA Dalam Teknologi
1. DNA dalam forensik
Ilmuwan forensik dapat menggunakan DNA yang terletak dalam darah,
semen, kulit, liur atau rambut yang tersisa di tempat kejadian kejahatan

untuk mengidentifikasi kemungkinan tersangka, sebuah proses yang

disebut fingerprinting genetika atau pemrofilan DNA (DNA profiling).
Dalam pemrofilan DNA panjang relatif dari bagian DNA yang berulang
seperti short tandem repeats dan minisatelit, dibandingkan. Pemrofilan
DNA dikembangkan pada 1984 oleh genetikawan Inggris Alec Jeffreys
dari Universitas Leicester, dan pertama kali digunakan untuk mendakwa
Colin Pitchfork pada 1988 dalam kasus pembunuhan Enderby di
Leicestershire, Inggris. Banyak yurisdiksi membutuhkan terdakwa dari
kejahatan tertentu untuk menyediakan sebuah contoh DNA untuk
dimasukkan ke dalam database komputer. Hal ini telah membantu
investigator menyelesaikan kasus lama di mana pelanggar tidak diketahui
dan hanya contoh DNA yang diperoleh dari tempat kejadian (terutama
dalam kasus perkosaan antar orang tak dikenal). Metode ini adalah salah
satu teknik paling terpercaya untuk mengidentifikasi seorang pelaku
kejahatan, tetapi tidak selalu sempurna, misalnya bila tidak ada DNA yang
dapat diperoleh, atau bila tempat kejadian terkontaminasi oleh DNA dari
banyak orang.
2. DNA dalam komputasi
DNA memainkan peran penting dalam ilmu komputer, baik sebagai
masalah riset dan sebagai sebuah cara komputasi.

Riset dalam algoritma pencarian string, yang menemukan kejadian

dari urutan huruf di dalam urutan huruf yang lebih besar, dimotivasi sebagian
oleh riset DNA, dimana algoritma ini digunakan untuk mencari urutan tertentu
dari nukleotida dalam sebuah urutan yang besar. Dalam aplikasi lainnya
seperti editor text, bahkan algoritma sederhana untuk masalah ini biasanya
mencukupi, tetapi urutan DNA menyebabkan algoritma-algoritma ini untuk
menunjukkan sifat kasus-mendekati-terburuk dikarenakan jumlah kecil dari
karakter yang berbeda.
Teori database juga telah dipengaruhi oleh riset DNA, yang memiliki
masalah khusus untuk menaruh dan memanipulasi urutan DNA. Database
yang dikhususkan untuk riset DNA disebut database genomik, dam harus
menangani sejumlah tantangan teknis yang unik yang dihubungkan dengan
operasi pembandingan kira-kira, pembandingan urutan, mencari pola yang
berulang, dan pencarian homologi.
Berdasarkan informasi genetik, DNA menempati tempat yang unik dan
sentral dalam biologi makromolekul. Susunan nukleotida DNA akhirnya
menjelaskan struktur utama semua RNA sel dan protein, dan enzim secara
tidak langsung dapat mempengaruhi sintesis seluruh unsur-unsur pokok sel,
menentukan ukuran, bentuk, dan fungsi dari setiap benda-benda hidup.

Struktur DNA merupakan alat yang bagus sekali untuk penyimpanan

stabil informasi genetic. Ungkapan penyimpanan stabil mejelaskan gambaran
statis dan tidak lengkap tentang peranan biokimia DNA dalam sel. Penjelasan
tepat tentang fungsi DNA harus juga menjelaskan bagaimana informasi
genetic dipancarkan dari satu generasi sel ke generasi berikutnya. Istilah
Metabolisme DNA dapat digunakan untuk menjelaskan dari mana salinan
molekul DNA yang tepat dibuat (replikasi), melalui proses yang
mempengaruhi struktur informasi didalamnya (perbaikan dan penggabungan
ulang).
Pentingnya menjaga integritas informasi pada DNA sangat ditekankan
ketika pembahasan berikutnya diperbaiki. DNA sangat rentan terhadap reaksi
yang membahayakan. Meskipun bahaya tersebut lambat, namun sangat berarti
karena perubahan susunan DNA yang sangat rendah biologi toleransinya.
DNA merupakan satu-satunya makromolekul yang menyebabkan sistem itu
ada, dan jumlah sistem, perbedaan, dan kerumitan yang menunjukan luasnya
wilayah dimana molekul DNA ada.
Proses dimana informasi genetic disusun kembali, secara kolektif
disebut rekombinasi, sepertinya mengingkari prinsip yang baru saja dibentuk.
Jika integritas informasi genetic merupakan sesuatu yang penting, kenapa
harus disusun kembali? Salah satu penjelasan sepertinya dibutuhkan untuk

menjaga level perbedaan genetic dengan menyediakan kombinasi allele baru,

kemungkinan lain dari bentuk gen tunggal. Meskipun tanpa penjelasan,
rekombinasi bukanlah proses yang buruk. Sebagian besar rekombinasi
konservatif pada satu hal bahwa informasi genetic tidak boleh dihilangkan
ataupun ditambah. Meskipun, pengamatan lebih dalam tentang rekombinasi,
proses perbaikan DNA atau regulasi gen dilakukan secara diam-diam.
Asam nukleat merupakan makromolekul yang memegang peranan
sangat penting dalam kehidupan organisme karena di dalamnya tersimpan
informasi genetik. Asam nukleat sering dinamakan juga polinukleotida karena
tersusun dari sejumlah molekul nukleotida sebagai monomernya. Tiap
nukleotida terdiri dari gugus fosfat, gula pentosa, dan basa nitrogen atau basa
nukleotida (basa N) yang terbagi menjadi basa purin dan basa pirimidin.
Terdapat dua macam asam nukleat, yaitu asam deoksiribonukleat atau
deoxyribonucleic acid (DNA) dan asam ribonukleat atau ribonucleic acid
(RNA). Berdasarkan strukturnya,kedua asam nukleat memiliki perbedaan,
terutama terletak pada komponen gula pentosanya. Gula pentosa penyusun
RNA adalah ribosa, sedangkan pada DNA gula pentosanya mengalami
kehilangan satu atom O pada posisi C nomor 2 sehingga dinamakan gula 2deoksiribosa

Dengan dipecahkannya misteri kode genetik, kini kita bisa mengetahui

protein apa yang dihasilkan suatu gen tanpa harus menganalisa proteinnya
secara langsung, cukup dengan bantuan komputer dan software
Bioinformatika, urutan basa DNA bisa diterjemahkan menjadi urutan asam
amino protein. Dengan kode genetik pula kita dapat lebih memahami prosesproses yang terjadi dalam sel makhluk hidup.
Dalam Central dogma dikatakan bahwa informasi biologi bermula dari
DNA ke RNA kemudian ke protein (Gambar 1). Namun, ada juga informasi
yang berasal dari RNA ke DNA seperti contohnya pada virus HIV yang hanya
memiliki RNA genom yang harus dikonversi dulu menjadi DNA. Untuk
mengkonversi RNA menjadi DNA, maka diperlukan enzim yang dikenal
dengan reverse transkriptase yang diketahui juga di miliki oleh virus tersebut.
Pakar biologi molekular juga berhasil memanfaatkan enzim tersebut, reverse
transcriptase, untuk mengkonversi mRNA menjadi complementary DNA
(DNA komplementer) yang lebih dikenal dengan cDNA.

Gambar 1. Central dogma: DNA menjadi RNA menjadi mRNA menjadi Protein.

Menggunakan cDNA dalam beberapa kegiatan molekular cenderung lebih

aman dibandingkan RNA (mRNA) secara langsung. Hal ini dikarena kestabilan
dari RNA itu sendiri yang mudah sekali terdegradasi oleh RNase. Sehingga untuk
berkerja dengan RNA secara langsung menjadi kurang efisien karena
membutuhkan tingkat kehati-hatian yang cukup tinggi. Oleh karena itu, cara yang
dianggap paling efektif dan efisien ketika ingin berkerja dengan RNA, yaitu
dengan menggunakan sekuens komplemen dari mRNA tersebut yang selanjutnya
dalam prosesnya menghasilkan cDNA. Begitupula, penyelidikan dengan DNA
Microarray juga mengkonversi mRNA menjadi cDNA untuk memproduksi
probesnya.
Secara deskripsi, cDNA merupakan untai ganda DNA yang dibuat dari mRNA
baik berasal dari prokariot maupun eukariot. Ketika mRNA berhasil diisolasi, maka
diperlukan beberapa reagent yang sangat penting dalam proses konversi tersebut yaitu
dNTPs (dGTP, dCTP, dATP and dTTP), primer, dan enzim reverse transcriptase.
Selanjutnya yang harus dilakukan adalah mencampurkan mRNA dengan campuran
reagen tersebut untuk membuat untai komplemen dari DNA (sintesis untai pertama).
Proses ini memakan waktu 10-60 menit tergantung enzim reverse transkriptase yang
digunakan. Kemudian mRNA harus dihilangkan dan untai kedua DNA dapat
disentesis. Secara umum proses tersebut digambarkan sebagai berikut.

10

Gambar 2. Empat jenis reagen Dasar yang diperlukan untu menghasilkan cDNA:
mRNA sebagai cetakan, dNTP, enzim reverse transcriptase dan primer
1. mRN
mRNA atau yang dikenal dengan messenger RNA merupakan untai tunggal
yang membawa kode genetik yang siap untuk ditranslasikan di ribosom
menjadi sebuah atau beberapa protein tertentu. Perlu diketahui bahwa tidak
semua RNA bisa langsung digunakan sebagai template untuk dibuat sebagai
cDNA kaitannya untuk mempelajari ekspresi suatu gen. Sebut saja RNA yang
disandikan oleh kelompok eukariot dimana RNA tersebut masih mengandung
sekuens asam nukleat yang tidak menyandikan protein tertentu atau yang
dikenal dengan intron. Oleh sebab itu intron tersebut perlu dihilangkan
sebelum digunakan sebagai templet untuk membuat cDNA. Sebaliknya
sebagian besar RNA dari prokariot bisa langsung digunakan sebagai templet
untuk membuat cDNA karena tidak memiliki intron.

11

2. dNTPs
dNTPs atau kependekan dari deoksi nucleotida triphosphate merupakan
larutan yang mengandung monomer penyusun DNA (Guanin, Adenin, Sitosin
dan Timin). Bahan ini sangat penting untuk kelanjutan sintesis cDNA dari
mRNA. Tanpa adanya dNTPs maka proses penyusunan komplemen dari
mRNA yang akan ditranskri balik dengan bantuan enzim reverse transkriptase
tidak akan berjalan karena tidak ada monomer yang bisa dipolimerisasi
menjadi untai cDNA.
3. Enzim Reverse Transcriptas
Enzim reverse transkriptase merupakan enzim yang digunakan untuk
mensintesis mRNA menjadi untai DNA. Di alam, banyak sekali jenis enzim
ini yang secara umum dimiliki oleh virus-virus yang memiliki asam nukleat
berupa RNA seperti HIV. Adapun enzim reverse transkriptase yang banyak
digunakan untuk membuat cDNA di antaranya adalah M-MLV reverse
transkriptase dari Moloney murine leukemia virus dan AMV reverse
transkriptase dari avian myeloblastosis virus. Enzim ini akan bekerja dari
ujung 3 ke ujung 5 dari mRNA.
4. Primer

12

Terdapat tiga jenis primer yang dapat digunakan untuk mensintesis cDNA.
a. Jika mRNA memiliki poly-A pada ujung 3, maka primer oligo-dT
dapat digunakan sebagai primer untuk semua mRNA secara simultan.
Umumnya primer jenis ini digunakan apabila mRNA yang digunakan
berasal dari sel eukariot, sebab pada sel eukariot sel akan
menambahkan poly-A (melakukan adenilasi) pada ujung 3 setelah
proses splicing untuk menghilangkan intron.
b. Jika cDNA yang akan dibuat berasal dari mRNA tertentu (mRNA
target) maka penggunaan primer spesifik dapat dilakukan. Primer jenis
umumnya digunakan pada mRNA dari sel prokariot karena mRNA
dari sel prokariot tidak mengandung poly-A (sel tidak melakukan poly
adenilasi.
c. Jika cDNA yang akan dibuat berasal dari seluruh mRNA secara acak,
maka random primer dapat digunakan. Namun, pemilihan primer
secara umum adalah tergantung pada jenis kebutuhan dan target
mRNA yang digunakan.

13

BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
Kesimpulan dari makalah ini adalah sebagai berikut :
1. DNA untai yang terdapat pada setiap makhluk hidup, berupa urutan 3
huruf yang mengkodekan asam amino penyusun protein. Dalam
bioteknologi yang biasanya dipakai adalah DNA komplementernya, hal ini
terjadi karena DNA lebih stabil dibandingkan apabila kita memakai RNA.
Biasanya reagent yang dipakai adalah dNTPs (dGTP, dCTP, dATP and
dTTP), primer, dan enzim reverse transcriptase.
2. Dna berperan dalam bidang forensik dan komputerisasi sedangkan protein
terlibat dalam sistem kekebalan tubuh dan pembuatan insulin untuk
penderita diabetes.
B. Saran
Sarannya adalah agar pembaca dapat memahami isi darai makalah ini
sehinggga dapat dengan mudah mengaplikasikannya dalam kehidupan seharihari.

14

DAFTAR REFERENSI
file:///C:/Users/Rahmat-Komp/Documents/ANAK%20BIOLOGI.htm
file:///C:/Users/RahmatKomp/Documents/Membuat%20cDNA%20%C2%AB
%20BIOTECHNOLOGY%20MOLECULAR.htm

15