PENUNTUN PRAKTIKUM

BIOKIMIA TANAMAN

DISUSUN OLEH :

S. M. SITOMPUL
WISNU EKO M.
M. ROVIQ

LABORATORIUM FISIOLOGI TUMBUHAN

JURUSAN BUDIDAYA PERTANIAN
FAKULTAS PERTANIAN UNIVERSITAS BRAWIJAYA
MALANG
2011

KATA PENGANTAR
Penuntun praktikum ini disusun dalam rangka memenuhi persyaratan Mata Kuliah
Biokimia Tanaman. Penuntun Praktikum ini dibuat secara praktis sehingga memudahkan
mahasiswa dalam mempelajari masalah dalam biokimia yang disesuaikan dengan fasilitasfasilitas yang tersedia. Diharapkan para mahasiswa bias lebih memahami materi-materi yang
disampaikan.

Akhirnya penyusun tidak lupa menyampaikan bahwa tulisan ini masih ada kekurangan,
sesuai dengan pepatah tidak ada gading yang tidak retak. Untuk itu penyusun mohon maaf
dan mengharapkan adanya saran dan kritik yang bersifat membangun dari pembaca.

Malang, Februari 2011

Penyusun

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

DAFTAR ISI

Kata Pengantar . i
Daftar isi . ii
Petunjuk Umum iii
Perlengkapan dan Kemananan Lab . 1
Pengantar Biokimia .. 5
Analisis Aktivitas -Amylase 8
Analisis Aktivitas Katalase (Peroksidase) . 10
Analisis Aktivitas Papain .. 14
Analisis Kadar Pati 16
Kromatografi .. 21
Asam Nukleat 23
Biodiesel I .. 25
Biodiesel II . 28

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

ii

PETUNJUK UMUM
1. TATA TERTIB
1.1 Peserta harus hadir 5 menit sebelum waktu praktikum yang ditetapkan dimulai dengan
mengisi daftar hadir, dan bagi yang terlambat tanpa alasan yang dapat
dipertanggungjawabkan tidak diperkenankan mengikuti acara praktikum.
1.2 Peserta harus menggunakan pakaian praktikum yang bersih dan rapi dan harus tetap
menjaga ketertiban dan kesopanan selama acara praktikum berlangsung.
1.3 Sebelum acara praltikum dimulai, peserta harus sudah siap membaca petunjuk praktikum
yang selalu dibawa setiap acara praktikum.
1.4 Alat-alat harus digunakan secara hati-hati, dan kerusakan adalah tanggung jawab praktikan
secara individual atau secara kelompok.
1.5 Penggunaan bahan kimia yang berbahaya harus hati-hati dan ikuti petunjuk yang disiapkan
untuk itu, dan kalau ragu-ragu minta bimbingan asisten.
1.6 Selesai acara praktikum, laporan hasil pelaksanaan praktikum harus ditunjukkan kepada
pengawas praktikum untuk disahkan
1.7 Semua alat-alat yang digunakan dalam acara praktikum dibersihkan dan disusun kembali
pada tempatnya secara rapi kecuali pengawas praktikum memberikan instruksi lain.
1.8 Acara praktikum harus sudah selesai 5 menit sebelum batas waktu praktikum berakhir dan
menandatangani absen kembali.
2. PEMBUATAN LAPORAN
2.1 Laporan sementara yang singkat (max 2 lembar) harus dibuat setiap acara praktikum yang
berisi hasil praktikum dan diserahkan paling lambat satu hari setelah acara praktikum.

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

iii

PENGANTAR BIOKIMIA
PENDAHULUAN
Biokimia adalah studi tentang molekul dan reaksi kimia yang dikatalisis oleh enzim yang
terjadi dalam semua organisme hidup. Biokimia tanaman adalah studi tentang molekul dasar
kehidupan tanaman yang meliputi jenis, struktur, fungsi dan reaksi pembentukan dan
perombakan molekul dasar tersebut. Inti dari biokimia adalah konversi substrat menjadi produk
melalui reaksi biokimia yang dikatalisis oleh enzim. Oleh karena itu, proses biokimia tanaman
dimulai dengan enzim yang kemudian diikuti dengan metabolisme karbohidrat, metabolisme
energi molekul, metabolisme nitrogen (asam amino), metabolisme lipid, metabolisme asam
nukleat, hingga sintesis protein.
Jutaan reaksi kimia yang dikatalisis oleh enzim berlangsung di dalam sel hidup. Reaksireaksi ini secara kolektif sebagai metabolisme. Metabolisme adalah aktifitas sel yang amat
terkoordinasi, mempunyai tujuan dan mencakup berbagai kerjasama banyak system multi
enzim. Metabolisme mempunyai 4 fungsi spesifik yaitu 1) untuk memperoleh energi kimia dari
degradasi sari makanan yang kaya akan energi kimia atau energi solar. 2) untuk mengubah
molekul nutrien menjadi prekusor unit pembangun bagi makromolekul sel. 3) menggabung-kan
unit-unit pembangun ini menjadi protein, asam nukleat, lipida, polisakarida dan komponen sel
lainnya dan 4) untuk membentuk dan mendegradasi biomolekul yang diperlukan di dalam fungsi
khusus sel.
Sel tersusun dari empat unsur utama : C, H, O, N dan mengandung berbagai zat lain
dalam jumlah lebih sedikit, seperti Na, K, P, S, Mg, Ca, Fe dan Zn. Unsur-unsur ini semua di
dalam sel membentuk karbohidrat, lemak, protein dan asam nukleat. Biomolekul tersebut
terdapat pada unsur sel tumbuhan yang terdiri dari:
1. Dinding sel
Berfungsi sebagai kulit pelindung yang kaku, relatif tebal, berpori dan amat kuat, umumnya
dianggap sekresi protoplas. Terdiri dari dinding sel primer yang plastis-fleksibel dan dinding
sel sekunder yang lebih masif dan merupakan bagian terbesar dari dinding sel.
2. Membran plasma
Membran plasma mengelilingi bagian luar sel dan terdiri atas karbohidrat, lipid dan protein.
Pada tempat tertentu dibagian luar terdapat struktur yang mengandung karbohidrat serta
tempat yang berfungsi sebagai reseptor. Dibagian tengah terutama terdiri dari lipid. Protein
berada di salah satu atau kedua sisi lapisan membran plasma atau terbenam di dalamnya.
3. Sitoplasma
Sitoplasma mencakup segala sesuatu yang ada di sebelah dalam dari membran plasma
kecuali inti sel atau nucleus. Sitoplasma mengandung berbagai garam, enzim dan
beranekaragam substrat.
4. Plastida
Plastida adalah organel khusus dalam sitoplasma, organel ini dikelilingi oleh dua membran.
Plastida yang khas dalam sel tumbuhan adalah khloroplas yang mengandung sejumlah
besar pigmen khlorofil. Khloroplas menyerap energi matahari pada proses fotosintesis.
Khloroplas mengandung DNA, RNA dan ribosom.

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

5. Mitokondria
Mitokondria adalah organel yang memegang peranan dalam langkah terakhir dari oksidasi
karbohidrat dan sintesis ATP. Mengandung DNA, RNA dan ribosom
6. Inti atau nukleus
Organel terbesar di alam inti sel ialah nucleus. Di dalam inti terdapat DNA, RNA dan
protein, namun hanya DNA dan RNA saja yang disintesis.

Gambar 1. Anatomy sel tanaman (Molecular Expression, 2005)

7. Anak inti atau nucleolus
Anak inti adalah suatu struktur bulat di dalam inti sel yang merupakan tempat sintesis RNA
ribosom dan merupakan kumpulan ribosom yang struktunya dibentuk oleh protein.
8. Komplek golgi
Komplek golgi berfungsi mengubah protein sehingga siap disekresikan. Struktur kompleks
golgi tersusun dari vesikel membran yang tersusun sejajar satu sama lain yang rapat dan
berkesinambungan dengan retikulum endoplasma.
9. Retikulum endoplasma
Retikulum endoplasma merupakan suatu struktur kelanjutan membran inti dan suatu sistem
membran intrasel yang meyimpan memisahkan dan memindahkan berbagai zat di dalam
sel. Retikulum Endoplasma berfungsi alam sintesa protein, steroid dan karbohidrat.
10. Peroksisome
Mengandung berbagai macam enzim oksidatif. Enzim katalase terdapat pada peroksisome
11. Ribosom
Ribosom dapat berbentuk tunggal sebagai monosom maupun dalam bentuk polisom yaitu
agregat dari sejumlah ribosom dapat mencapai 30 buah yang ambil bagian dalam sintesa
protein.

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

METODE
Gambarkan sel hewan dan tanaman, serta sebutkan perbedaan antara sel hewan dan tanaman

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

ANALISIS AKTIVITAS -Amylase

PENDAHULUAN
Perombakan pati pada tahap awal dari karbohidrat yang dikonsumsi melibatkan enzim
L-amylase (1,4-L-D-glucan glucano hydrolase; EC 3.2.1.1), suatu glikoprotein pengikat kalsium
monomerik (MW 56.000). Enzim ini yang terdapat dalam air liur mengkatalisis ikatan dalam L
1,4 glycosidase yang menghasilkan campuran maltose, glucose, oligosakarida
(oligosaccharide) dengan panjang yang bervariasi pada konfigurasi L dan L-limit dextrin, yang
merupakan oligosakarida bercabang. Ikatan L-glucosidase sangat stabil dengan tingkat
hidrolisis spontan sebesar mis 2 x 10-15 s-1 pada suhu kamar.
Peningkatan yang sangat besar dari kecepatan reaksi hidrolisis tersebut terjadi dengan
kehadiran L-amylase yang tergolong enzim yang diketahui paling efisien. Enzim L-amylase
dalam tubuh dihasilkan oleh kelenjar ludah terutama dari exocrine pancreas dan pada keadaan
patologi tertentu meningkat dalam darah seperti gangguan pancreas dan saluran air liur,
gangguan ginjal berat dan proses inflamasi akut parotid dan pancreas. Pengukuran aktivitas
enzim L-amylase merupakan suatu cara diagnosis penyakit pancreas dan kelenjar ludah.

TUJUAN

Peserta didik mampu melakukan analisis aktivitas enzim L-amylase dalam hidrolisis pati
menjadi karbohidrat yang lebih sederhana
Peserta didik mampu menetapkan karakteristik enzim L-amylase (Vmax dan KM) dari sumber
yang berbeda

ALAT DAN BAHAN

1.
2.
3.
4.
5.
6.

Tabung reaksi
Pipet
Tempat penangas (waterbath)
Termometer
Pati
KI dan I

7. Bahan penyangga fosfat (sodium

phosphate
dibasic
heptahydrate;
Na2HPO4.7H2O, MW 268,07 g/mol dan
sodium
phosphate
monobasic
dehydrate;
NaH2PO4.2H2O,
MW
155,99 g/mol)

PROSEDUR
ASISTEN
1. Larutan Yodium yang telah disiapkan sebelumnya dapat digunakan, kalau tidak berhasil,
siapkan larutan Yodium baru dengan melarutkan 550 mg KI dan 254 mg I dalam 20 ml
dH2O yang kemudian diencerkan menjadi 100 ml dengan dH2O
2. Larutan pati yang telah disiapkan sebelumnya dapat digunakan, kalau tidak berhasil,
siapkan larutan penyangga (buffer) fosfat sebanyak 500 ml (50 mM, pH = 7) dengan
melarutkan 76,193 g dibasic phosphate (Na2HPO4.7H2O, MW 268,07 g/mol) dan 48,877
g monobasic phosphate (NaH2PO4.2H2O) dalam 500 ml air destilasi (dH2O). Ini
dilanjutkan dengan pembuatan larutan pati dengan 1 g tepung beras yang dilarutkan
dalam 100 ml larutan penyangga fosfat di atas.

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

MAHASISWA
1. Siapkan air liur (praktikan) sebanyak 1 ml dan ditempatkan dalam gelas ukur dan
encerkan menjadi 10 ml. Siapkan lima (5) tabung reaksi yang bersih yang masingmasing diberi label A, B, C, D dan E, yang masing-masing diisi dengan 1 ml larutan air
liur tersebut.
2. Tambahkan larutan pati sebanyak 1, 2, 3, 4 dan 8 ml masing-masing ke dalam tabung A
s/d E dan kemudian diinkubasi selama 15 menit pada suhu 37 oC dalam alat
penangas/waterbath (gelas piala berisi air diatas pemanas/heater dengan suhu yang
diatur) dan aduk secara teratur.
3. Setelah sekitar 15 menit, ambil tabung reaksi tersebut dan beri 2 tetes larutan Yodium
dan tunggu beberapa saat untuk pengembangan warna. Perhatikan perkembangan
warna biru-ungu (iodinestarch complex) atau merah muda (iodine-amylodestine &
maltose complex).
4. Pindahkan larutan tersebut ke dalam kuvet untuk mengamati absorbansi cahaya dengan
spectrometer pada panjang gelombang 560 nm dan 610 nm.
5. Analisislah hubungan absorbansi cahaya sebagai fungsi dari konsentrasi substrat (pati)
dengan model Michaelis-Menten dan hitung Vmax dan KM berdasarkan hitungan tersebut.
6. Siapkan air liur dari 5 orang praktikan sebanyak 1 ml dan tempatkan dalam gelas ukur
yang berbeda dan encerkan menjadi 10 ml. Siapkan lima (5) tabung reaksi yang bersih
yang masing-masing diberi label A1, B1, C1, D1 dan E1 yang masing-masing diisi
dengan 1 ml larutan air liur tersebut.
7. Tambahkan larutan pati sebanyak 1 ml untuk masing-masing tabung A s/d E, dan
kemudian inkubasi selama 15 menit pada suhu 37 oC dalam alat penangas/waterbath
(gelas piala berisi air diatas pemanas/heater dengan suhu yang diatur) dan aduk secara
teratur. Lanjutkan langkah no. 3 dan 4 diatas.
8. Bandingkanlah aktivitas enzim dalam air liur dari sumber yang berbeda tersebut
berdasarkan absorbansi cahaya dan bantuan hubungan yang diperoleh pada no. 5 di
atas.
Catatan:
Hati-hati menggunakan larutan Yodium, jauhkan dari mata, bila perlu menggunakan pelindung
mata.

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

ANALISIS AKTIVITAS KATALASE (PEROKSIDASE)

Enzim katalase merupakan jenis enzim yang mampu memecah ikatan karbon dan ikatan
karbon-nitrogen,
nitrogen, sehingga dinamai dengan enzim desmolase. Di dalam tanaman, enzim
katalase dihasilkan oleh organel peroksisom. Sehingga isolasi enzim katalase di tanaman,
banyak dilakukan dengan mengambil bagian batan
batang
g dan daun, khususnya pada sel-sel
sel
batang
atau daun yang telah dewasa dan memiliki peroksisom. Adapun di dalam tubuh manusia dan
hewan, enzim katalase dapat diisolasi
solasi dari organ hati (hepar).
Enzim katalase mampu melakukan proses oksidasi terhadap bahan
bahan-bahan
han yang dianggap
toksik di dalam sel. Contoh senyawa yang sangat berbahaya adalah Hidrogen Peroksida
(H2O2). Senyawa peroksida harus segera di uraikan menjadi air (H2O) dan oksigen (O2) yang
tidak berbahaya. Enzim katalase mempercepat reaksi penguraian pe
peroksida
roksida (H2O2) menjadi air
(H2O) dan oksigen (O2). Penguraian peroksida (H2O2) ditandai dengan timbulnya gelembung.
TUJUAN
Peserta didik mampu melakukan analisis aktivitas enzim katalase, khususnya peroksidase
dalam menguraikan Hidogen Peroksida (H2O2)
BAHAN
1. Umbi kentang
2. Hydrogen peroksida
3. Blender (tidak mutlak)

4. Tabung reaksi bercabang

5. Buret
6. Pipet

METODE
1. Ambillah umbi kentang secukupnya, kemudian cuci sampai bersih, keringkan dengan
kertas tissue dan kupas.
2. Hancurkan kentang tersebut dan peras cairannya dengan kain katun halus yang putih
dan bersih. Larutan keruh akan diperoleh yang mengandung preparat katalase aktif dan
setiap bagian larutan tersebut mengandung jumlah enzim yang sama.
3. Pipet 7 ml preparat enzim tersebut setelah dikocok rata dan tempatkan dalam suatu
cabang dari suatu tabung reaksi bercabang ( seperti pada gambar).

4. Tempatkan 3 ml H2O2 dalam cabang tabung yang lain. Hati

Hati-hati
hati jangan sampai preparat
dan H2O2 mengenai bagian atas tabung.
5. Tutuplah tabung tersebut sedemikian sehingga berhubungan dengan buret berskala
yang berisi air. Samakan permukaan air pada buret.

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

6. Tuangkan enzim dalam substrat H2O2 dengan terlebih dahulu mencatat waktu. Reaksi
akan berlangsung dan O2 akan dievolusi dengan cepat yang menekan permukaan air
pada buret.
PENGAMATAN
1. Catatlah perubahan tinggi permukaan air dalam buret setiap 5, 10 dan 15 detik, dan
samakan tinggi permukaan air setiap selesai mencatat sehingga tekanan tetap sama.
Lanjutkan prosedur tersebut sampai evolusi oksigen selesai.
2. Catatlah temperatur ruangan pada saat reaksi berlangsung, dan hitunglah jumlah O2 yang
dievolusi dalam mg dengan persamaan berikut :

x.ml =

x.32 273 + t
x
mgO2
22,414
273

t = temperatur ruangan (C).

1. DATA PERHITUNGAN
Contoh :
Enzim katalase dari umbi kentang yang diperas kemudian diambil sarinya
Subtrat berupa Hidrogen Peroksida (H2O2).
Perbandingan enzim subtrat dapat ditentukan secara bebas
2. MODEL PERHITUNGAN KECEPATAN
Rumus Dasar adalah menghitung jumlah O2 yang dievolusi dalam mg dengan
persamaan :
a. Massa O2 pada t
Volume O2 x Mr O2
22,414

273 + rata-rata suhu ruang

273

273 adalah bilangan Kelvin

b. Mol O2 pada t =

 

 

Mol H2O2 pada t adalah 2/1 dari 2 H2O2
2 H2O + O2

Jadi :
2  2
Mol H2O2  
1
 2
 

c. Molaritas H2O2 pada t =  

d. Kecepatan (V) pada t =

PE


!"#

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

ANALISIS AKTIVITAS PAPAIN

PENDAHULUAN
Papain adalah enzim (EC 3.4.22.2) yang diperoleh dari buah pepaya yang sudah cukup
berkembang dan berwarna hijau berfungsi untuk meningkatkan proses pemasakan buah. Enzim
ini yang mengkatalisis proses hidrolisa ikatan peptida dalam protein dan dapat dimanfaatkan
sebagai pelembut daging. Efektivitas papain sebagai pelembut daging menjadi penting dalam
pemanfaatan papain untuk komersil dan pemilihan tanaman sebagai sumber papain. Karena
papain berbahaya secara potensil (misalnya dapat merusak kulit apabila kontak dalam waktu
yang cukup lama), maka perlu diterapkan tindakan hati-hati dalam proses pengamatan aktivitas
enzim ini.
TUJUAN

Peserta didik mampu melakukan analisis aktivitas enzim papain

Peserta didik mampu membandingkan aktivitas enzim papain sesuai dengan variable
percobaan

ALAT DAN BAHAN

1.
2.
3.
4.
5.

Spektrometer
Tabung reaksi
Penangas (heater)
Termometer
Pipet

6. Pengukur waktu (stopwatch)

7. Papain (getah papaya)
8. Asam asetat (CH3COOH)
9. HCl
10. Bubuk susu

PROSEDUR
Pengamatan waktu pembentukan gumpalan
1. Siapkan papain secukupnya yang diperoleh dari getah buah papaya yang sudah cukup
berkembang (belum masak) dan tampung dengan botol kecil (vial) dan keringkan
dibawah sinar matahari (dapat dengan menggunakan oven bersuhu 40 oC). Bahan ini
sebaiknya dipersiapkan beberapa hari sebelum praktikum agar tidak mengganggu
proses praktikum.
2. Siapkan penangas dengan gelas piala (kapasitas 1000 ml) yang berisi 500 ml air dan
ditempatkan di atas penangas (heater). Hidupkan penangas serta aturlah suhu
penangas hingga suhu air dalam gelas piala 30 oC yang dipantau dengan thermometer.
3. Siapkan larutan 20 ml asam asetat (CH3COOH) yang ditambah dengan 5 ml dH2O.
Larutkan 5 g papain dalam gelas ukur dengan asam asetat CH3COOH) hingga total
volume 20 ml dan aduklah hingga papain terlarut dengan merata.
4. Siapkan larutan susu dengan 6 g bubuk susu yang dilarutkan dengan 5 ml dH2O dalam
gelas piala, aduk hingga terlarut sempurna, dan pindahkan ke gelas ukur, kemudian
tambahkan dH2O hingga total volume 30 ml dan aduk kembali.
5. Siapkan 5 tabung reaksi yang masing-masing diisi dengan 1, 2, 3, 4 dan 5 ml larutan
susu (no. 4) dan beri nomor sesuai dengan konsentrasi substrat (larutan susu, no 1 s/d
5) dalam tabung tersebut.

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

6. Tempatkan tabung reaksi no. 1 dalam penangas (suhu 30 oC) dan segera tambahkan 1
ml larutan papain, hidupkan pengukur waktu, kemudian aduklah larutan serta amati saat
pembentukan gumpalan pertama. Hentikan pengukur waktu saat awal pembentukan
gumpalan pertama. Catatlah waktu (detik/menit) yang diperlukan untuk pembentukan
gumpalan.
7. Lakukan langkah yang sama dengan langkah no. 6 untuk tabung reaksi yang lain secara
bertahap.
8. Analisis hubungan konsentrasi substrat dengan waktu yang diperlukan untuk
pembentukan gumpalan.
Tabung

Susu (g/ml)

Papain (g/ml)

1
2
3
4
5

0,2
0,4
0,6
0,8
1,0

0,25
0,25
0,25
0,25
0,25

Waktu pembentukan gumpalan

(detik)

Pengamatan aktivitas enzim

1. Siapkan larutan 1 N HCl dengan 1192 mg (1 ml) HCl pekat (37%) yang diencerkan
dengan dH2O hingga menjadi 12 ml.
2. Siapkan penangas dengan labu ukur (kapasitas 1000 ml) yang berisi 500 ml air dan
ditempatkan diatas pemanas (heater). Kemudian hidupkan penangas serta aturlah suhu
penangas hingga suhu air dalam gelas piala 40 oC yang dipantau dengan thermometer.
3. Siapkan lima (5) tabung reaksi baru yang diberi label (A, B, C, D, dan E) dan masingmasing diisi dengan 1, 2, 3, 4, dan 5 ml larutan susu dan ditambah dengan 1 ml larutan
papain. Encerkan larutan masing-masing dengan 8, 7, 6, 5 dan 4 ml dH2O sambil aduk
untuk mendapatkan total larutan yang sama dalam setiap tabung (10 ml).
4. Inkubasi larutan campuran papain dengan protein (larutan susu) dengan penangas pada
suhu 40 oC selama 60 menit dan kemudian beri 2 tetes 1 N HCl dan setelah cukup
dingin, pindahkanlah isi tabung tersebut ke kuvet.
5. Amatilah absorbansi cahaya dari larutan spectrometer pada panjang gelombang 280 nm
dan analisislah hubungan absorpsi cahaya sebagai fungsi dari konsentrasi substrat
(protein casein).

PE

Tabung

Susu (g/ml)

Papain (g/ml)

A
B
C
D
E

0
0,2
0,4
0,6
1,0

0,25
0,25
0,25
0,25
0,25

Waktu pembentukan gumpalan

(detik)

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

ANALISIS KADAR PATI

Karbohidrat tersebar luas baik dalam jaringan binatang maupun tumbuhan. Dalam
tumbuhan, karbohidrat dihasilkan oleh fotosintesis dan mencakup selulosa yang merupakan
rangka tumbuhan serta pati dari sel tumbuhan. Pada sel binatang karbohidrat dalam bentuk
glukosa dan glikogen berperan sebagai sumber yang penting untuk energi bagi aktivitas vital.
Pati merupakan jenis karbohidrat yang banyak dijumpai setelah selulosa (cellulose) dan
merupakan bahan pangan yang paling banyak dikonsumsi seperti beras dan gandum.
Pemecahan sebagian pati dalam saluran pencernaan (lambung atau usus) akan menghasilkan
gula dalam darah utama. Bagian pati yang resisten difermentasi dalam usus besar (colon)
menjadi asam lemak rantai pendek khususnya butirat (butyrate) yang diakui bermanfaat untuk
mengurangi resiko kanker usus.
Pati atau amilum adalah karbohidrat kompleks yang tidak larut dalam air, berwujud bubuk
putih, tawar dan tidak berbau. Pati merupakan bahan utama yang dihasilkan oleh tumbuhan
untuk menyimpan kelebihan glukosa (sebagai produk fotosintesis) dalam jangka panjang.
Hewan dan manusia juga menjadikan pati sebagai sumber energi yang penting. Pati tersusun
dari dua macam karbohidrat, amilosa dan amilopektin, dalam komposisi yang berbeda-beda.
Amilosa memberikan sifat keras (pera) sedangkan amilopektin menyebabkan sifat lengket.
TUJUAN

Mahasiswa mampu melakukan analisis kadar pati dari produk tanaman seperti produk
yang banyak dikonsumsi sebagai bahan pangan (ubikayu, ubijalar & kentang),
Mahasiswa mampu membuat liku kalibrasi kadar pati untuk analisis kadar pati dari produk
tanaman.

ALAT DAN BAHAN

1.
2.
3.
4.
5.

Colorimeter atau Spektrometer

Pipet
Tabung reaksi
Pati
Air destilasi (dH2O)

6.
7.
8.
9.

KI
I (yodium)
Kuvet
Kain katun tipis (cheesecloth) warna
putih ukuran 40 x 40 cm

METODE
Pembuatan Larutan Pati
1. Tepung beras ditimbang sebanyak 1 g
2. Diberi sedikit air hangat ( 30 oC),diaduk hingga menjadi pasta
3. Ditambahkan dH2O hingga total larutan 100 ml
4. Pindahkan ke botol atau tempat penyimpanan lain yang aman.

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

10

Pembuatan Larutan Yodium

1. Timbang 550 mg KI + 254 mg I
2. Dimasukkan ke dalam gelas piala
3. Ditambahkan 20 ml dH2O
4. Diaduk hingga tercampur semua
5. Ditambahkan dH2O hingga volume akhir menjadi 100 ml
6. Pindahkan ke botol atau tempat penyimpanan lain yang aman.
Pembuatan kurva standar pati
1. Diambil 1, 2, 3, 5, 7, dan 10 ml larutan pati
2. Dimasukkan dalam tabung reaksi yang berbeda-beda
3. Ditambahkan dH2O secukupnya hingga volume total menjadi 10 ml
4. Ditambahkan 1 tetes larutan yodium pada masing-masing tabung reaksi
5. Aduk hingga tercampur rata dan pindahkan masing-masing larutan ke kuvet
6. Amati absorbansi pada panjang gelombang 610 nm
7. Buatlah kurva standarnya.
Pembuatan larutan masing-masing bahan
1. Kentang, Ubi jalar, Singkong dicuci bersih dan dikupas
2. Ditimbang sebanyak 100 g
3. Dihancurkan (dengan diparut)
4. Dimasukkan dalam gelas piala
5. Ditambahkan 50 ml dH2O
6. Siapkan gelas piala lain yang sudah diberi saringan dan kain katun di atasnya
7. Bahan diletakkan di atas saringan & disaring untuk memisahkan cairannya
8. Bahan direndam kembali dalam 50 ml dH2O
9. Peras dan saring kembali cairan bahan tersebut
10. Ambil masing-masing larutan bahan sebanyak , 2, 3, 5, 7, dan 10 ml dan dimasukkan dalam
tabung reaksi yang berbeda
11. Ditambahkan dH2O secukupnya hingga volume total menjadi 10 ml
12. Ditambahkan 1 tetes larutan yodium pada masing-masing tabung reaksi
13. Diaduk hingga tercampur dengan rata
14. Pindahkan masing-masing larutan ke kuvet
15. Amati absorbansi pada panjang gelombang 610 nm

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

11

Prosentase kadar pati pada masing-masing bahan dapat dihitung dengan rumus berikut:
* ,*

% %& '()  .+,.-  /  100 

+

122

3

4 , dimana :

S0 = nilai absorbansi bahan pada volume 0

Si = nilai absorbansi bahan pada volume
R0 = nilai larutan pati pada volume 0
Ri = nilai larutan pati pada volume

PE

C = konsentrasi pati
W = berat basah
P = 0,85

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

12

KROMATOGRAFI
Kromatografi adalah suatu teknik pemisahan molekul berdasarkan perbedaan pola
pergerakan antara fase gerak dan fase diam untuk memisahkan komponen (berupa molekul)
yang berada pada larutan. Pemisahan yang terjadi dalam kromatografi dilaksanakan dengan
memanipulasi sifat-sifat dari senyawa, yaitu : 1) kecenderungan suatu molekul untuk larut
dalam cairan (kelarutan) 2) kecenderungan suatu molekul untuk bertaut dengan suatu serbuk
padat (absorbsi) 3) kecenderungan suatu molekul untuk menguap (volatilitas).
Dalam kromatografi, senyawa-senyawa yang akan dipisahkan ditempatkan pada situasi
dinamik (bergerak) yaitu melakukan pengaliran dan selain itu akan terjadi peristiwa pelarutan,
absorbsi atau penguapan. Secara umum dapat dikatakan bahwa kromatografi adalah suatu
proses migrasi diferensial dimana komponen-komponen sample ditahan secara selektif oleh
fase diam.
Klasifikasi kromatografi didasarkan pada jenis fase-fase yang digunakan : fase gerak,
fase diam. Dapat juga didasarkan atas teknik : kromatografi kolom, kromatografi lapis tipis.
Jenis lain, klasifikasi berdasarkan prinsipnya : kromatografi partisi, kromatografi absorbsi.
Kadang semua cara klasifikasi tersebut digabung. Berikut ini jenis-jenis kromatografi yang
umum digunakan.
Tabel 1. Jenis-jenis Kromatografi
Fase Bergerak

Fase Diam

Teknik Kromatografi

Prinsip

Gas

Padat

Gas Padat

Cair

Padat

Kolom, Lapis Tipis dan kertas

Cair
Gas

Cair
Cair

Kolom, Lapis Tipis dan Kertas

Gas - Cair

Absorbsi
Pertukaran Ion,
Permiasi gel
Partisi
Partisi

TUJUAN
Untuk mengetahui proses pemisahan senyawa tertentu dari bahan daun tanaman atau bahan
lainnya.

ALAT DAN BAHAN

1.
2.
3.
4.
5.

PE

Mortar dan pestle

Timbangan
Pisau / cutter
Kromatograf
Pipet

6.
7.
8.
9.

Kertas kromatograf
Daun-daunan dgn warna yg berbeda
Aseton
Buffer (dH2O 0.115, Isopropanol 10 ml,
Kerosin 100 ml)

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

13

CARA KERJA
1. Daun kedelai dihilangkan tulang daunnya
2. Ditimbang sebanyak 3 g
3. Ditumbuk sampai halus dengan mortar dan pestle
4. Dituang/pindahkan ke dalam tabung roll film
5. Ditambahkan 10 ml aceton sehingga menjadi pasta
6. Pasta tersebut dikocok selama 1 menit
7. Didiamkan selama 5 menit
8. Diteteskan pada kertas Whatman, ditunggu sampai kering
9. Ulangi lagi penetesan pada kertas Whatman dan tunggu lagi sampai kering
10. Kertas yang sudah ditetesi tadi dimasukkan dalam bejana kromatografi yg telah berisi
300 ml pelarut
11. Didiamkan selam 15 menit
12. Diamati perubahan yang terjadi
13. Dihitung Rf-nya

Rumus menghitung Rf :
Rf 

PE

jarak yang digerakkan senyawa dari titik asal

jarak yang digerakkan pelarut dari titik asal

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

14

ASAM NUKLEAT
PENDAHULUAN
Unit terkecil dari suatu kehidupan adalah sel yang merupakan pabrik kecil dimana
bahan-bahan dasar seperti asam amino, lipin dan elemen-elemen dasar lain-nya diterima, dan
senyawa-senyawa baru yang lebih kompleks (protein, lipida kompleks, karbohidrat dan asam
nukleat) diproduksi. Ribuan enzim yang berbeda diperlukan untuk kelangsungan proses-proses
biokimia dalam sel. Setiap sel mempunyai kemampuan menggandakan diri dengan kode DNA
sebagai cetak biru, bahan-bahan dasar sebagai komponen penyusun dan dengan bantuan
katalis enzim (Kirby, 1990).
Menurut model Watson-Crick, makro molekul DNA merupakan utas ganda dimana pitapita komponen dihubungkan oleh ikatan hydrogen. Ikatan-ikatan ini sangat stabil, namun akan
terlepas pada pemanasan 95 oC sampai 100 oC dan akan menempel lagi bila temperatur
diturunkan pada 65 oC. Unit dasar dari DNA adalah nukleotida yang terdiri dari basa (Adenin,
Guanin, Timin dan Sitosin), gula dioksiribosa dan grup fosfat. Nukleotida-nukleotida itu saling
dirangkaikan dengan ikatan-ikatan fosfodiester kovalen yang menghubungkan karbon 5 pada
sebuah gugus dioksiribosa dengan karbon 3 pada gugus berikutnya. Keempat macam basa
tersebut tersambung ke rantai gula fosfat .
Masing-masing basa purin (Adenin dan Guanin) selalu berpasangan dengan basa
pirimidin (Timin dan Sitosin). Adenin selalu berpasangan dengan Timin sedangkan Guanin
selalu berpasangan dengan Sitosin sehinga menghasilkan suatu model pilih ganda simetris.
Semua basa dari molekul DNA selalu berada di sebelah dalam pilin ganda dengan gula-fosfat di
sebelah luar. Dengan demikian basa-basa pada untaian yangsatu berada dekat sekali dengan
basa-basa pada untaian yang lain. Pasangan-pasangan basa ini ditautkan oleh ikatan-ikatan
hydrogen yang relatif lemah, Adenin dengan Timin diikat oleh dua atom hydrogen, Guanin dan
Sitosin diikat oleh tiga atom hydrogen (Stansfield, 1983).
Sel tumbuhan terbungkus dalam membran sitoplasma yang dikelilingi sel yang kuat.
Untuk mengeluarkan DNA dari dalam sel terlebih dahulu harus menghancurkan membran dan
dinding sel tersebut. Cara yang paling sering dilakukan pada bakteri adalah dengan
menggunakan bahan kimia. Selain itu, seperti yang sering dilakukan pada tanaman, dapat pula
dilakukan dengan cara fisik yaitu menghancurkan sel menggunakan mortar dan pestle pada
kondisi beku dengan bantuan nitrogen cair. Tepung sel yang diperoleh melalui cara fisik ini
kemudian dilarutkan dengan beberapa bahan kimia, kemudian disentrifugasi untuk memisahkan
supernatan yang mengandung DNA, RNA dan protein dari debris sel
TUJUAN
Praktikum ini bertujuan untuk mengetahui penampakan asam nukleat dari bagian tanaman.
ALAT DAN BAHAN
Alat :
1. Mortar dan pestle
2. Gelas ukur
3. Beaker glass
4. Chopstick
5. Pipet
6. Saringan
7. Tabung reaksi
8. Sendok kecil

PE

Bahan :
1. Bunga Kol / brokoli
2. Garam
3. Detergen
4. Alkohol

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

15

CARA KERJA
1. Timbang Brokoli sebanyak 5 g
2. Ditumbuk sampai halus dengan mortar dan pestle
3. Ditambahkan dH2O sebanyak 50 ml
4. Ditambahkan garam : detergen sesuai perbandingan ( : 1, 1 : 1, 1 : )
5. Ditunggu selama 15 menit
6. Disaring, diambil 2,5 ml dan dimasukkan ke dalam tabung reaksi
7. Ditambahkan 5 ml alcohol 96%
8. Diamati perubahan yang terjadi

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

16

ANALISIS BIODIESEL
PENDAHULUAN
Pembuatan biodiesel dari minyak goreng yang dapat digunakan langsung tanpa
modifikasi mesin diesel sangat sederhana. Tetapi kemacetan ekstra diperlukan dalam
pembuatan biodiesel untuk mendapatkan hasil yang baik dan khususnya dalam penanganan
Natrium hidroksida khususnya Metanol yang sangat beracun. Biodiesel mempunyai beberapa
keunggulan dari petro-diesel yang berasal dari minyak bumi yaitu antara lain (i) pembakaran
lebih bersih (populasi lebih rendah), (ii) kandungan cetane lebih tinggi (ledakan atau knocking
lebih rendah), (iii) pelumasan (lubricity) lebih baik, dan (iv) pembuatannya sederhana (biodiesel
dapat dibuat dari minyak bekas/minyak jelanta). Kecamatan yang tinggi diperlukan untuk
mendapatkan hasil yang tinggi dan untuk menghindari kecelakaan kerja karena bahan pereaksi
yang digunakan beracun yaitu NaOH dan Metanol (jangan kena kulit, menghirup uapnya
apalagi termakan, dana bilas dengan bagian badan yang kena secepat mungkin air
secukupnya).
ALAT DAN BAHAN
1. Ruangan dengan alat pengisap udara (biasanya disebut ruang asam atau pembakaran).
2. Alat pencampur (blender) yang terbuat dari kaca (jangan plastik karena ini bereaksi dengan
metanol) dengan mengatur kecepatan.
3. Timbangan dengan tingkat ketelitian mg
4. Gelas ukur (beaker) kapasitas 200 ml & 1000 ml dan gelas piala kapasitas > 1500 ml
5. Sendok gelas atau baja anti karat (stainless steel)
6. Kacamata pengaman
7. Masker atau Pelindung mulut dan hidung dari bahan kimia
8. Sarung tangan karet
9. Pakaian laboratorium lengan panjang
10. Kertas pengisap (tissue paper)
11. Minyak goreng baru (1 liter)
12. Metanol (CH3OH) (200 ml)
13. Natrium hidroksida (NaOH) (3,5 g)
PROSEDUR
1. Pakailah pakaian laboratorium, sarung tangan karet, kacamata pengaman dan masker
2. Siapkan blender dalam ruang asam dengan alas kertas penghisap sebagai pengaman
percikan
3. Ambil 200 ml Metanol (hati-hati jangan kena kulit dan terhirup uapnya) dengan gelas ukur
dari masukan dalam blender.
4. Timbang 3,5 g NaOH diatas wadah plastik (timbang dulu wadah plastik misalnya x g,
sehingga berat total wadah plastik dan NaOH menjadi x + 3,5 g). haluskan dulu NaOH
secukupnya apabila berupa gumpalan dengan spatula & pestel (pestle) sebelum ditimbang.
5. Hidupkan ventilasi ruang asam dan hidupkan blender yang sudah berisi Metanol dengan
kecepatan rendah.
6. Masukkan bubuk NaOH sedikit demi sedikit dan perlahan dalam Metanol (hati-hati jangan
sampai menimbulkan percikan). Reaksi ini agak keras yang mengeluarkan panas sehingga
NaOH harus ditambah sedikit demi sedikit untuk menghindari reaksi yang sangat keras.
7. Setelah semua NaOH diberikan, biarkan beberapa saat (2 menit) hingga semua NaOH larut
untuk menghasilkan senyawa Metoksida Natrium (sodium methoxide, CH3ONa).
CH3OH + NaOH CH3CNa + H2O

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

17

Catatan : Metoksida Natrium harus segera digunakan dalam pembuatan biodiesel sehingga
jangan dibuat dalam jumlah besar untuk sebagian disimpan karena efektivitasnya menurun
dengan waktu.
8. Panaskan minyak goreng (1 liter) dalam gelas piala (kapasitas 1500 ml) hingga 55C
sambil dikocok dan tambahkan larutan metoksida secara perlahan sambil dikocok hingga
membuat pusaran (jangan lebih yang membuat percikan) kemudian biarkan demikian sekitar
20-30 menit yang menghasilkan reaksi eksterifikasi secara sempurna seperti berikut.

9. Tempatkan gelas piala yang berisi larutan campuran minyak pada tempat yang aman dan
berikan label dengan penjelasan berbahaya/beracun. Setelah 30-60 menit atau lebih, larutan
dalam gelas piala akan terbagi pada dua bagian yaitu (i) bahan berwarna gelap (gliserol)
pada bagian bawah, dan (ii) bahan berwarna lebih terang (biodisel) pada bagian atas.
Pemisahan gliserol dengan biodesel dengan jelas dapat membutuhkan waktu yang lama
tergantung pada jenis minyak yang digunakan (mungkin perlu dibiarkan satu malam,
perhatikan).
10. Tuangkan cairan pada bagian atas dengan hati-hati (tinggalkan lapisan batas untuk
menghindari biosidel terkontaminasi dengan gliserol) pada wadah gelas dan diberikan label
biodiesel.
11. Semua peralatan yang digunakan dibilas dengan air yang cukup sebelum dibersihkan
dengan sabun dan kemudian keringkan. (Sarung tangan masih tetap digunakan dalam
pembersihan untuk menghindari kontak langsung bahan kimia dengan tangan).

Siapkan bahan dan alat yang diperlukan dalam ruang asam serta gunakan pakai laboratorium
lengkap dengan masker (kimia) dan sarung tangan (Gambar 1). Pastikan bahan yang
digunakan adalah murni yaitu Metanol dan NaOH (Gambar 2 & 3), (keringkan dulu dan
haluskan apabila NaOH dalam bentuk gumpalan), dam ambil 200 ml Metanol dengan gelas
ukur (Gambar 4), hati-hati jangan kena tangan dan mengisap uapnya, dan kerjakan di atas
kertas pengisap (mis. Kertas koran).

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

18

Timbang NaOH di atas wadah plastik sebanyak 3,5 g (Gambar 5). Tempatkan blender (yang
terbuat dari bahan gelas) dalam ruang asam yang diberi alas kertas pengisap, kemudian
hidupkan ruang asam dan tuangkan Metanol ke dalam wadah blender dengan hati-hati dan
hidupkan blender dengan kecepatan rendah (Gambar 6). Tuangkan sedikit demi sedikit dan
hati-hati NaOH ke dalam wadah blender untuk menghindari percikan, dan biarkan sektar 2
menit atau lebih hingga semua NaOH larut (Gambar 7). Tuangkan minyak goreng ke dalam
wadah blender dengan hati-hati dan perlahan untuk menghindari percikan (Gambar 8) dan atur
kecepatan putaran yang cukup hanya membuat pusaran (jangan lebih).

Setelah pencampuran sempurna dan biarkan sampai semua tercampur rata (20-30 menit), dan
tuangkan semua isi blender pada wadah yang sudah disiapkan (gelas Erlenmeyer kapasitas >
1500 ml sangat baik) (Gambar 9), Tempatkan wadah yang mengandung larutan tersebut pada
tempat yang aman dan biarkan selama 30-60 menit atau lebih hingga terbentuk pemisaran
larutan yaitu gliserol berwarna gelap pada bagian bawah dan biodiesel berwarna lebih terang
pada lapisan atas (Gambar 10). Tuangkan cairan pada lapisan atas dengan hati-hati
(tinggalkan lapisan batas untuk menghindari biodiesel terkontaminasi dengan gliserol) pada
wadah yang sudah disiapkan (yang dapat ditutup dengan rapat) dan berikan label biodiesel.

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

19

DAFTAR PUSTAKA
Alberts, B. D. Bray, J. Lewis, M. Raff, K. Roberts dan J.D. Watson. 1994. Biologi Molekuler Sel.
Edisi kedua, Mengenal Sel. Diterjemahkan oleh Alex Tri Kantjono W. Gramedia
Pustaka Utama. 346 pp.
Heddy, S. 1987. Biologi Pertanian. CV. Rajawali. Jakarta.
Lehninger, A.L. 1993. Dasar-dasar Biokimia. Diterjemahkan oleh Thenawidjaja, M. Penerbit
Erlangga. Jakarta.
Kirby, Lorne., 1990. DNA Fingerpriting, An Introduction. Stockton Press. 365 pp.
Molecular Expressions. 2005. Plant Cell Structure. www.micro.magnet.fsu.edu.
Schumm, D.E. 1993. Intisari Bikomia. Diterjemahkan oleh Sadikin, M. Binarupa Aksara. Jakarta
Stansfield, W.D., 1983. Theory and Problem of Genetic. Schaums Outline Series. McGraw-Hill
Book Company. 281 pp.
Sudarmadji, S. Bambang H dan Suhardji. 1984. Prosedur Analisa untuk Bahan Makanan dan
Pertanian. Liberty. Yogjakarta. 188 hal.
The National Health Museum. 1999. Structure of DNA. www.accessexcellence.org.
Wirahadikusumah, M. 2001. Biokimia; protein, enzim dan asam nukleat. Penerbit ITB, Bandung
Virtual Textbook of Organic Chemistry. 1999.Carbohidrates. www.cem.msu.edu.

PE

PENUNTUN PRAKTIKUM BIOKIMIA TANAMAN

20