ISOLASI DNA

LAPORAN PRAKTIKUM
Untuk memenuhi tugas mata kuliah Genetika I
yang dibina oleh ibu Prof. Dr. Duran Corebima Aloysius

Kelompok 16
Offering B
Genetika Jumat
Erlinda Eri Palupi

(130341614820)

Ismi Lailatul Rokhmah

(140341600185)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Februari 2016

TOPIK

: Isolasi DNA Sederhana

TANGGAL

: 19 februari 2015

A. TUJUAN :
1) Untuk mengetahui cara atau metode mengisolasi DNA pada buah
2) Untuk mengetahui keefektifan deterjen dan buah pada percobaan isolasi
DNA
B. DASAR TEORI
Deoxyribonucleic acid atau DNA merupakan senyawa kimia yang paling penting
dalam makhluk hidup.DNA merupakan senyawa yang mengandung informasi
genetik makhluk hidup dari satu generasi ke generasi selanjutnya. Keseluruhan
DNA dalam suatu sel akan membentuk genom. Genom meliputi bagian gen yang
fungsional maupun non-fungsional dalam sel organisme. DNA genom meliputi
gen danintergen (Suryo, 2004).
DNA pada makhluk hidup dapat diisolasi secara sederhana. Pengisolasian DNA
secara sederhana dapat dilakukan dengan memecahkan dinding sel, membran
plasma dan membran inti baik secara mekanik maupun secara kimiawi. Isolasi
DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA murni,
yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan dinding
sel secara mekanik dapat dilakukan dengan

pemblenderan atau penggerus

menggunakan mortar dan pistil. Sedangkan secara kimiawi dapat dilakukan

dengan pemberian detergen. Penambahan sabun cair dan garam dapur adalah
untuk melisiskan membran inti untuk mengeluarkan isi inti sel yang berisi DNA.
Setelah menunggu beberapa saat terjadi presipitasi pada lapisan atas bukan lapisan
bawah, yang menunjukkan bahwa DNA tidak larut dalam etanol tetapi larut dalam
air. Ketika molekul DNA terlarut, mereka tersebar dalam larutan sehingga tidak
terlihat. Ketika molekul tersebut berpindah kedalam larutan yang bukan pelarut
meraka akan berkumpul/ menggumpal sehingga dapat dilihat. Presipitat DNA
terlihat seperti serabut-serabut putih yang terkumpul diatas permukaan larutan
karena masa jenis etanol lebih kecil dari pada masa

jenis air. Etanol yang

digunakan harus benar-benar dingin dan berasal dari lemari pendingin, hal ini

bertujuan untuk menyempurnakan presipitasi. Apabila etanol yang digunakan

kurang dingin, maka mengakibatkan pembentukan presipitat kurang sempurna.
DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama) yang
mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam
setiap organisme (Jamilah, 2005).
Isolasi DNA adalah proses pengeluaran DNA dari tempatnya berada (ekstraksi
atau lisis) biasanya dilakukan dengan homogenasi dan penambahan buffer
ekstraksi atau buffer lisis untuk mencegah DNA rusak (Yuwono, 2008). Isolasi
DNA merupakan langkah mempelajari DNA. Salah satu prinsipisolasi DNA yaitu
dengan sentrifugasi. Sentrifugasi merupakan teknik untukmemisahkan campuran
berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang mempunyai berat
molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul ringan akan
berada pada bagian atas tabung . Hasil sentrifugasi akan menunjukkan dua macam
fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada bagian
bawah.
Isolasi DNA merupakan langkah yang tepat untuk mempelajari DNA. Prinsipnya
ada dua, yaitu sentrifugasi dan presipitasi.Sentrifugasi merupakan teknik untuk
memisahkan campuran berdasarkan berat molekul komponennya. Molekul yang
mempunyai berat molekul besar akan berada di bagian bawah tabung dan molekul
ringan akan berada pada bagian atas tabung. Hasil sentrifugasi akan menunjukkan
dua macam fraksi yang terpisah, yaitu supernatan pada bagian atas dan pelet pada
bagian

bawah.

Presipitasi

merupakan

langkah

yang

mengendapkan suatu komponen dari campuran (Albert, 1994).

C. ALAT DAN BAHAN

1. Alat

dilakukan

untuk

. 2.

Beker glass
Pipet tetes
Saringan biasa
Kain penyaring
Kertas saring
Blender
Corong glass
Tabung reaksi
Rak tabung reaksi
Spatula
Gelas ukur
Stopwatch
Pisau
Bahan

Buah-buahan (semangka, melon, jeruk)

Detergen bubuk, detergen cair, detergen cream
Akuades
Garam dapur (NaCl)
Alkohol
D. PROSEDUR/LANGKAH KERJA
Disiapkan buah sebanyak kurang lebih 200 gram
kemudian ditimbang lalu diblender dalam 200ml
sampai lembut

Hasil blenderan disaring menggunakan saringan teh dan

ditampung di gelas
Hasil dari saringan teh disaring kembali
menggunakan saringan tahu dan hasilnya ditambung
di gelas selai
Hasil dari saringan tahu juga disaring kembali
menggunakan kertas saring
Melarutkan tiga jenis sabun antara lain detergen
bubuk (Rinso), sabun cair (Sunlight), dan sabun colek
dalam beker gelas yang berbeda sebanyak kurang
lebih 1 sendok spatula lalu dilarutkan dengan air
Sari buah hasil penyaringan dibagi ke dalam 3 beker
gelas masing-masing 10ml
Salah satu sari buah ditambahkan larutan detergen
bubuk (Rinso), satu yang lain ditambahkan larutan
sabun cair (Sunlight), dan yang terakhir ditambahkan
larutan sabun colek

Diaduk perlahan dan dikondisikan tidak sampai

berbuih
Pada masing-masing campuran sari buah dan larutan
sabun ditambahkan 1 spatula garam dapur

Masing-masing campuran dituang ke dalam tabung

reaksi dan ditambahkan 5ml alkohol dingin secara
perlahan-lahan melalui dinding tabung dan diusahan
tidak terlalu mencampur
Diamati hingga ditemukan adanya bentukan seperti
awan, waktu munculnya dicatat (di-timer) sejak
penambahan
alkohol, dan dicatat berapa jumlah
E. HASIL ANALISIS
bentukan awan yang muncul

No

Jenis buah

Jenis sabun

Waktu

Kwantitas

terbentukya awan awan kabut

1.
Semangka
2.
Melon
3.
jeruk

Krim
Detergen
Cair
Krim
Detergen
Cair
Krim
Detergen
Cair

kabut
197 detik
17 detik
22 detik
13 detik
230 detik
120 detik
169 detik
157 detik
185 detik

+
+++
++
++
+
+++
+
++
+++

F. ANALISIS DATA
Berdasarkan data yang diperoleh pada buah semangka diketahui bahwa
saat perlakuan menggunakan sabun krim, maka cincin kabut yang muncul terlihat
sempurna dan tipis dengan waktu selama lima menit empat belas detik.. Pada
perlakuan dengan detergen dengan waktu tujuh belas detik, cincin kabut yang
terlihat sempurna dan sangat tebal. Dan untuk sabun cair dengan waktu dua puluh
dua detik cincin kabut sempurna dan tebal.

Pada data untuk buah melon saat perlakuan dengan sabun krim
menunjukkan bahwa cincin kabut sempurna dan tebal dengan waktu tiga belas
detik. Untuk perlakuan dengan detergen, cincin kabut yang muncul terlihat
sempurna dan tipis dalam waktu dua ratus tiga puluh detik. Namun untuk
perlakuan menggunakan sabun cair, cincin kabut yang terlihat sempurna dan
sangat tebal dalam waktu seratus dua puluh detik.
Pada bahan buah jeruk dari sabun cair menunjukkan bahwa cincin kabut
yang muncul terlihat sempurna dan tipis untuk waktu seratus enam puluh
sembilan detik. Pada detergen dengan waktu seratus lima puluh tujuh detik cincin
kabut sempurna dan tebal. Sedangkan pada sabun cair dengan waktu seratus
delapan puluh lima detik hasilnya cincin kabut sempurna dan sangat tebal.
G. PEMBAHASAN
Dalam praktikum isolasi DNA menggunakan metode kasar (Kitchen
Preparation), langkah pertama yang dilakukan adalah menyiapkan buah yang akan
digunakan sebagai objek pengamatan ( jeruk, semangka, melon ), setelah buah
disiapkan, langkah selanjutnya adalah mengambil masing-masing 200 gr daging
buah untuk dihaluskan menggunakan blender selama, dan jangan lupa
menambahkan aquades sebagai pelarut, agar buah mudah untuk dihancurkan dan
diambil ekstraknya. Kemudian buah yang telah dihancurkan tersebut ditambahkan
air sebanyak 200 mL. Sementara itu, disiapkan sabun cair, detergen dan sabun
cream pada 3 beaker glass yang berbeda. Hasil yang diperoleh dari blenderan
buah tadi kemudian disaring melalui tiga ahap saringan, yaitu pertama saringan
the, kemudian saringan kain, dan ang terakhir adalah saringan kertas. Setelah itu,
hasil ekstrak buah yang telah memlaui proses penyaringan ditambahkan dalam
beaker glass yang beisi sabun. Lalu diaduk sampai homogeny dan diusahakan
untuk jangan sampai berbusa, hal ini bertujuan untuk mempermudah peroses
pengamatan munculnya gelembung-gelembung DNA sekaligus untuk melisis sel
pada buah. Lalu ambil 10 mL larutan dan dimasukkan dalam tabung.
Kemudian ditambahkan 1 spatula garam dapur kedalam tiap-tiap tabung
reaksi dan diaduk selama 10 menit sampai diperoleh campuran yang homogen.
Penambahan garam dapur bertujuan untuk memudahkan pemisahan

benang-

benang DNA dari larutan dan untuk mengendapkan kotoran-kotorannya sehingga

benang-benang DNA tersebut akan mudah diamati. 10 ml hasil Penyaringan pada

tersebut kemudian ditambahkan 5 ml alkohol dingin. Alcohol ini berfungsi untuk

menggumpalkan DNA. Dan langkah akhir adalah melakukan pengamatan proses
timbulnya benang- benang DNA, mulai dari warna, bentuk dan jumlah DNA yang
dihasilkan.
Menurut hasil pengamatan, pada ekstrak buah semangka yang diberi sabun
cair membentuk awan kabut pada waktu 22 detik dan kuantitas awan kabutnya
cukup banyak. Sedangkan yang diberi detergen, terbentuk kabut pada waktu 17
detik dan kuantitas awan kabutnya banyak. Dan untuk yang diberi sabun cream,
hasilnya adalah awan kabut terbentuk pada detik ke-197 , dan kuantitas awan
kabutnya sedikit. Hal ini kurang sesuai dengan pernyataan Jamilah (2005) bahwa
antara detergen cair, bubuk, dan cream yang seharusnya mempunyai daya rusak
paling tinggi dalam memecah membran sel adalah detergen cair. Hal ini mungkin
terjadi karena kurang homogennya larutan dengan sabun dan garam. Atau bisa
juga karena jumlah sabun yang diberikan pada sabun detergen lebih banyak.
pada ekstrak buah jeruk yang diberi sabun cair membentuk awan kabut pada
waktu 185 detik dan kuantitas awan kabutnya banyak. Sedangkan yang diberi
detergen, terbentuk kabut pada waktu 157 detik dan kuantitas awan kabutnya
cukup banyak. Dan untuk yang diberi sabun cream, hasilnya adalah awan kabut
terbentuk pada detik ke-169 , dan kuantitas awan kabutnya sedikit. Hal ini sesuai
dengan pernyataan Jamilah (2005) bahwa antara detergen cair, bubuk, dan cream
yang seharusnya mempunyai daya rusak paling tinggi dalam memecah membran
sel adalah detergen cair.
Karena di dalam detergen cair mengandung konsentrasi yang tinggi
misalnya lauryl sulfat yang dapat berfungsi sama dengan dodesil sulfat dan
disodium EDTA, serta kandungan zat pewarna dan zat aktif pemutih yang
biasanya ada dalam detergen cair., detergen bubuk menghasilkan warna yang
paling baik, yaitu putih, detergen krim memberikan warna yang kurang baik
karena menyebabkan warna filtrat mendekati warna detergen, sehingga isolasi
DNA yang dihasilkan berwarna sama atau hampir sama dengan filtrat. Ditinjau
dari faktor penambahan garam ke dalam larutan detergen pada proses isolasi
DNA, garam digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang dikandung
oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat

DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul saling tolak mnolak
satu sama lain sehinggga pada saat ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub
negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul (Dollard, 1994, dalam Jamilah, 2005:
21). Dari pernyataan tersebut, nampak bahwa selain digunakan untuk
menghilangkan protein dan karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH lysing buffer,
garam juga membantu

proses pemekatan DNA.Konsentrasi DNA yang

terpresipitasi tergantung dari beberapa hal, antara lain: keenceran sumber DNA
yang digunakan dan suhu ethanol. Semakin encer filtrat, maka DNA yang
terpresipitasi akan semakin sedikit. Sementara semakin dingin ethanol, DNA yang
terpresipitasi semakin pekat. menambahkan bahwa semakin encer filtrat, maka
DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit.
Untuk percobaan buah melon, hasil yang diperoleh yang paling sempurna
dan tebal pada perlakuan menggunakan sabun cair dalam waktu 120 detik. Karena
kandungan air pada melon tidak sebanyak pada semangka, maka larutan ekstrak
yang digunakan cukup kental sehingga hasil percobaan tampak jelas pada sabun
cair. Hal ini menunjukkan bahwa kandungan SDS pada sabun cair tinggi. Untuk
hasil menggunakan detergen diperoleh hasil cincin kabut sempurna tapi tipis,
namun perlakuan dengan sabun krim cincin kabut yang dihasilkan lebih banyak
daripada menggunakan detergen. Hal ini dimungkinkan bahwa kandungan SDS
pada sabun krim lebih banyak dibandingkan dengan detergen.
H. DISKUSI
1. a. deterjen yang berfungsi untuk melisis sel atau merusak membrane sel.
Perusakan membran sel terjadi akibat adanya ikatan kimia yang terbentuk
antara detergen dengan zat-zat yang ada pada buah.
b. garam , Penambahan garam dapur bertujuan untuk memudahkan
pemisahan

benang-benang DNA dari larutan dan untuk mengendapkan

kotoran-kotorannya sehingga benang-benang DNA tersebut akan mudah

diamati. Garam digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na+ yang
dikandung oleh garam mampu memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub
negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa menyebabkan molekul-molekul
saling tolak mnolak satu sama lain sehinggga pada saat ion Na+ membentuk
ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul

dan

menghilangkan protein dan karbohidrat dan menjaga kesetabilan pH lysing

buffer.
c. alcohol berfungsi untuk menggumpalkan DNA. Alkohol tersebut mampu
membawa asam nukleat yang terdapat dalam campuran naik ke permukaan,
untuk kemudian diendapkan.
2. Dalam isolasi DNA, bahan yang kita gunakan biasanya berupa jaringan
tumbuhan atau jaringan hewan, untuk itu langkah pertama yang harus kita
lakukan adalah memecahkan jaringan menjadi sel-sel yang mandiri. Proses
dilakukan secara mekanik atau fisik dengan menumbuk atau menggerus
bahan yang akan kita gunakan dengan mortar atau blender.
3. Karena busa yang terbantuk akan menggangu pengamatan. Serabut putih
(DNA) hasil percobaan akan terlihat sangat tipis. Bila ada buih pada
pengamatan, maka sudah pasti DNA tidak akan tampak karena tertutupi buih
tersebut.
4. Alkohol dingin berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul
kerena pemekatan oleh garam, karena kerapatan alkohol lebih kecil
dibandingkan kerapatan air maka alkohol akan berada di bagian atas larutan
pada tabung reaksi. Strand-strand DNA yang terikat oleh alkohol akan
nampak sebagi benang-benang putih yang terapung di atas filtrat.
5. Perbedaan detergen dalam mempengaruhi tingkat pemunculan DNA dalm
isolasi DNA ini disebabkan karena kandungan detergen tersebut berbeda,
misalnya lauryl sulfat yang dapat berfungsi sama dengan dodesil sulfat dan
disodium EDTA, serta kandungan zat pewarna dan zat aktif pemutih yang
biasanya ada dalam detergen. Diantara detergen bubuk, detergen Attack
menghasilkan warna yang paling baik, yaitu putih, detergen krim memberikan
warna yang kurang baik karena menyebabkan warna filtrat mendekati warna
detergen, sehingga isolasi DNA yang dihasilkan berwarna sama atau hampir
sama dengan filtrat.
6. Buah dengan kadar air tinggi akan menghasilkan isolat yang berbeda jika
dibandingkan dengan buah berkadar air rendah (kaya serat). Semakin tinggi
kadar air maka sel yang terlarut di dalam ekstrak akan semakin sedikit,
sehingga DNA yang terpretisipasi juga akan sedikit. Suatu sumber
menyatakan bahwa dalam proses pembuatan sumber DNA untuk isolasi DNA

hendaknya jangan terlalu encer karena semakin encer sumber DNA, DNA
yang terpresipitasi akan semakin sedikit. Karena sel yang lisis di dalam air
tentunya lebih sedikit jika dibandingkan dengan sumber DNA yang lebih
kental. Namun, masalah pengaruh keenceran terhadap hasil isolasi DNA
dapat diatasi dengan pengurangan jumlah Akuades yang digunakan sehingga
walaupun sumber DNA yang digunakan adalah buah dengan kadar air tinggi,
tetap dapat diperoleh ekstrak yang cukup kental.

DAFTAR PUSTAKA
Achmad, Wendy. 2010. Isolasi DNA. Jakarta: PT. Gramedia Pustaka Utama.
Albert, B., 1994. Biologi Molekuler Sel Edisi Kedua. Jakarta: PT. Gramedia
Pustaka Utama.
Campbell, N.A., Reece, J.B, Mitchell, L.G. 2002. Biologi. Jakarta: Erlangga.
Elrod, S., 2007. Genetika Edisi Keempat.. Jakarta: Erlangga
Istanti, Annie. 1999. Biologi Sel. Malang: Jurusan Biologi FMIPA UM.
Jamilah. 2005. Pengaruh berbagai macam deterjen, penambahan garam dan
ekstrak nanas terhadap hasil isolasi DNA berbagai macam buah sebagai
topic praktikum mata kuliah genetika. Skripsi tidak diterbitkan. Malang:
program sarjaa biologi.
Suryo, 2004. Genetika Strata 1. Yogyakarta: Universitas Gadjah Mada.
Suryo. 2004. Genetika. Yogyakarta: Gadjah Mada University Press.
Suryo. 2012. Genetika Manusia. Yogyakarta: Gadjah Mada University Press.
Yuwono, T., 2008. Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga.
Zubaidah, siti. 2004. Identifikasi, variasi genetic, distribusi dan upaya eliminasi
bakteri bakteri penyebab CVPD. Desertasi tidak diterbitkan. Malang:
program pasca sarjana universitas Brawijaya.