KONJUGASI PADA BAKTERI

DAN REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI

RESUME
Disusun Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika II
yang Dibina Oleh Prof. Dr. A. D. Corebima, M. Pd.

Oleh :
Kelompok 3/Off A/2014
Arei Laxmie N.W.

(140341605233)

Dinar Ajeng Nur Aziza

(140341605926)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
Oktober 2016

BAB 13
KONJUGASI PADA BAKTERI
Konjugasi adalah suatu proses transfer informasi genetik satu arah yang terjadi
melalui kontak sel langsung antar suatu sel bakteri donor dan suatu sel bakteri
resipien (penerima). Konjugasi uga diartikan sebagai fusi temporer atau peleburan
sementara dari organisme sel tunggal dalam rangka transfer seksual materi
genetic. Selain tranformasi dan transduksi, konjugasi juga menyebabkan
terjadinya rekombinan pada bakteri.

Transformasi

Kriteria
Dibutuhkan kontak sel
Tidak

Sensitif terhadap DNase

Ya

Tranduksi

Tidak

Tidak

Proses rekombinasi

Konjugasi

Ya
Tidak
Peristiwa konjugasi ditemukan pada E.coli yang berbeda

kebutuhan nutrisinya, yaitu strain A dan strain B. Peristiwa konjugasi ditemukan

pada E. coli yang berbeda kebutuhan nutrisinya, yaitu strain A dan B. Strain A
bergenotip met bio thr+ leu+ thi+, sedangkan strain B bergenotip met+ bio+ thr leu
thi. Strain yang memiliki gen mutan membutuhkan tambahan nutrisi terkait dalam
medium pertumbuhannya agar dapat hidup, sedangkan strain wild type tidak
membutuhkan nutrisi terkait dalam medium pertumbuhannya. Strain yang
membutuhkan tambahan nutrisi dalam medium pertumbuhannya agar dapat hidup
disebut auxotroph.
Pada percobaan yang dilakukan Ledenberg dan Tatum strain A dan B pada
perlakuan campuran strain A dan B yang ditumbuhkan bersama pada medium
minimal dan beberapa koloni bisa tumbuh. Sehingga campuran strain A dan B
sebagai auxotroph berubah menjadi prototroph atau bakteri yang tidak
membutuhkan nutrisi tambahan dalam mediumnya dan dapat tumbuh pada
medium minimal. Hal tersebut akibat suatu pertukaran genetik yang bukan
tergolong mutasi. Percobaan Bernard Davis membuktikan bahwa peristiwa
rekombinasi disebabkan konjugasi dengan menggunakan satu tabung U.
Percobaan ini menjelaskan bahwa ketika tidak terjadi kontak antar sel bekteri
maka koloni bakteri tidak akan tumbuh pada medium yang minimal. Kontak antar
sel dalam dibutuhkan untuk terjadinya suatu perubahan genetik. Perubahan

genetik yang terjadi bukan karena hasil sekresi oleh sel-sel bakteri. Kemudian
mereka menyimpulkan bahwa pada E. coli memiliki sistem perkawinan yang
disebut konjugasi yang memungkinkan terjadinya transfer materi gentik antar
bakteri. Konjugasi itulah yang menyebabkan terjadinya rekombinasi sabagai mana
yang dilaporkan Lederberg dan Tatum.
Pada sel-sel bakteri yang berperan menjadi donor memiliki F pili atau sex
pili yang menjadi karakter pembeda berupa juluran khusus yang serupa rambut di
permukaan sel. Pembentukan F pili dikontrol oleh beberapa gen yang terdapat
pada suatu molkeul DNA sirkuler kecil yang disebut kromosom mini. Kromosom
mini disebut fertility factor, sex factor atau plasmid F. Sel-sel bakteri yang
memiliki suatu F factor akan membentuk tabung konjugasi menghubungkannya
dengan sel resipien, serta melakukan transfer DNA. Di dalam sel bakteri, faktor F
dapat terintegrasi dengan kromosom sel inang atau bebas tidak terintegrasi.
Bakteri F+, F-, Hfr
Sel bakteri yang tidak mengandung yang tidak mengandung factor F (sel
resipien) disebut sebagai sel F-, sedangkan sel donor yang mengandung factor F
dalam keadaan tidak terintegrasi disebut sel F+, dalam keadaan terintegrasi disebut
sel Hfr, yang mempunyai laju/rekombinasi yang sangat tinggi. Pada konjugasi
antara sel Hfr dan sel F-, sel resipien hampir tidak pernah berubaha menjadi sel F+,
hal itu bersangkut paut dengan keutuhan faktor F yang ditransfer. Hal ini supaya
sel resipien menjadi sel F+, sel resipien tersebut harus menerima transfer faktor F
utuh. Namun hanya sebagian faktor F ditransfer pada awal proses konjugasi
sedangkan bagian sisanya berada pada ujung kromosom donor.
Faktor F1
F1 atau F prime. Faktro F1 merupakan faktor F yang mengandung sebagian
kromosom bakteri atau yang mengandung gen-gen bakteri, penyebabnya yaitu
Terlepasnya faktor F dari kromosom inang terkadang tidak sesuai dengan
ukurannya saat terintegrasi sehingga faktor F yang terlepas itu dapat mengandung
sebagian kecil kromosom inang yang letaknya berdekatan dengan faktor F di saat
berlangsungnya integrasi.
Pemetaan kromosom E. coli atas dasar hasil percobaan konjugasi terputus

Data tentang transfer gen-gen penanda pada percobaan konjugasi terputus

memperlihatkan bahwa transfer kromosom Hfr ke dalam sel F- berlangsung dalam
pola linier. Tiap gen penanda dalam wujud tipe-tipe rekombinan terdeteksi pada
waktu-waktu yang berlainan sesel-menyusul setelah konjugasi berlangsung.
Interval waktu kemunculan tipe rekombinan antara sesuatu gen penanda dengan
yang lainnya kemudian dapat digunakan sebagai suatu ukuran jarak genetik. Jarak
fisik antara gen terkait dibuktikan satuan menit berhubungan dengan panjang
segmen kromosom yang ditransfer dalam satu menit selama konjugasi. Standar
peta kromosom E. coli terbagi dalam interval-interval menit dari 0 hingga ke 100
menit.
Hal tersebut digunakan untuk upaya pemetaan gen.
Pemetaan kromosom E. coli atas dasar percobaan konjugasi yang tidak
terputus
Pemetaan kromosom E. coli atas dasar konjugasi yang tidak terputus
dilakukan pada percobaan yang dibiarkan berlangsung selama 1-2 jam tanpa
terputus-putus. Pada saat rekombiansio thr+ leu+ strr diseleksi dan dihitung
ternyata

hasil percobaan menunjukkan hasil yang berbeda-beda untuk tiap

penanda rekombinan. Frekuensi penanda rekombinan menurun sebagai suatu

fungsi jaraknya dari penanda rekombinan patokan thr+ leu+, semakin jauh
jaraknya dari penanda patokan thr+ leu+, frekuensi tiap penanda rekombinan juga
berkurang.
BAB 14
REKOMBINASI PADA FAG BAKTERI
Rekombinasi Intergenik dan Pemetaan Fag Bakteri
Rekombinasi genetik pada fag bakteri ditemukan selama percobaan infeksi
campuran dimana dua strain mutan dibiarkan menginfeksi satu biakan bakteri
yang sama secara simultan. Oleh karena itu dilibatkan dua lokus (dua strain yang )
berbeda maka rekombinasi yang terjadi tergolong rekombinasi intergenik
Pada contoh percobaan menggunakan sistem E.coli T2. Fag induk
digunakan yang bergenotip h+r (rentang inang wild type, lisis cepat) dan hr+

(rentang inang lebar, lisis normal) yang dilakukan Hershey dan Rotman pada
1949. Pada percobaan tersebut digunakan pula strain induk fag T2 yang
bergenotip hr+, dan hr. Hasil ditunjukkan pada adanya fenotip berupa plak turunan
pada cawan petri. Frekuensi (presentase) rekombinasi dihitung menggunakan
rumus :
(h+r+) + ( hr+) / plak total x 100 = frekuensi rekombinan
Hasil dari persilangan menunjukkan kedua kelompok rekombinan
memiliki frekuensi yang hampir sama sehingga rekombinasi terjadi bersifat
resiprok. Mengacu pada frekuensi rekombinan yang keci banyak gen yang
terangkai bersama (berdekatan) sebagai satu kelompok, selalu menunjukkan jarak
kelompok pautan yang sama sebesar 30%, kemudian Hershey mengajukan
hipotesis yaitu ada tiga kelompok pautan pada fag T2, dinyatakan bahwa proses
penggabungan (kombinasi) secara bebas antara kelompok pautan ditandai oleh
frekuensi rekombinasi sebesar 30%, bukan 50%.
Percobaan rekombinasi fag bakteri yang memanfaatkan infeksi simultan
tiga strain yang melibatkan tiga gen. hasil percoban inibahkan digunakan untuk
pemetaan gen fag. Kejadian rekombinasi hanya dapat terjadi karena ada
pertukaran genetik antara ketiga strain, pertukaran genetik itu berlangsung melalui
dua alternatif cara:
1. Terjadi dua rekombinasi berurutan dalam sel yang sama; kombinasi yang
pertama berlangsung antara kromosom dua strain, sedangkan rekombinasi
kedua berlangsung antara strain rekombinan yang telah terbentuk dan strain
ketiga.
2. Terjadi perkawinan serempak antara ketiga kromosom dari ketiga strain
pada suatu waktu yang sama.
Kejadian unik yang mengakibatkan terjadinya rekombinasi pada fag
ternyata juga berdampak pada nilai interferensi genetik, yang bersangkut paut
dengan nilai frekuensi rekombinasi pada daerah kromosom fag yang berdekatan.
Pada kebanyakan makhluk hidup, nilai interferensi gnetik positif yang
menandakan bahwa peristiwa pindah silang yang terjadi pada daerah kromosom
akan menghambat pindah silang pada bagian kromosom yang ada didekatnya.

Pada banyak persilangan antar fag, interferensi genetik justru negatif. Hal
itu berarti bahwa pindah silang pada suatu daerah kromosom akan meningkatkan
kejadian pindah silang pada daerah kromosom di dekatnya.
Terdapat fenomena lainnya yang disebut dengan high negative interference.
Pada fenomena ini frekuensi rekombinasi ganda dapat meningkatkan mencapai
nilai yang 30 kali lebih tinggi daripada frekuensi harapan. Salah satu contoh yaitu
pada data yang terungkap pada persilangan tiga gen yang dilakukan oleh Chase
dan Doermann. Persilangan ini dilakukan antara berbagai mutan r pada fag T4,
dan frekuensi harapan.
Jika frekuensi rekombinan pada dua interval kromosom berdekatan
menjadi lebih kecil maka terjadi peningkatan interferensi negatif yang mencolok.
Jadi, perpasangan dan pertukaran yang terjadi di lingkup suatu daerah kromosom
yang kecil akan meningkatkan peluang pertukaran genetik tambahan di dalam
kelas daerah sempit tersebut.
Rekombinasi Intragenik
Rekombinasi intragenik ternyata juga ditemukan pada fag. Rekombinasi
intragenik pada fag ini dilaporkan pada fag T4, yang merupakan buah karya
kesohor dari Seymor Benzer. Pada awal dekade 1950 Benzer melakukan
pengamatan dan pengkajian rinci terhadap lokus rII fag T4. Dalam hal ini Benzer
berhasil melaksanakan percobaan yang mengungkap keberadaan rekombinanrekombinan genetik yang sangat jarang terjadi akibat pertukaran yang
berlangsung dalam gen, bukan antar gen sebagaimana yang dipaparkan
sebelumnya. Benzer juga berhasil menunjukkan bahwa peristiwa rekombinasi
semacam itu terjadi antar DNA fag-fag bakteri selama infeksi simultan terhadap
E.coli.
Hasil akhir dari kerja Benzer adalah terungkapnya peta rinci dari lokus rII.
Karena informasi yang terungkap sangat rinci, maka kerja Benzer disebut sebagai
analisis struktur halus dari gen. Upaya pertama yang dilakukan benzer adalah
melakukan isolasi atas sejumlah besar mutan di dalam lokus rII fag T4. Ternyata
mutan dalam lokus rII ini menghasilkan plak-plak yang berlainan jika dibiakkan
pada cawan yang mengandung E.coli strain B.

Kunci analisis Benzer terletak pada kenyataan bahwa mutan-mutan rII

tidak dapat melakukan lisis secara berhasil terhadap suatu strain E.coli yang lain,
yaitu K12 () yang telah mengalami lisogenasi oleh fag, meskipun mutan-mutan
itu mampu menginfeksi dan melalukan lisis terhadap E.coli B. Fag strain wildtype mampu melakukan lisis terhadaop kedua strain E.coli tersebut, yaitu strain B
dan K12 (). Jika terjadi rekombinasi didalam lokus rII yang menghasilkan
rekombinasi wild-type itu dapat hidup didalam sel E.coli K12 () dan mampu
mengadakan lisis terhadapnya, sedangkan mutan rekombinasi tidak mampu
melakukannya. Dalam hubungan ini dibayangkan bahwa populasi fag yang terdiri
atas lebih dari 99,9 persen mutan r// serta kurang dari 0,1 % strain wild-type
dibiarkan menginfeksi strain K12, maka strain rekombinan wild-type berhasil
bereproduksi serta menghasilkan plak-plak wild-type; inilah tahap kritis dalam
upaya menemukan dan menghitung rekombinan-rekombinan yang sangat jarang.
Upaya lain jug dilakukan Benzer untuk menghitung jumlah total turunan
mutan maupun jumlah total rekombinan wild-type. Dalam hubungan ini Benzer
memanfaatkan teknik pengenceran serial, dan dengan teknik Benzer mampu
menentukan mutan r// yang dihasilkan pada E.coli B maupun jumlah total
rekombinan wild-type yang melakukan lisis terhadap E.coli K12 (). Percobaan
tersebut terbukti dari kenyataan bahwa Benzer mampu menemukan satu fag
rekombinan wild-type yang tercampur diantara sekitar 100 juta fag turunan
mutan.
Benzer juga melakukan suatu upaya lagi dalam rangka lebih
mengamankan pelaksanaan percoobaan sekaligus menjaga ketelitian data atau
hasil percobaan. Satu upaya yang juga dilakukan itu adalah uji komplementasi.
Uji komplementasi itu dilakukan karena selama melakukan kontrol terhadap
percobaannya terutama disaat E.coli strain K12 () secara simultan diinfeksi oleh
pasangan strain mutan yang berbeda. Penjelasan atas fenomena yang sangat
membingungkan itu diperoleh melalui uji komplementasi, karena Benzer
berpendapat bahwa selama melakukan infeksi secara bersamaan, tiap strain mutan
itu memberikan sesuatu yang tidak dimiliki oleh strain lainnya dan jika hal itu
terjadi maka fungsi atau kemampuan strain wild-type akan pulih.

Bilamana banyak pasangan mutan diperlakukan pada uji komplementasi,

maka tiap mutan pasti terkelompok le dalam salah satu dari dua kelompok
komplementasi, yang disebut saja sebagai A dan B. Tiap kelompok
komplementasi ini disebut sebagai cistron oleh Benzer. Cistron A dan B pada
lokus rll fag T4, dan telah diketahui sebagai dua buah gen yang berlainan. Melalui
uji komplementasi tadi yang akhirnya seluruh mutan pada lokus rll, dapat
dipisahkan menjadi dua, yakni cistron A dan cistron B. Pada percobaan
rekombinasi intragenetik dalam mengungkap rekombinasi intragenetik dalam
cistron A serta mengungkap rekombinasi intragenetik dalam cistron B, dan
memanfaatkan mutan yang pada masing-masing citros
Sangat banyak rekombinasi instragenetik yang sama sekali tidak
memunculkan rekombinan wild-type, ternyata hal itu bersangkut paut dengan
mutan dalam daerah cistron A dan B yang disebabkan oleh delesi. Rekombinasi
instragenetik yang memunculkan rekombinan wild-type hanya terjadi antara
mutan yang mempunyai latar belakang mutasi titik. Jika suatu mutan berlatar
mutasi titik yang justru terletak dalam daerah cistron itu yang mengalami delesi,
maka rekombinan wildtype tidak pernah akan muncul.
Fenomena ini juga perlu dijernihkan lagi untuk mengamankan percobaan
rekombinasi instragenetik A dan B. Dalam hal ini dilakukannya uji delesi untuk
memastikan sesuatu mutan itu berlatar mutasi titik atau delesi.
Hasil karya Benzer in berhasil diungkap mendahului kajian molekuler gen
rinci yang baru mampu dilaksanakan pada tahun 1960. Benzer membuktikan
bahwa suatu gen bukanlah suatu partikel yang tidak dapat dibagi, dibuktikan
bahwa gen adalah unit-unit mutasi dan rekombinasi yang tersusun dalam suatu
susunan yang spesifik.
Pertanyaan!
1. Menurut percobaan Benzer, mengapa mutan rekombinasi tidak dapat
melakukan lisis?
Jawab: Karena mutan-mutan rll tidak dapat melakukan lisis, sedangkan
strain wild type mampu melakukan lisis terhadap kedua strain E.coli B dan
K12(), sehingga jika dalam lokus rll menghasilkan rekombinasi wild type

maka rekombinan wild type dalam sel E.coli dapat hidup dan mampu
melakukan lisis terhadapnya, sedangkan mutan rekombinasi tidak mampu
melakukannya.
2. Apakah mungkin terjadi kesalahan pada saat konjugasi dan apabila iya,
apa dampaknya?
Ya kesalahan tersebut dapat terjadi pada saat pemotongan dan pemisahan
profag. Kesalahan pemotongan dan pemisahan profag seperti tersebut
adalah penyebab terbentuknmya partikel-partikel pentransduksi khusus
(Gardner, dkk., 1991). Dalam hal ini hanya gen-gen inang yang terletak
berdekatan dengan tapak insersi profag dapat terpisah bersama DNA fag
serta terbungkus di dalam partikel-partikel fag. Jelas terlihat bahwa proses
transduksi khusus memang hanya berperan terhadap transfer gen yang
terletak di dalam suatu rentang jarak

sempit di kedua sisi tapak

pelekatan profag. Oleh karena itu biasanya fag hanya mentransduksi

penanda gal dan bio. Seperti diketahu fag melakukan integrasi pada
daerah antara gen gal dan gen bio; gen gal dibutuhkan dalam rangka
pemanfaatan galaktosa sebagai sumber energy, sedangkan gen bio
dibutuhkan (esensial) dalam rangka sintesis biotin. Di lain pihak fag
pentransduksi khusus f80 melakukan integrasi di dekat gen trp E.coli.
Oleh

karena

itu

fag f80

berkembang

mentransduksi

penanda

(gen) trp(yang dibutuhkan dalam rangka sintesis asam amino triptofan).