Wahyu Isnia Adharini

145090100111002
Biologi Molekuler B
Replikasi DNA
Materi genetik pada makhluk hidup dapat berupa DNA atau RNA dan setiap sel memiliki
mekanisme untuk melakukan proses perbanyakan materi genetik, sehingga akan dihasilkan sel
anakan yang memiliki komposisi materi genetik yang bersifat identik dengan komposisi materi
genetik induk. Proses perbanyakan materi genetik tersebut disebut dengan replikasi bahan
genetik yang mana pada proses tersebut diikuti dengan pembentukan sel-sel anakan yang
membawa duplikat bahan genetik dari hasil replikasi. Adanya kesalahan dalam replikasi DNA
akan menyebabkan perubahan sifat pada sel anakan (Yuwono, 2005).
Beberapa teori mengenai model replikasi DNA dapat dibedakan menjadi tiga, yaitu
semikonservatif, konservatif dan dispersif. Model replikasi DNA secara semikonservatif
merupakan salah satu model replikasi yang menjelaskan bahwa molekul DNA untai ganda
tersusun atas dua untai DNA yang berikatan secara komplementer, yaitu antara basa nukleotida
purin dan pirimidin. Masing-masing untaian tersebut akan berperan sebagain template atau
cetakan untuk penempelan nukeotida-nukelotida baru dalam penyusunan molekul DNA baru,
sehingga untaian ganda DNA sel anakan tersusun atas untai tunggal molekul DNA sel induk dan
untai tunggal molekul DNA baru dari hasil sintesis. Model replikasi DNA secara semikonservatif
ini dikemukakan oleh Watson dan Crick. Model replikasi DNA secara konservatif menjelaskan
bahwa setelah terjadi replikasi, untaian ganda molekul DNA induk tetap bergabung menjadi satu
dan dua untai tunggal dari molekul DNA hasil sintesis baru membentuk untaian ganda DNA
anakan. Model replikasi DNA secara dispersif menjelaskan bahwa untai ganda molekul DNA
mengalami fragmentasi dan meteri genetik dari DNA induk tersebar secara acak pada dua
molekul DNA anakan (Weaver, 2003).

(Weaver, 2003).
Gambar 1. Model replikasi DNA

Replikasi DNA merupakan mekanisme pengkopian bahan genetik pada makhluk hidup
yang melibatkan beberapa protein dengan masing-masing peran yang bersifat spesifik. Beberapa
protein yang berperan dalam proses replikasi DNA antara lain DNA, helikase, girase, SSB
(single stranded binding protein), DNA polimerase, primase dan ligase. Materi genetik DNA
pada proses replikasi berperan sebagai cetakan untuk penempelan nukleotida-nukleotida baru
dalam sintesis DNA yang mana nukleotida tersebut kemudian akan dipolimerisasi menjadi DNA
baru sesuai dengan urutan cetakan DNA komplemennya. DNA polimerase merupakan salah satu
enzim utama yang berperan dalam katalisasi proses polimerisasi nukleotida menjadi untaian
DNA baru. Selain berperan dalam sintesis DNA, enzim ini juga berperan dalam reparasi DNA.
Enzim DNA polimerase dibedakan menjadi DNA polimerase I, DNA polimerase II dan DNA
polimerase III pada organisme prokariot, sedangkan pada organisme eukariot terdapat lima DNA
polimerase, yaitu DNA polimerase , , , dan DNA polimerase . Beberapa enzim yang
berperan dalam pembukaan untaian ganda molekul DNA antara lain helikase, girase dan protein
SBB (single strand-binding protein). Enzim helikase berfungsi untuk membuka untaian ganda
molekul DNA induk menjadi untai tunggal dengan cara memutuskan ikatan hidrogen antara basa
nukleotida yang menyusun molekul DNA. Pemutusan ikatan hidrogen membutuhkan energi yang
berasal dari ATP di dalam sel . Enzim helikase pada organisme prokariot (Escherichia coli)
dikode oleh gen dnaB. Enzim girase merupakan salah satu jenis enzim topoisomerase tipe II
yang ditemukan pada organisme yang memiliki DNA sirkuler (prokariot) dan berperan dalam
pemisahan untaian ganda DNA dengan cara memutar untaian DNA sehingga ketegangan untaian
menurun. Peran protein SSB dalam pemisahan untaian ganda molekul DNA yaitu berikatan
secara selektif dengan untai tunggal DNA dan mencegah agar kedua untaian molekul DNA yang
berikatan secara komplementer tidak bergabung kembali. Primase pada replikasi DNA berfungsi
untuk mengkatalis sintesis primer untuk memulai proses replikasi. Enzim primase berperan
dalam sintesis primer (RNA primer) untuk mengawali proses terjadinya replikasi atau sering
disebut juga dengan inisiasi replikasi. Aktvitas primase pada organisme eukariot dilakukan oleh
enzim primase, sedangkan kelompok protein yang berfungsi dalam sintesis primer pada
organisme prokariot digolongkan dalam primosome, yaitu dnaG (sintesis RNA primer) dan
helikase (dnaB). Enzim ligase merupakan enzim yang berfunngsi untuk menyambung fragmenfragmen DNA pada lagging strand (Weaver, 2003).
Tabel 1. Peran enzim DNA polimerase pada organisme prokariot dan eukariot.
Prokariot
Eukariot
Enzim
Peran
Enzim
Peran
Mengawali replikasi
DNA polimerase I
Reparasi DNA
DNA polimerase
pada kedua untaian
Pemanjangan lagging
DNA polimerase II
Reparasi DNA
DNA polimerase
strand
Pemanjangan leading
DNA polimerase
strand
DNA polimerase III
Replikasi DNA
DNA polimerase
Reparasi DNA
Replikasi DNA
DNA polimerase
miktokondria

(Weaver, 2003).
Mekanisme replikasi DNA dapat dibedakan secara berurutan menjadi pemisahan untaian
DNA induk, inisiasi, elongasi (pemanjangan untaian DNA), ligase fragmen-fragmen DNA pada
lagging strand dan terminasi. Pemisahan untaian ganda DNA induk merupakan salah satu
langkah awal yang penting dalam replikasi DNA. Pemisahan untaian ganda tersebut dilakukan
dengan memutuskan ikatan hidrogen antara basa nukleotida oleh enzim helikase, sehingga
masing-masing kedua untaian yang terpisah dapat berperan sebagai DNA cetakan untuk sintesis
DNA baru. Setelah ikatan hidrogen terputus, untaian DNA membuka secara bertahap membentuk
garpu replikasi yang bergerak dari ori atau titik awal terinisiasinya proses replikasi hingga
sepanjang untaian molekul DNA. Sintesis DNA berlangsung pada orientasi 5 ke 3 dan kedua
untaian tunggal DNA mempunyai orientasi yang berlawanan. Hal tersebut menyebabkan adanya
mekanisme sintesis yang berbeda atau semidiskontinu, namun sintesis DNA tetap berlangsung
dari orientasi 5 menuju 3. Sintesis DNA akan dilakukan secara terus menerus (continues) pada
salah satu untaian DNA induk jika arah sintesis DNA searah dengan arah pergerakan pembukaan
garpu replikasi, sedangkan pada untaian DNA komplemennya, sintesis DNA akan berlangsung
secara bertahap (discontinue) jika arah sintesis DNA berlawanan dengan arah pergerakan
pembukaan garpu replikasi. Sintesis DNA yang dilakukan secara bertahap (terputus) akan
membentuk Okazaki fragmen, yaitu fragmen-fragmen DNA pendek yang disintesis secara
bertahap. Adanya Okazaki fragmen dapat terjadi karena proses polimerasi untaian DNA hanya
dapat dilakukan setelah untaian DNA cetakan membuka dan ketidakmampuan DNA polymerase
untuk menyintesis DNA pada orientasi 3 ke 5. Oleh karena itu, terdapat dua jenis untaian DNA
berdasarkan mekanisme sintesisnya yaitu untaian awal (leading strand) dan untaian lambat
(lagging strand). Leading strand merupakan untaian DNA yang disintesis secara terus menerus,
sedangkan lagging strand merupakan untaian DNA yang disintesis secara bertahap atau terputus
(Yuwono, 2005).
Inisiasi replikasi diawali dengan adanya sintesis primer berupa molekul RNA yang
berfungsi untuk menyediakan ujung 3-OH, sehingga nukleotida DNA baru dapat menempel
pada DNA cetakan. Sintesis DNA pada lagging strand membutuhkan lebih dari satu primer
karena sintesis berlangsung secara bertahap, sehingga akan terbentuk fragmen Okazaki yang
kemudian RNA primer dari fragmen-fragmen yang terbentuk akan didegradasi oleh aktivitas
eksonuklease 53 dari DNA polimerase I dan diisikan dengan molekul DNA oleh aktivitas
polimerase 53 dari DNA polimerase I. Tidak adanya ikatan fosfodiester antara ujung 3-OH
dengan ujung 5-P dari nukleotida terakhir yang disintesis oleh DNA polimerase I menyebabkan
masih adanya celah (nick) pada untaian DNA, sehingga celah tersebut kemudian disambung
dengan enzim ligase. Sintesis DNA pada leading strand berlangsung secara terus menerus,
sehingga polimerasi untaian DNA oleh DNA polimerase III berlangsung secara kontinu dan
hanya membutuhkan satu molekul RNA primer (Yuwono, 2005).
Terminasi replikasi merupakan proses pengakhiran dari replikasi DNA. Organisme
prokariot dan eukariot memiliki mekanisme terminasi yang berbeda. Proses replikasi pada
organisme prokariot akan berakhir ketika kedua garpu replikasi bertemu pada satu titik yang
disebut dengan sisi terminasi. Bakteri Escherichia coli memiliki sisi terminasi sejumlah 6 buah,
yaitu TerA, TerB, TerC, TerD, TerE dan TerF yang mana sisi terminasi pada organisme tersebut
dicirikan dengan adanya urutan basa DNA sepanjang 23 bp yang berikatan dengan protein Tus.

Urutan basa DNA tersebut berfungsi untuk menghentikan aktivitas dari pergerakan garpu
replikasi, sehingga aktivitas enzim helikase akan terhentikan ketika garpu replikasi melewati
protein Tus yang melekat pada sekuens ter. Proses replikasi tersebut menghasilkan untaian ganda
DNA yang masih saling berlilitan sebagai dua cincin (katenan) sehingga kedua untaian tersebut
harus diuraikan agar dapat diberikan pada sel-sel anakannya (dekatenasi). Enzim yang berperan

dalam penguraian lilitan tersebut antara lain topoisomerase I (sebelum reparasi DNA) dan
topoisomerase IV (setelah reparasi DNA) (Yuwono, 2005).
(Weaver, 2003)
Gambar 2. Struktur terminator replikasi DNA pada Escherichia coli
Organisme eukariot memiliki struktur DNA yang berbeda dengan organisme prokariot,
yaitu berbentuk linear sehingga mekanisme terminasi replikasi DNA antara kedua organisme
tersebut berbeda. Replikasi DNA organisme eukariot berkaitan dengan replikasi pada ujung
kromosom atau telomer. Adanya degradasi primer pada DNA hasil sintesis menyebabkan
terjadinya pemendekan kromosom karena enzim DNA polimerase tidak dapat menyintesis DNA
dengan arah 3 5. Oleh karena itu, mekanisme terminasi replikasi pada organisme eukariot
berbeda dari organisme prokariot dan membutuhkan enzim telomerase. Aktivitas enzim
telomerase dibutuhkan untuk menambahkan sekuens spesifik sebagai primer untuk sintesis
telomer pada ujung kromosom, sehingga pemendekan kromosom tidak akan terjadi (Yuwono,
2005).

Daftar Pustaka
Weaver, Robert F. 2003. Molecular Biology. McGraw-Hill. Boston.
Yuwono, Triwibowo. 2005. Biologi Molekuler. Erlangga. Jakarta.