Laporan Praktikum ke-6

m.k Penyakit Organisme Akuatik

Hari/Tanggal
: Senin/14 November 2016
Kelompok/Shift : XII/ Senin
Asisten
: Darna Adrian

KARAKTERISASI BAKTERI MENGGUNAKAN KIT

Disusun oleh:
Nuralim Paturakhman
C14140035

DEPARTEMEN BUDIDAYA PERAIRAN

FAKULTAS PERIKANAN DAN ILMU KELAUTAN
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2016

PENDAHULUAN
Latar Belakang
Perkembangan teknologi pada budidaya ikan yang semaikin pesat
memungkinkan penggunaan sistem budidaya secara intensif atau padat tebar yang
tinggi digunakan untuk meningkatkan produksi. Meskipun demikian, dengan
penanganan yang kurang baik serta padat tebar yang tingi dapat menyebabkan
tingkat stress pada ikan juga akan semakin bertambah. Hal ini dapat disebabkan
oleh kadar oksigen yang tidak mencukupi, amoniak yang tinggi, ataupun ruang
gerak ikan yang terbatas. Stress yang terjadi pada ikan dapat menyebabkan ikan
rentan terhadap penyakit baik itu dari serangan bakteri, virus, maupun jamur dan
parasit. Untuk itu diperlukan sebuah teknik pengendalian lingkungan, dalam hal
ini wadah budidaya, yang tepat untuk dapat mengatasi serangan dari berbagai
jenis penyakit.
Penyakit ikan adalah segala sesuatu yang dapat menyebabkan gangguan
pada tubuh secara fisik maupun fisiologis pada ikan dalam jangka waktu tertentu.
Gangguan tersebut dapat disebabkan oleh faktor eksternal seperti organisme lain,
lingkungan ataupun campur tangan manusia dan faktor internal seperti kondisi
imun tubuh yang kurang baik dan sifat genetik ikan. Integrasi yang tidak sesuai
antara tubuh ikan dan kondisi lingkungan ini yang menimbulkan daya pertahanan
tubuh ikan menjadi menurun sehingga mudah terserang penyakit. Faktor biotik
yang dapat menyebabkan penyakit yaitu bakteri patoge, parasit patogen,
cendawan, hama, predator, dan kompetitor (Yulartati 2011).
Bakteri pada umumnya bereproduksi dengan cara aseksual sederhana dan
pembelahan diri. Bakteri terdiri atas sitoplasma yang dikelilingi oleh dinding sel
yang disebut peptidoglikan. Bakteri yang diperoleh dari lingkungan dapat
diidentifikasi dengan memisahkan bakteri tersebut dari mikroorganisme lainya
shingga dapat diketahui jenis-jenis bakteri yang ada pada lingkungan budidaya
tersebut. Bahan pencemar biologis biasanya disebabkan oleh mikroorganisme
yang merupakan buangan domestik, industri pengolahan, sampah dan limbah
peternakan. Pencemaran yang terjadi disebabkan oleh bakteri yang dapat
menyebabkan menurunnya kualitas perairan yang berdampak langsung pada ikan
budidaya (Moayeri 2008).
Karakterisitik adalah suatu kegiatan yang bertujuan untuk mengobservasi
atau identifikasi bakteri isolat yang ada di lingkungan. Karakteristik bakteri dapat
dilakukan dengan mengunakan sifat-sifat dari bakteri itu sendiri seperti sifat
sitologi, sifat fisiologi dan sifat morfologi. Sifat sitologi seperti bentuk sel,
motilitas, sifat gram dan endospora. Sifat fisiologi diketahui menggunakan uji
bahan atau reagen lain seperti katalase, uji indol, uji NR dan lain-lain. Sedangkan
uji morfologi seperti bentuk, tepian dan warna. Karakteristik dapat dilakukan
dengan isolasi biasa dan metode KIT. Metode KIT merupakan cara lebih baik

dibandingkan metode konvensional karena memiliki tingkat sensitifnya tinggi,

waktu identifikiasi lebih cepat, identifikasi bakteri target spesifik. Namun metode
KIT memiliki kelemahan diantaranya media kultivasi dan media ekstraksi DNA,
reaksi positif hanya menunjukan bakteri patogen, tanpa memberi tingkat
patogenitas dan penggangu pada matriks sampel (Dwiyitno 2010).
Tujuan
Tujuan dari praktikum ini adalah untuk mengidentifikasi jenis dan
karakterisasi bakteri penyebab penyakit pada ikan dengan menggunakan kit.

METODOLOGI
Waktu dan Tempat
Praktikum ini dilaksanakan pada tanggal 24 Oktober 2016 pukul 12.00
sampai dengan 15.00 WIB bertempat di Laboratorium Kesehatan Ikan lantai 4
Departemen Budidaya Perairan Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Institut
Pertanian Bogor.
Alat dan Bahan
Alat yang digunakan pada praktikum ini adalah KIT, mikrotip, mikropipet,
korek, bunsen, cawan petri, vortex, jarum ose, tabung larutan bakteri, label,
software API web, blanko kit, jas lab, masker dan sarung tangan. Sedangkan
bahan yang digunakan adalah akuades, alkohol 70%, PBS, API Aux Medium, Nit
1, Nit 2, Jemes, API GP Medium, VP1, VP2, NIN, Zym A, Zym B, minyak,
bakteri coccus, bakteri VH, bakteri AH.
Prosedur
API 20 Staph
Alat dan bahan disiapkan terlebih dahulu sebelum memulai isolasi bakteri.
Sebelum dilakukannya prosedur praktikum, tangan dan meja disterilkan terlebih
dahulu agar tidak terjadi kontaminasi pada hasil percobaan. Dilarutkan bakteri
yang digunakan pada API Suspension Madium dan diberi akuades 2 ml hingga
mencapai kekeruhan 4 McF. Strip diisi dari VP hingga mencapai ADH sesuai
label. Bakteri sebanyak 500 ul pada API Suspension Medium kemudian
dimasukkan pada API GP Medium. Strip diisi ke RIB hingga GLYG. Kemudian
diinkubasi 4 4,5 jam dengan suhu 36 2 0C. Ditambahkan reagen dan
kemudian baca hasilnya. Pada VP menjadi VP1 dan VP2, HIP menjadi NIN,
PYRA hnigga LAP menjadi Zym A ditambah Zym B. Diinkubasi kembali selama
24 2 jam dengan suhu 36 2 0C. setelah itu warna dicocokan dengan panudan
dan hasilnya dapat dibaca pada API WEB.
API 20 NE
Alat dan bahan disiapkan terlebih dahulu sebelum memulai isolasi bakteri.
Sebelum dilakukannya prosedur praktikum, tangan dan meja disterilkan terlebih
dahulu agar tidak terjadi kontaminasi pada hasil percobaan. Bakteri dilarutkan di
PBS hingga mencapai kekeruhan 0,5 McF. Strip NO3 PNPG diisi sesuai
pembagian kelompok. Bakteri sebanyak 200 ul di PBS dilarutkan pada API AUX
MEDIUM. Kemudian strip GLU sampai PAC diisi. diinkubasi selama 48 jam
dengan suhu 29 2 0 C. Ditambahkan reagen pada strip NO3 pada NIT 1
ditambah NIT 2 dan TRP pada JAMES. Setelah itu warna dicocokan dengan
panduan dan hasil dapat dibaca pada API WEB.
API 20 Strep
Alat dan bahan disiapkan terlebih dahulu sebelum memulai isolasi bakteri.
Sebelum dilakukannya prosedur praktikum, tangan dan meja disterilkan terlebih
dahulu agar tidak terjadi kontaminasi pada hasil percobaan. Bakteri yang

digunakan yaitu berbentuk coccus, gram + dan dikatalase hasil positif. Dilarutkan
bakteri pada Staph Medium (PBS) hingga mencapai kekeruhan 0,5 McF. Pada
tulisan polos terdiri dari GLU, FRU, MAN diisi dengan setengah bagian.
Kemudian yang berlabel misalnya CIT dan VP diisi dengan penuh. Tulisan yang
bergaris bawah misalnya ADH diisi dengan setengah bagian dan ditambah minyak
hingga mencapai penuh. diinkubasi selama 18 24 jam dengan suhu 36 2 0C.
Kemudian ditambahkan reagen pada satu tetes. VP terdiri dari VP1 + VP 2, NIT
Terdiri dari NIT 1 dan NIT 2. PAL ditambhkan zym A dan zym B. Kemudian
dicocok dengan panduan pada API WEB.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hasil
Berikut di bawah ini gambar hasil karakterisasi menggunakan jenis KIT
yang berbeda pada masing masing kelompok.
Gambar 1 Hasil karakterisasi bakteri menggunakan API 20 NE (Kelompok 4 5 6)

Berdasarkan gambar diatas, hasil karakterisasi bakteri menunjukkan nilai

yang baik mengidentifikasi bakteri Vibrio cholerae dengan nilai %ID sebesar
99,9%. Pada jenis bakteri lain yaitu Vibrio parahaemolyticus yang teridentifikasi
memiliki nilai %ID yang rendah sebesar 0.1%.
Gambar 2 Hasil karakterisasi bakteri menggunakan API 20 NE (Kelompok 7 8 9)

Berdasarkan gambar diatas, hasil karakterisasi bakteri menunjukkan nilai

yang baik mengidentifikasi bakteri Aeromonas hydrophila dan Pseudomonas
luteola dengan nilai %ID berturut-turut sebesar 89,9% dan 10,9%. Pada jenis
bakteri lain yaitu Vibrio fluvialis yang teridentifikasi namun memiliki nilai %ID
0%.
Gambar 3 Hasil karakterisasi bakteri menggunakan API 20 NE (Kelompok 1 2 3)

Gambar 4 Hasil karakterisasi bakteri menggunakan API 20 NE (kelompok 10 11

12)
Berdasarkan gambar diatas, hasil karakterisasi bakteri menunjukkan nilai
yang baik mengidentifikasi bakteri Streptococcus aglactiae dengan nilai %ID
sebesar 99,9%. Pada jenis bakteri lain yaitu Aerococcus urinae
yang
teridentifikasi memiliki nilai %ID yang rendah sebesar 0.1%.

Berdasarkan gambar diatas, hasil karakterisasi bakteri menunjukkan nilai

yang buruk dalam mengidentifikasi bakteri. Bakteri yang dapat diduga dalam
penggunaan KIT API Staph yaitu Micrococcus spp dan Kocuria varians.
Pembahsan
Penyakit ikan adalah segala sesuatu yang dapat menyebabkan gangguan
pada tubuh secara fisik maupun fisiologis pada ikan dalam jangka waktu tertentu.
Gangguan tersebut dapat disebabkan oleh faktor eksternal seperti organisme lain,
lingkungan ataupun campur tangan manusia dan faktor internal seperti kondisi
imun tubuh yang kurang baik dan sifat genetik ikan. Integrasi yang tidak sesuai
antara tubuh ikan dan kondisi lingkungan ini yang menimbulkan daya pertahanan
tubuh ikan menjadi menurun sehingga mudah terserang penyakit. Faktor biotik
yang dapat menyebabkan penyakit yaitu bakteri patoge, parasit patogen,
cendawan, hama, predator, dan kompetitor (Yulartati 2011).
Bakteri merupakan mikroorganisme prokariotik (tidak mempunyai inti)
uniseluler yang umumnya tidak memiliki klorofil tetapi memiliki informasi
genetik berupa DNA. Pada DNA bakteri tidak mempunyai intron dan hanya
tersusun atas ekson saja. Bakteri juga memiliki DNA ekstrakromosomal yang
tergabung menjadi plasmid yang berbentuk kecil dan sirkuler. (Harniza 2009).
Bakteri berasal dari bahasa Yunani yaitu bakterion yang berarti tongkat atau
batang. Bakteri merupakan mikroorganisme bersel satu, yang berkembang biak

dengan membelah diri, serta memiliki ukuran mikron sehingga hanya dapat dilihat
menggunakan mikroskop (Puspitasari et al 2012).
Karakteristik bakteri pada budidaya digunakan untuk mengidentifikasi
jenis bakteri yng menyerang ikan dan menyebabkan penyakit pada ikan maupun
identifikasi bakteri yang ada di lingkungan khususnya kolam budidaya ikan.
Bakteri merupakan salah satu faktor penyabab penyakit pada ikan, baik melalui
organ internal maupun eksternal yang dapat menyebabkan kematian. Serangan
bakteri dapat menimbulkan penyakit pada ikan dengan jenis dan dampak yang
berbeda. Bakteri menyerang pada jenis ikan tertentu sehingga dapat diagnosa jika
telah terjadi serangan oleh suatu bakteri. Diagnosa penyakit berguna untuk
mencegah dan menyembuhkan suatu jenis ikan terhadap bakteri yang menyerang
melalui sifat-sifat bakteri (karakterisasi bakteri). Karakterisasi bakteri berfungsi
untuk memberikan informasi awal tetang sifat-sifat suatu jenis bakteri dan untuk
informasi dalam identifikasi mikroba (Muna et al 2014).
Karakterisitik merupakan kegiatan untuk mengobservasi bakteri isolat.
Metode KIT merupakan cara lebih baik dibandingkan metode konvensional
karena memiliki tingkat sensitifnya tinggi, waktu identifikiasi lebih cepat,
identifikasi bakteri target lebih spesifik. Berdasarkan hasil praktikum yang telah
dilakukan, karakterisasi bakteri menggunakan KIT API 20 NE bakteri Vibrio
harveyi menunjukan terdapat dua jenis bakteri yang teridentifikasi yaitu bakteri
Vibrio harveyi dan Vibrio parahemolyticus. Bakteri Vibrio harveyi yang
teridentifikasi melalui KIT dengan %ID sebesar 99,9 % sebagai taksa yang
signifikan yang diartikan sebagai taksa yang benar-benar teridentifikasi,
sedangkan Vibrio parahemolyticus teridentifikasi dengan %ID sangat rendah yaitu
sebesar 0.15% sebagai takso lain yang diartikan sebagai jenis bakteri yang hampir
sama dengan Vibrio harveyi. Karakterisasi bakteri menggunakan KIT API 20 NE
bakteri Vibrio harveyi menunjukan adanya bakteri Aeromonas hydrophila cavidae
dengan %ID sebesar 89 % dan Pseudomonas luteola sebesar 10,9 % sebagai taksa
yang signifikan yang diartikan sebagai taksa yang benar-benar teridentifikasi,
sedangkan takson lain yang teridentifikasi sebesar 0.1 % yakni bakteri Aeromonas
sobria yang diartikan sebagai jenis bakteri yang memiliki sifat hampir sama
dengan bakteri yang signifikan.
Karakterisasi bakteri menggunakan KIT API 20 Strep menunjukan bakteri
Streptococcus agalactiae dengan persentase sebesar 99,9 % sebagai taksa yang
signifikan, sedangkan takson lain yang teridentifikasi sebesar 0.1 % yakni bakteri
Aerococcus urinae. Meskipun demikian, pada KIT API 20 tidak dapat
menunjukkan taksa signifikan maupun takson lain. hal ini diduga bahwa pada
proses penggunaan KIT terjadi kontaminan serta saat penambahan reagen yang
kurang tepat dapat mengakibatkan jenis bakteri tidak teridentifikasi.

KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan
KIT dalam mengidentifikasi karakterisasi bakteri terdiri dari berbagai jenis
sesuai dengan bakteri yang akan didentifikasi. KIT API 20 NE bakteri Vibrio
harveyi menunjukan dua jenis bakteri yakni Vibrio harveyi (%ID 99,9 %), KIT
API 20 NE bakteri Vibrio harveyi menunjukan adanya bakteri Aeromonas
hydrophila cavidae (%ID 89,9 %)dan Pseudomonas luteola, sedangkan untuk KIT
API 20 Strep menunjukan bakteri Streptococcus agalactiae (%ID 99,9 %)
sedangkan KIT API 20 Staph tidak menunjukan bakteri yang teridentifikasi.
Saran
Sebaiknya untuk praktikum selanjutnya digunakan jenis bakteri yang
beragam dan menggunakan metode KIT yang berbeda pula misalnya
menggunakan bakteri dari laut sehingga dapat mendapat pengetahuan yang lebih.

DAFTAR PUSTAKA
Harniza Y. 2009. Pola Resistensi Bakteri yang Diisolasi dari Bangsal Bedah Rumah
Sakit Umum Pusat Nasional Cipto Mangun Kusuma pada Tahun 2003-2006.
Skripsi. Fakultas Kedokteran. Universitas Indonesia.
Dwiyitno. 2010. Identifiakasi Bakteri Patogen pada Produk Perikanan dengan
Teknik Molekular. Squalen. 5(2).
Moayeri, M., and R. A. Welch. 1998. Bacterial Exotoxins. In: P. Williams, J.
Ketley, G. salmond(Eds). Methods in Microbiology Bacterial
Pathogenesis. Academic Press. New York. 27:287-30.
Muna N, Prayitno S B, dan Sarjito. 2014. Agensia penyebab penyakit pada
kepiting bakau (Scylla serrata) dari Kendal. Journal of Aquaculture
Management an Technology. 3(2): 135-142.
Puspitasari FD. Maya F, Nengah DK. 2012. Isolasi dan Karakterisasi Bakteri
Aerob Proteolitik dari Tangki Septik. Jurnal sains dan seni ITS. 1 (1).
Yulartati E. 2011. Tingkat Serangan Ektoparasit pada Ikan Patin (Pangasius
djambal) pada Beberapa Pembubidaya Ikan di Kota Makassar. [Skripsi].
Makassar (ID). Universitas Hasanuddin.