protein

LISANA SIDQI ALIYA, M.BIOMED., APT.

PROGRAM STUDI S1 FARMASI
INSTITUT SAINS DAN TEKNOLOGI NASIONAL

Peran
&
aktivitas
protein

Katalitis enzimatis
Hampir seluruh enzim yang dikenal merupakan protein

Transport dan penyimpanan

Transport O2 oleh hemoglobin dan mioglobin

Koordinasi gerak
Protein merupakan komponen utama dari otot

Penunjang mekanis
Ketegangan kulit dan tulang oleh kolagen yang merupakan protein fibrosa

Proteksi imun
Antibodi merupakan protein yang sangat spesifik dalam mengenali antigen

Pengaturan pertumbuhan dan diferensiasi

Ekspresi gen diatur oleh protein-protein regulator

Tujuan perkuliahan
Mengetahui definisi protein

Mengetahui monomer penyusun protein

Mengetahui sifat fisika/kimia monomer (asam amino) penyusun protein
Mengetahui struktur dan bentuk 3D protein di alam

PROTEIN dan ASAM AMINO

Protein tersusun atas 20 asam amino dalam bentuk L--asam amino
Asam amino:
Esensial tidak dapat disintesis oleh tubuh
Non-esensial dapat disintesis oleh tubuh

You are what you eat

Klasifikasi asam
amino berdasarkan
pembentuknnya di
dalam tubuh
(Lehninger, 1988)

AA NON ESENSIAL

AA ESENSIAL

Alanin (Ala/A)
Asparagin (Asn/N)
Asam aspartat (Asp/D)
Sistein (Cys/C)
Glutamin (Gln/Q)
Asam glutamat (Glu/E)
Glisin (Gly, G)
Prolin (Pro/P)
Serin (Ser/S)
Tirosin (Tyr/Y)

Arginin (Arg/R)
Histidin (His/H)
Lisin (Lys/K)
Isoleusin (Ile/H)
Leusin (Leu/L)
Metionin (Met/M)
Fenilalanin (Phe/F)
Threonin (Thr/T)
Triptofan (Trp/W)
Valin (Val/V)

Daftar singkatan
asam amino

Struktur Dasar Asam Amino

Asam amino terdiri dari:

1 (satu) atom C yang mengikat:

Gugus amina
Asam karboksilat + amina
asam amino
Gugus karboksil
Gugus R (rantai samping)

(rantai samping)

Asam amino
beserta sifat
fisika/kimianya
catatan:
- Mengandung atom S: metionin
dan sistein
- Rantai samping siklik: prolin
dan histidin

Bentuk protein
manakah yang
paling mungkin
terbentuk di
dalam air?

Muatan Asam Amino

Asam amino di dalam larutan dengan pH netral bersifat dipolar (memiliki

dua muatan) zwitter ion

Gugus amida bermuatan positif

Gugus karboksil bermuatan negatif

Asam amino di dalam larutan dengan pH asam bermuatan positif (+)

Gugus amida bermuatan positif

Gugus karboksil tidak bermuatan

Asam amino di dalam larutan dengan pH basa bermuatan negatif (-)

Gugus amida tidak bermuatan

Gugus karboksil bermuatan negatif

Status ionisasi asam amino berdasarkan pH larutan

Physiological pH (measure of [H+])

12

Struktur 3D protein
-

Struktur primer (1o)

Struktur sekunder (2o)
Struktur tersier (3o)
Struktur kuartener (4o)

14

Overview struktur 3D protein

15

16

Overview: struktur 3D protein

Struktur primer

1. Struktur Primer
Merupakan struktur dasar suatu protein
Berupa rangkaian linier asam amino

dengan urutan yang ditentukan oleh gen

Satu

asam amino dg asam amino

sebelahnya dihubungkan oleh ikatan
peptida

Ikatan peptida terbentuk dari reaksi

antara gugus karboksil asam amino 1

dengan gugus amino asam amino 2
disebut jembatan CO-NH

Urutan asam amino

ditentukan oleh gen
Penomoran dimulai dari
amino terminus, dengan
ekor protein merupakan
karboksi terminus

20

Overview: struktur 3D protein

Struktur sekunder

2. Struktur Sekunder
Struktur sekunder terbentuk karena ikatan hidrogen antara atom O dari

gugus karbonil dengan atom H dari gugus amino

Beberapa struktur sekunder:
-Heliks
b-sheet (Lembaran b)
b-Turn

-Heliks
Merupakan struktur berbentuk batang

berpilin ke kanan
Gugus CO setiap asam amino membentuk

ikatan hidrogen dg NH asam amino yang

terletak 4 residu di depannya pada untai
polipeptida yang sama (1-5; 2-6; 3-7; dst)
Dalam satu putaran terdapat 3,6 residu

dengn jarak aksis 1,5 Ao; rotasi 100o;

Hemoglobin & mioglobin (75% -heliks)
-heliks yg berpilin kembali struktur

kuat & kaku, e.g: benang fibrin & keratin

Ket:
- Hitam atom karbon
- Biru atom hidrogen
- Merah bergaris atom oksigen
- Ungu rantai samping

b-Sheet
Merupakan

struktur

berbentuk

lembaran
Gugus

CO setiap asam amino

membentuk ikatan hidrogen dg NH
asam amino pada rantai polipeptida
yang berlainan

Paralel searah (kedua ujung C dan N

terminus pada arah yang sama)

Antiparalel berlawanan arah

b-Turn
Terbentuk dari ikatan hidrogen antara

gugus CO residu n dengan NH residu n+3

Disebut juga putaran tusuk konde (hairpin

loop)

25

Overview: struktur 3D protein

Struktur tersier

3. Struktur tersier
Merupakan

bentuk berputar dan

berlipat dari struktur sekunder

Membentuk struktur 3D yang unik

1 rantai polipeptida membentuk 1

subunit
Terbentuk dari:
Ikatan disulfida (antara 2 atom sulfur
pada 2 residu sistein yang berbeda)
Ikatan ionik
Ikatan hidrogen

Jembatan disulfida pada insulin

28

Overview: struktur 3D protein

Struktur kuartener

4. Struktur kuartener
Merupakan

bentuk

yang

paling

kompleks
Gabungan dari beberapa subunit dan

dapat
mengandung
senyawa
anorganik (misal: Fe) yang disebut
gugus prostetik
E.g: hemoglobin terdiri dari

4 subunit (2 merah dan 2 kuning)

4 gugus heme

Memprediksi
Struktur
Protein