BIOKIMIA

BIOSINTESIS NUKLEOTIDA

Di susun oleh :
Kelompok : 6

1.
2.
3.
4.
5.

LILIK KHOLQILLAH
KHASIBAH KAMILIA F
LINDA WIDIAWATI
METIKA INDAH FUJI ASTARI
MUSYHADAH MIASEPTA I.

(1204015232)
(1504015203)
(1504015212)
(1504015232)
(1504015246)

FAKULTAS FARMASI DAN SAINS

UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH PROF.DR.HAMKA
ISLAMIC CENTER, JL. DELIMA II/IV, PERUMNAS KLENDER
JAKARTA TIMUR
2016
KATA PENGANTAR

Puji syukur kami panjatkan kehadirat Allah SWT, karena berkat karunia
Nya kami dapat menyelesaikan Makalah Biokimia. Makalah ini merupakan hasil
kerja keras kami sebagai salah satu yang ditempuh untuk menyelesaiakn tugas
mata kuliah Biokimia di semester tiga ini sebagai syarat penilaian di Universitas
Muhanmmadiyah PROF.DR.Hamka.
Meskipun banyak rintangan dan hambatan yang kami alami dalam proses
pengerjaannya, tapi saya berhasil menyelesaikan dengan baik. Tentunya adahalhal yang ingin kami berikan kepada masyarakat dari hasil makalah ini. Karena itu
kami berharap semoga makalah ini dapat menjadi sesuatu yang berguna bagi kita
bersama.
Kami mohon maaf apabila dalam memberikan penjelasan, menguraikan,
contoh-contoh serta bahan dan data yang tidak lengkap atau tidak rapih, karena
kami masih belajar. Kritik dan saran sangat kami harapkan untuk pekerjaan kami
di masa yang akan datang. Semoga makalahyang kami buat ini dapat bermanfaat
khususnya bagi penulisdanbagi pembaca.

Jakarta Timur, Desember 2016

Penulis

DAFTAR ISI

Halaman
KATA PENGANTAR................................................................................... i
DAFTAR ISI................................................................................................ ii

BAB I PENDAHULUAN
1. Latar Belakang.............................................................................................. 1
2. Rumusan Masalah......................................................................................... 2
3. Tujuan Pembahasan.......................................................................................3
BAB II PEMBAHASAN
A. Pengertian dan definisi biosintesis nukleotida
1. Pengertian dan Definisi Biosintesis Nukleotida4
B. Biosintesis nukleotida purin dan pirimidin
1. Biosintesis Nukleotida Pirimidin.7
2. Katalis Multifungsi Ikut Serta dalam Biositesis Nukleotida purin..9
3. Metabolisme purin dan pirimidin11
4. Struktur Purin dan pirimidin...12
5. Biosintesis Purin dan Pirimidin...15
6. Tahapan biosintesis purin dan pirimidin17
C. Degradasi Purin dan siklus Nitrogen
D. Pengertian dan Fungsi (DNA dan RNA)
1. Pengertian DNA (Asam Deoksiribonukleat)...23
2. Pengertian RNA (Asam Ribonukleat).25
E. STUKTUR DAN REPIKASI (DNA DAN RNA)
BAB III PENUTUP
1 Kesimpulan....................................................................................................... 26
2 Saran27
DAFTAR PUSTAKA...........................................................................................28

BAB I

PENDAHULUAN
A. Latar Belakang
Manusia melakukan biosintesis purin dan pirimidin dalam asam nukleat
jaringan tubuh. ATP, NAD+, koenzim A dan lain-lain dari senyawa antara
amfibolik. Namun demikian senyawa analog purin dan pirimidin yang disuntikan,
termasuk obat-obat yang potensial sebagai preparat anti kanker. Dapat disatukan
kedalam DNA. Biosintesis purin serta pirimidin oksi dan deoksiribonukleotida
(NTP dan dNTP), merupakan peristiwa yang diatur secara akurat serta
dikoordinasikan lewat mekanisme umpan balik yang menjamin produksi senyawa
ini dengan kuantitas yang tepat kadang-kadang disesuaikan menurut berbagai
kebutuhan fisiologik (misalnya pembelahan sel).
Metabolisme adalah istilah yang mengacu pada perubahan-perubahan
kimiawi yang terjadi didalam tubuh untuk pelaksanaan berbagai fungsi fitalnya.
Setiap sel terdiri atas protoplasma yang memiliki kemampuan memungut oksigen
dan bahan keperluan lainnya, dan menyisihkan bahan tertentu lainnya sebagai
barang buangan, termasuk karbondioksida. Namun, diantara berbagai peruban
yang terjadi didalam sel itu terdapat bidang kegiatan kimiawi yang luas dan fungsi
tubuh yang sangat erat yang bergantung dari kegiatan tersebut. Metabolisme
adalah suatu proses komplek perubahan makanan menjadi energi dan panas
melalui proses fisika dan kimia, berupa proses pembentukan dan penguraian zat
didalam tubuh organisme untuk kelangsungan hidupnya.
B. Tujuan
1. Mengetahui pengertian dan definisi biosintesis nukleotida
2. mengetahui biosintsis nukleotida purin dan pirimidin
3. mengetahui degrdasi dan siklus nitrogen
4. mengtahui pengertian dan fungsi (DNA dan RNA)

C. Rumusan Masalah
1, Apa pengertisn dan definisi biosintesis nukleotida
2. Bagaimana cara kerja biosintesis nukleotida purin dan pirimidin
3. Bagaimana cara kerja degradasi dan siklus nitrogen
4. Apa pengertian dan Fungsi DNA dan RNA

BAB II
PEMBAHASAN
A. PENGERTIAN DAN DEFINISI BIOSINTESIS NUKLEOTIDA
B. BIOSINTESIS NULEOTIDA PURIN DAN PIRIMIDIN
C. DEGRADASI PURIN DAN SIKLUS NITROGEN
D. PENGERTIAN DAN FUNGSI (DNA DAN RNA)

A. Pengertian dan Definisi Biosintesis Nukleotida

1. Nukleosida
Nukleosida adalah suatu basa (purin atau pirimidin) yang berikatan dengan
gula pentosa (gula D-ribosaatau2deoksiD-ribosa)
2. Nukleotida
Nukleotida adalah senyawa mengandung nitrogen yang berperanan penting
pada peranan biologik dan merupakan basa heterosiklik aromatik. Terdiri dari
basa purin atau pirimidin yang dihubungkan oleh glikosidik ke gula pentosa
selanjutnya mengalami esterifikasi pada satu gugus fosfatnya atau lebih.
Adalah nukleosida yang mengalami fosforilasi.
Peran Nukleosida dan Nukleotida yaitu :
a. Sebagai karier metabolisme energi (ATP)
b. Sebagai subtrat untuk sintesis asam nukleat RNA dan DNA
c. Sebagai komponen enzim-enzim (NAD,NADP,FAD) koenzimA
d. Sebagai pengatur alosterik aktivitas enzim
Nukleotida purin dan pirimidin merupakan unsur non esensial secara dieretik.
Asam nukleat dalam makanan akan diurai menjadi nuklesida purin dan
pirimidin didalam usus. Manusia dapat mensintesis nukleotida purin dan
pirimidin secara de novo (dari intermediat amfibolik). Vitamin asam folat dan
B12 (kobalamin) memegang peranan penting metabolisme nukloetida, bila
tidak ada biosintesis nukloetida akan terhambat.

B. Biosintesis Nukleotida Purin dan Pirimidin

Pembentukan secara de novo dengan senyawa amfibolik. Penyelamatan
nukloetida yang dikeluarkan pada saat degradasi asam nukleat. Ada 3 proses
yang berperan dalam biosintesis nukleotida purin yaitu:
1. sintesis dari zat antara amfibolik (sintesis de novo),
2. fosforibosilasi,
3. fosforilasi nukleosida purin.
1. Biosintesis Nukleotida Pirimidin
Katalis reaksi awalnya adalah karbamoil fosfat sintase II sitosilik, suatu
enzim yang berbeda dari karbamoil fosfat sintase II mitokondria yang
berperan dalam sintesis urea. Karena itu perbedaan letak mini menghasilkan
dua kompartemen karbamoil fosfat yang independent. PRPP salah satu zat

yang berperan pada awal sintesis nukleotida purin akan ikut serta pada tahap
yang jauh lebih.
2. Katalis Multifungsi Ikut Serta dalam Biositesis Nukleotida purin
Pada prokariot, setiap reaksi dikatalis oleh polipeptida yang berlainan.
Sebaliknya, pada eukariot enzim-enzim nya adalah polipepetida yang
mempunyai aktivitas katalitik multiple dan tempat-tempat katalitik nya saling
berdekatan sehingga zat-zat antara mudah disalurkan diantara tempat-tempat
tersebut.
3. Metabolisme purin dan pirimidin
Purin dan pirimidin merupakan inti dari senyawa komponen molekul
nukleotida asam nukleat RNA dan DNA.
Contoh Purin : Adenin, guanin, hipoxantin, xantin. Di metabolisme menjadi
asam urat.
Contoh Pirimidin : Sitosin, urasil, timin. Dimetabolisme menjadi CO2 dan
NH3.
4. Struktur Purin dan pirimidin
1. Reaksi Penyelamatan Mengubah Purin dan Nukleosidanya menjadi
Mononukleotida. Perubahan purin, ribonukleosida dan deoksiribonukleosida
nya menjadi mononukleotida memerlukan apa yang disebut sebagai reaksi
penyelamatan. Reaksi ini jauh lebih sedikit memerlukan energi dibanding
sintesis de novo. Mekanisme yang lebih penting melibatkan fosforibolisasi
oleh PRPP purin bebas (Pu) untuk membentuk purin 5-mononukleotida (PuRP).
Pu + PR-PP PRP + PP
Dua fosforibosil transferase kemudian mengubah adenine menjadi AMP serta
mengubah hipoxantin dan guanin menjadi IMP atau GMP. Mekanisme
penyelamatan kedua melibatkan transfer fosforil dari ATP ke ribonukleosida
purin (PuR):
PuR + ATP PuR P + ADP
Adenosin kinase mengatalisis fosforilasi adenosin dan deoksiadenosin menjadi
AMP dan dAMP, dan deoksisitidin kinase memfosforilasi deoksisitidin dan
2-deoksiguanosin menjadi dCMP dan dGMP.

Hepar sebagai tempat utama biosintesis nukleotida purin menyediakan purin

dan nukleotida purin untuk diselamatkan dan digunakan oleh jaringanjaringan yang tidak mampu membentuk kedua zat tersebut. Contohnya, otak
manusia memiliki PRPP glutamil amidotransferase dalam kadar yang rendah
sehingga bergantung pada purin eksogen.
2. Umpan balik AMP dan GMP Meregulasi PRPP Glutamil Amidotransferase
Karena membutuhkan glisin, glutamine, turunn tetrahidrofolat, aspartat, serta
ATP, biosintesis IMP bermanfaat dalam regulasi biosintesis purin. Hal yang
paling menentukan laju biosintesis nukleotida purin de novo adalah
konsentrasi PRPP, laju sintesis, pemakaian, dan penguraiannya. Laju sintesis
PRPP bergantung pada ketersedian ribose 5-fosfat dan pada aktivitas PRPP
sitase, suatu enzim yang peka terhadap inhibisi umpan balik AMP, ADP,
GMP, dan GDP.
3. Reduksi ribonukleosida Difosfat Membentuk Deoksiribonukleosida Difosfat
Reduksi 2-hidroksil ribonukleosida purin dan pirimidin yang dikatalis oleh
kompleks ribonukleotida reduktase membentuk deoksiribonukleotida difosfat
(dNDP). Kompleks enzim ini aktif hanya jika sel sedang aktif menyintesis
DNA. Reduksi memerlukan tioredoksin, reduktase, dan NADPH. Reduktan
yang terbentuk yaitu tioredoksin terekdusi, dihasilkan oleh NADPH
tioredoksin redutase.
Reduksi ribonukleosida difosfat (NDP) menjadi deoksiribonukleosida difosft
(dNDP) berada dibawah kontrol regulatorik yang rumit agar tercapai
produksi deoksiribonukleotida yang seimbang untuk sintesis DNA.
5. Biosintesis Purin dan Pirimidin
1. Purin
Hasil penelitian dengan menggunakan radioisotop, ternyata setiap komponen
yang dijumpai dalam kerangka inti purin berasal dari bermacam-macam
sumber diantara lain :
1.1. Atom C (6) inti purin berasal dari atom karbon molekul CO2 udara
pernafasan.

1.2.

Atom N (1) inti purin bersal dari atom nitrogen gugus amino (-NH2)

molekul aspartat.
1.3. Atom C (2) dan atom C (8) inti purin adalah produk reaksi
transformilasi yang berasal dari senyawa donor gugus formil yang
mengakibatkn koenzim FH4 (tetra hidro folat).
1.4. Atom N (3) dan atom N (9) berasal dari nitrogen gugus amida molekul
glutamin.
1.5. Atom C (4) atom C (5) dan atom N (7) merupakan molekul glisin.
2. Pirimidin
Umumnya biosintesis pirimidin dan purin memerlukan bahan pembentukan
yang sama misalnya PRPP, glutamin, CO2, asam aspartat, koenzim
tetrahidrofolat (FH4).
Tetapi ada satu perbedaan yang jelas sekali yaitu pada saat terjadinya
penambahan gugus ribosa-P (pada biosintesis purin), penambahan gugus
ribosa-P tersebut sudah berlangsung ditahap awal. Sedangkan pada
biosintesis pirimidin berlangsung setelah perjalanan beberapa tahap lebih
jauh.
6. Tahapan biosintesis purin dan pirimidin
1. Tahapan biosintesis Purin
1.1. Sintesis purin diawali oleh reaksi pembentukan molekul PRPP (5-phospho ribosil
pyro phosphate) yang berasal dari ribosa-5P yang mengkaitkan ATP dan ion
Mg+ sebagai aktivator.
1.2. Selanjutnya pembentukan senyawa 5-Phosphoribosilamin dari hasil reaksi PRPP
dengan glutamin. Reaksi ini menghasilkan pula asam amino glutamat + Ppi.
1.3. Berikutnya pembentukan senyawa GAR (glycin amid ribosil-5P) dari hasil reaksi
ribosilamin-5P dengan glisin yang mengaktipkan ATP dan Mg+ sebagai
aktivator dan yang dikatalisis oleh enzim GAR syn-thetase.
1.4. Kemudian GAR melakukan reaksi formilasi yang dikatalisis oleh enzim
transformilase dengan koenzim FH4 (tetrahidrofolat) dan senyawa donor gugus
formil, membentuk senyawa formil glisin amid ribosil-5P nya. Atom karbon
gugus formil tersebut menempati posisi atom C-8 inti purin.
1.5. Kemudian senyawa formil glisin amid ribosil 5P melakukn reaksi aminasi (pada
atom karbon ke-4 nya) dengan senyawa donor amino (berupa glutamin) dan
terbentuknya senyawa formil- glisinamidin- ribosil-5P.atom N gugus amino yang
baru menempati posisi N-3 inti purin.

1.6. Selanjutnya terjadi reaksi penutupan rantai dan terbentuknya senyawa aminoimidazole- ribosil-5P, selanjutnya senyawa-senyawa amino- imidazole- ribosil-5P
melakukan fiksasi CO2 dengan biotin sebagai koenzim dan atom karbon yang
difiksasi tersebut menempati atom C (6) inti purin. Dilanjutkan reaksinya dengan
aspartat membentuk senyawa 5-amino- 4- imidazole- N- suksinil karboksamid
ribosil-5P.
1.7. Senyawa 5-amino- 4- amidazole- karboksamid- ribosil- 5P, melakukan reaksi
formilasi yang dikatalisis oleh enzim transformilase dengan koenzim FH4
(tetrahidrofolat) dansenyawa donor gugus formil, maka terbentuknya senyawa 5formamido- 4- imidazole karboksamide- ribosil-5P.
1.8. Akhirnya terjadilah reaksi penutupan cincin yang ke-2 kalinya terbentuklah
derivat purin yang pertama berupa IMP (inosin monophosphate= inosinic acid)
yaitu derivat hiposantin atau 6- oksipurin. Sedangkan AMP dan GMP diturunkan
dari IMP.
2. Tahapan biosintesis pirimidin
2.1. Biosintesis pirimidin diawali oleh reaksi pembentukan karbamoil-P yang
dihasilkan dari reaksi antara glutamin, ATP dan CO 2 yang dikatalisis oleh enzim
karbamoil-P sintetase yang berlangsung didalam sitosol.
2.2. Berbeda dengan enzim karbamoil-P sinthase yang bekerjapada reaksi
pembentukan urea, dimana reaksi nya berlangsung bukan didalam sitosol
melainkan didalam mitokondria.
2.3. Berikutnya karbamoil-P berkondensasi dengan asam aspartat menghasilkan
senyawa karbamoil-asparta. Reaksi ini dikatalisis oleh enzim aspartat
transkarbamoilase.
2.4. Berikutnya terjadi reaksi penutupan rantai sambil membebaskan H2O dari
molekul karbamoil-aspartat sehingga dihasilkan asam dehidro orotat (DHOA=
dihidroorotic acid). Reaksi tersebut dikatalisis oleh enzim dihidroorotase.
2.5. Berikutnya melalui reaksi yang dikatalisis oleh enzim DHOA dehidrogenase
dengan koenzim NAD+, DHOA menghasilkan asam arotat (OA=orotic acid).
2.6. Selanjutnya terjadi reaksi penambahan gugus ribosa-P pada asam orotat. Reaksi
ini dikatalisis oleh enzim orotat fosforibosil transferase dan dihasilkan orotidilat
OMP (orotidin mono posphate).
2.7. Akhirnya enzim orotidilat dikarboksilase mengkatalisis reaksi dikarboksilasi
orotidilat dan menghasilkan uridilat (uridin mono phosphate)yaitu produk
nukleotida pertama pada biosintesis pirimidin.

D. Pengertian dan Fungsi (DNA dan RNA)

1. Pengertian DNA (Asam Deoksiribonukleat) merupakan asam nukelat
yang didalamnya terdapat sel makhluk hidup. DNA ialah biomolekul
primer semua makhluk hidup yang membentuk dan menyusun berat
kering. DNA dalam bahasa inggris disebut deoxyribonucleic acid. DNA
terdiri dari materi yang membentuk kromosom-kromosom dan informasi
genetik yang tersimpan dalam tubuh makhluk hidup. Istilah kata DNA
berasal dari dua kata yakni deoxyribosa yang berarti gula pentosa dan
nucleic yang berarti nukleat. DNA juga dapat diartikan sebagai senyawa
kimia pembentuk keterangan genetik suatu sel makhluk hidup, yang
berlaku sebagai generasi ke generasi berikutnya. DNA sebagai cetak biru
atau blue print dimana kode kehidupan setiap makhluk hidup yang
tercatat dalam sel.
Fungsi DNA
Fungsi utama DNA adalah sebagai pembawa materi genetic. Namun
demikian fungsi DNA sangat luas yaitu sebagai berikut:
1. Membawa materi genetika dari generasi ke generasi berikutnya
2. Mengontrol kehidupan secara langsung maupun tidak
3. Sebagai auto katalis atau penggandaan diri
4. Sebagai heterokatalis atau melakukan sintetis terhadap senyawa lain.
2. Pengertian RNA (Asam Ribonukleat) Merupakan suatu rangkaian
nukleotida yang saling berhubungan seperti rantai. RNA ialah hasil dari

transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA sebagai polimer yang
jauh lebih pendek jika dibandingkan DNA. Berbeda dengan DNA yang
umumnya dijumpai dalam inti sel, Kebanyak dari RNA terdapat dalam
sitoplasma, khususnya di ribosom.
Fungsi RNA
1. Sebagai penyimpan informasi
2. Sebagai perantara antara DNA dan protein dalam proses ekspresi
genetik karena berlaku untuk organisme hidup.

E. STUKTUR DAN REPIKASI (DNA DAN RNA)

1. Struktur DNA
Molekul DNA pertama kali diisolasi oleh F. Miescher pada tahun 1869
dari sel spermatozoa. Ia tidak dapat mengenali sifat zat kimia tersebut
secara pasti, kemudian menyebutnya sebagai nuklein. Nuklein ini berupa
senyawa kompleks yang mengandung unsur fosfor sangat tinggi.
Nuklein selanjutnya dikenal sebagai gabungan asam nukleat dan protein
sehingga sering disebut nukleoprotein. Dalam kedua jenis asam nukleat
ini (DNA dan RNA) terdapat dua basa nitrogen yaitu purin dan pirimidin.
Keduanya ditemukan oleh Fischer pada tahun 1880. Pada penelitian

selanjutnya,Kossel menemukan dua jenis pirimidin, yaitu sitosin dan

timin serta dua jenis purin, yaitu adenin dan guanin.
Selain basa purin dan pirimidin, dalam asam nukleat Levine (1910)
mengenali gula berkarbon lima, yaitu ribosa dan deoksiribosa. Ia juga
menyatakan adanya asam fosfat dalam asam nukleat.
W.T. Atsbury merupakan orang pertama yang mengemukakan gagasan
tentang struktur tiga dimensi DNA. Ia menyimpulkan bahwa DNA sangat
padat, polinukleotida penyusunnya berupa timbunan nukleosida pipih
yang teratur tegak lurus terhadap sumbu memanjang. Apakah nukleotida
dan nukleosida itu? Uraian berikut akan membahas kedua hal tersebut.
James Watson dan Francis Crick (1953) mengemukakan suatu model
struktur DNA yaitu double helix (tangga berpilin).
Menurut mereka, DNA memiliki struktur sebagai berikut.
1) Gula dan fosfat sebagai rantai atau tangga utama.
2) Basa nitrogen sebagai anak tangga dengan pasangan tetap, yaitu:
a) guanin dengan sitosin (dihubungkan oleh tiga atom H),
b) timin dan adenin (dihubungkan oleh dua atom H).
Berdasarkan hasil penelitian Watson dan Crick dapat disimpulkan bahwa
DNA terdiri atas gula pentosa (deoksiribosa), fosfat (PO4), dan basa
nitrogen yaitu purin meliputi guanin (G) dan adenin (A) serta pirimidin
yang meliputi timin (T) dan sitosin (C = Cytosin). Rumus bangun
deoksiribosa dan fosfat dapat Anda lihat pada Gambar 3.1.
Sementara itu, rumus bangun purin dan pirimidin dapat Anda amati pada
Gambar 3.2 dan Gambar 3.3.

Replikasi DNA
Proses replikasi DNA merupakan suatu masalah yang kompleks, dan
melibatkan rangkaian protein dan enzim yang secara kolektif merakit
nukleotida dalam urutan yang telah ditentukan. Dalam menanggapi isyarat
molekul yang diterima selama pembelahan sel, molekul-molekul ini
melakukan replikasi DNA, dan mensintesis dua untai baru menggunakan
helai

yang

ada

sebagai

template

atau

cetakan.

Masing-masing

menghasilkan dua, molekul DNA yang identik terdiri dari satu untai baru
dan salah satu DNA lama. Oleh karena itu proses replikasi DNA disebut
sebagai semi-konservatif. Rangkaian peristiwa yang terjadi selama replikasi
DNA prokariotik telah dijelaskan di bawah ini
1. Inisiasi

Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi,
yang memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut
inisiator DnaA. Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga
mengendur untuk perakitan protein lain dan enzim penting untuk replikasi
DNA. Sebuah enzim yang disebut helikase direkrut ke lokasi untuk
unwinding (proses penguraian/seperti membuka resleting) heliks dalam alur
tunggal.
Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara
yang tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal
sebagai garpu replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah
struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi). Setelah heliks yang
terbuka, protein yang disebut untai tunggal mengikat protein (SSB)
mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk menempel kembali.
Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan dalam
dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.
2. Sintesis Primer

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada

sebagai template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA
polimerase. Selain replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam
perbaikan DNA dan rekombinasi.
Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara
independen, dan membutuhkan 3 gugus hidroksil untuk memulai
penambahan nukleotida komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang
disebut DNA primase yang merupakan jenis DNA dependent-RNA
polimerase. Ini mensintesis bentangan pendek RNA ke untai DNA yang
ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri dari 9-12 nukleotida.
Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan untuk
mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua
untai, DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai
DNA baru.
Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan
seperti spiral yang mengganggu) di wilayah garpu berikutnya. Ini
superkoil DNA dibuka oleh enzim khusus yang disebut topoisomerase
yang mengikat ke bentangan DNA depan garpu replikasi. Ini menciptakan
memotong pada untai DNA dalam rangka untuk meringankan supercoil
tersebut.
3.Sintesis leading strand

DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3

dari untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5
3 saja. Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya
sintesis DNA pada satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal
sebagai untaian pengawal (leading strand). Di sini, DNA polimerase III
(DNA pol III) mengenali 3 OH ujung RNA primer, dan menambahkan
nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi berlangsung, nukleotida
baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga menghasilkan untai baru.
4. Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)
Pada

untai

berlawanan,

DNA

disintesis

secara

terputus

dengan

menghasilkan serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5

3. Fragmen ini disebut fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk
membentuk sebuah rantai terus menerus nukleotida. Untai ini dikenal
sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak proses sintesis DNA pada
untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.

Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai

terbuka. DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan
nukleotida baru, dan jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk
sebelumnya. Dengan demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu
bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk memulai perluasan primer RNA
lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di tempatnya ketika bergerak
melalui proses replikasi.
5.Penghapusan Primer
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai
baru terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh
enzim DNA polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer
RNA melalui 5 3 aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka
dengan deoksiribonukleotida baru dengan 5 3 aktivitas polimerase
DNA.

6. Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung
celah antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi
dan menyumbat celah tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester
antara 5 fosfat dan 3 gugus hidroksil fragmen yang berdekatan.

7. Terminasi (pemutusan)
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan
nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang
disebut tus yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik
menghalangi jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh
bersama dengan untai tunggal protein pengikat terdekat.

Struktur RNA
1. Gula D-Ribosa
2. Fosfat
3. Basa Nitrogen

RNA terdiri dari rantai poliribonukleotida yang basa-basanya biasanya

adalah adenin, guanin, urasil, dan citosin. RNA berada dalam nukelus
maupun sitoplasma sel. Bergam bentuk dari RNA lebih banyak dari pada
DNA. RNA mempunyai berat molekul antara 25.000 sampai dengan
beberapa juta. Umumnya RNA berisi rantai polinukleotida tunggal, tetapi
rantai yang biasa terlipat membentuk daerah heliks ganda yang mengandung
pasangan basa A:U dan G:C.
Molekul RNA memiliki bentuk yang berbeda dengan DNA. RNA
mempunyai bentuk pita tunggal dan tidak berpilin. Tiap pita RNA
merupakan polinukleotida yang tersusun dari banyak ribonukleotida. Setiap
ribonukleotida tersusun dari gula ribosa, basa nitrogen dan asam fosfat.
Basa dari nitrogen RNA terbagi menjadi dua yaitu basa purin dan basa
pirimidin. Basa purin sama dengan DNA yang tersusun dari adenin (A) dan
guanin (G), sedangkan pada basa pirimidinnya berbeda dengan DNA yakni
tersusun dari sitosin (C) dan urasil (U).
Tulang Panggung RNA tersusun dari deretan ribosa dan fosfat.
Ribonuleotida RNA terdapat secara bebas dalam nukleoplasma dengan
bentuk nukleosida trifosfat, misalnya adenosin trifosfat (ATP), Guanosin
Trifosfat (GTP), Sistidin Trifosfat (CTP), dan Uridin Trifosfat (UTP). RNA
disintetis oleh DNA yang berada di inti sel dengan menggunakan DNA
sebagai cetakannya.
Berikut merupakan perbandingan antara struktur DNA dan struktur RNA

Jenis-Jenis RNA
Jika ditinjau berdasarkan klasifikasi, setiap jenis RNA memiliki fungsi yang
lebih spesifik dengan mekanisme kerja yang berbeda dan saling terkait.
Adapun pembagiannya ada dua, yaitu:
1. RNA genetik
RNA genetik mengambil andil sebagaimana kerja DNA dan hanya dimiliki
oleh makhluk hidup tertentu yang tidak memiliki DNA, seperti beberapa
jenis virus. Di dalam sel inangnya, RNA yang terdapat pada virus akan
mengalami transkripsi balik menjadi kode genetik RNA-DNA yang pada
akhirnya membentuk DNA. Kemudian DNA virus akan masuk ke nukleus
inang dan menyisip kedalamya sehingga pada awlanya akan merusak DNA
inang dan membentuk mRNA. mRNA ini akan mengalami translasi untuk
menghasilkan protein selubung virus sehingga terbentuklah virus-virus baru.
Peran penting molekul ini ialah membawa segala materi genetis, seperti
yang dimiliki oleh DNA.

2. RNA non genetik

RNA non genetik merupakan molekul yang dimiliki oleh makhluk hidup
yang materi genetiknya diatur oleh DNA.Makhluk hidup golongan ini
didalam selnya memiliki DNA dan RNA. Dengan kata lain, perannya
bukanlah seperti DNA. Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA non genetik
terbagi menjadi tiga macam, diantaranya:
a. Transfer RNA (tRNA)
RNA yang dibentuk dari dalam nukleus, tetapi menempatkan diri dalam
sitoplasma. tRNA merupakan RNA yang terpendek dan bertindak sebagai
penerjemah kodon dari mRNA. tRNA mempunyai proporsi nukleosida yang
lebih relatif tinggi. Transfer RNA (transfer-Ribonucleic acid) atau asam
ribonukleat transfer adalah molekul yang menginterpretasikan pesan genetik
berupa serangkaian kodon yang disepanjang molekul mRNA dengan cara
mentransfer asam-asam amino ke ribosom dalam proses translasi.
Tiap tRNA mengandung suatu sekuen dengan tiga rangkaian basa pendek.
Seluruh ujung 3' tRNA mengandung sekuen SSA yang berseberangan
dengan sekuen antikodon. Suatu amino tertentu akan melekat pada ujung 3
tRNA. Pelekatan ini merupakan cara berfungsinya tRNA, yaitu dengan
membawa asam amino spesifik yang nantinya berguna dalam sintetis
protein, yaitu pengurutan asam amino sesuai dengan urutan kodon pada
mRNA.
b. Ribosomal RNA (rRNA)
rRNA merupakan ribosom yang mengandung protein dengan massa yang
hampir mirip. Molekulnya berupa pita tunggal, tak bercabang dan fleksibel.
rRNA terdiri dari 80 persen total RNA yang dalam sel dan pada sel-sel tidak
memiliki inti sejati yang terdiri dari beberapa tipe rRNA yaitu 23S rRNA,
16S rRNA, dan 5S rRNA.

c. Mesengger RNA (mRNA) disebut juga RNA duta (RNA d)

mRNA merupakan polinukleotida yang berbentuk pita tunggal linier dan
disintetis oleh DNA di dalam nukleus. mRNA berupa rantai tunggal yang
relatif panjang. Panjang pendeknya mRNA berhubungan dari panjang
pendeknya rantai polipeptida yang disusun. Ururtan pada rantai asam amino
yang menyusun rantai polipeptida tersebut sesuai dengan urutan kodon yang
ada dalam molekul mRNA yang bersangkutan. mRNA bertindak sebagai
pola cetakan dalam pembentukan polipeptida. Setiap molekul membawa
salinan urutan DNA, yang ditranslasikan dalam sitoplasma menjadi satu
rantai polipeptida atau lebih. Fungsi utama dari mRNA adalah membawa
kode-kode genetik dari DNA di inti sel menuju ke ribosom di sitoplasma.
mRNA dibentuk jika diperlukan dan jika tugasnya telah selesai lalu
dihancurkan dalam plasma.
Proses Terbentuknya RNA, proses pembentukan RNA berkaitan erat dengan
fungsi DNA. Seperti pembahasan kita sebelumya mengenai definisi RNA
yang merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA. Dengan kata
lain, DNA berperan penting dalam tahapan pembentukan RNA dengan
membawa informasi genetik berupa berupa kode-kode sandi atau genetik
pada untai ganda DNA untuk dicetak membentuk RNA. Adapun proses
pembentukan RNA terdiri dari dua tahapan dngan bantuan enzim RNA
polymerase (RNAp) yaitu tahap transkripsi dan tahap translasi. Enzim ini
mempercepat proses pembentukan RNA. Tahapan pembentukan RNA
meliputi:
1. Transkripsi
Dalam tahap transkripsi, dengan menggunakan DNA sebagai cetakan
disistesis RNA messenger. Proses ini terdiri atas 3 tahap, yaitu:
a. Inisisasi
Pada tahap ini, enzim RNA polymerase menyalin gen, sehingga terjadi
pengikatan RNAp dengan promoter (tempat pertemuan antara gen/DNA
dengan RNAp) yang akan memberikan inisiasi transkripsi. Selanjutnya,
RNAp akan membuka double heliks DNA (untai ganda) yang berfungsi
sebagai cetakan yakni rantai sense.

b. Elongasi
Disini, RNAp akan bergerak sepanjang untai ganda DNA, membuka double
heliks dan merangkai ribonukleotida ke ujung 3 ribonukleotida yang sedang
tumbuh, sehingga dihasilkan rantai RNA yang di dalamnya mengandung
urutan basa nitrogen pertama sebagai hasil perekaman. Jika hasil perekaman
sudah mencapai 30 buah, suatu senyawa kimia yang berperan sebagai
penutup untuk memberikan sinyal inisiasi tahap translasi, dan mencegah
terjadinya degradasi RNA akan berikatan dengan ujung 5 RNA.
c. Terminasi
Proses terminasi ialah terhentinya proses perekaman dan molekul DNA baru
terpisah dari DNA template. Tahap ini ditandai dengan terdiasosiasinya
enzim RNAp dari DNA dan RNA dilepaskan sehingga dihasilkan produk
transkripsi yang lengkap disebut messenger RNA (mRNA).
2. Translasi
Translasi merupakan tahapan penerjemahan beberapa triplet/ kodon dari
mRNA menjadi asam amino yang akhirnya membentuk protein. Setiap
triplet terdiri dari urutan basa nitrogen yang berbeda sehingga akan
diterjemahkan menjadi asam amino yang berbeda pula. Asam amino
tersebut akan menghasilkan rantai polipeptida spesifik hingga terbentuk
protein spesifik pula. Proses translasi dapat berupa:
a. Iniasiasi
Tahap ini diawali dengan pengenalan kodon AUG yang terdapat pada bagian
akhir mRNA yang disebut juga kodon Start. Kodon AUG akan mengkode
pembentukan metionin. Selanjutnya, metionin dibawa oleh tRNA untuk
bergabung melalui pembentukan ikatan pada subunit besar ribosom
sehingga terbentuklah ribosom yang lengkap. Molekul tRNA pertama yang
terikat pada ribosom akan menempati tempat khusus, yaitu sisi P
(Polipeptida) yang akan terbentuk rantai yang dikenal dengan istilah
polipeptida. Sedangkan tRNA berikutnya akan berikatan dengan kodon
kedua dan akan menempati ribosom pada sisi A (asam amino)

b. Elongasi
Tahap ini ditandai dengan pengaktifan asam amino oleh tRNA pada tiap
kodon ke kodon sehingga akan dihasilkan asam amino baru satu per
satu.Proses engolasi ini membuat rantai polipeptida tumbuh semakin
panjang akibat asam amino yang terus bertambah.
c. Terminasi
Proses ini ditandai dengan pertemuan antara antikodon yang dibawa oleh
tRNA dengan UAA, UAG, atau UGA sehingga menyebabkan berhentinya
proses translasi. Akibanya, terlepaslah rantai polipeptida yang dibentuk dari
ribosom dan diolah membentuk protein fungsional.

BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
Purin dan pirimidin merupakan komponen utama RNA dan DNA. Purin
terdiri dari Adenin, guanin, hipoxantin, xantin. Di metabolisme menjadi asam urat
sedangkan pirimidin yaitu Sitosin, urasil, timin. Dimetabolisme menjadi CO2 dan
NH3. Hasil penelitian dengan menggunakan radioisotop, ternyata setiap
komponen yang dijumpai dalam kerangka inti purin berasal dari bermacammacam antara lain atom C (6), atom N (1), atom C (2), atom N (3), atom C (4),
atom C (5) dan atom N (7). Dan tahapan purin diawali dengan pembentukan
molekul PRPP(5-phospho ribosil pyro phosphate) dan slanjutnya membentuk
senyawa 5-phosphoribosilamin dari hasil PRPP dan membentuk senyawa GAR
kemudian GAR membentuk reaksi formilase yang dikatelisis oleh enzim
kemudian senyawa formil glisin amid ribosil 5P sehingga terjadi penutup rantai,
senyawa 5 amino-4-imidazole-karboksamid- ribosil-5P akhir dari penutupan
cicncin yang k-2.Sedangkn biosintesis pirimidin memerlukan bahan pembentuk
yang sama yaitu PRPP, glutamin, CO2, asam aspartat dan FH4, adapun kelainan
metabolisme purin yaitu gout, Sindrom Lesch-nyhan dan Penyakit von gierke.
Sedangkan pirimidin mempunyai kelainan kekurangan enzim. Metabolisme
pirimidin larut dalam air.
B.

Saran
Berdasarkan kesimpulan diatas saran yang dapat kita buat yaitu untuk
memperdalam lagi tentang metabolisme purin dan pirimidin. Dalam penulisan dan
pembahasan makalah ini,tentunya belum sempurna dan masih banyak
kekurangan,Oleh sebab itu Kami sebagai penulis sangat mengharapkan kritik
ataau saran dari pihak dapat memperbaiki atau menyempurnakan makalah kami.

DAFTAR PUSTAKA

http://informasitips.com/struktur-dna-bentuk-komposisi-gambar-danpenemunya
http://www.sridianti.com/tahap-proses-replikasi-dna-7-langkah.html
lberts, Bruce dkk. 2007. BiologiMolekulerdariWalteryour. NCBI.
Berg, Jeremy Mark dkk. 2007. Biokimia. WH Freeman: San Francisco.
Hardjasasmita, 1996. Ikhtisar Biokimi Dasar. Jakarta: FKUI
Poedjiadi Anna, 1944. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta: UIP
http://dr-suparyanto.blogspot.com/2010/metabolisme purin dan pirimidin
http://keripikkampus.blogspot.co.id/2014/01/makalah-biokimia-ii-asamnukleat.html.