REKAYASA GENETIKA

RESUME
untuk memenuhi tugas matakuliah Genetika II
yang dibina oleh Ibu Prof. Dr. Siti Zubaidah, M.Pd.
dan Bapak Andik Wijayanto, S.Si, M.Si

Oleh:
Kelompok 2 / offering G 2014
Genetika hari Selasa
Anisa fariantika (140342601189)
Elya Khunazatus Shima (140342604275)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU
PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
November 2016
Rekayasa genetika adalah manipulasi atas materi genetik denagn cara menambah atau
menghilangkan gen tertentu. Teknologi rekayasa genetika juga mempunyai model alami yaitu
pada fenomena genetika alami seperti crossing over, gene pick up, transduksi, insersi, delesi,
translokasi (transposisi), fusi dan fisi. Pada berbagai fenomena genetik alami itu terjadi
pemutusan, penyambungan, serta perpindahan bagian materi genetik yang dapat berakibat
terjadinya penambahan atau peniadaan sesuatu atau beberapa gen.

PROSES REKAYASA GENETIKA

 Teknik-teknik rekayasa genetika antara lain transfer vektor, injeksi mikro, fusi
protoplas, elektroporasi, kopresipitasi, endositosis dan proyektil mikro
1. Transfer vector
Transfer vector merupakan memasukkan suatu gen ke sel baru dengan menggunakan
vektor seperti plasmid, bakteriofag, kosmid dan shuttle vector. Sifat- sifat yang harus dimiliki
vector suatu molekul DNA antara lain:
a. Harus mampu melakukan replikasi sendiri maupun replikasi segmen DNA yang
diinsersikan bebas dari replikasi kromosom sel inang dengan cara membawahi
suatu ori.
b. Molekul DNA harus mengandung sejumlah tapak pemutusan enzim restriksi
khusus yang bermanfaat untuk insersi segmen-segmen DNA.
c. Molekul DNA harus membawahi suatu penenda yang dapat dimanfaatkan.
d. Molekul DNA harus mudah terbebas kembali dari sel inang.
e. Berat molekul yang rendah.
f. Adanya kemampuan untuk memberikan sifat fenotip yang dipilih dengan segera
pada sel inang.

(a) Plasmid
Tabel. Rincian sifat dari 3 vektor yang terbentuk secara in vivo pada E.coli
Tapak Penanda
Ukuran Inaktivas
Plasmid tunggal seleksi
(M dal) i insersi dari
endonuklease transforman
pSC 101 5,8 Xho L, Resisten Resistens
Eco RI, Pvu II, tetrasiklin i tetrasiklin
Hpa I, Hind III,
Bam HI, Sal I
Col El 4,2 Eco RI Imunitas Produksi
terhadap colcisin colcisin E 1
S1
RsF 7,4 Eco RI, Resistens Produksi
2124 Bam HI i ampisilin colcisin E1

(b) Bakteriofag
Fag merupakan bakteriofag yang banyak digunakan dalam teknologi DNA
rekombinan pada E. coli karena genomnya sudah terpetakan seluruhnya. M 13 adalah
bakteriofag lain yang digunakan sebagai vektor. Setelah M 13 menginfeksi suatu sel
bakteri, DNA unting tunggalnya akan bereplikasi menjadi DNA unting ganda yang
disebut sebagai bentuk replikatif atau RF (replicative form). Molekul RF, sama halnya
 dengan plasmid, dapat diinsersikan ke tapak pemutusan enzim restriksi tunggal yang
ada pada genom.

(c) Kosmid
Kosmid merupakan vektor yang buat dengan memanfaatkan urutan cos dan fag
yang berguna dalam memasukkan/ pengumpulan kromosom ke dalam kepala fag dan
memanfaatkan juga urutan (bagian tengan kosmid) untuk fungsi resistensi terhadap
antibiotik serta replikasi.

2. Shuttle vector
Shuttle vector merupakan vektor yang dapat dimanfaatkan untuk memasukkan
molekul DNA rekombinan ke dalam dua atau lebih macam sel makhluk hidup yang berbeda.

3. Injeksi mikro, fusi protoplas, elektroporasi, kopresipitasikalsium fosfat dan endositosis,

serta proyeksi mikro
Injeksi mikro menggunakan jarum mikroskopis untuk memasukkan DNA melalui
membran sel target, termasuk ke dalam inti sel.
Fusi protoplas merupakan peleburan dua membran sel dari sel-sel yang berbeda
sehingga dua sel dapat bergabung menjadi satu. Teknik ini memanfaatkan liposom yang
tersusun dari lipid kationik (bermuatan positif). Kompleks liposomDNA akan melekat pada
sel hewan yang dikultur dan secara efektif menimbulkan transformasi pada sel tersebut.
Pemanfaatan liposom ini disebut lipofeksi (lipofection).
Elektroporasi memanfaatkan listrik untuk menciptakan lubang kecil di membran sel
untuk memindahkan DNA ke dalam sel. Dengan pendedahan terhadap kejutan listrik
berkekuatan 4000-8000 V, DNA eksogen dan larutan di sekitar akan masuk ke dalam sel.
Pemberian kosmid sebelum kejutan listrik akan meningkatkan tingkat frekuensi efisiensi
transformasi. Pada DNA linier mengalami transformasi lebih efisien daripada DNA dalam
kondisi terpilin (supercoiled).
Kopresipitasi kalsium fosfat dan endositosis merupakan teknik untuk memasukkan
DNA eksogen ke dalam sel mamalia dengan tingkat keberhasilan yang masih rendah.
Proyektil mikro, memasukkan DNA atau RNA dengan ditembakkan ke dalam sel sel
tumbuhan memanfaatkan kecepatan tinggi. Pada teknik ini tidak dibutuhkan kultur sel
ataupun perlakuan jaringan resipien.

Prosedur Dasar Teknologi DNA Rekombinan (yang diperantarai vector)

1) Pembuatan fragmen DNA degan bantuan enzim nuclease retriksi dan memotong
molekul DNA urutan nukleotida yang spesifik.
2) Segmen tersebut digabungkan dengan molekul DNA lain dengan bantuan vector.
3) Vector yang sudah terinsersi segmen DNA ditransfer ke suatu sel inang.
4) Segmen DNA yang diklon dapat diambil dari sel inang, dimurnikan dan dianalisis.
5) Sel inang yang mengandung DNA rekombinan mewariskannya pada seluruh sel
keturunan sehingga menghasilkan suatu populasi yang identik.
6) DNA yang diklon dapat ditranskripsikan , RNAd nya ditranslasikan serta produk
gennya diisolasi dan dikaji.

Peran Enzim Endonuklease Retriksi

Ada beberapa enzim yang sangat dibutuhkan dalam membentuk molekul DNA
rekombinan yakni endonuklease restriksi yang mampu memotong DNA unting ganda pada
urutan pasangan nukleotida spesifik sehingga menghasilkanpecahan-pecahan DNA yang
lebih kecil. Ada dua kelompok atau tipe enzim endonuklease retriksi yakni tipe I akan
mengenali suatu urutan pasangan nukelotida yang spesifik pada DNA dan selanjutnya
memotong DNA pada suatu tapak tidak spesifik jauh dari urutan. Pada tipe II juga mengenali
suatu urutan pasangan nukleotida spesifik pada DNA, namun tipe ini memotong DNA justru
di dalam urutan. Enzim endonuklease tipe II sangat bermanfaat untuk pembentukan molekul
DNA rekombinan.
 Urutan pengenalan ezim endonuklease restriksi tipe II memeliki suatu sumbu simetri
yang melewati titik tengah urutan pengenalan (Russel, 1992). Dalam urutan basa 5 3
pada unting DNA sama dengan urutan basa 5 3 pada komplementernya.
Enzim endonuklease restriksi juga diisolasi dari sejumlah besar strain bakteri yang
berbeda. Tiap enzim memotong DNA pada suatu urutan pasangan nukleotida yang spefisik
untuk enzim yang bersangkutan, jumlah potongan yang dibuat enzim pada suatu molekul
DNA tertentu tergantung pada jumlah berapa kali urutan pengenalan ditemukan pada DNA.
Pada beberapa kasus, enzim yang berbeda mengenal dan memotong urutan pasangan
nukleutida yang sama. Enzim yang semacam itu disebut sebagai isochizemer.

Peluang jumlah tapak pemutusan pada suatu molekul DNA oleh enzim endonuklease
restriksi tipe II dapat dihitung dalam kaitannya dengan jumlah pasangan nukleutida pada
setiap urutan pengenal, sepanjang keberadaan tiap pasangan nukleutida bersifat acak.

Seleksi Klon Rekombinan

Seringkali perlu diketahui urutan yang mana dari fragmen DNA restriksi yang
ditranskripsi menjadi RNA atau bagaimana membuat peta urut-urutan hasil hibridisasi dengan
fragmen-fragmen restriksi. Southern mengembangkan suatu metode untuk mendeteksi
fragmen-fragmen di dalam sel agarose yang komplementer dengan urutan RNA atau DNA
tertentu. Metode ini dikenal dengan Southern Blotting yang kemudian dikembangkan untuk
menganalisis RNA dan protein yang dikenal dengan Nothern dan Western blotting. Teknik
Blotting ini mentransfer makro molekul dari gel yang berarti mereka telah dipisahkan secara
elektroforensis ke permukaan suatu membran.

MANFAAT DAN RISIKO REKAYASA GENETIKA

Memanipulasi manfaat dan risiko rekayasa genetika diharapkan akan memungkinkan
kita menyadari bahwa teknologi iti dapat meningkatkan sumberdaya hayati di samping peran-
peran yang lain.

Manfaat Rekayasa Genetika

Manfaat rekayasa genetika dapat dilihat dalam kaitannya dengan analisis genetik,
diagnosis molekuler atas penyakit, terapi gen, sidik jari DNA, serta bioteknologi. Satu demi
satu manfaat rekayasa genetika yang terkait dengan kepentingan-kepentingan seperti tersebut
akan dikemukakan lebih lanjut secara ringkas.

Analisis Genetik
 Para ahli genetika saat ini banyak menggunakan teknik-teknik DNA rekombinan
untuk kepentingan analisis genetik. Teknik-teknik itu memungkinkan pengadaan suatu
kumpulan klon yang meliputi keseluruhan klon, demikian pula memungkinkan pemetaan
genetik maupun fisik yang lengkap, serta memungkinkan penetapan urutan nukleutida dari
keseluruhan kromosom. Peta fisik yang dihasilkan memperlihatkan seluruh gen pada genom
yang ditandai oleh urutan nukleutida.

Proyek genom manusia mulai dirintias sejak 1986 dan sejak 1988 dilaksanakan suatu
rencana proyek genom manusia berjangka 5 tahun. Negara-negara lain yang juga sudah
melaksanakan proyek genom manusia adalah Perancis, Inggris dan Jepang.

Diagnosis Molekuler Atas Penyakit Manusia

Teknologi DNA rekombinan sudah terbukti menjadi suatu alat yang sangat sensitif
dan teliti untuk mendeteksi kelainan-kelainan genetik. Pemanfaatan urutan DNAyang diklon
memungkinkan pengamatan langsung terhadap genotip daripada pengamatan atas suatu
produk gen yang belum dikenal atau yang tidak terekspresi.

Terapi Gen
Kemampuan mengisolasi dan mengklon gen-gen manusia yang awalnya
dikembangkan sebagai suatu kegiatan penelitian, sekarang sedang digunakan dalam bidang
kedokteran secara operasional untuk menangani kelainan-kelainan menurun dan cara yang
ditempuh adalah mengganti gen cacat dengan salinan gen normal. Proses terapi semacam itu
disebut sebagai terapi gen. Beberapa metode sudah dikembangkan untuk memasukkan gen ke
dalam sel manusia, termasuk pemanfaatan vektor virus maupun fusi sel dengan vesikula
buatan yang mengandung urutan DNA yang diklon, transfer kimiawi yang mendorong
pengangkutan gen melewati membran sel jika sudah dilakukan.

Panduan terapi gen sudah disusun dan mencakup beberapa prosedur sebagai berikut:

1. Gen harus diisolasi dan ditransfer

2. Cara transfer gen yang efektif harus ada
3. Jaringan target harus dapat tercapai
4. Terapi gen tidak boleh menyakiti pasien dan sudah tidak ada cara terapi lain yang
efektif

Sidik Jari DNA

RFLP sudah digunakan untuk membedakan salinan gen yang normal dari yang mutan
dan dapat digunakan sebagai penanda genetik, karena polimorfisme tersebut diwariskan
dalam pola kodominan. Fenotip dari penanda-penanda ini berupa susunan atau deretan
fragmen DNA berbagai ukuran yang adapada Southern blott, sesudah DNA dipotong dengan
suatu enzim endonuklease retriksi. RFLP tersebut ekuivalen dengan sidik jari konvensional
karena pola pita yang dihasilkan berbeda pada seriap orang.

Bioteknologi
Masing-masing jaringan dikendalikan oleh banyak gen. Jadi, mengubah bentuk tubuh
maupun intelegensi manusia pada saat sekarang masih jauh dari jangkauan teknologi genetika
yang diketahui.

Catatan Lain tentang Bioteknologi di Bidang Pertanian

Rekayasa genetika dalam pertanian menjanjikan masa depan yang cerah namun ada
keterbatasan bioteknologi pertanian. Kesulitan analitis genetis tanaman disebabkan oleh: (1)
pertumbuhan tanaman yang lambat dan umur pergantian generasi lama, (2) besarnya genom
tanaman, termasuk banyaknya kromosom poliploid, dan (3) dimilikinya kotak kayu yaitu
dinding sel berupa selulose yang mengelilingi tanaman. Oleh karena itu, penelitian dilakukan
terutama untuk sifat-sifat yang dikendalikan oleh gen tunggal. Masalahnya, kebanyakan sifat
dikendalikan oleh banyak gen (multigen). Sifat yang dikendalikan oleh banyak gen sangat
sulit direkayasa dan dikendalikan.

Peneliti tanaman menghadapi masalah-masalah yang sama dalam upaya mereka untuk
merekayasa secara genetis pengembangan kemampuan tanaman dalam fotosintesis dalam
toleransi terhadap kekeringan dan dalam hal sifat meningkatkan jumlah panen.

Menciptakan Dasar yang Kokoh Bagi Keberhasilan Pengembangan Rekayasa Genetika

di Indonesia
Harapan saat ini adalah rekayasa genetika dapat menjadi ilmu terapan baru dalam
bidang biologi di Indonesia yang mampu dikuasai dan dikembangkan. Usaha yang harus
dilakukan untuk menunjang harapan itu adalah secepat mungkin menciptakan dasar yang
kokoh bagi pengembangan rekayasa genetika yang dilakukan, diharapkan lebih berhasilkan
sehingga kita tidak selalu hanya mampu melakukan alih teknologi saja.

Dasar yang kokoh bagi pengembangan rekayasa di Indonesia adalah tumbuh dan
berkembangnya ilmu-ilmu murni pendukung. Inilah dasar utama bagi pengembangkan
rekayasa genetika sebagai ilmu terapan, di samping faktor-faktor lain. Suatu cara pengadaan
tenaga handal yang akan menekuni usaha-usaha pengembangan ilmu-ilmu murni adalah
berupa perbaikan dan pembenahan dalam jalur sekolah. Dan antara tenaga-tenaga handal
yang memiliki ilmu murni yang kuat, diharapkan akan banyak muncul karya penelitian murni
yang dapat mendorong pertumbuhan dan perkembangan ilmu-ilmu murni dalam genetika,
biokimia, biologi molekuler dan sebagainya.

Elya Khunazatus Shima/ 140342604275

Pertanyaan 1:
Apa saja sifat yang menjadi syarat sebagai vektor DNA?
g. Molekul DNA itu harus mampu melakukan replikasi sendiri maupun replikasi
segmen DNA yang diinsersikan bebas dari replikasi kromosom sel inang dengan
cara membawahi suatu ori.
h. Molekul DNA harus mengandung sejumlah tapak pemutusan enzim restriksi
khusus yang bermanfaat untuk insersi segmen-segmen DNA.
i. Molekul DNA harus membawahi suatu penenda yang dapat dimanfaatkan
(biasanya antara lain berupa gen-gen yang bertanggungjawab terhadap resistensi)
untuk identifikasi sel-sel inang yang mengandungnya.
j. Molekul DNA harus mudah terbebas kembali dari sel inang.
k. Berat molekul yang rendah.
l. Adanya kemampuan untuk memberikan sifat fenotip yang dipilih dengan segera
pada sel inang.

Pertanyaan 2:
Bagaimana cara menciptakan dasar yang kokoh bagi keberhasilan pengembangan rekayasa
genetika di Indonesia? Dan apa pentingnya dasar tersebut?
Supaya rekayasa genetika sebagai ilmu terapan baru di dalam biologi dapat dikuasai
dan dikembangkan, perlu adanya dasar yang kokoh bagi pengembangan rekayasa genetika.
Perkembangan rekayasa genetika diharapkan dapat membuat manusia lebih berkembang dan
tidak hanya mampu melakukan alih teknologi saja. Dasar ilmu yang kokoh bagi
pengembangan ilmu rekayasa genetika di Indonesia adalah tumbuh dan berkembangnya ilmu-
ilmu murni pendukung. Inilah dasar pengembangan rekayasa genetika sebagai ilmu terapan.
Perkembangan ilmu murni juga ditunjang oleh tenaga-tenaga handal dan prasarana yang
mendukung. Dan untuk memperoleh tenaga handal perlu adanya perbakan dan pembenahan
di tingkat sekolah. Tenaga handal yang dibutuhkan diharapkan dapat memunculkan berbagai
penelitian baru yang mendorong pertumbuhan dan perkembangan ilmu-ilmu murni dalam
genetika.