Panduan Menyiapkan Protein untuk Analisis

Penyiapan Struktur Protein

Hilangkan semua molekul air dan ligan dari struktur pdb, kemudian tambahkan hidrogen.

1. Buka AutoDock Tools. Tampilan jendela utama AutoDock Tools:

2. Klik File-->Read Molecule, dan pilih file pdb untuk membuka struktur protein:
3. Pada bagian kiri jendela AutoDock Tools, cari dan pilih semua residu logam dan
ligan. Pada contoh berikut, NI dan ZN adalah logam, dan Y28 adalah ligan.
Kemudian klik Edit-->Delete-->Delete Selected Atoms-->Continue.

4. Selanjutnya, tambahkan hidrogen dengan menklik Edit-->Hydrogens-->Add-->All

Hydrogens-->OK.
5. Simpan struktur protein tersebut dengan menklik File-->Save-->Write PDB:

6. Klik Browse, kemudian pilih destinasi dan nama file yang baru (contoh
2wwj_H.pdb):

7. Klik Save dan kemudian klik OK.