9/18/2015

Ratih Rizqi Nirwana, S.Si., M.Pd

KOMPONEN
MOLEKULER SEL (1)
BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

Apa yg akan kita pelajari hari ini?

Ayat-ayat proses penciptaan manusia
Hirarki struktur organisme dari yang
paling sederhana ke yang paling
kompleks (beserta contoh)
Ikatan- ikatan kimia dalam biomolekul
Beberapa makromolekul yang paling
penting dalam kehidupan
Beberapa molekul kecil penting dalam
sel
Sel prokariotik vs eukariotik dan Sel
tumbuhan vs sel hewan

1
 9/18/2015

Ayat Al-Quran

Dan DIA lah yang menciptakan kamu dari satu diri. Kemudian
(diberi-Nya) tempat tinggal (di Dunia) dan tempat tetap (di
Akhirat). Sesungguhnya telah KAMI terang kan tanda-tanda
(Kekuasaan KAMI) bagi kaum yang memahami. (Q.S. Al-
Anaam : 98)
Ratih Rizqi Nirwana - Biokimia - Tadris
Kimia FITK IAIN Walisongo

Dan sungguh kami telah menciptakan
manusia dari saripati (berasal) dari tanah
(QS Al Muminuun 12)

2
 9/18/2015

Kemudian kami menjadikannya Nuthfah (yang
disimpan) dalam tempat yang kokoh
(QS.Al Muminuun 13)

Kemudian, dari nuthfah itu Kami jadikan sesuatu yang melekat, lalu
sesuatu yang melekat itu Kami jadikan mudghoh, dan dari mudghoh kami
jadikan tulang belulang. Lalu tulang belulang itu kami bungkus dengan
daging, Kemudian Kami jadikan dia makhluk yang (berbentuk) lain. Maka
Maha Sucilah Allah, Pencipta Yang Paling Baik.(QS Al Muminuun 14)

3
 9/18/2015

Poses penciptaan manusia

1. Sulalatin min thin = saripati tanah

2. Nuthfah = substansi pembawa sifat
keturunan sperma & se ltelur zigot
3. Alaqoh = fase morulla Blastulla
4. Mudghoh = Fase gastrulla
5. Idzoman = pembentukan tulang & organ2
6. Lahman = fase janin & penyempurnaan
organ
7. Kholqon Akhor = Makhluk yang lain

Proses 1-6 ini juga terjadi pada penciptaan

hewan

Kemudian Dia menyempurnakan dan meniupkan
ke dalamnya roh (ciptaan)-Nya dan Dia
menjadikan bagi kamu pendengaran,
penglihatan dan hati; (tetapi) kamu sedikit
sekali bersyukur.

Ruh Manusia

4
 9/18/2015

Al Hajj ayat 5

Hai manusia, jika kamu dalam keraguan tentang kebangkitan (dari kubur), maka
(ketahuilah) sesungguhnya Kami telah menjadikan kamu dari tanah, kemudian dari
setetes mani, kemudian dari segumpal darah, kemudian dari segumpal daging
yang sempurna kejadiannya dan yang tidak sempurna, agar Kami jelaskan kepada
kamu dan Kami tetapkan dalam rahim, apa yang Kami kehendaki sampai waktu
yang sudah ditentukan, kemudian Kami keluarkan kamu sebagai bayi, kemudian
(dengan berangsur-angsur) kamu sampailah kepada kedewasaan, dan di antara
kamu ada yang diwafatkan dan (adapula) di antara kamu yang dipanjangkan
umurnya sampai pikun, supaya dia tidak mengetahui lagi sesuatupun yang
dahulunya telah diketahuinya. Dan kamu lihat bumi ini kering, kemudian apabila
telah Kami turunkan air di atasnya, hiduplah bumi itu dan suburlah dan
menumbuhkan berbagai macam tumbuh-tumbuhan yang indah.

"It is not birth, marriage, or death, but

gastrulation, which is truly the most
important time in your life."
Lewis Wolpert (1986)

5
 9/18/2015

HIRARKI STRUKTUR ORGANISME

6
9/18/2015

7
 9/18/2015

Aktivitas Sel
Pada organisme, senantiasa terjadi aktivitas dan
perubahan
Semua aktivitas dan proses yang terjadi dalam
organisme, berhubungan dengan reaksi-reaksi kimia
dalam sel
Jalur-jalur reaksi dalam sel berjalan secara simultan
Beberapa molekul berperan dalam banyak reaksi
Beberapa molekul berperan hanya pada reaksi tertentu
Beberapa reaksi terjadi pada semua sel, tetapi ada reaksi
yang hanya terjadi pada sel tertentu

IKATAN KIMIAWI

8
 9/18/2015

Atom

Apakah atom itu?

Terdiri dari ______________

Ikatan antar Atom & Interaksi antar Molekul

Ikatan kovalen terbentuk bila dua atom

berbagi sepasang elektron
Interaksi non-kovalen
Interaksi ion
Ikatan hidrogen
Interaksi van der Waals
Interaksi hidrofobik
Ikatan kovalen lebih kuat dan lebih stabil
dibandingkan interaksi non kovalen

9
 9/18/2015

Ikatan Kovalen
Bersifat sangat stabil, energi yg dibutuhkan
untuk memutuskan ikatannya jauh lebih besar
dari energi termal pada suhu ruang (25C)
atau suhu tubuh (37C)
Dapat berupa ikatan tunggal atau lebih

Interaksi non kovalen

Ikatan ion
terbentuk bila elektron didonasi oleh satu atom ke atom
yg lain
Na+ berikatan ion dg Cl- membentuk molekul NaCl
Ikatan hidrogen
terbentuk antara atom hidrogen yang bermuatan tak
penuh pada molekul dipolar
lebih lemah dan mudah diputuskan dg energi panas
Interaksi van der Waals
interaksi non spesifik pada molekul polar maupun
nonpolar yang atomnya berjarak cukup dekat
Interaksi hidrofobik, interaksi antar molekul non polar
Tidak atau hampir tidak dapat larut dlm air

10
 9/18/2015

Ikatan kovalen Vs Ikatan ionik

Apa perbedaan antara ikatan kovalen dengan ikatana ionik
berdasarkan gambar berikut?

Ikatan Hidrogen
Lingkarilah bagian yang merupakan ikatan hidrogen

11
 9/18/2015

Radius kovalen Vs Radius Van der Waals

pa perbedaan antara radius kovalen dengan radius

Van der Waals berdasarkan gambar berikut?

BIOMOLEKUL

12
 9/18/2015

Biomolekul

Biomolekul biasanya tersusun atas enam

elemen: C, H, O, N, S, P (C sebagai pusat)
Biomolekul terbentuk dengan ikatan kovalen
Molekul-molekul kecil = monomer
Monomer-monomer dapat membentuk
makromolekul (polimer)
Pembentukan makromolekul: Ikatan kovalen
antara molekul-molekul monomer biasanya
terbentuk melalui reaksi dehidrasi, dimana
satu molekul H2O hilang/lepas

Karbon adalah elemen terpenting

Karbon ( C ) bersifat tetravalent

dpt membentuk ikatan dg C dan elemen lain
Monomer-monomer bergabung melalui
polimerisasi membentuk polimer
Beberapa contoh polimer:
Asam nukleat: polimer dari _______________
Protein : polimer dari ___________
Polisakarida: polimer dari _________________

13
 9/18/2015

Polisakarida: polimer monosakarida yg dihubungkan

dg ikatan ___________

Kondensasi vs Hidrolisis

Penggabungan monomer
melalui reaksi _________
disertai ________ _____
Pemecahan polimer
Melalui reaksi _________
Memerlukan molekul ____

14
 9/18/2015

Protein: polimer yang tersusun atas 10 hingga beberapa

ribu asam amino yang dihubungkan dg ikatan _________

Asam nukleat: polimer yang tersusun atas nukleotida

yang dihubungkan dg ikatan _____________

15
 9/18/2015

Reaksi molekul bergantung bergantung pada reaksi grup fungsionalnya

MOLEKUL MOLEKUL DALAM SEL

Molekul paling penting

Protein dan asam nukleat memegang peranan
penting dalam kehidupan
Protein:
membentuk struktur sel dan melakukan banyak
tugas sel
dapat berfungsi sebagai katalis (enzim); memiliki
aktivitas katalitik (meningkatkan laju kecepatan
reaksi)
Asam nukleat
berperan dalam sintesis protein
pembawa informasi genetik untuk membentuk
protein pada waktu dan tempat yang tepat

16
 9/18/2015

Molekul-molekul DNA

Deoxyribonuclic acid
(DNA),
struktur tiga dimensinya
membentuk double helix
tersusun atas empat
macam nukleotida (A, T,
C, G)
Double helix DNA
terbentuk melalui
berpasangannya
nukleotida nukleotida
(A=T ; CG)

Molekul penyusun membran

Membran plasma dan
membran seluler lainnya
terdiri atas dua lapis
molekul phospholipid
Phospholipid sisi
hydrophilic dan sisi
hydrophobic
Sel membangun
sejumlah molekul
kompleks dari molekul
kimia sederhana
Sel mendegradasi
molekul kompleks
menjadi molekul-molekul
sederhana

17
 9/18/2015

Molekul-molekul kecil dalam Sel

Molekul-molekul kecil membawa energi,
mentransmisi signal
Adenosine Triphosphate (ATP): molekul kecil yang
menyimpan energi kimiawi bebas pada ikatan
kimianya
Energi ATP dapat digunakan untuk melakukan
aktivitas sel, seperti pembentukan biomolekul
kompleks
Untuk membentuk ATP, sel memecah molekul
makanan/molekul besar
Saat gula dipecah (glikolisis) menjadi CO2 dan H2O, energi
yang tersimpan dlm ikatan kimianya ditangkap dalam
bentuk ATP (pembentukannya di mitokondria)
Pada tumbuhan dapat dibentuk menggunakan cahaya pada
proses fotosintesis (terjadi dlm kloroplas)

ORGANEL SEL

18
 9/18/2015

Sel Prokariotik Vs Eukariotik

Sel: Prokariotik Vs Eukariotik

19
 9/18/2015

Sel Hewan Vs Sel Tumbuhan

Sel Hewan Vs Sel Tumbuhan

Tulis perbedaan sel hewan dan sel tumbuhan

organel Sel Hewan Sel Tumbuhan
1. Dinding sel
2. Sentriol
3. Vakuola
4. Lisosom
5. Kloroplas /
plastida
6. bentuk

20
 9/18/2015

pertemuan selanjutnya
Komponen Molekuler sel (2)
Sitoskeleton:
Mendiskusikan peranan Sitoskeleton dalam sel (C2)
Membran sel:
Menganalisis Struktur Membran sel (C4)
Mendiskusikan Fungsi membran sel (C2)
Membandingkan Transport aktif dan transport aktif
melalui membran sel (C6)
Nukleus:
Struktur & Fungsi Nukleus
Memberikan contoh proses yang terjadi dalam
Nukleus (C3)
Mitokondria:
Mendiskusikan Struktur dan fungsi Mitokondria (C2)
Retikulum Endoplasma & aparatus Golgi:
Struktur & fungsi RE & AG
Mengaitkan proses yang terjadi pada Retikulum
endoplasma dengan Aparatus Golgi (C5)
Lisosom & Peroksisom:
Struktur Lisosom & peroksisom
Membedakan Fungsi Lisosom dengan Peroksisom
(C6)

Ratih Rizqi Nirwana, S.Si., M.Pd

KOMPONEN
MOLEKULER SEL (1)
BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

21
 9/18/2015

Apa yg kita pelajari hari ini?

Sitoskeleton:
Mendiskusikan peranan Sitoskeleton dalam sel (C2)
Membran sel:
Menganalisis Struktur Membran sel (C4)
Mendiskusikan Fungsi membran sel (C2)
Membandingkan Transport aktif dan transport aktif
melalui membran sel (C6)
Nukleus:
Struktur & Fungsi Nukleus
Memberikan contoh proses yang terjadi dalam
Nukleus (C3)
Mitokondria:
Mendiskusikan Struktur dan fungsi Mitokondria (C2)
Retikulum Endoplasma & aparatus Golgi:
Struktur & fungsi RE & AG
Mengaitkan proses yang terjadi pada Retikulum
endoplasma dengan Aparatus Golgi (C5)
Lisosom & Peroksisom:
Struktur Lisosom & peroksisom
Membedakan Fungsi Lisosom dengan Peroksisom
(C6)

Ternyata sel itu bertulang loh!

Perhatikan gambar di atas.. Apa kesan pertamamu saat melihat

gambar tsb?

22
 9/18/2015

Sitoskeleton
Komponen sitoskeleton:
1. Aktin:
merupakan protein.
Penyusun mikrofilamen (d= 8
nm)
2. Protein filamen Intermedier
d= 10 nm
Intinya tersusun atas a heliks
3. Tubulin (mikrotubuli)
d= 25 nm

Sitoskeleton

Fungsi sitoskeleton adalah

sebagai:
1. Bagian mekanik:
________________________
________________________
2. Motor penggerak
________________________
________________________
3. Rel untuk transport
________________________
________________________

23
 9/18/2015

Sitoskeleton

Membran: struktur
Struktur
Lapisan lipid berlapis
ganda yang tidak
terputus, ketebalan 5 nm
Fosfolipid (65%)
Kolesterol (25%)
Glikolipid (10%)
Protein
Protein integral
Protein perifer
Karbohidrat
Glikolipid
Glikoprotein

24
 9/18/2015

Membran: struktur > Lipid

Lipid: bipolar, dengan kepala
(warna biru) polar & hidrofilik dan
ekor (kuning) nonpolar &
hidrofobik
Fosfolipid: contohnya
fosfatidilkolin(lesitin),
fosfatidiletanolamin, fosfatidil inositol,
sphingomielin.
Kolesterol: semakin banyak
kolesterol, semakin _____ membran
tsb
Glikolipid : yaitu
lipid yg mengikat karbohidrat

Membran: struktur > Protein

Protein
Protein integral:
ertanam pada 2 lapis lemak,
ada yang berenang di atas
lemak
Protein perifer:
berikatan longgar dengan
komponen menbran

25
 9/18/2015

Membran: struktur

Karbohidrat
Pada sisi luar membran
Bisa berupa :
glikolipid ataupun
glikoprotein

Fluiditas membran
Lapisan dobel dari membran bersifat cair
Molekul lemaknya menunjukkan suatu pergerakan
besar, diantaranya:
berdifusi bolak balik (pergeseran lateral)
berotasi pada sumbunya
berayun-ayun pada bagian rantai asamlemaknya
Fluiditas tergantung komposisi lemak &
temperatur,
asam lemak tak jenuh menambah fluiditas
Kolesterol mengurangi fluiditas
Protein membran juga bersifat mobile, dapat
berenang di dalam lapisan lemak dobel
Pertukaran antara kedua sisi membran (flip/flop)
tidak mungkin terjadi pada protein dan lemak, hanya
kolesterol saja yang bisa

26
 9/18/2015

Keragaman Komposisi Membran

Polaritas membran
Membran plasma sisi luar mengandung
lemak yang berbeda dg sisi membran
yuang menghadap sitoplasma.
Lemak terdistribusi secara asimetris
Fosfolipid dg muatan netral
(fosfatidilserin & fosfatidil inositol)
hanya ada di membran dalam
Protein juga terdistribusi tidak merata
Bagian karbohidrat dari glikoprotein
hanya terdapat pada membran luar

27
 9/18/2015

Bagian (dari sel) apa saja yang

memiliki Membran?

Sebutkan organel apa saja yang memiliki membran?

Fungsi Membran

1. Pembatasan / isolasi
2. Transport bahan yang dikontrol
3. Penerimaan dan penyaluran
sinyal
4. Reaksi-reaksi enzimatik
5. Kontak dengan sel-sel lainnya
6. Jangkar untuk sitoskeleton

28
 9/18/2015

Membran: transport

Permeabilitas membran:
gas dan molekul2 kecil dapat
melewati membran secara
difusi (lihat gambar A)
Yang tidak bisa berdifusi
bebas:
Molekul besar / polar / tidak
bermuatan misal: glukosa
Ion-ion
Asam amino
nukleotida

Membran: transport pasif & aktif

Transport Pasif
Difusi spontan adl bentuk paling
sederhana dari transpor melalui
membran
Difusi yang dipermudah adl proses difusi
yang dipermudah oleh adanya:
Protein kanal: mendorong molekul
melewati membran
Protein pembawa: membantu
molekul melewati membran dengan
perubahan konformasi
Tenaga: gradien konsentrasi atau
gradien elektrokimia
Transport aktif
melawan gradien konsentrasi atau
elektrokimia
Tidak spontan membutuhkan energi

29
 9/18/2015

Transport Aktif: Pompa Natrium/Kalium

Perhatikan gambar di
samping, jelaskan proses
pompa Na+/K+ berikut

Nukleus

Di dalam nukleus terdapat Nukleolus

Nukleus memiliki pori-pori inti

30
 9/18/2015

Nukleus
Hubungan antara
siplasma dg
nukleoplasma
Dalam nukleus terjadi
proses
Replikasi DNA
Transkripsi yg
menghasilkan RNA
t-RNA, m-RNA & r-
RNA keluar nukleus
menuju sitoplasma,
berperan dalam
sintesis protein

Mitokondria: Generator energi sel

Ukuran sebesar bakteri 1 x 2 mm

Dalam suatu sel, 25%-nya
adalah mitokondria
Ada sekitar 2000 mitokondria
Struktur:
membran luar (licin): berpori, bisa
dilewati molekul kecil <10 kDa
membran dalam (berlipat).
Mengandung protein integral; hanya
bisa dilewati O2, CO2 dan H2O
Ruang antar-membran
Matriks: kaya protein terutama
enzim2 daur asam sitrat
Krista : lipatan membran dalam

31
 9/18/2015

Mitokondria

Fungsi:
Perubahan piruvat jadi
asetil ko-A
Daur asam sitrat
Rantai pernafasan yg
terangkai dg sintesis ATP
(fosforilasi oksidatif)
Penghancuran asam
lemak : oksidasi b
Sebagian daur urea
penyimpanan kalsium,
menjga konsentrasi
kalsium sitoplasma 1mM

Mitokondria
Riset: kemungkinan mitokondria
berasal dari bakteri prokariotik
aerobik yg bersimbiosis dg sengan
sel induk eukariotik anaerobik
Mitokondria mempunya DNA-nya
sendiri (mt-DNA)
Mampu mensintesis sendiri
beberapa proteinnya
Sandi genetik mitokondria lain dg
sandi genetik inti sel
Enzim transkripsi & translasinya
lebih menyerupai enzim prokariot
Mitokondria memperbanyak diri
melalui pertumbuhan dan
pembelahan

32
 9/18/2015

Retikulum Endoplasma (RE)

& Aparatus Golgi
REadalah:
sistem membran yg luas &
tertutup dg struktur
menyerupai pipa & kantung
RE licin
RE berbintil tempat
sintesis protein ditemukan
ribosom
Aparatus golgi adalah:
sistem kompleks tertutup dg
struktur menyerupai
lempengan kecil tempat
protein mengalami
pematangan dan pengaturan
Diskusikan bagaimana proses yang terjadi pada RE berbintil & AG?

Lisosom
Berukuran 0,2 2 mm dikelilingi
membran sederhana
Fungsi:
lambung dari sel
Menghancurkan makromolekul
yang masuk ke dalam sel melalui
endositosis & fagositosois
menghancurkan komponen2 sel
Berisi 40 macam enzim pemecah
Kandungannya bersifat asam kuat,
pH 4,5-5,0

33
 9/18/2015

Peroksisom
Fungsi:
mengandung enzim untuk
mengoksidasi, yang dg oksigen
menghasilkan H2O2
Menghasilkan enzim lain yang
menggunakan H2O2 sebagai
oksidator
Berperan pd penghancuran lemak yg
sangat panjang (C>18 dioksidasi b
s/d C-8 untuk bisa masuk
mitokondria)
H2O2 bersifat racun yg bisa
menghancurkan lipid membran,
protein dan asam nukleat
Memperbanyak diri melalui pembelahan
Terdapat dlm sel hewan dan tumbuhan

34
9/18/2015

35