ISOLASI DNA PADA BUAH

LAPORAN PRAKTIKUM
Disusun untuk Memenuhi Tugas Praktikum Matakuliah Genetika 1
Yang Dibina Oleh Prof. Dr. Agr. Mohamad Amin S.Pd, M.Si

Oleh
Kelompok 2/ Offering I
Faiza Nur Imawati Ningsih (150342607763)
Fitria Maulita (150342606010)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
JURUSAN BIOLOGI
MARET 2017
A JUDUL
Isolasi DNA Pada Buah
B TUJUAN
1 Mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap hasil isolasi DNA pada buah.
2 Mengetahui pengaruh jenis buah terhadap hasil isolasi DNA pada buah.
3 Mengetahui pengaruh jenis detergen terhadap kecepatan waktu pembentukan DNA
pada proses isolasi DNA.
C RUMUSAN MASALAH
1 Apakah jenis detergen berpengaruh terhadap hasil isolasi DNA pada buah?
2 Apakah jenis buah berpengaruh terhadap proses isolasi DNA?
3 Apakah ada pengaruh jenis detergen terhadap kecepatan waktu pembentukan DNA
pada proses isolasi DNA?

D DASAR TEORI
Terdapat dua asam nukleat yang ada pada setiap makhluk hidup yang terdiri dari DNA
dan RNA. DNA (Deoxyribose Nucleid Acid) merupakan struktur makromolekuler yang
disusun oleh sub unit yang disebut nukleotida. Setiap nukleotida tersusun atas gugus
fosfat, gula karbon lima (pentosa) yang disebut gula dioksiribosa, dan basa nitrogen
misalnya adenine, guanine, timin, dan sitosin (Gardner, 1991). Di dalam sel mahluk hidup
terdapat DNA, dimana zat ini disebut sebagai cetak biru kehidupan karena mempunyai
peranan yang sangat penting, yaitu sebagai pembawa hereditas yang menentukan struktur
protein dan proses metabolisme lain (Hays, 2005 dalam Jamilah 2005).
Molekul DNA pada nucleus memiliki bentuk sebagai benang lurus dan tidak
bercabang, sedangkan DNA yang terletak pada mitokondria dan plastida berbentuk
lingkaran (Suryo, 2012). Sedangkan RNA dijumpai di dalam nukleus, sitoplasma dan
ribosom. DNA (Deoxyribose Nucleic Acid) adalah master molecul (molekul utama)
yang mengkode semua informasi yang dibutuhkan untuk proses metabolisme dalam
setiap organisme (Jamilah, 2005). DNA ini tersusun atas 3 komponen utama yaitu
gula deoksiribosa, basa nitrogen dan fosfat yang tergabung membentuk nukleotida
(Istanti, 1999).
Isolasi DNA merupakan suatu teknik yang digunakan untuk memperoleh DNA
murni, yaitu tanpa protein dan RNA dari suatu sel dalam jaringan. Pemecahan
dinding sel secara mekanik dapat dilakukan dengan pemblenderan. Sedangkan secara
kimiawi dapat dilakukan dengan pemberian detergen. Prinsip isolasi DNA mencakup
berbagai tahap reaksi dengan tujuan yang berbeda-beda untuk setiap tahapnya. Menurut
Clark (1963) tahap-tahap isolasi DNA tersebut adalah :
- Pelepasan DNA yang terlarut dengan cara merusak membran sel dan membran partikel
subseluler misalnya asam nukleat.
- Penguraian DNA protein kompleks dari denaturasi
- Pemisahan DNA molekul yang lain
Isolasi DNA dapat dilakukan melalui tahapan-tahapan antara lain: preparasi
esktrak sel, pemurnian DNA dari ekstrak sel dan presipitasi DNA. Meskipun isolasi
DNA dapat dilakukan dengan berbagai cara, akan tetapi pada setiap jenis atau
bagian tanaman dapat memberikan hasil yang berbeda, hal ini karena adanya
senyawa polifenol dan polisakarida dalam konsentrasi tinggi yang dapat
menghambat pemurnian DNA (Zubaidah, 2004 dalam Jamilah, 2005).
Isolasi DNA dapat dilakukan dengan menggunakan perlakuan deterjen merupakan
proses kimiawi karena detergen memiliki ikatan kimia yaitu gugus hidrofil yang bersifat
polar dan gugus hidrofob yang bersifat non polar. Gugus hidrofob inilah yang
bertanggung jawab dalam pengikatan kotoran dari bahan cuci, karena mampu mengikat
senyawa non polar (protein dan lipid) dari lingkungan sekitar dan membentuk protein-
lipid-detergen kompleks, hal inilah yang menyebabkan detergen menjadi salah satu
polutan bagi lingkungan perairan, karena kemampuan membentuk protein-lipid-detergen
kompleks dapat mengakibatkan rusaknya membran sel orgaisme (Machmud, 2006).

E. ALAT DAN BAHAN

1 Alat yang digunakan dalam praktikum ini, antara lain:
a. Blender
b. Corong
c. Pengaduk
d. Timbangan
e. Pipet
f. Saringan tahu
g. Gelas ukur
h. Pisau
i. Gelas aqua
j. Tabung reaksi
k. Rak tabung
2. Bahan yang digunakan pada praktikum ini, antara lain:
a Buah: semangka, jeruk, dan melon.
 b Aqudes
c Alkohol dingin 96%
d Deterjen: bubuk, cair, dan krim.
e NaCl
f Kertas saring
F. PROSEDUR KERJA
1 Tahap Persiapan
Persiapan buah

Mempersiapkan buah, yaitu buah semangka, jeruk, dan melon.

Mengupas masing-masing buah dan memotong kecil-kecil dengan

ditimbang seberat 200 gram

Memblender buah pada masing-masing buah ditambah 200 ml air

sampai buah hancur menjadi satu fasa dengan air
Menyaring hasil blenderan dengan kain saringan tahu, kemudian
menyaring dengan kertas saring dengan dua tingkatan hingga
dihasilkan alikoot yang ditampung dalam beaker glass.

2 Membuat substrat

Memasukan 30 ml alikoot ke dalam beaker glass dan

menambahkan salah satu jenis larutan detergen dan NaCl
sebanyak 1 sendok

Mengaduk campuran dengan hati-hati agar agar tidak berbuih

Memasukkan 15 ml filtrat tersebut ke dalam tabung reaksi.

Menambahkan alkohol dingin 96% ke dalam tabung reaksi melalui

dindingnya sebanyak 5 ml

Memasukkan 30 ml filtrat tersebut ke dalam tabung reaksi

Mengamati hasil yang terbentuk, mencatat dan membahas

G. DATA HASIL PENGAMATAN
Waktu yang diperlukan
untuk terbentuknya Kuantintas DNA Keterangan
Buah
DNA (detik)
Cair Bubuk Krim Cair Bubuk Krim Cair Bubuk Krim
Semangka 14 27 38 ++ +++ ++ kapas kabut kabut
Jeruk 94 88 121 +++ + ++ kabut kapas kabut
Melon 70 180 50 + ++ + kapas kapas kabut
Keterangan: + : sedikit, ++ : banyak, +++ : sangat banyak
H. ANALISIS DATA
I. PEMBAHASAN
J. KESIMPULAN
K. SARAN
- Seharusnya waktu yang disediakan untuk mengamati proses pemisahan DNA
lebih lama agar DNA dapat lebih jelas terlihat
L. DISKUSI
1. Apakah yang dimaksud dengan isolasi DNA?
Jawab : Isolasi DNA adalah proses pemisahan DNA dari sel untuk mendapatkan DNA
murni. Hasil akhir dari proses ini adalah strand-strand DNA dapat terpisah dari dalam sel
dalam bentuk cincin seperti kabut putih yang terbentuk antara campuran ekstrak buah,
detergen dan garam dengan alkohol.
2. Apa fungsi penambahan garam?
Jawab : Garam memiliki fungsi yang sama dengan SDS pada isolasi DNA genom sel
darah putih, yaitu untuk memberikan kondisi ionik, sehingga reaksi berjalan lebih stabil.
(Harley 2005: 410). Selain itu, garam berfungsi untuk menghilangkan protein dan
karbohidrat karena garam dapat menyebabkan keduanya terpresipitasi, dan bersama-
sama dengan detergen, keduanya berfungsi seperti halnya lysing buffer. Garam juga
digunakan untuk melarutkan DNA, karena ion Na + yang dikandung oleh garam mampu
memblokir (membentuk ikatan) dengan kutub negatif fosfat DNA, yaitu kutub yang bisa
menyebabkan molekul-molekul saling tolak mnolak satu sama lain sehinggga pada saat
ion Na+ membentuk ikatan dengan kutub negatif fosfat DNA, DNA akan terkumpul
(Dollard, 1994). Garam dapat digunakan untuk menghilangkan protein dan karbohidrat
dan menjaga kesetabilan pH lysing buffer, garam juga membantu proses pemekatan
DNA.
3. Apa fungsi penambahan detergen?
Jawab : Detergen berfungsi untuk melisiskan barrier (penghalang) sel secara kimia
sebagai pengganti senyawa kimia yang mampu merusak dinding dan membran sel antara
lain lisozim yang dapat mendegesti senyawa polimerik yang menyebabkan kekakuan sel
dan etil endiamintetra asetat (EDTA) yang berfungsi untuk menghilangkan ion Mg 2+
yang penting untuk mempertahankan keseluruhan struktur selubung sel, serta
menghambat enzim-enzim seluler ynag dapat merusak DNA (ion Mg 2+ merupakan
kofaktor penting bagi DNAse yang bisa memakan DNA). Detergen bisa menyebabkan
kerusakan membran sel dengan mengemulsi lipid dan protein sel serta menyela interaksi
polar yang menyatukan membran sel karena detergen mengandung disodium EDTA dan
lauryl sulfat yang memiliki fungsi yang sama dengan dodesil sulfat (Jamilah, 2005).
Sedangkan menurut Machmud (2006), penambahan deterjen dalam isolasi DNA dapat
dilakukan karena deterjen dapat menyebabkan rusaknya membran sel, melalui ikatan
yang dibentuk melalui sisi hidrofobik deterjen dengan protein dan lemak pada membran
membentuk senyawa lipid protein-deterjen kompleks. Senyawa tersebut dapat
 terbentuk karena protein dan lipid memiliki ujung hidrofilik dan hidrofobik, demikian
juga dengan deterjen, sehingga dapat membentuk suatu ikatan kimia.
4. Apa fungsi penambahan alkohol?
Jawab : Alkohol berfungsi untuk pengikatan strand DNA yang telah terkumpul karena
pemekatan oleh garam. Jamilah (2005: 14) menyebutkan bahwa pemekatan dilakukan
dengan penambahan ethanol pada lapisan atas sampel sehingga terjadi prespitasi DNA
pada perbatasan kedua larutan. Seperti yang telah diketahui bahwa kerapatan alkohol
lebih kecil dibandingkan kerapatan air, sehingga alkohol akan berada di bagian atas dari
larutan dalam tabung reaksi. DNA yang terikat oleh alkohol akan nampak seperti cincin
kabut putih yang terbentuk di antara campuran dengan alkohol.
5. Mengapa larutan tidak boleh berbuih ketika di aduk dengan penambahan detergen?
Jawab : Pengadukan larutan bertujuan untuk untuk memperbesar pergerakan partikel sel
dan detergen agar reaksi berlangsung cepat, karena detergent merupakan bahan yang
dapat merusak membran sel. Tetapi jika pengadukannya terlalu cepat akan menimbulkan
buih yang dapat menyebabkan terganggunya proses isolasi DNA. DNA akan sulit
diamati karena terhalangnya penyatuan DNA di daerah atas antara alkohol dengan
campuran ekstrak buah, detergent dan garam akibat adanya rongga udara yang
ditimbukan oleh adanya buih.
6. Mengapa alkohol ditambahkan dalam keadaan dingin?
Jawab : Dengan adanya garam (kation kovalen seperti Na +) dan pada suhu di bawah 20
0
C atau kurang, ethanol absolut akan mempresipitasikan asam nukleat polimerik dengan
baik (Jamilah, 2005: 14). Semakin dingin ethanol, DNA yang terpresipitasi maka
konsentrasi DNA semakin pekat sehingga DNA yang terisolasi dapat terlihat dengan
jelas.
7. Apakah kecepatan pembentukan DNA pada masing-masing buah dan detergen berbeda?
Jelaskan!
Jawab : Ya. Jenis buah berpengaruh terhadap terhadap hasil isolasi DNA. Buah yang
memiliki kadar air rendah menghasilkan presipitasi DNA yang lebih baik daripada buah
yang kadar airnya tinggi. Hal ini sesuai dengan pernyataan bahwa semakin encer filtrat,
maka DNA yang terpresipitasi akan semakin sedikit (Jamilah, 2005: 21). Selain itu,
kondisi barrier (penghalang) sel dari masing-masing buah dimungkinkan juga
berpengaruh terhadap kecepatan pembentukan lapisan cincin DNA.
Jenis detegent juga berpengaruh terhadap kecepatan terbentuknya cincin DNA. Hal ini
disebabkan oleh kemampuan detergent untuk merusak membran sel tidak sama akibat
 kandungan kimia aktifnya juga tidak sama, baik jenis maupun konsentrasinya. Detergent
yang memilki kemampuan tinggi untuk merusak membran sel maka keluarnya DNA dari
sel juga akan semakin cepat. Karena keluarnya DNA dari sel lebih capat maka
terbentunya cincin setelah penambahan alkohol juga menjadi semakin cepat.
8. Apakah kesimpulan dari praktikumisolasi DNA ini?
Jawab :
 DAFTAR RUJUKAN
Clark, M. John. 1963. Experimental Biochemistry. San Fransisco: WH Freeman and
Company.
Gardener, EJ dkk. 1991. Principle of Genetic. New York: Jhon Wiley and Sons. INC.
Harley, J.T. 2005. Regulatory exercises in microbiology. Boston : McGraw-Hill Company
Istanti, Annie. 1999. Biologi Sel. Malang: jurusan Biologi FMIPA UM.
Jamilah. 2005. Pengaruh Berbagai Macam Detergen, Penambahan Garam Dan Ekstrak
Nanas (ananas comulus (L) mers) Terhadap Hasil Isolasi DNA Berbagai Macam
Buah Sebagai Topik Praktikum Matakuliah Genetika. Skripsi. Malang: Program
Serjana Pendidikan Biologi
Machmud, Wildan. 2006. Penentuan LC 50 48 Jam Detergen dan Pengaruhnya Terhadap
Mortalitas Larva Ikan Mas (Cyprus Corpio) Ras Punten dengan tipe Ploidi Yang
Berbeda. Skripsi tidak diterbitkan. Malang: Program Sarjana Biologi
Suryo, 2012. Genetika Strata 1. Gajah Mada University Press. Yogyakarta.