Nama : Elsa Lidya

NIM : 1301803

PRODI: KIMIA

ISOLASI DNA REKOMBINAN

DNA rekombinan

DNA rekombinan adalah DNA yang mengalami perubahan karena penyisipan sekuens
deoksinukleotida yang sebelumnya tidak terdapat dalam molekul DNA yang sudah ada
dengan cara enzimatik atau kimiawi. Adapun Teknik DNA rekombinan yaitu: Isolasi
DNA, pada tahap ini awal perusakan serta penghilangan dinding sel, dan tahap ini
dilakukan secara mekanis maupun enzimatis. Selanjutnya tahap pemotongan DNA, pada
tahap ini menggunakan enzim restriksi, enzim ini dapat mengenal dan memotong DNA
pada sekuens spesifik yang panjangnya 4 sampai dengan 6 pasang basa. Tahap selanjutnya
adalah penyambungan DNA, pada tahap ini menggunakan enzim DNA ligase, selanjutnya
dilakukan penyisipan gen pada sel bakteri.

Gambar 1. Teknik rekombinan DNA

Isolasi DNA

Isolasi DNA merupakan tahapan penting dalam sebuah rekombinan DNA yang mana
bertujuan untuk memisahkan molekul DNA dari molekul lain, seperti dinding sel,
membran sel, dan membran inti sehingga dapat dilihat strukturnya. Tujuan dari Isolasi
DNA rekombinan ini adalah untuk menyeleksi dan mendapatkan plasmid rekombinan
yang mengandung sisipan gen 16S rRNA yang diinginkan

Isolasi DNA diawali dengan perusakan atau pembuangan dinding sel, yang dapat
dilakukuan dengan cara mekanis seperti sonikasi, tekanan tinggi, beku leleh maupun
dengan cara enzimatis seperti pemberian lisozim. Tahap selanjutnya adalah lisis sel. Bahan
bahan sel yang yang relatif lebih lunak dapat dilakukan dalam medium bufer
nonosmotik, sedangkan bahan-bahan yang lebih kasar dapat diperlakukan dengan deterjen
yang kuat seperti triton X-100 atau dengan sodium dedosil sulfat (SDS). Selanjutnya
supernatan yang terbentuk dibuang dan kemudian dilakukan ekstraksi di dalam larutan.
Hal tersebut bertujuan agar didapat ekstrak nukleus sel. Tahap berikutnya adalah
purifikasi. Tahap ini bertujuan untuk mem-bersihkan nukleus sel dari zat zat lainnya, dan
tahap terakhir, yaitu presipitasi bertujuan untuk mengendapkan protein, sehingga untai-
untai DNA tidak lagi menggulung, yang menyebabkan DNA menjadi terlihat
Teknik isolasi DNA tersebut dapat diaplikasikan, baik untuk DNA genomik maupun DNA
vektor, khususnya plasmid.

Untuk memilih di antara kedua macam molekul DNA ini yang akan diisolasi dapat
digunakan dua pendekatan. Pertama, plasmid pada umumnya berada dalam struktur tersier
yang sangat kuat atau dikatakan mempunyai bentuk covalently closed circular (CCC),
sedangkan DNA kromosom jauh lebih longgar ikatan kedua untainya dan mempunyai
nisbah aksial yang sangat tinggi. Perbedaan tersebut menyebabkan DNA plasmid jauh
lebih tahan terhadap denaturasi apabila dibandingkan dengan DNA kromosom. Oleh
karena itu, aplikasi kondisi denaturasi akan dapat memisahkan DNA plasmid dengan DNA
kromosom. Pendekatan kedua didasarkan atas perbedaan daya serap etidium bromid, zat
pewarna DNA yang menyisip atau melakukan interkalasi di sela-sela basa molekul DNA.
DNA plasmid akan menyerap etidium bromid jauh lebih sedikit daripada jumlah yang
diserap oleh DNA kromosom per satuan panjangnya. Dengan demikian, perlakuan
menggunakan etidium bromid akan menjadikan kerapatan DNA kromosom lebih tinggi
 daripada kerapatan DNA plasmid sehingga keduanya dapat dipisahkan melalui sentrifugasi
kerapatan.

.
Pada jurnal yang berjudul studi keanekaragaman genetic bakteri dari usus ikan nila
melalui teknik metagenom sequence based dengan menggunakan gen 16S rRNA
didapatkan hasil isolasi DNA rekombina seperti pada gambar berikut.

REFERENSI

Artama, W.T. 1991. Rekayasa Genetika. Pusat Antar Universitas-Bioteknologi. UGM.

Yogyakarta.
Ausabel. F.M, et al. 1992. Short Protocols in Moleculer Biology, Third ed. John Wiley &
Sons.
Inc. USA.
Brown, A.T. 1991. Pengantar Kloning Gen (Alih bahasa: S.A. Muhammad dan Praseno).
Yayasan Esensia Medika. Yogyakarta.
Kimbal, John W. 1989. Biologi. Edisi kelima cetakan kedua. Penerbit Erlangga. Jakarta.
Lehninger, A.L. 1982. Dasar - dasar Biokimia. jilid 1. Penerbit Erlangga. Jakarta.
Lodish, Harvey, et al. 2001. Molecular Cell Biology, Fourth Edition. W.H. Freeman and
Company. New York.
Murray. R.K, at al. 1995, Biokimia Harper, edisi ke-22. Penerbit Buku Kedokteran. Jakarta.