RESUME PRESENTASI KLASIFIKASI ENZIM

Berdasarkan NC-IUBMB, enzim diklasifikasikan menjadi enam kelas, yaitu

1. Kelas Oksidoreduktase (EC 1)

Secara umum kelas oksidoreduktase merupakan kelas yang mencakup semua enzim yang mampu
mengkatalisis reaksi oksidasi dan reduksi. Pada reaksi yang dikatalisis kelas enzim ini, salah satu substrat
mengalami oksidasi, sedangkan substrat yang lain mengalami reduksi. Dalam hal ini terjadi reaksi transfer
elektron dari satu molekul yang disebut reduktan (donor elektron) ke satu molekul lain yang disebut
sebagai oksidan (akseptor elektron).

A + B A + B
Berdasarkan reaksi di atas, A bertindak sebagai reduktan dan B bertindak sebagai oksidan. Kelas
oksidoreduktase terbagi menjadi beberapa subkelas, mulai dari EC. 1.1 hingga EC. 1.21 dan EC. 1.97.
Contoh enzim kelas oksidoreduktase yang dipresentasikan adalah
a. Alkohol dehidrogenase (EC 1.1.1.1)
Enzim in termasuk dalam subkelas enzim yang bertindak pada gugus CH-OH donor. Subkelas ini terdiri
dari dehidrogenase yang bekerja mengkatalisis reaksi pada alkohol primer, sekunder, dan hemiasetal.
Berdasarkan sub subkelasnya, enzim ini membutuhkan akseptor berupa NAD+ dan atau NADP+. Contoh
reaksinya sebagai berikut:
CH3CH2OH + NAD+ CH3CHO + NADH + H+
Berdasarkan rekasi tersebut, alkohol dehidrogenase mengkatalisis reaksi pengubahan alkohol menjadi
aldehid atau keton yang bersifat reversibel. Enzim ini diaplikasikan di antaranya dalam industri
pembuatan alkohol dan farmasetika (sintesis senyawa obat).
b. Laccase (EC 1.10.3.2)
Enzim ini tergolong subkelas enzim yang bertindak pada difenol dan molekul sejenisnya sebagai donor.
Sub subkelasnya membutuhkan oksigen sebagai akseptor. Berikut ini adalah contoh reaksi yang
dikatalisis oleh laccase:

Enzim ini secara luas diaplikasikan di berbagai industri, antara lain industri kertas, tekstil, makanan,
kesehatan,biosensor dan diagnosis, bioremediasi, dan biodegradasi.
c. Katalase (EC 1.11.1.6)
Enzim ini termasuk dalam subkelas enzim yang membutuhkan peroksidase sebagai akseptor. Subkelas
enzimnya hanya memiliki satu sub-subkelas, yaitu dapat bertindak pada peroksidase sebagai akseptor.
Reaksi yang dikatalisis katalase sebagai berikut:

Aplikasi enzim ini meliputi industri makanan, tekstil, dan medis.

Ketiga enzim tersebut dapat bersumber dari organisme prokariotik seperti bakteri, organisme eukariotik
seperti ragi dan jamur, hewan (contoh: serangga), tumbuhan, dan manusia (hati).
2. Kelas Transferase
Enzim-enzim yang masuk dalam kelas ini merupakan enzim-enzim yang dapat mengkatalisis reaksi transfer
gugus fungsi dari suatu molekul ke molekul yang lain. Contoh enzim yang termasuk dalam kelas ini adalah
a. Glutation-S-Transferase (EC 2.5.1.18)
Enzim ini terklasifikasi dalam subkelas enzim yang mentransfer gugus alkil dan aril (selain metil). Enzim
ini mengkatalisis reaksi konjugasi antara xenobiotic atau berbagai senyawa toksik elektrofilik endogen
dan eksogen, termasuk beberapa karsinogen dan antineoplastik dengan GSH. Reaksi umumnya
sebagai berikut:
R-X + glutathione H-X + R-S-glutathione
Dimana :
R alifatik, aromatik, heterosiklik
X sulft, nitril, halida
Sumber enzim ini berasal dari organisme prokariotik dan eukariotik. Di dalam sel terdapat pada
organel sitosol, mitokondria, dan mikrosom. Secara umum struktur enzim ini adalah dimer. Peran
enzim ini antara lain dalam detoksifikasi dan metabolisme senyawa xenobiotik dan endobiotik,
mengurangi efektivitas agen antikanker / antiparasit yang digunakan untuk pengobatan kanker dan
penyakit parasit. Dalam modifikasinya di bidang medis, ikatan yang stabil antara cyPG dan GSTP1-1
dan dapat digunakan sebagai perspektif baru untuk pengembangan inhibitor GST ireversibel sebagai
agen antikanker.
b. Aspartat Amino Transferase (EC 2.6.1.1)
Enzim ini termasuk dalam subkelas enzim yang mentransfer nitrogen dan tergolong sub-subkelas
transaminase (aminotransferase). Sumbernya berasal dari organisme prokariotik maupun eukariotik,
termasuk hewan, tumbuhan, dan manusia. Enzim ini berperan dalam proses gliseroneogenesis hati,
yaitu mampu mengkatalisis interkonversi dari aspartat dan -ketoglutarat menjadi oksaloasetat dan
glutamat. Reaksinya sebagai berikut:

Di dalam bidang medis, enzim ini dimanfaatkan sebagai penanda adanya kerusakan sel hati akibat
paparan pelarut organik karsinogen (CCl4, CHCl3, bahan kimi pada dry clean, dll) dan sebagai alat
investigasi pada pre-klinis obat baru dengan pengukuran kadar AST dalam serum.
c. DNA Polimerase (EC 2.7.7.7)
Berdasarkan penamaannya, enzim ini termasuk dalam sub kelas enzim yang bekerja pada gugus fosfat
dan termasuk sub-subkelas nucleotidiltransferase. DNA Polimerase berperan dalam replikasi
(pemanjangan rantai nukleotida) dan reparasi (mengenali bagian yang keliru untuk kemudian dipotong
dan diperbaiki) DNA. Enzim ini mampu mengkatalisasi reaksi polimerisasi deoksiribonukleotida
menjadi rantai DNA. Secara umum reaksinya sebagai berikut:
dNTP + DNAn diphosphate + DNAn+1
Bagian terpenting dalam strukturnya yaitu tumb, palm, dan finger. Berdasarkan strukturnya terdapat
beberapa jenis DNA Pol, yaitu DNA Polimerase I, II, III, dan RT (Reverse Transcriptase). Enzim ini dapat
bersumber dari organisme prokariotik seperti bakteri E. coli dan Thermus aquaticus maupun
organisme eukariotik seperti archaea. Enzim ini dimanfaatkan dalam proses elongasi pada teknik PCR.

3. Kelas Hidrolase
Hidrolase merupakan kelas enzim yang dapat mengkatalisis reaksi hidrolisis suatu ikatan kimia. Kelas ini
terbagi menjadi 13 subkelas, di mana masing-masing subkelas bekerja pada ikatan kimia yang berbeda-
beda. Untuk subkelas 2 (glikosilase), enzim-enzim anggotanya bekerja pada ikatan glikosidik. Berikut ini
adalah contoh enzim yang termasuk subkelas glikosilase:
 a. -Amilase (EC 3.2.1.1)
Enzim ini merupakan endoenzim yang dapat mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan -1,4 gliosidik pada
pati dan glikogen dengan produk akhir berupa dekstrin dan oligosakarida. Termasuk dalam sub-
subkelas enzim yang mampu menghidrolisis senyawa O- dan S-glikosil.
b. Pululanase (EC 3.2.1.41)
Enzim ini berfungsi menghidrolisis ikatan glikosida pada senyawa pullulan, pati dan amilopektin.
Kedua enzim tersebut dapat bersumber dari mikroba, tumbuhan, dan hewan. Kedua enzim tersebut
diaplikasikan dalam industri kertas dan pulp, industri deterjen, industri pemrosesan pati, dan industri
bioetanol.

4. Kelas Liase
Liase merupakan kelas enzim yang dapat mengkatalisis reaksi pemutusan ikatan kimia dari suatu molekul.
Kelas ini memiliki beberapa subkelas dari 1-6 dan subkelas 99, masing-masing subkelas memutus ikatan
yang berbeda-beda. Sebagai contoh subkelas 2 memutus ikatan karbon-oksigen, sedangkan subkelas 3
memutus ikatan karbon-nitrogen. Penggolongan sub-subkelasnya bergantung pada molekul yang
terleliminasi.
a. Pektin Liase (EC 4.2.2.10)
Pektin liase termasuk dalam sub-subkelas enzim yang bekerja pada polisakarida, merupakan salah satu
enzim golongan pektinase yang mampu mendegradasi molekul pektin yang banyak ditemukan pada
sel tanaman. Pektin liase dapat memotong pektin secara langsung dengan mekanisme -eliminasi yang
menghasilkan 4,5- oligogalakturonida tidak jenuh.

Pektin liase banyak dimanfaatkan dalam industri pembuatan jus buah dan industri pembuatan wine.
b. Metilaspartat Amonia Liase (EC 4.3.1.2)
Enzim ini dapat mengkatalisis reaksi methylaspartate menjadi mesaconate dan amonia secara
reversibel.

L-threo-3-methylaspartate mesaconate + NH3

Enzim ini berperan penting dalam sintesis senyawa asimetri asam aspartat tersubstitusi yang menjadi
building block enzim sintetis, peptida, dan senyawa-senyawa kimia maupun farmasetikal.
Kedua enzim tersebut dapat berasal dari bakteri, jamur, dan ragi.

5. Kelas Isomerase
Secara umum, kelas enzim ini mengkatalisis reaksi pembentukan isomer dari suatu molekul. Isomerase
terbagi menjadi enam subkelas dengan peran terhadap reaksi yang berbeda-beda. Contohnya subkelas 3
mampu mengkatalisis reaksi oksidoreduktase intramolekul. Berikut ini adalah dua contoh enzim yang
termasuk subkelas 3:
a. Xylosa Isomerase (EC 5.3.1.5)
Enzim ini tergolong dalam sub-subkelas interkonversi aldosa dan ketosa. Xylosa isomerase berperan
dalam katalisis reaksi reversibel dalam isomerisasi D-xylosa menjadi D-xylulosa maupun D-glukosa
menjadi D-fruktosa (beberapa enzim). Berkikut ini adalah contoh reaksinya:
 Banyak dimanfaatkan dalam industri pembuatan bioetanol maupun produksi High-fructose Corn Syrup
(HFCS). Struktur enzim ini trimer, tetramer, dimer, atau subunit yang identik (terikat secara non-
kovalen) bergantung sumber enzim. Xylosa isomerase dapat bersumber dari organisme prokariotik
(paling banyak) maupun eukariotik. Keuntungan menggunakan enzim ini adalah stabil dalam suhu
tinggi, tidak membutuhkan kofaktor yang mahal, seperti NAD+ atau ATP, dan meskipun afinitas enzim
untuk glukosa 160x lebih kecil dibandingkan xylosa, tetapi enzim ini masih sangat menguntungkan
secara komersial dibandingkan dengan isomerisasi secara kimia.
b. Protein Disulfida Isomerase (EC 5.3.4.1)
Enzim ini termasuk dalam sub-subkelas pengubahan ikatan disulfida, memiliki peran dalam
mengkatalisis reaksi oksidasi, reduksi, dan pembentukan ikatan disulfida antara residu sistein pada
protein folding. Berdasarkan struktunya terdapat empat domain, yaitu Domain a dan a sebagai
domain katalitik dengan motif Cys-X-X-Cys. Domain b dan b sebagai domain non-katalitik, bertindak
sebagai penstabil domain a dan bertanggung jawab dalam pengikatan substrat. Mekanisme reaksi
yang dikatalisis enzim ini adalah

Enzim ini terdapat di retikulum endoplasma dan mitokondria pada organisme eukariotik, hewan, dan
manusia. Mencegah terjadinya agregasi protein karena berperan sebagai molekul chaperon secara in
vivo maupun in vitro. Modifikasi PDI dengan menggunakan oxLDLs atau karbonil reaktif dapat
menginhibisi aktivitas dan potensi stress retikulum endoplasma dan apoptosis oleh oxLDLs. Secara
spesifik enzim ini dimanfaatkan dalam bidang medis dan kedokteran.

6. Kelas Ligase
Enzim-enzim yang termasuk dalam kelas ini memiliki kemampuan mengkatalisis reaksi penggabungan dua
molekul melalui pembentukan ikatan kimia baru, biasanya disertasi dengan hidrolisis molekul kecil
tertentu. Secara umum reaksi yang dikatalisis sebagai berikut:

Ab + C AC + b

atau

Ab + cD AD + b + c
Kelas enzim ini mencakup enam subkelas, tiga di antaranya pembentukan ikatan karbon-oksigen (EC 6.1),
pembentukan ikatan karbon-nitrogen (EC 6.3), dan pembentukan ikatan fosfodiester (EC 6.5). Berikut ini
merupakan contoh enzim untuk masing-masing subkelas tersebut
a. Aminoacyl tRNA Synthetase (EC 6.1.1.11)
Enzim ini termasuk dalam sub-subkelas pembentukan aminoasil-tRNA. Enzim ini dapat ditemukan
dalam sel makhluk hidup, yaitu pada ribosom. Memiliki peran dalam proses translasi RNA, yaitu
pengikatan asam amino spesifik ke tRNA. Berikut ini adalah reaksi yang dikatalisis Aminoasil tRNA
sintetase:
E+ L-serine + ATP E ~ L-serine~ AMP + Ppi
E ~ L-serine~ AMP + tRNA E + L-serine-tRNAser + AMP
Dalam reaksi, enzim ini membutuhkan kofaktor berupa ATP dan efektor berupa ion-ion logam seperti
Mg2+ (pada mamalia, manusia dan beberapa bakteri), Mn2+ (Bos taurus dan Thermus thermophilus),
dan Zn2+(Methanocaldococcus jannaschii, Methanococcus maripaludis, Methanosarcina barkeri)
Karena berperan dalam proses translasi dan katalisis pengikatan kovalen dari serin ke gugus 3-OH dari
nukleotida tRNA-nya, enzim ini diaplikasikan dalam pembuatan antibodi dan inhibisi enzim ini
dimanfaatkan untuk target obat/terapi.
b. D-Alanin Ligase (EC 6.3.2.4)
Enzim ini tergolong subkelas peptida sintase (asam amino D-ligase). Di dalam sel dapat ditemukan di
sitoplasma. Enzim ini berfungsi dalam pembentukan dinding sel, biosintesis peptidoglikan, regulasi
bentuk sel. Secara molekuler, fungsi enzim ini adalah tempat penempelan ATP, meligasi D-alanin, dan
tempat penempelan ion logam. Berikut ini adalah reaksi yang dikatalisis:

Inhibisi enzim ini dimanfaatkan untuk target obat sehingga memudahkan pencarian senyawa-senyawa
obat baru untuk penyakit tertentu yang melibatkan enzim tersebut.
c. T4 DNA Ligase (EC 6.5.1.1)
Enzim ini mengkatalisis reaksi pembentukan ikatan fosfodiester antara 5-PO4 dan 3-OH dari dua
fragmen single strand maupun double strand DNA, memerlukan suatu kation logam bivalen seperti
Mg2+ dan kofaktor berupa ATP. T4 DNA ligase berasal dari bakteriofaga. Peranannya adalah
menggabungkan ujung tumpul (blunt end) maupun ujung lengket (sticky end) suatu nukleotida. Berikut
ini adalah mekanisme raksi katalisis oleh T4 DNA ligase:

T4 DNA ligase dimanfaatkan dalam tahapan

kloning pada teknologi DNA rekombinan yaitu
untuk menggabungkan plasmid dengan suatu
DNA (gen) sehingga diperoleh plasmid
rekombinan tertentu.
 RESUME PRESENTASI KLASIFIKASI ENZIM
Berdasarkan NC-IUBMB, enzim diklasifikasikan menjadi enam kelas, yaitu

7. Kelas Oksidoreduktase (EC 1)

Secara umum kelas oksidoreduktase merupakan kelas yang mencakup semua enzim yang mampu
mengkatalisis reaksi oksidasi dan reduksi. Pada reaksi yang dikatalisis kelas enzim ini, salah satu substrat
mengalami oksidasi, sedangkan substrat yang lain mengalami reduksi. Dalam hal ini terjadi reaksi transfer
elektron dari satu molekul yang disebut reduktan (donor elektron) ke satu molekul lain yang disebut
sebagai oksidan (akseptor elektron).

A + B A + B
Berdasarkan reaksi di atas, A bertindak sebagai reduktan dan B bertindak sebagai oksidan. Kelas
oksidoreduktase terbagi menjadi beberapa subkelas, mulai dari EC. 1.1 hingga EC. 1.21 dan EC. 1.97.
Contoh enzim kelas oksidoreduktase yang dipresentasikan adalah
d. Alkohol dehidrogenase (EC 1.1.1.1)
Enzim in termasuk dalam subkelas enzim yang bertindak pada gugus CH-OH donor. Subkelas ini terdiri
dari dehidrogenase yang bekerja mengkatalisis reaksi pada alkohol primer, sekunder, dan hemiasetal.
Berdasarkan sub subkelasnya, enzim ini membutuhkan akseptor berupa NAD+ dan atau NADP+. Contoh
reaksinya sebagai berikut:
CH3CH2OH + NAD+ CH3CHO + NADH + H+
Berdasarkan rekasi tersebut, alkohol dehidrogenase mengkatalisis reaksi pengubahan alkohol menjadi
aldehid atau keton yang bersifat reversibel. Enzim ini diaplikasikan di antaranya dalam industri
pembuatan alkohol dan farmasetika (sintesis senyawa obat).
e. Laccase (EC 1.10.3.2)
Enzim ini tergolong subkelas enzim yang bertindak pada difenol dan molekul sejenisnya sebagai donor.
Sub subkelasnya membutuhkan oksigen sebagai akseptor. Berikut ini adalah contoh reaksi yang
dikatalisis oleh laccase:

Enzim ini secara luas diaplikasikan di berbagai industri, antara lain industri kertas, tekstil, makanan,
kesehatan,biosensor dan diagnosis, bioremediasi, dan biodegradasi.
f. Katalase (EC 1.11.1.6)
Enzim ini termasuk dalam subkelas enzim yang membutuhkan peroksidase sebagai akseptor. Subkelas
enzimnya hanya memiliki satu sub-subkelas, yaitu dapat bertindak pada peroksidase sebagai akseptor.
Reaksi yang dikatalisis katalase sebagai berikut:

Aplikasi enzim ini meliputi industri makanan, tekstil, dan medis.

Ketiga enzim tersebut dapat bersumber dari organisme prokariotik seperti bakteri, organisme eukariotik
seperti ragi dan jamur, hewan (contoh: serangga), tumbuhan, dan manusia (hati).
8. Kelas Transferase
Enzim-enzim yang masuk dalam kelas ini merupakan enzim-enzim yang dapat mengkatalisis reaksi transfer
gugus fungsi dari suatu molekul ke molekul yang lain. Contoh enzim yang termasuk dalam kelas ini adalah
d. Glutation-S-Transferase (EC 2.5.1.18)
Enzim ini terklasifikasi dalam subkelas enzim yang mentransfer gugus alkil dan aril (selain metil). Enzim
ini mengkatalisis reaksi konjugasi antara xenobiotic atau berbagai senyawa toksik elektrofilik endogen
dan eksogen, termasuk beberapa karsinogen dan antineoplastik dengan GSH. Reaksi umumnya
sebagai berikut:
R-X + glutathione H-X + R-S-glutathione
Dimana :
R alifatik, aromatik, heterosiklik
X sulft, nitril, halida
Sumber enzim ini berasal dari organisme prokariotik dan eukariotik. Di dalam sel terdapat pada
organel sitosol, mitokondria, dan mikrosom. Secara umum struktur enzim ini adalah dimer. Peran
enzim ini antara lain dalam detoksifikasi dan metabolisme senyawa xenobiotik dan endobiotik,
mengurangi efektivitas agen antikanker / antiparasit yang digunakan untuk pengobatan kanker dan
penyakit parasit. Dalam modifikasinya di bidang medis, ikatan yang stabil antara cyPG dan GSTP1-1
dan dapat digunakan sebagai perspektif baru untuk pengembangan inhibitor GST ireversibel sebagai
agen antikanker.
e. Aspartat Amino Transferase (EC 2.6.1.1)
Enzim ini termasuk dalam subkelas enzim yang mentransfer nitrogen dan tergolong sub-subkelas
transaminase (aminotransferase). Sumbernya berasal dari organisme prokariotik maupun eukariotik,
termasuk hewan, tumbuhan, dan manusia. Enzim ini berperan dalam proses gliseroneogenesis hati,
yaitu mampu mengkatalisis interkonversi dari aspartat dan -ketoglutarat menjadi oksaloasetat dan
glutamat. Reaksinya sebagai berikut:

Di dalam bidang medis, enzim ini dimanfaatkan sebagai penanda adanya kerusakan sel hati akibat
paparan pelarut organik karsinogen (CCl4, CHCl3, bahan kimi pada dry clean, dll) dan sebagai alat
investigasi pada pre-klinis obat baru dengan pengukuran kadar AST dalam serum.
f. DNA Polimerase (EC 2.7.7.7)
Berdasarkan penamaannya, enzim ini termasuk dalam sub kelas enzim yang bekerja pada gugus fosfat
dan termasuk sub-subkelas nucleotidiltransferase. DNA Polimerase berperan dalam replikasi
(pemanjangan rantai nukleotida) dan reparasi (mengenali bagian yang keliru untuk kemudian dipotong
dan diperbaiki) DNA. Enzim ini mampu mengkatalisasi reaksi polimerisasi deoksiribonukleotida
menjadi rantai DNA. Secara umum reaksinya sebagai berikut:
dNTP + DNAn diphosphate + DNAn+1
Bagian terpenting dalam strukturnya yaitu tumb, palm, dan finger. Berdasarkan strukturnya terdapat
beberapa jenis DNA Pol, yaitu DNA Polimerase I, II, III, dan RT (Reverse Transcriptase). Enzim ini dapat
bersumber dari organisme prokariotik seperti bakteri E. coli dan Thermus aquaticus maupun
organisme eukariotik seperti archaea. Enzim ini dimanfaatkan dalam proses elongasi pada teknik PCR.

9. Kelas Hidrolase
Hidrolase merupakan kelas enzim yang dapat mengkatalisis reaksi hidrolisis suatu ikatan kimia. Kelas ini
terbagi menjadi 13 subkelas, di mana masing-masing subkelas bekerja pada ikatan kimia yang berbeda-
beda. Untuk subkelas 2 (glikosilase), enzim-enzim anggotanya bekerja pada ikatan glikosidik. Berikut ini
adalah contoh enzim yang termasuk subkelas glikosilase:
 c. -Amilase (EC 3.2.1.1)
Enzim ini merupakan endoenzim yang dapat mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan -1,4 gliosidik pada
pati dan glikogen dengan produk akhir berupa dekstrin dan oligosakarida. Termasuk dalam sub-
subkelas enzim yang mampu menghidrolisis senyawa O- dan S-glikosil.
d. Pululanase (EC 3.2.1.41)
Enzim ini berfungsi menghidrolisis ikatan glikosida pada senyawa pullulan, pati dan amilopektin.
Kedua enzim tersebut dapat bersumber dari mikroba, tumbuhan, dan hewan. Kedua enzim tersebut
diaplikasikan dalam industri kertas dan pulp, industri deterjen, industri pemrosesan pati, dan industri
bioetanol.

10. Kelas Liase

Liase merupakan kelas enzim yang dapat mengkatalisis reaksi pemutusan ikatan kimia dari suatu molekul.
Kelas ini memiliki beberapa subkelas dari 1-6 dan subkelas 99, masing-masing subkelas memutus ikatan
yang berbeda-beda. Sebagai contoh subkelas 2 memutus ikatan karbon-oksigen, sedangkan subkelas 3
memutus ikatan karbon-nitrogen. Penggolongan sub-subkelasnya bergantung pada molekul yang
terleliminasi.
c. Pektin Liase (EC 4.2.2.10)
Pektin liase termasuk dalam sub-subkelas enzim yang bekerja pada polisakarida, merupakan salah satu
enzim golongan pektinase yang mampu mendegradasi molekul pektin yang banyak ditemukan pada
sel tanaman. Pektin liase dapat memotong pektin secara langsung dengan mekanisme -eliminasi yang
menghasilkan 4,5- oligogalakturonida tidak jenuh.

Pektin liase banyak dimanfaatkan dalam industri pembuatan jus buah dan industri pembuatan wine.
d. Metilaspartat Amonia Liase (EC 4.3.1.2)
Enzim ini dapat mengkatalisis reaksi methylaspartate menjadi mesaconate dan amonia secara
reversibel.

L-threo-3-methylaspartate mesaconate + NH3

Enzim ini berperan penting dalam sintesis senyawa asimetri asam aspartat tersubstitusi yang menjadi
building block enzim sintetis, peptida, dan senyawa-senyawa kimia maupun farmasetikal.
Kedua enzim tersebut dapat berasal dari bakteri, jamur, dan ragi.

11. Kelas Isomerase

Secara umum, kelas enzim ini mengkatalisis reaksi pembentukan isomer dari suatu molekul. Isomerase
terbagi menjadi enam subkelas dengan peran terhadap reaksi yang berbeda-beda. Contohnya subkelas 3
mampu mengkatalisis reaksi oksidoreduktase intramolekul. Berikut ini adalah dua contoh enzim yang
termasuk subkelas 3:
c. Xylosa Isomerase (EC 5.3.1.5)
Enzim ini tergolong dalam sub-subkelas interkonversi aldosa dan ketosa. Xylosa isomerase berperan
dalam katalisis reaksi reversibel dalam isomerisasi D-xylosa menjadi D-xylulosa maupun D-glukosa
menjadi D-fruktosa (beberapa enzim). Berkikut ini adalah contoh reaksinya:
 Banyak dimanfaatkan dalam industri pembuatan bioetanol maupun produksi High-fructose Corn Syrup
(HFCS). Struktur enzim ini trimer, tetramer, dimer, atau subunit yang identik (terikat secara non-
kovalen) bergantung sumber enzim. Xylosa isomerase dapat bersumber dari organisme prokariotik
(paling banyak) maupun eukariotik. Keuntungan menggunakan enzim ini adalah stabil dalam suhu
tinggi, tidak membutuhkan kofaktor yang mahal, seperti NAD+ atau ATP, dan meskipun afinitas enzim
untuk glukosa 160x lebih kecil dibandingkan xylosa, tetapi enzim ini masih sangat menguntungkan
secara komersial dibandingkan dengan isomerisasi secara kimia.
d. Protein Disulfida Isomerase (EC 5.3.4.1)
Enzim ini termasuk dalam sub-subkelas pengubahan ikatan disulfida, memiliki peran dalam
mengkatalisis reaksi oksidasi, reduksi, dan pembentukan ikatan disulfida antara residu sistein pada
protein folding. Berdasarkan struktunya terdapat empat domain, yaitu Domain a dan a sebagai
domain katalitik dengan motif Cys-X-X-Cys. Domain b dan b sebagai domain non-katalitik, bertindak
sebagai penstabil domain a dan bertanggung jawab dalam pengikatan substrat. Mekanisme reaksi
yang dikatalisis enzim ini adalah

Enzim ini terdapat di retikulum endoplasma dan mitokondria pada organisme eukariotik, hewan, dan
manusia. Mencegah terjadinya agregasi protein karena berperan sebagai molekul chaperon secara in
vivo maupun in vitro. Modifikasi PDI dengan menggunakan oxLDLs atau karbonil reaktif dapat
menginhibisi aktivitas dan potensi stress retikulum endoplasma dan apoptosis oleh oxLDLs. Secara
spesifik enzim ini dimanfaatkan dalam bidang medis dan kedokteran.

12. Kelas Ligase

Enzim-enzim yang termasuk dalam kelas ini memiliki kemampuan mengkatalisis reaksi penggabungan dua
molekul melalui pembentukan ikatan kimia baru, biasanya disertasi dengan hidrolisis molekul kecil
tertentu. Secara umum reaksi yang dikatalisis sebagai berikut:

Ab + C AC + b

atau

Ab + cD AD + b + c
Kelas enzim ini mencakup enam subkelas, tiga di antaranya pembentukan ikatan karbon-oksigen (EC 6.1),
pembentukan ikatan karbon-nitrogen (EC 6.3), dan pembentukan ikatan fosfodiester (EC 6.5). Berikut ini
merupakan contoh enzim untuk masing-masing subkelas tersebut
d. Aminoacyl tRNA Synthetase (EC 6.1.1.11)
Enzim ini termasuk dalam sub-subkelas pembentukan aminoasil-tRNA. Enzim ini dapat ditemukan
dalam sel makhluk hidup, yaitu pada ribosom. Memiliki peran dalam proses translasi RNA, yaitu
pengikatan asam amino spesifik ke tRNA. Berikut ini adalah reaksi yang dikatalisis Aminoasil tRNA
sintetase:
E+ L-serine + ATP E ~ L-serine~ AMP + Ppi
E ~ L-serine~ AMP + tRNA E + L-serine-tRNAser + AMP
Dalam reaksi, enzim ini membutuhkan kofaktor berupa ATP dan efektor berupa ion-ion logam seperti
Mg2+ (pada mamalia, manusia dan beberapa bakteri), Mn2+ (Bos taurus dan Thermus thermophilus),
dan Zn2+(Methanocaldococcus jannaschii, Methanococcus maripaludis, Methanosarcina barkeri)
Karena berperan dalam proses translasi dan katalisis pengikatan kovalen dari serin ke gugus 3-OH dari
nukleotida tRNA-nya, enzim ini diaplikasikan dalam pembuatan antibodi dan inhibisi enzim ini
dimanfaatkan untuk target obat/terapi.
e. D-Alanin Ligase (EC 6.3.2.4)
Enzim ini tergolong subkelas peptida sintase (asam amino D-ligase). Di dalam sel dapat ditemukan di
sitoplasma. Enzim ini berfungsi dalam pembentukan dinding sel, biosintesis peptidoglikan, regulasi
bentuk sel. Secara molekuler, fungsi enzim ini adalah tempat penempelan ATP, meligasi D-alanin, dan
tempat penempelan ion logam. Berikut ini adalah reaksi yang dikatalisis:

Inhibisi enzim ini dimanfaatkan untuk target obat sehingga memudahkan pencarian senyawa-senyawa
obat baru untuk penyakit tertentu yang melibatkan enzim tersebut.
f. T4 DNA Ligase (EC 6.5.1.1)
Enzim ini mengkatalisis reaksi pembentukan ikatan fosfodiester antara 5-PO4 dan 3-OH dari dua
fragmen single strand maupun double strand DNA, memerlukan suatu kation logam bivalen seperti
Mg2+ dan kofaktor berupa ATP. T4 DNA ligase berasal dari bakteriofaga. Peranannya adalah
menggabungkan ujung tumpul (blunt end) maupun ujung lengket (sticky end) suatu nukleotida. Berikut
ini adalah mekanisme raksi katalisis oleh T4 DNA ligase:

T4 DNA ligase dimanfaatkan dalam tahapan

kloning pada teknologi DNA rekombinan yaitu
untuk menggabungkan plasmid dengan suatu
DNA (gen) sehingga diperoleh plasmid
rekombinan tertentu.