REPLIKASI DNA
Replikasi DNA adalah mekanisme menyalin secara tepat semua semua informasi
genetic dari satu sel ke sel yang lain. Berikut ini model-model mengenai replikasi DNA
Model yang diakui sampai sekarang adalah model semikonservatif . Berikut ini
proses replikasi DNA menurut model semikonservatif
4) Fragmen Okazaki kemudian diperbaiki oleh ligase agar DNA baru dapat terbentuk
seperti normal.
Replikasi
Secara sederhana:
Mula-mula, heliks ganda DNA (merah) dibuka menjadi dua untai tunggal oleh enzim
helikase (9) dengan bantuan topoisomerase (11) yang mengurangi tegangan untai
DNA. Untaian DNA tunggal dilekati oleh protein-protein pengikat untaian tunggal
(10) untuk mencegahnya membentuk heliks ganda kembali. Primase (6) membentuk
oligonukleotida RNA yang disebut primer (5) dan molekul DNA polimerase (3 & 8)
melekat pada seuntai tunggal DNA dan bergerak sepanjang untai tersebut
memperpanjang primer, membentuk untaian tunggal DNA baru yang disebut leading
strand (2) dan lagging strand (1). DNA polimerase yang membentuk lagging strand
harus mensintesis segmen-segmen polinukleotida diskontinu (disebut fragmen
Okazaki (7)). Enzim DNA ligase (4) kemudian menyambungkan potongan-potongan
lagging strand tersebut.
Salah satu tahapan penting dalam proses pertumbuhan jasad hidup adalah proses
perbanyakan bahan genetik. Proses perbanyakan bahan genetik dikenal sebagai proses
replikasi. Pada replikasi DNA, rantai DNA baru dibentuk berdasarkan urutan
nukleotida pada DNA yang digandakan. Replikasi merupakan proses pelipatgandaan
DNA. Replikasi DNA adalah proses penggandaan molekul DNA untai ganda. Pada
sel, replikasi DNA terjadi sebelum pembelahan sel. Prokariota terus-menerus
melakukan replikasi DNA. Penggandaan tersebut memanfaatkan enzim DNA
polimerase yang membantu pembentukan ikatan antara nukleotida-nukleotida
penyusun polimer DNA. Proses replikasi DNA dapat pula dilakukan in vitro dalam
proses yang disebut reaksi berantai polimerase (PCR).
Setiap molekul DNA yang melakukan replikasi sebagai suatu satuan tunggal
dinamakan replikon. Replikasi molekol DNA dimulai dari tempat khusus yang
disebut titik mula replikasi (origins of replication), bentangan pendek DNA yang
memiliki sekuens nukletida spesifik. Kromosom E. coli, seperti banyak kromosom
bakteri lain melingkar dan memiliki satu titik mula. Berkebalikan dengan kromosom
bakteri, kromosom eukariot mungkin memiliki beberapa ratus atau beberapa ribu titik
mula replikasi. (Campbell, 2008)
Proses inisiasi ini ditandai oleh saling memisahnya kedua untai DNA, yang masing-
masing akan berperan sebagai cetakan bagi pembentukan untai DNA baru sehingga
akan diperoleh suatu gambaran yang disebut sebagai garpu replikasi. Biasanya,
inisiasi replikasi DNA, baik pada prokariot maupun eukariot, terjadi dua arah
(bidireksional). Dalam hal ini dua garpu replikasi akan bergerak melebar dari ori
menuju dua arah yang berlawanan hingga tercapai suatu ujung (terminus).
Ada 3 hipotesis mengenai replikasi DNA yaitu semikonservatif, konservatif dan dispersif
1. Hipotesis semikonservatif : setiap molekul untai ganda DNA anakan terdiri atas satu
untai-tunggal DNA induk dan satu untai tunggal DNA hasil sintesis baru.
2. Konservatif : DNA untai ganda induk tetap bergabung sedangkan kedua untaian DNA
anakan terdiri atas molekul hasil sintesis baru.
3. Dispersif : molekul DNA induk mengalami fragmentasi sehingga DNA anakan terdiri
atas campuran molekul lama (induk) dan molekul hasil sintesis baru
(Sumber : http://dc383.4shared.com/doc/xpuHcay6/preview.html)
Diantara ketiga cara replikasi DNA yang diusulkan tersebut, hanya cara semikonservatif yang
dapat dibuktikan kebenarannya melalui percobaan yang dikenal dengan nama sentrifugasi
seimbang dalam tingkat kerapatan atau equilibrium density-gradient centrifugation.
Model replikasi semikonservatif memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk berperan
sbg cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA baru . Dengan demikian, salah satu
bagian yg sangat penting dlm proses replikasi DNA adalah denaturasi awal untaian DNA yg
mrpk proses enzimatis. Denaturasi awal terjadi pd bagian DNA yg disebut ORI. Untaian
DNA membuka membentuk struktur yg disebut garpu replikasi (replication fork).
Garpu replikasi akan bergerak sehingga molekul DNA induk membuka secara bertahap
. Masing-masing untaian DNA yang sudah terpisah, berfungsi sebagai cetakan untuk
penempelan nukleotida-nukleotida yg akan menyusun molekul DNA baru. Sekuens basa
nitrogen DNA baru sesuai dengan sekuens basa cetakan DNA komplementernya.
Replikasi DNA berlangsung dlm tahapan : 1) denaturasi (pemisahan) untaian DNA induk; 2).
pengawalan (inisiasi) sintesis DNA; 3). Pemanjangan untaian DNA; 4). Ligasi fragmen
DNA; 5) pengakhiran (terminasi) sintesis DNA.
Sintesis untaian DNA yg baru akan dimulai segera setelah ke dua untaian DNA induk
terpisah membentuk garpu replikasi.
Polimerisasi DNA hanya dpt dimulai jika tersedia molekul primer : molekul yg digunakan
untuk mengawali proses polimerisasi untai DNA
RNA primer pd fragmen Okazaki, didegradasi oleh aktivitas eksonuklease yg ada pd enzim
DNA polimerase I.
(Sumber : http://biologigonz.blogspot.com/2009/11/sintesa-protein-2.html)
Bagian RNA yg terdegradasi, diisi oleh molekul DNA, meskipun antar fragmen masih
ada celah (takik = nick)
Celah terbentuk karena belum ada ikatan fosfodiester antara ujung 3-OH pd
nukleotida terakhir yg disintesis oleh DNA polimerase I dengan ujung 5-P fragmen
DNA yg ada didekatnya
Takik ini akan disambung oleh DNA ligase dengan menggunakan NAD atau ATP
sebagai sumber energi
Pada untai DNA awal (leading strand) : hanya diperlukan satu molekul primer pd titik
awal replikasi
Untaian DNA baru disintesis dengan aktivitas DNA polimerase III secara kontinyu.
Replikasi dapat berlangsung ke dua arah yg berlawanan : replikasi dua arah
(bidirectional replication)
Replikasi 2 arah terjadi pada prokariot maupun eukariot
Replikasi pada plasmid colE1 : satu arah
Proses pemisahan untaian DNA dilakukan oleh enzim DNA helikase
Selain helikase, enzim lain yg berperan dlm pemisahan untaian DNA adalah enzim
DNA girase.
DNA girase adalah salah satu enzim topoisomerase : suatu enzim yg dpt mengubah
topologi molekul DNA yakni dengan memutus ikatan hidrogen
Protein SSb menjaga agar bagian DNA yg sudah terpisah tidak berikatan lagi
sehingga dpt digunakan sebagai cetakan
Protein ini mempunyai sifat kooperatif, artinya pengikatan satu molekul protein pd
untai tunggal DNA akan meningkatkan kekuatan ikat (affinity) molekul yg lain
beberapa ribu kali.
Model konservatif. Dalam model ini dua untai DNA orangtua kembali bersama setelah
replikasi telah terjadi. Artinya, satu molekul anak mengandung kedua untai DNA orangtua,
dan molekul anak lain berisi untaian DNA dari semua materi yang baru disintesis.
Model semikonservatif
Dalam model ini dua untai DNA orangtua terpisah dan masing-masing helai kemudian
berfungsi sebagai template untuk sintesis untai DNA baru. Hasilnya adalah dua heliks ganda
DNA, yang keduanya terdiri dari satu orang tua dan satu untai baru.
Inisiasi:
Proses replikasi dimulai pada titik tertentu dari DNA yang dikenal sebagai asal yang
dikatalisis oleh protein inisiator. Urutan asal adalah A T. Di lokasi situs asal protein
inisiator membentuk kompleks pra-replikasi yang membuka ritsleting DNA untai ganda.
Elongasi:
Pemanjangan atau Elongasi molekul DNA adalah menambahkan sedikit asam amino pada
rantai protein yang sedang tumbuh. Sintesis leading strand dimulai dengan dengan sintesis
RNA primer dengan primase di lokasi asal. Urutan nukleotida yang ditambahkan ke primer
oleh enzim DNA polimerase III arah 5 ke 3.
Garpu Replikasi
Replikasi garpu adalah struktur selama replikasi DNA. Garpu Replikasi diciptakan oleh
enzim helikase yang memutus ikatan hidrogen yang memegang untai DNA bersama-sama.
Helai ini berfungsi sebagai template untuk leading strand dan lagging strand.
Terminasi:
Proses replikasi DNA membutuhkan sejumlah besar protein dan enzim yang memainkan
peran penting selama proses tersebut.
Salah satu enzim yang paling penting dalam proses ini adalah DNA polimerase, yang
menambah urutan nukleotida ke rantai DNA yang berkembang.
Pada prokariota, ada urutan nukleotida spesifik yang dikenal sebagai asal replikasi yang
merupakan titik inisiasi dari proses replikasi.
E.coli memiliki asal replikasi tunggal yang kaya dengan urutan A T. Protein tertentu
mengenali situs asal dan mengikat dengan itu.
Enzim helikase membuka DNA dengan memecah ikatan hidrogen.
DNA membentuk struktur berbentuk Y disebut garpu replikasi.
Untai tunggal yang mengikat protein melapisi untai DNA dekat garpu replikasi yang
mencegah DNA tidak berliku kembali.
Enzim DNA Polimerase menambahkan nukleotida hanya pada arah 5-3.
Leading stand yang melengkapi dari arah 3 ke 5 untai orangtua disintesis terus menerus
menuju garpu replikasi.
lagging strand yang melengkapi dalam arah 5 ke 3 untai orangtua yang membutuhkan RNA
primer untuk mensintesis nukleotida dalam fragmen pendek yang dikenal sebagai fragmen
Okazaki.
enzim DNA Polimerase I menggantikan primer RNA dengan nukleotida DNA.
DNA ligase menutup celah antara fragmen Okazaki yang bergabung dengan fragmen untuk
membentuk molekul DNA tunggal.
Inisiasi
Dalam proses inisiasi ada urutan spesifik nukleotida disebut asal replikasi yang merupakan
situs untuk inisiasi replikasi. Protein tertentu mengikat ke situs asal, enzim helikase membuka
heliks DNA dan membentuk dua garpu replikasi. Eukariota memiliki beberapa asal replikasi
yang memungkinkan replikasi secara simultan di beberapa tempat.
Elongasi
Selama proses perpanjangan enzim yang disebut DNA polymerase menambahkan nukleotida
DNA pada ujung 3 template. Leading adalah Untai yang disintesis dalam arah 5 - 3.
Lagging strand, nukleotida baru dalam bentuk nukleotida RNA kemplementer yang baru
ditambahkan. Nukleotida RNA kemudian diganti dengan nukleotida DNA. Leading strand
yang melengkapi ke untai DNA orangtua disintesis terus menerus menuju garpu replikasi,
karena DNA polimerase dapat mensintesis DNA dalam arah 5 ke 3. Lagging strand
disintesis dalam bentuk fragmen Okazaki. Fragmen ini memerlukan primer RNA untuk
memulai sintesis.
Terminasi
Selanjutnya dalam proses, primer RNA dihapus dan nukleotida RNA digantikan oleh
nukleotida DNA oleh polimerase DNA enzim. Celah antara fragmen ditutup oleh enzim
DNA ligase.
Lagging Strand
Lagging Strand adalah untai DNA berkembang yang disintesis berlawanan dengan arah garpu
replikasi. Replikasi Lagging Strand lebih rumit daripada Strand Leading. Lagging strand
disintesis dalam segmen singkat dikenal sebagai fragmen Okazaki. Dalam Lagging strand,
template DNA memulai sintesis RNA primer singkat. Primer RNA kemudian dihapus dan
diganti dengan fragmen DNA dan bergabung bersama oleh DNA ligase.
DNA girase enzim DNA girase ini membuat potongan dalam struktur heliks ganda
DNA dan memisahkan masing-masing pihak.
Helikase Enzim ini mengurai molekul DNA untai ganda.
Strand tunggal Binding Protein Ini adalah protein kecil yang mengikat sementara
untuk setiap sisi untai untuk menjaga mereka terpisah satu sama lain.
DNA Polimerase kompleks Enzim ini berjalan ke untai DNA menambahkan basa
nukleotida ke setiap helai. Nukleotida ditambahkan untuk melengkapi nukleotida
yang terdapat pada untai yang ada.
DNA polimerase juga mengoreksi DNA baru.
DNA Ligase enzim DNA ligase menutup fragmen menjadi untai yang kontinu.
DNA Polimerase