Tidak ada bukti sejarah yang pasti mengenai kapan tepatnya sejarah
Candi Borobudur ini runtuh dan ditinggalkan. Beberapa ahli berpendapat
bahwa runtuhnya candi ini diawali ketika pada tahun 950 terjadi letusan
Gunung Merapi yang dahsyat. Letusan ini mengakibatkan candi runtuh
dan tertimbun tanah.
Tahap restorasi pun akhirnya dimulai, tahap ini dipimpin oleh Theodor
van Erp diantara tahun 1907 sampai dengan tahun 1911. Pada tahap ini
dilakukan penggalian tanah di sekeliling candi yang bertujuan untuk
menemukan berbagai artefak dan juga puing-puing batuan candi beserta
patung-patungnya. dan kemudian dilanjutkan dengan tahap-tahap
selanjutnya.
Sayangnya proses pemugaran ini terhenti akibat Perang Dunia ke-2 dan
juga perang kemerdekaan Indonesia di tahun 1942 hingga tahun 1949,
dan akibatnya candi ini semakin rusak. Setelah beberapa saat akhirnya
UNESCO pun turun tangan. Pada tahun 1973 dibuatlah rencana besar
untuk memugar candi,. Dan akhirnya pemugaran dimulai pada tahun
1975. Pemugaran besar-besaran ini menelan biaya sebesar US$6,901,243
dan dilakukan dengan melibatkan kurang lebih 600 orang pekerja. Pada
proses ini sebanya 1.460 panel berhasil direstorasi.