TRANSKRIPSI DAN REGULASI GEN

PENDAHULUAN

Dogma sentral genetika molekuler menerangkan bahwa informasi yang terdapat

pada DNA akan digunakan untuk menghasilkan RNA melalui suatu proses yang disebut
transkripsi, dan informasi yang terdapat pada sebagian RNA digunakan untuk menghasilkan
protein melalui suatu proses yang disebut translasi. Transkripsi dilaksanakan oleh RNA
polimerae, sedangkan translasi dikatalis oleh berbagai enzim yang bergabung dengan
ribosom. Molekul molekul RNA dan protein yang disintesis selama masa perkembangan
dan/ atau pemeliharaan suatu organism menentukan karakteristik organism tersebut.

Informasi untuk mensintesis suatu RNA tertentu terletak hanya pada salah satu dari
kedua untai DNA. Untai yang mengandung informasi untukmembuat sebuah molekul RNA
dan yang dibaca oleh RNA polymerase disebut sebagai untaian cetakan (template) atau
untai sense. Untai yang merupakan komplemen cetakan kadang kadang disebut untai
nonsense karena tidak mempunyai informasi untuk membuat RNA atau protein. Namun
demikian, tidak semua cetakan yang mengkodekan RNA terletak pada untai DNA yang sama.
RNA messenger yang menentukan sintesis protein disebut RNA sense,sedangkan RNA
komplementer bagi RNA sense disebut RNA antisense.

Sebagian besar gen, terutama gen yang mengkode protein, diregulasi sehingga hanya
diekspresikan pada waktu tertentu dan pada kadar yang dibutuhkan untuk mendukung
kehidupan sel ataupun mendorong pertumbuhan dan pembelahan sel.

Gen - gen Prokariotik

Gen struktural adalah sekuens nukleotida DNA yang berperan sebagai cetakan untuk
sintesis RNA. Pada Prokariota, panjang rata-rata gen struktural penentu protein adalahsekitar
1.000 pasang basa (pb), sedangkan pada eukariota sepanjang 10.000 pb. Gen struktural
beserta situs pengontrol yang mengatur

Protein regulator adalah protein yang dapat mempengaruhi ekspresi gen struktural
dengan cara berikatan dengan situs pengomtrol yang terletak didekat gen struktural tersebut
sehingga transkripsi dapat diaktivasi atau direpresi (dihambat). Protein regulator yang
merangsang terjadinya transkripsi gen disebut faktor transkripsi atau aktivator. Represor
adalah protein yang menghambat terjadinya inisiasi suatu transkripsi ketika protein itu
berikatan dengan sekuens pengontrol yang disebut operator. Protein yang mengakhiri
(menterminasi) proses transkripsi disebut protein terminator. Namun demikian,
kebanyakan proses transkripsi berakhir akibat adanya suatu sinyal dari sekuens terminator
spesifik yang terdapat pada DNA tersebutn atau RNA yang baru ditranskripsi. Secara umum,
aktivator akan merangsang RNA polimerase untuk berikatan dengan situs promotor yang
terletak pada DNA di awal gen struktural, sedangkan represor akan menghambat pengikatan
RNA polimerase dengan DNA. Situs pengontrol adalah sekuens nukleotida pendek pada
DNA yang panjang 15 -30 pb, yang mengontrol ekspresi gen struktural yang terletak
disebelahnya.

Operon yang paling sederhana terdiri dari satu gen struktural dan satu romotor yang
berperan sebagai situs pengikatan RNA polimerase. Operon ini bersifat konsisutif, artinya,
diekspresikan secara terus menerus. Operon regulator pada gambar 1 merupakan contoh
operon sederhana. Beberapa operon sederhana mungkin diregulasi oleh suatu atenuator, yang
mengkodekan struktur RNA yang dapat mengakibatkan RNA polimerase menghentikan
proses transkripsi lebih awal.

Sebagian besar operon pada bakteri terdiri dari banyak gen struktural dan situs
pengontrol. Pada bakteri, banyak operon mengandung lebih dari satu gen struktural atau
sistron. Operon operon polisistronik ini akan ditranskripsi menjadi satu mRNA tunggal.
Tiap daerah pengkode protein pada mRNA ditentukan oleh kodon start-nya sendiri, dimana
sintesis protein diterminasi. Operon pada eukariota biasanya bersifat monosistronik, yaitu
hanya mengandung sebuah gen. Regulon adalah sekelompok operon yang ekspresinya di
control oleh sebuah protein regulator. Operon yang terdapat pada regulon letaknya umumnya
tidak bersebelahan.

Inisiasi dan Terminasi Transkripsi

Transkripsi suatu gen struktural hanya terjadi jika di dekat ujung gen tersebutada
promotor untuk pengikatan RNA polimerase. Pada bakteri, panjangpromotor umumnya
sekitar 15-30 pb. Sekuens pasangan basa promotor tersebutmenentukan efisiensi pengikatan
dengan RNA polimerase dan dengan demikianmenentukan pula efisiensi transkripsi. Pada
banyak kasus, ikatan yang terjadiantara RNA polimerase dan promotor suatu bakteri biasanya
bergantung pada sekelompok protein yang disebut faktor sigma (). Masing-masing jenis
faktor sigma menentukan jenis promotor yang akan dikenali oleh RNA polimerase. Baik
faktor sigma maupun RNA polimerase sangat dibutuhkan agar pengikatan dengan promotor
dapat berlangsung secara efisien. Setelah terjadi inisiasi transkripsi, faktor sigma akan
terlepas dari RNA polimerase (Gambar 1-2a-c).

Meskipun promotor pada prokariota sangat bervariasi, namun terdapat dua daerah
pendek yang dimiliki oleh sebagian besar promotor. Pada untainonsense terdapat sebuah
daerah yang mempunyai konsensus 5-TAIAAL3 yang terletak sekitar 10 pb sebelum inisiasi
transkripsi (-10 sekuens nukleotida). Sedangkan daerah lain yang terletak sekitar 35 pb
sebelum inisiasi transkripsi (-35 sekuen nukleotida) mempunyai konsensus 5'-TTGACA-
3'.Sekuens konsensus mengandung sekuens nukleotida yang mempunyai tingkat kesamaan
tinggi pada berbagai promotor.

Sebagian besar terminator yang terletak di akhir molekul mRNA mengkodekan

sebuah daerah beruntai tunggal yang melipat ke dalam akibat ikatan hidrogen antara
pasangan-pasangan basa komplementer dan mengkodekan daerah terakhir yang mengandung
banyak urasil. Struktv hairpin yang terbentuk tersebut berinteraksi dengan RNA polimerase
dan merangsang terlepasnya molekul tersebut dari DNA. Beberapa terminator membutuhkan
protein terminator semisal Rho (p) untuk mengaktifkannya (lihat Gambar 4-2d,e). Terminator
yang bergantung-Rho tersebut tidak mempunyai daerah yang kaya akan urasil (poli-U) di
ujung 3'-nya. protein NusA merupakan suatu protein faktor terminator lain yang tampaknya
berikatan langsung dengan RNA polimerase dan mengkatalisis terlepasnya enzim tersebut
dari DNA saat mendekati \itus terminasi.
Operon Lac

Operon laktosa (lihat Gambar 4-1) merupakan suatu sistem model yang baik untuk
sejumlah konsep regulasi gen pada prokariota. Operon ini terdiri dari tiga gen strukrural
(lacZ, lacY, dan lacA) dan tiga situs pengontrol (lacCRP, lacPl , dan lacO). Gen-gen
struktural lacZ, lacy, dan lacA, secara berurutan mengkodekan enzim -galaktosidase,
permease, dan transasetilase. Katabolisme (pemecahan) laktosa sangat membutuhkan
protein ini. Situs pengontrol lacCRP, lacPl. dat lacO secara berurutan merupakan situs
pengikatan untuk protein reseptor cAMP, RNA polimerase, dan represor laktosa.
 Operon reguiator laktosa terdiri dari satu gen struktural (lacl) dan satusitus
pengontrol (lacP2). Gen struktural mengkodekan represor laktosa, sedangkan situs
pengontrol merupakan situs pengikatan RNA polimerase (suatu promotor).

Dengan tidak adanya induser (inducer), yaitu suatu molekul yang mengaktilkan
transkripsi operon, maka ekspresi operon akan terhambat karena represor laktosa terikat di
lacO. Represor menghalangi secara sterik pengikatan RNA polimerase ke lacPl dan inisiasi
transkripsi. Namun jika terdapatlaktosa di dalam sel. maka laktosa akan diubah menjadi
alolaktosa oleh sel,dan alolaktosa tersebut berlungsi sebagai induser untuk operon tersebut.
Jika terdapat induser di dalam sel. maka induser akan men-tikat represor (protein LacI)
sehingga represor ini rnenjadi tidak aktif. LacI yang tidak aktif tidak clapat berikatan dengan
operator sehingga RNA polimerase dapat berikatan dengan lacPl dan menginisiasi transkripsi
gen yang dibutuhkan untuk katabolisme (pemecahan) laktosa.

Bahkan saat operon diinduksi, sel tidak akan dengan cepat dipenuhi oleh mRNA dan
protein karena mRNA rata-rata mempunyai umur paruh hanya 2,5 menit Artinya, dalam
waktu 2,5 menit setelah mRNA disintesis, separuhnya akan terdegradasi. Protein lebih stabil
dari mRNA. Selain itu, seiring disintesisnya mRNA dan protein oleh sel, sel menghabiskan
sebagian simpanan molekul energi tertentu yang dimilikinya. Pada saat sel sedang melakukan
metabolisme dengan cepat, represi katabolit akan menghentikan banyak operon katabolik,
termasuk operon laktosa. proses ini membutuhkan suatu molekul kecil yang disebut adenosin
monofosfat siklik (cyclic adenosine monophosphate, cAMP). Kadar cAMP dalam sel akan
menurun saat sintesis mRNA dan enzim laktosa meningkat. Sebaliknya, saat gen-gen
katabolik tidak diekspresikan lagi, kadar cAMP akan meningkat. Makin tinggi kadar cAMP,
makin banyak cAMP yang berikatan dengan protein yang disebut protein reseptor AMP
siklik (cyclic AMP receptor protein, CRP), yang kemudian akan mengalami perubahan
konformasi (bentuk) sehingga dapat berikatan dengan situs pengikatan aktivator (lacCRP).
Hal ini akan meregulasi transkripsi gen-gen operon laktosa.

Regulasi Gen Eukariotik

Sama seperti pada bakteri, gen-gen pada eukariota juga diregulasi sehingga gen-gen
tersebut diekspresikan pada waktu dan kadar yang tepat untuk mempertahankan sel ataupun
mendorong pertumbuhan dan pembelahan sel. Pada organisme multiseluler, sel tidak hanya
harus bereaksi dengan senyawa-senyawa kimiawi dari lingkunganya, namun juga harus
saling bekerja sama melalui sinyal-sinyal kompleks yang seringkali mempengaruhi aktivitas
gen.

Situs pengontrol pada eukariota mirip seperti yang terdapat pada bakteri, namun
memiliki lebih banyak situs pengontrol dan protein yang mempengaruhi tiap gen pada sel
eukariotik. Faktor transkripsi (TF) melekat pada situs pengikatan di daerah-daerah promotor
dan merangsang RNA polimerase untuk berikatan dengan situs promotor (lihat Gambar 4-
3a,b).

Faktor transkripsi diproduksi secara konstitutif (mutlak) karena banyak sekali gen
yang sangat bergantung padanya untuk ekspresi. Penambah (enhancer) terikat pada aktivator
transkripsi (TA) yang disintesis sebagai respons terhadap adanya sinyal-sinyal spesifik.
Sebagian besar enhancer, misalnya yang mengikat Ga14, berada ratusan atau ribuan pasang
basa jauhnya dari situs promotor. Akan tetapi, beberapa aktivator yang terinduksi, misalnya
Fos dan Jun, akan berikatan sangat dekat dengan situs promotor. TA dapat menyebabkan
DNA melengkung balik ketika berinteraksi dengan TF di dekat promotor. lnteraksi antara
situs enhctncer dengan situs inisiator ini biasanya diperlukan untuk transkripsi di atas tingkat
dasar (basal) (Gambar 4-3c). Koaktivator adalah protein activator yang seringkaii
menghubungkan TF dan/atau TA dengan RNA polimerase dan bisa jadi sangat penting dalam
ekspresi gen (Gambar 4-3d).

Pada sel bakteri hanya terdapat satu RNA polimerase, sedangkan pada transkripsi sel
eukariota terdapat tiga jenis RNA polimerase yang terlibat dalam ranskripsi di nukleus.
Ketiga polimerase ini menginisiasi transkripsi hanya dengan kombinasi spesifik antara TF
dan TA. RNA polimerase I mentranskripsi gen yang mengkode rRNA 5,8S, 28S, dan 18S.
Polimerase ini seringkali ditemukan berasosiasi dengan kromosom di dalam nucleolus. RNA
polimerase II melakukan transkripsi dari promotor yang mengontrol sintesis pra-mRNA,
yang masih mengandung daerah pengkode (ekson) dan daerah bukan pengkode (intron). RNA
polimerase III hanya mengenali promotor yang mengontrol sintesis RNA yang relatif pendek,
misalnya tRNA' rRNA 5S, dan lain sebagainya.

Terikatnya RNA polimerase ke situs promotor bergantung pada jumlah TF, misalnya
kompleks TFIID (lihat camuar 4-3a),yang mempunyai fungsi serupa dengan faktor sigma
pada bakteri. TFIID merupakan yang pertama berikatan dengan suatu situs di dekat promotor
yang disebut boks TATA atau boks Hogness yang tertetak -20 sampai -40 pb sebelum situs
awal transkripsi. Setelah terikat, TFIID membantu pengaturan TF-TF lain yang dibutuhkan
untuk inisiasi sintesis RNA (lihat gambar 4-3b). Kompleks faktor transkripsi dan RNA
polimerase membentuk kompleks pra-inisiasi yang menghasilkan transkripsi tingkat dasar.
Induksi bagi transkripsi tingkat tinggi membutuhkan keberadaan aktivator lainnya yang
berikatan dengan elemen enhancer. Protein aktivator seperti Ctf, Sp1, dan Oct-1 (lihat
Gambar 4-3c) menyebabkan DNA melengkung balik sehingga protein aktivator ini dapat
berinteraksi dengan kompleks pra-inisiasi dan memberi sinyal kepada RNA polimerase untuk
memulai sintesis RNA tingkat tinggi.

Pemrosesan RNA

Setelah ditranskripsi, RNA pada sel eukariotik akan mengalami suatu pemerosesan
(processing). Transkrip (hasil transkripsi) yang mengkode protein akan mengalami modifikasi
di dalam nukleus dengan penambahan tudung (cap) 7-metilguanin pada ujung 5' dan ekor
poli-A pada ujung 3' sepanjang 100-250 nukleotida. Lalu pra-mRNA akan diubah menjadi
mRNA dengan cara pemotongan intron-intron dan penyambungan (splicing) ekson-ekson.
Penyambungan ini sebagian besar dilakukan oleh kompleks enzim yang disebut spliceosome
di dalam nukleus. Spliceosome terdiri dari empat partikel ribonukleoprotein nukleus kecil
(small nuclear ribonucleoprotein particle, snRNP) berbeda yang bekerja sama membuat
ujung-ujung ekson pada transkrip (hasil transkripsi) primer berdekatan satu sama lain (lihat
Gambar 4-4). snRNP terdiri dari enam sampai sepuluh protein dan satu atau dua dari lima
RNA nukleus kecil (small nuclear,RNA, snRNA) yang dikenal dengan Ul, A2, U4, U5, dan
U6. snRNP biasanya dinamai sesuai snRNA yang dibawanya.

U1 snRNP akan berikatan dengan persambungan ekson-intron ujung 5', sedangkan

U5 snRNP berikatan dengan RNA di dekat persambungan intron-ekson ujung 3'. Sementara
itu, U4-U6 snRNP berikatan dekat U5, dan U2 akan berasosiasi dengan tempat di mana
nantinya terbentuk titik cabang lariat (lariat branch point, lihat Gambar 4-4b,c).
Spliceosome, khususnya U1 snRNP, akan memotong ujung 3' ekson (contohnya ekson 5
seperti pada Gambar 4-4c). U2 snRNA mengkatalisis pembentukan lariat, sementara itu U5
mengkatalisis pemotongan ujung 5' ekson 6 dan menyambung ekson 5 dengan ekson 6 (lihat
Gambar 4-4d).

Dalam kasus yang paling sederhara, spliceosome memicu pemotongan sebuah intron
di antara dua ekson lalu menyambungkan kedua ekson tersebut. Namun dalam kasus yang
lebih kompleks, spliceosome dapat melakukan penyambungan alternatif (alternative
splicing), yaitu penyambungan sebuah pra-mRNA menjadi kombinasi-kombinasi yang
berbeda dari ekson-ekson target. Kemudian mRNA akan ditranspor ke sitoplasma untuk
ditranslasi menjadi protein.