RESUME

ENZIM
Diajukan untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah
BIOKIMIA I
Dosen: Noor Novianawati, M.Pd.

Disusun Oleh :
Waroatun Nissa (150621009)
Siti Tanti (150621010)
Ghina Nadhiva (150621011)

PROGRAM STUDI PENDIDIKAN KIMIA

FAKULTAS KEGURUAN DAN ILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH CIREBON
2018
A. Enzim dan Fungsinya
Enzim adalah biokatalisator yang mempercepat laju reaksi kimia dalam tubuh,
dengan menurunkan energi aktivasi reaksi. atau protein tunggal atau gabungan dari
protein dan senyawa non-protein yang hanya dapat dihasilkan oleh makhluk hidup.
Enzim memiliki fungsi yaitu sebagai katalis untuk proses biokimia yang terjadi
dalam sel maupun di luar sel. Suatu enzim dapat mempercepat reaksi 108 sampai 1011
kali lebih cepat daripada apabila reaksi tersebut dilakukan tanpa katalis. Jadi enzim dapat
berfungsi sebagai katalis yang sangat efisien, disamping juga mempunyai derajat
kekhasan.

B. Sejarah Enzim
Enzim dikenal untuk pertama kalinya sebagai protein oleh Summer pada tahun
1926 yang telah berhasil mengisolasi urease dari ‘kara pedang’ (jack bean). Urease
adalah enzim yang dapat menguraikan urea menjadi CO2 dan NH3. Dari hasil penelitian
para ahli, diketahui bahwa enzim adalah protein yang mengkatalisis reaksi-reaksi
biokimia. Enzim biasanya terdapat dalam sel dengan konsentrasi yang sangat rendah,
dimana enzim dapat meningkatkan laju reaksi tanpa mengubah posisi kesetimbangan;
artinya baik laju reaksi maupun laju reaksi baliknya ditingkatkan dengan kelipatan yang
sama. Kelipatan ini biasanya di sekitar 103 sampai 1012.

C. Struktur Enzim
 Struktur enzim terdiri dari atas protein (apoenzim) dan bukan protein (kofaktor).
Gabungan keduanya dinamakan holoenzim. Gugus bukan protein yang dinamakan
kofaktor ada yang terikat kuat pada protein, ada pula yang tidak begitu kuat ikatannya.
Gugus yang terikat kuat pada bagian protein, artinya yang sukar terurai dalam larutan dan
disebut sebagai gugus prostetik, sedangkan yang tidak begitu kuat ikatannya (yang
mudah dipisahkan) secara dialisis disebut koenzim. Baik gugus prostetik maupun
koenzim merupakan bagian enzim yang memungkinkan enzim bekerja terhadap substrat,
yaitu zat-zat yang diubah atau direaksikan oleh enzim.

D. Kofaktor dan Koenzim

Sejumlah besar enzim membutuhkan suatu komponen lain untuk dapat berfungsi
sebagai katalis. Komponen ini secara umum disebut kofaktor. Kofaktor dapat dibagi
dalam tiga kelompok, yaitu :
1. Gugus prostetik.
Gugus prostetik yaitu kelompok kofaktor yang terikat pada enzim dan tidak mudah
terlepas dari enzimnya. Contohnya yaitu flavin adenin yang terikat pada enzim
suksinat dehidrogenase.
2. Koenzim
Koenzim merupakan molekul organik kecil yang tahan terhadap panas, mudah
terdisosiasi dan dapat dipisahkan dari enzimnya dengan cara dialisis. Contoh-contoh
koenzim yaitu NAD, NADP, asam tetra hidrofosfat, tiamin pirofosfat, dan ATP.
3. Aktivator
Aktivator pada umumnya ialah ion-ion logam yang dapat terikat atau mudah terlepas
dari enzim. Contoh aktivator logam yaitu K+, Mn2+ , Mg2+ , Cu2+ atau Zn2+.

E. Cara Kerja Enzim

1. Sisi aktif dapat diganggu oleh inhibitor kompetitif yang berstruktur sama dengan
substrat. Inhibitor akan mencegah substrat untuk berikatan dimana sisi alosterik dapat
diganggu oleh inhibitor.
2. Non-kompetitif yang berstruktur sama dengan kofaktor. Inhibitor akan mencegah
enzim untuk mengubah-ubah bentuk sisi aktif (kaku).
F. Tata Nama Enzim
Setiap enzim memiliki satu nama sistematik yang menunjukkan kelompok dan
sub kelompoknya. Contohnya pada laktat: NAD oksidoreduktase, mempunyai nomor
sistematik 1. 1. 1. 27. Angka pertama menunjukkan bahwa enzim itu termasuk kelompok
satu yaitu oksidoreduktase. Angka kedua menunjukkan sub kelompok yaitu gugus kimia
yang diubah –CHOH. Angka ketiga menunjukkan sub-sub kelompoknya yang
menunjukkan bahwa NAD atau NADP sebagai hidrogen akseptor. Angka keempat
menunjukkan enzim. Selain nama sistematik, juga dikenal nama trivial yang lebih pendek
dan lebih mudah dibanding nama sistematik, contoh enzim di atas lebih umum dikenal
sebagai laktat dehidrogenase.

G. Klasifikasi Enzim
Klasifikasi enzim menurut jenis reaksi yang dikatalis yaitu terdiri 6 kelompok utama:
1. Oksidoreduktasa, mengkatalisis reaksi reduksi oksidasi. Donor hidrogen atau donor
elektron adalah salah satu substratnya.
2. Transfer rasa, mengkatalisis reaksi transfer (pemindahan) gugus. Dengan bentuk
umum A - X + B, A + B –X
3. Hidrolasa, mengkatalisis reaksi hidrolisis. Pada C-C, C-N, C-O, dan ikatan lainnya.
4. Lyasa, pemutusan (bukan hidrolitik) Pada C-C, C-N, C-O, dan ikatan lainnya,
menyisakan ikatan rangkap dua; atau, penambahan gugus pada ikatan rangkap dua.
5. Isomerasa, perubahan, susunan geometris (spasial) pada suatu molekul.
6. Lygasa atau sintetasa, mengkatalisis reaksi penggabungan dua molekul.

H. Inhibisi
 Hambatan atau inhibisi pada suatu reaksi yang menggunakan enzim sebagai
katalis dapat terjadi apabila penggabungan substrat pada bagian enzim mengalami
hambatan. Molekul atau ion yang dapat menghambat reaksi tersebut dinamakan
inhibitor. Inhibitor akan berikatan dengan enzim membentuk kompleks enzim-inhibitor.
Hambatan terhadap aktifitas enzim dalam suatu reaksi kimia ini mempunyai arti yang
penting, karena hambatan tersebut juga merupakan mekanisme pengaturan-pengaturan
reaksi yang terjadi dalam tubuh kita.

Sebagian besar obat-obatan bertindak sebagai inhibitor enzim. Contohnya adalah

inhibitor yang digunakan sebagai obat aspirin. Aspirin menginhibisi enzim COX-1 dan COX-2 yang
memproduksi pembawa pesan peradangan prostaglandin, sehingga ia dapat menekan peradangan dan
rasa sakit. Namun,banyak pula inhibitor enzim lainnya yang beracun. Sebagai contohnya, sianida yang
merupakan inhibitor enzim ireversibel, akan bergabung dengan tembaga dan besi pada tapak aktif
enzim sitokrom c oksidase dan memblok pernafasan sel.

Proses inhibisi reaksi enzim ada dua macam : reversible dan ireversibel. Inhibisi
ireversibel biasanya berlangsung dalam proses destruksi atau modifikasi suatu gugus
fungsi dalam molekul enzim. Inhibisi reversible ditentukan secara kuantitatif dengan
menggunakan persamaan-persamaan kinetik Michaelis-Menten.

Jenis-jenis inihibitor yang diperkenalkan oleh W.W. Cleland, antara lain :

1. Inhibisi Irreversible (tidak dapat kembali).

Hambatan tidak reversible pada umumnya disebabkan oleh terjadinya

proses destruksi atau modifikasi sebuah gugus fungsi atau lebih yang terdapat
pada molekul enzim. Hambatan ini terjadi karena inhibitor bereaksi tidak
reversible dengan bagian tertentu pada enzim, sehingga mengakibatkan
berubahnya bentuk enzim. Dengan demikian mengurangi aktivitas katalik enzim
tersebut. Sebagai contoh, adalah senyawa diisoprofilfluorofosfat (DFP), yang
menghambat enzim asetilkolinesterase, yaitu enzim yang penting di dalam
transmisi impuls syaraf. Contoh lainnya adalah efloritina, obat yang digunakan
untuk mengobati penyakit yang disebabkan oleh protozoa African
trypanosomiasis. Penisilin dan Aspirin juga bekerja dengan cara yang sama.
 Senyawa obat ini terikat pada tapak aktif, dan enzim kemudian mengubah
inhibitor menjadi bentuk aktif yang bereaksi secara ireversibel dengan satu atau
lebih residu asam amino.

Inhibitor ireversibel biasanya memodifikasi kovalen enzim, dan karena itu

hambatan tidak dapat dikembalikan. Inhibitor ireversibel sering mengandung
kelompok fungsional reaktif seperti mustard nitrogen, aldehida, haloalkanes,
alkena, akseptor Michael, sulfonat fenil, atau fluorophosphonates. Penghambatan
ireversibel berbeda dari inaktivasi enzim ireversibel. Inhibitor ireversibel
umumnya spesifik untuk satu kelas dari enzim dan tidak menonaktifkan semua
protein, mereka tidak berfungsi dengan menghancurkan struktur protein tetapi
dengan secara khusus mengubah situs aktif dari target mereka. Misalnya, ekstrim
pH atau temperatur biasanya menyebabkan denaturasi dari semua struktur protein,
tapi ini merupakan efek non-spesifik.

2. Inhibisi reversible

Inhibitor reversible mengikat enzim dengan interaksi non-kovalen seperti

ikatan hidrogen, interaksi hidrofobik dan ikatan ion. Pada inhibitor reversible
dapat ditentukan secara kuantitatif dengan menggunakan persamaan kinetic
michalles- menten. Beberapa obligasi yang lemah antara inhibitor dan situs aktif
bergabung untuk menghasilkan kuat dan spesifik mengikat. Berbeda dengan
substrat dan inhibitor ireversibel, inhibitor reversibel umumnya tidak mengalami
reaksi kimia ketika terikat enzim dan dapat dengan mudah dihilangkan dengan
pengenceran atau dialysis. inhibitor kompetitif: substrat (S) dan inhibitor (I)
bersaing untuk situs aktif.

Ada dua macam inhibitor reversible enzim menurut pengaruh variasi

konsentrasi substrat, yaitu :

1) Inhibisi kompetitif
 Inhibitor kompetitif memiliki struktur kimia yang mirip dengan
substrat dan mengikat enzim pada active site yang sama dengan substrat
(tempat katalitik). Maka, inhibitor dan substrat akan bersaing untuk
memperebutkan tempat-tempat pengikatan yang sama pada permukaan
enzim. Pengaruh inhibitor bersaing ini tidak tergantung pada konsentrasi
inhibitor semata tetapi juga pada konsentrasi substrat. Contoh: rekasi inhibisi
asam malonat terhadap enzim terhadap enzim suksinat dehidrogenase.
Malonat sebagai inhibitor bersaing dan suksinat sebagai substrat terhadap
tempat active site.

Inhibisi kompetitif disebabkan karena ada molekul mirip dengan

substrat, yang dapat pula membentuk kompleks, yaitu kompleks enzim
inhibitor (EI) pembentukan kompleks ES, yaitu melalui penggabungan
inhibitor dengan enzim pada bagian aktif enzim. Dengan demikian terjadi
persaingan antara inhibitor dengan substrat terhadap bagian aktif enzim
melalui reaksi sebagai berikut :

E + S -------------- ES
E + I --------------- EI
Inhibitor ini menghalangi terbentuknya kompleks ES dengan cara
membentuk kompleks EI dan tidak dapat membentuk hasil reaksi ( P).

E + S -------------- ES ------------ E + P (membentuk hasil reaksi)

E + I -------------- EI ------------ ( tidak terbentuk hasil reaksi)

Dengan demikian adanya inhibitor bersaing dapat mengurangi peluang bagi

terbentuknya kompleks ES dan hal ini menyebabkan berkurangnya kecepatan
reaksi.

Pengaruh inhibitor bersaing ini tidak tergantung pada konsentrasi

inhibitor semata, tetapi juga pada konsentrasi substrat. Pengaruh inhibitor
dapat dihilangkan dengan cara menambah sustrat dalam konsentrasi besar.
Pada konsentrasi substrat yang sangat besar, peluang terbentuknya kompleks
ES juga makin besar. Kecepatan reaksi maksimum (Vmaks) dapat tercapai
pada konsentrasi substrat (s) pada reaksi yang dihambat oleh inhibitor
bersaing.

Pada inihibisi kompetitif, inhibitor dan substrat berkompetisi untuk

berikatan dengan enzim. Seringkali inhibitor kompetitif memiliki struktur
yang sangat mirip dengan substrat asli enzim. Sebagai contoh, metotreksat
adalah inihibitor kompetitif untuk enzim dihidrofolat reduktase. Kemiripan
antara struktur asam folat dengan obat ini ditunjukkan oleh gambar di
samping bawah. Perhatikan bahwa pengikatan inhibitor tidaklah perlu terjadi
pada tapak pengikatan substrat apabila pengikatan inihibitor mengubah
konformasi enzim, sehingga menghalangi pengikatan substrat. Pada inhibisi
kompetitif, kelajuan maksimal reaksi tidak berubah, namun memerlukan
konsentrasi substrat yang lebih tinggi untuk mencapai kelajuan maksimal
tersebut, sehingga meningkatkan Km.
 Koenzim asam folat (kiri) dan obat anti kanker metotreksat (kanan)
memiliki struktur yang sangat mirip. Oleh sebab itu, metotreksat adalah
inhibitor kompetitif bagi enzim yang menggunukan folat.

2) Inhibisi non-kompetitif

Inhibisi non-kompetitif tidak terdapat persaingan antara substrat dan

inhibitor. Pada reaksi ini, substrat dan inhibition masing-masing berikatan
dengan enzim pada tempat yang berbeda. Inhibitor dapat berikatan baik
dengan molekul enzim bebas maupun dengan kompleks ES. Kompleks EIS
yang terbentuk kemudian menjadi tidak aktif. Jenis inhibisi ini sangat jarang,
namun dapat terjadi pada enzim-enzim multimerik. Inhibitor nonkompetitif
yang reversible menurunkan percepatan reaksi maksimal yang diperoleh pada
pemberian sejumlah tertentu enzim ( Vmaks yang lebih rendah ) tetapi
biasanya tidak mempengaruhi Km, karena I dan S berikatan pada tempat
yang berlainan.
 Inhibisi non kompetitif adalah hambatan dimana inhibitor bereaksi
dengan suatu tempat diluar tempat aktif, sehingga kombinasi substrat dengan
enzim tidak dihalangi tetapi pemecahan kompleks enzim substrat di cegah.
Dalam hal ini tingkat inhibisi tidak akan bergantung pada substrat tetapi pada
konsentrasi inhibitor dan konstantadisosiasi inhibitor.

Pada penghambatan nonkompetitif, penghambat berikatan pada sisi

enzim selain sisi tempat substrat berikatan, mengubah konformasi molekul
enzim, sehingga mengakibatkan inaktifasi dapat balik sisi katalitik.
Penghambatan nonkompetitif berikatan secara dapat balik pada kedua
molekul enzim bebas dan kompleks ES, membentuk kompleks EI dan ESI
yang tidak aktif :

E + I ↔ EI

ES + I ↔ ESI

Inhibisi non-kompetitif dapat mengikat enzim pada saat yang sama

substrat berikatan dengan enzim. Baik kompleks EI dan ESI tidak aktif.
Karena inhibitor tidak dapat dilawan dengan peningkatan konsentrasi
substrat, Vmax reaksi berubah. Namun, karena substrat masih dapat
mengikat enzim, Km tetaplah sama.

3) Inhibisi campuran

Inhibisi jenis ini mirip dengan inhibisi non-kompetitif, kecuali

kompleks EIS memiliki aktivitas enzimatik residual.

Berikut adalah gambaran mengenai proses dari macam-macam inhibisi

enzim :
 Pada banyak organisme, inhibitor dapat merupakan bagian dari
mekanisme umpan balik. Jika enzim memproduksi terlalu banyak produk,
produk tersebut dapat berperan sebagai inhibitor bagi enzim tersebut. Hal
ini akan menyebabkan produksi produk melambat atau berhenti. Bentuk
umpan balik ini adalah umpan balik negatif. Enzim memiliki bentuk
regulasi seperti ini sering kali multimerik dan mempunyai tapak ikat
alosterik. Kurva substrat/kelajuan enzim ini tidak berbentuk
hiperbolamelainkan berbentuk S.

Keuntungan hambatan umpan balik adalah sebagai suatu

mekanisme yang cepat dan sensitive untuk menghindari sintetis yang
berlabihan daria suatu produk akhir, karena hambatan umpan balik ini
hanya akan terjadi jika produkakhir tersebutmulai terakumulasi karena
telah melampaui tingkat kebutuhan sel, kemudian jika senyawa produk
akhir ini telah berkurang maka hambatan oleh produk akhir ini juga akan
hilang dan enzim dapat aktif kembali.
I. Model Tindakan Enzim

1. Model Kunci dan anak kunci ( Lock and Key), model ini dikemukakan oleh Fisher.
Artinya pengikatan substrat dan enzim ditentukan oleh persisnya struktur sisi aktif dan substrat.
Sering disebut model kaku karena hanya berguna untuk menerangkan mekanisme kerja enzim-
enzim tertentu.
2. Model Induced-fit, diajukan oleh Daniel Koshland. Merupakan model yang luwes karena sisi
pengikat substrat bukan merupakan struktur yang kaku. Sisi aktifnya dapat mengalami perubahan
konformasi sampai membentuk kedudukan yang tepat agar enzim dan substrat membentuk ikatan.

J. Kinetika Enzim
Kinetika enzim menginvestigasi bagaimana enzim mengikat substrat dengan
mengubahnya menjadi produk. Data laju yang digunakan dalam analisis kinetika
didapatkan dari asai enzim

Pada tahun 1902, Victor Henri mengajukan suatu teori kinetika enzim yang
kuantitatif, namun data eksperimennya tidak berguna karena perhatian pada konsentrasi
ion hidrogen pada saat itu masih belum dititikberatkan. Setelah Peter Lauritz
Sørensenmenentukan skala pH logaritmik dan memperkenalkan konsep penyanggaan
 (buffering) pada tahun 1909, kimiawan Jerman Leonor Michaelis dan murid bimbingan
pascadokotoralnya yang berasal dari Kanada, Maud Leonora Menten, mengulangi
eksperimen Henri dan mengkonfirmasi persamaan Henri. Persamaan ini kemudian
dikenal dengan namaKinetika Henri-Michaelis-Menten (kadang-kadang juga hanya
disebut kinetika Michaelis-Menten). Hasil kerja mereka kemudian dikembangkan lebih
jauh oleh G. E. BriggsdanJ. B. S. Haldane. Penurunan persamaan kinetika yang
diturunkan mereka masih digunakan secara meluas sampai sekarang.

Salah satu kontribusi utama Henri pada kinetika enzim adalah memandang reaksi
enzim sebagai dua tahapan. Pada tahap pertama, subtrat terikat ke enzim secara
reversible, membentuk kompleks enzim-substrat. Kompleks ini kadang-kadang disebut
sebagai kompleks Michaelis. Enzim kemudian mengatalisasi reaksi kimia dan
melepaskan produk.

Kurva kejenuhan suatu reaksi enzim yang menunjukkan relasi antara konsentrasi substrat
(S) dengan kelajuan (v).

K. The Michaelis – Menten Equation

Enzim dapat mengatalisasi reaksi dengan kelajuan mencapai jutaan reaksi per
detik. Sebagai contoh, tanpa keberadaan enzim, reaksi yang dikatalisasi oleh enzim
orotidina 5'-fosfat dekarboksilase akan memerlukan waktu 78 juta tahun untuk mengubah
50% substrat menjadi produk. Namun, apabila enzim tersebut ditambahkan, proses ini
hanya memerlukan waktu 25 milidetik. Laju reaksi bergantung pada kondisi larutan dan
konsentrasi substrat. Kondisi-kondisi yang menyebabkan denaturasi protein seperti
temperatur tinggi, konsentrasi garam yang tinggi, dan nilai pH yang terlalu tinggi atau
terlalu rendah akan menghilangkan aktivitas enzim. Sedangkan peningkatan konsentrasi
substrat cenderung meningkatkan aktivitasnya. Untuk menentukan kelajuan maksimum
suatu reaksi enzimatik, konsentrasi substrat ditingkatkan sampai laju pembentukan
produk yang terpantau menjadi konstan. Hal ini ditunjukkan oleh kurva kejenuhan di
samping. Kejenuhan terjadi karena seiring dengan meningkatnya konsentrasi substrat,
semakin banyak enzim bebas yang diubah menjadi kompleks substrate-enzim ES. Pada
kelajuan yang maksimum (Vmax), semua tapak aktif enzim akan berikatan dengan
substrat, dan jumlah kompleks ES adalah sama dengan jumlah total enzim yang ada.
Namun, Vmax hanyalah salah satu konstanta kinetika enzim. Jumlah substrat yang
diperlukan untuk mencapai nilai kelajuan reaksi tertentu jugalah penting. Hal ini
diekspresikan oleh konstanta Michaelis-Menten (Km), yang merupakan konsentrasi
substrat yang diperlukan oleh suatu enzim untuk mencapai setengah kelajuan
maksimumnya. Setiap enzim memiliki nilai Km yang berbeda-beda untuk suatu subtrat,
dan ini dapat menunjukkan seberapa kuatnya pengikatan substrat ke enzim. Konstanta
lainnya yang juga berguna adalah kcat, yang merupakan jumlah molekul substrat yang
dapat ditangani oleh satu tapak aktif per detik.
Efisiensi suatu enzim diekspresikan oleh kcat/Km. Ia juga disebut sebagai konstanta
kespesifikan dan memasukkan tetapan kelajuan semua langkah reaksi. Karena konstanta
kespesifikan mencermikan kemampuan katalitik dan afinitas, ia dapat digunakan untuk
membandingkan enzim yang satu dengan enzim yang lain, ataupun enzim yang sama
dengan substrat yang berbeda. Konstanta kespesifikan maksimum teoritis disebut limit
difusi dan nilainya sekitar 108 sampai 109 (M-1 s-1). Pada titik ini, setiap penumbukkan
enzim dengan substratnya akan menyebabkan katalisis, dan laju pembentukan produk
tidak dibatasi oleh laju reaksi, melainkan oleh laju difusi. Enzim dengan sifat demikian
disebut secara katalitik sempurna ataupun secara kinetika sempurna. Contoh enzim yang
memiliki sifat seperti ini adalah karbonat anhidrase, asetilkolinesterase, katalase,
fumarase, β-laktamase, dan superoksida dismutase.
Kinetika Michaelis-Menten bergantung pada hukum aksi massa, yang diturunkan
berdasarkan asumsi difusi bebas dan pertumbukan acak yang didorong secara
termodinamik. Namun, banyak proses-proses biokimia dan selular yang menyimpang
dari kondisi ideal ini, disebabkan oleh kesesakan makromolekuler (macromolecular
crowding), perpisahan fase enzim/substrat/produk, dan pergerakan molekul secara satu
atau dua dimensi. Pada situasi seperti ini, kinetika Michaelis-Mentenfraktal dapat
diterapkan.
Beberapa enzim beroperasi dengan kinetika yang lebih cepat daripada laju difusi.
Hal ini tampaknya sangat tidak mungkin. Beberapa mekanisme telah diajukan untuk
menjelaskan fenomena ini. Beberapa protein dipercayai mempercepat katalisis dengan
menarik substratnya dan melakukan pra-orientasi substrat menggunakan medan listrik
dipolar. Model lainnya menggunakan penjelasan penerowongan kuantum mekanika,
walaupun penjelasan ini masih kontroversial. Penerowongan kuantum untuk proton telah
terpantau pada triptamina.
 DAFTAR PUSTAKA

Lehninger, A.L. (1982). Dasar-dasar Biokimia. Terjemahan oleh Maggy Thenawidjaja. Jakarta:
Erlangga.
Page, David S.(1989). Prinsip-Prinsip Biokimia Edisi Kedua. Jakarta:Erlangga