Pada tahun 1628 dan 1629, Mataram melancarkan serangan besar-besaran terhadap VOC
di Batavia. Sultan Agung mengirimkan ribuan prajurit untuk menggempur Batavia dari
darat dan laut. Tahun 1628 perlawanan mengalami kegagalan karena kurangnya
persediaan makanan, 1629 berhasil menghancurkan benteng Hollandia
2. Perlawanan Rakyat Makasar
Di Sulawesi Selatan VOC mendapat perlawanan dari rakyat Indonesia di bawah pimpinan
Sultan Hassanuddin. Namun Sultan Hassanudin dapat dikalahkan VOC dengan politik
adu dombanya antara Sultan Hassanudin dengan Aru Palaka Perlawanan terhadap VOC
di Pasuruan Jawa Timur dipimpin oleh Untung Suropati.
3. Perlawanan Rakyat Banten
Tahun 1816 VOC datang dan menguasai Maluku. Dipimpin oleh Thomas Matulessi
(Kapten Pattimura), rakyat Maluku melakukan perlawanan pada tahun 1817. Pattimura
dibantu oleh Anthony Ribok, Philip Latumahina, Ulupaha, Paulus Tiahahu, dan seorang
pejuang wanita Christina Martha Tiahahu. Pada tanggal 16 Desember 1817, Pattimura
dihukum gantung di depan Benteng Victoria di Ambon.
Perang Padri bermula dari pertentangan antara kaum adat dan kaum agama (kaumPadri).
Kaum Padri ingin memurnikan pelaksanaan agama Islam. Gerakan Padri itu ditentang
oleh kaum adat. Kaum adat minta bantuan kepada Belanda dengan imbalan sebagian
wilayah Minangkabau. Pasukan Padri dipimpin oleh Datuk Bandaro. Setelah beliau wafat
diganti oleh Tuanku Imam Bonjol. Pasukan Padri dengan taktik perang gerilya, berhasil
mengacaukan pasukan Belanda. Pada tahun 1825 terjadi gencatan senjata.