Hibridisasi dari DNA menggunakan Southern Blot

Jika kita mempunyai DNA utas ganda dan dupisahkan menjadi utas tunggal kemudian dicampur
sebelumya didinginkan dan ditempelkan kembali. Jika terdapat molekul DNA yang original yang
mempunyai sekuen yang mirip. Utas tunggal dari berbagai banyak bangian dengan utas lawannya
dari berbagai DNA molekul. Lawan itu diketahui sebagai proses hibridisasi dan dapat digunakan utuk
menentukan berbagai sekuen, dipisahkan sampel yang berhubungan dari DNA dan RNA. Percobaan
hibridisasi, yang diartikan digunakan untuk megetahui sekuen DNA atau gen yang digunakan untuk
memilih sampel atau memilih DNA yang mirip.melekul probe Southern blot digunakan untuk
menentukan hubungan DNA dengan DNA yang lainnya dari berbgai sumber. Teknik ini diikuti dengan
membentuk molekul DNA berpasangan melalui pencampuran DNA dari berbagai sumber. Analisis ini
menggunakan dua komponen, Probe (berisikan sekuen dari gen yang menarik) dan DNA target
(berasalkan dari berbagai organism). Sourthern dimulai dengan isolasi DNA target, DNA hasil isolasi
kemudian dipotong dengan enzim restriksi, dan potongan DNA divisualisasi kedalam elektroforesis.
Hasil elektroforesis direndam kedalam larutan asam pekat, yag bertujuan untuk memecah ikatan
ganda DNA menjadi utas tunggal. Melalui prinsip kalilaritas, DNA dalam gel dipindahkan kedalam
membrane.

Gambar 1. Capilaritas, Transfer DNA dari Gel ke Membran. DNA utas tunggal dari sebuah gel akan
dipindahkan ke membrane. Pada kertas filter menempel pada buffer dari tank, membawa gel dan
membrane dan sampai ke kertas towel, DNA utas tunggal juka mengantarkan dari gel dan tongkat
untuk membrane. Berat diatas menekan membrane dan gel menyentuh dan membantu DNA gel ke
membrane.

Kemudian, probe dipersiapkan. Pertama, mengetahui sekuen atau gen harus diisolasi dan ditandai
disalahsatu sisi (penanda menggunakan radioaktif, atau alkaline phosphatase). Mengidentidfikasi
gen yang sekarang telah menjadi mudah bahawa banyak genom sudah diketahui urutan sekuennya.
Probe dapat dibuat sekuen oligonukleotida yang unik dan diatur hanya untuk gen yang kita
targetkan. Jika prob yang digunakan berisikan ologinuklotida yang umum maka probe akan
menempel disembarang tempat. Bagaimanapun juga oligonukleotidan yang digunakan probe
aruslah panjang dan hanya menempel pada satu tempat, sepesifik tempat didalam suatu target
genom. Probe dipersiapkan untuk shorthorn, mereka ditandai menggunakan radio aktiv, biotin atau
digoxigenin. Akhirnya pelabelan DNA didenaturasi pada suhu tinggi untuk membuat utas tunggal.
Analisis ini untuk dapat berhasil maka probe dan DNA utas ganda diinkubasikan pada temperature
yang diikuti perkawinan utas DNA untuk membentuk tetapi diikuti jumlah yang rendah dari ketidak
cocokkan. Toleransi suhu dan ketidak cocokan, kemudian berhubungan berbagai jenis bagaimana
mencari kesepesifikan. Jika probe ditempeli dengan radioaktif bahwa membrane divisualisasi ke X
ray.
Gambar 2. Molekul DNA dikawinkan dengan probe dapar untuk menditeksi yang dihubungkan
dengan sekuen didalam southern blot.

Southern bloting digunakan target untuk fragemt yang kecil dan run diagarose gel. Fragment
dideaturasi secara kimia untuk membawa utas tunggal dan dipindahkan ke membrane nylon. Sebuah
probe radioaktif diinkubasikan dengan membrane pada temperature untuk mengikuti hibridisasi
untuk membentuk. Sejak di filemkan photografik adalah ditempatkan dibagian atas membrane,
lokasi dari hibridisasi radioaktiv melekul adalah relevan. Probe juga dapat ditempeli dengan biotin
atau digoxigenin pada membrane dalam fisualisasi digunakan chemiluminescent untuk menditeksi
probe dan divisualisasi di x ray. Band hitam pada filem sehingga dapat diketahui posisi fragment
dengan sekuen yang mirip dengan probe. Alternatifnya, label biotin dan digoxigenin kemungkinan
divisualisasikan melalui perlakuan dengan sebuah substrad chromogenic. Hasil visualisasinya band
nya biru akan dibentuk secara langsung dimembran pada posisi sekuen yang berhubungan.

Animasi Southern blot