Pencernaan protein dimulai di lambung yaitu oleh bantuan enzim pepsin dan
disekresi dalam bentuk tidak aktif yaitu pepsinogen. Kondisi lambung yang asam
akan mengaktifkan pepsinogen menjadi pepsin. Pepsin memecah protein menjadi
polipeptida.
Asam amino kemudian diabsorpsi ke dalam kapiler darah usus halus. Protein yang
tidak dapat terurai bersamaan dengan yang lainnya akan bercampur dengan air
dan akan masuk ke dalam kolon atau usus besar.