Nama/ NIM : Listia Adhayul Faridah/ 150341806622 Tanggal : 29 April 2016

Kelas : S2 Pendidikan Biologi Off. C

RESUME 14
BAB IX (ENZIM-ENZIM PADA PROSES REKOMBINASI)
DAN X (BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI)

A. Enzim-enzim pada Proses Rekombinasi

Keberadaan beberapa enzim mempengaruhi proses rekombinasi. Enzim dikodekan oleh
beberapa atau banyak gen. Pada Mutan E.coli proses rekombinasi tidak dapat terjadi terkait
beberapa gen. Enzim-enzim yang terlibat dalam prose rekombinasi disajikan pada Tabel 1.
Tabel 1. Enzim yang Terlibat Pada Proses Rekombinasi

Protein
Fungsi
recA - Berperan dalam rekombinasi (mengkatalisasisuatu transfer unting sehingga terbentuk
struktur holiday (jembatan silang) yang diikuti dengan migrasi jembatan silang)

- Proses
 Protein berikatan dengan unting tunggal/ ganda DNA
 Menggunakan energi dari hidrolisis ATP untuk membuka unting ganda
 Memungkinkan terjadinya sinapsis molekul DNA yang memiliki pasangan yang mirip
- Perbaikan DNA (fungsi perbaikan diaktivasi oleh unting tunggal), aktivitas proteolitik
memotong sekurang-kurangnya dua represor, misal represor lambda (induksi profag).
recBC - Akan berfungsi setelah recA bekerja
- Mengkode subunit suatu nuklease yang tergantung ATP
- Diduga juga memotong jembatan silang pada struktur holiday
- Membuka lilitan DNA (memotong unting tunggal DNA)
lex A - Represor yang mengatur tingkat ekspresi gen recA maupun sejumlah gen yang terlibat
dalam proses perbaikan DNA
- Fungsi SOS/ fungsi survival
Neuklease Memotong sambungan holiday
SSB Membantu fungsi protein enzim recA
DNA Menyambung bagian yang hilang akibat DNA rekombinan terpotong
polimerase
DNA ligase Menutup celah yang tertinggal setelah enzim DNA polimerase bekerja
Enzim - Membantu insersi DNA fag ke dalam genom bakteri
integrase - Berperan dalam proses penggabungan
- Berperan sebagai enzim topoisomerase (membuat suatu pemutusan, posisi tidak
berhadap-hadapan, jarak antara kedua tempat terpotong sejauh 7 nukleotida).
IHF Membantu insersi DNA fag ke dalam genom bakteri
Eksionase Membantu enzim integrase mengkatalisasi rekombinasi melibatkan tapak-tapak pelekatan
hibrid dan profag.
Terdapat sumber lain yang menyatakan bahwa jika recA dan recB tidak ada, maka
hasil rekombinasi akan berkurang, bisa sampai ratusan kali lebih rendah.
B. BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG REKOMBINASI
Rekombinasi tapak spesifik
Rekombinasi tapak spesifik adalah rekombinasi yang selalu terjadi pada tapak-tapak
khusus atau urutan-urutan molekul DNA tertentu. Mekanisme pada rekombinasi tapak
berbeda dengan rekombinasi pada umumnya karena tidak membutuhkan fungsi protein recA,
Nama/ NIM : Listia Adhayul Faridah/ 150341806622 Tanggal : 29 April 2016
Kelas : S2 Pendidikan Biologi Off. C

recB, DAN RecC. Contoh rekombinasi tapak spesifik adalah integrasi DNA fag ke genom
bakteri.
Rekombinasi spesifik tapak menjamin penataan kembali DNA yang teliti
Pada kasus-kasus tertentu, peristiwa rekombinasi terlibat dalam perbaikan molekul
DNA. Proses rekombinasi tertata secara teliti untuk menata kembali urutan-urutan DNA.
Rekombinasi spesifik tapak mengatur ekspresi gen
Pada proses rekombinasi yang melibatkan dua tapak alternatif kejadian rekombinasi
dipenagruhi oleh orientasi tapak. Apakah akan berakibat inversi atau terlepasnya segmen
pada proses rekombinasi. Sel memanfaatkan inversi untuk memilih susunan DNA yang
memungkinkan dua/ perangkat protein untuk diekspresikan. Contoh: antigen flagel pada
Salmonella. Variasi fase Salmonella dipengaruhi oleh ekspresi dua protein falgel, yaitu H1
dan H2. Pada waktu tertentu protein akan mengekspresikan salah satu protein dan tidak
pernah mengekpresikan kedua protein dalam waktu yang bersamaan.
Rekombinasi memperbaiki molekul DNA yang rusak
Dugaan saat ini, pindah silang memiliki peranan paling vital dalam perbaikan DNA
yang rusak. Rekombinasi berusaha menutupi celah pada molekul DNA. Celah diisi oleh
unting DNA yang homolog. Proses perbaikan dengan pindah silang terlihat pada Gambar 1.

Gambar 1. Bagan kejadian yang sangat memungkinkan inisiasi rekombinasi yang bermula pada suatu
celah pada kondisi in vivo (Watson, dkk., 1987 dalam Corebima, 2000).
Nama/ NIM : Listia Adhayul Faridah/ 150341806622 Tanggal : 29 April 2016
Kelas : S2 Pendidikan Biologi Off. C

Rekombinasi selalu bersifat resiprok pada tapak pindah silang: konversi gen
Konversi gen adalah peristiwa rekombinasi yang nonresiprok terjadi antara dua tapak
berdekatan dalam satu gen. Konversi gen dapat terjadi akibat adanya pemotongan DNA dan
sintesis perbaikan DNA yang terjadi pada daerah heterodupleks selama proses pemutusan
atau penyambungan. Contoh dari konversi gen adalah persilangan dua mutan Saccaromyces
cerevisae (m1 dan m2). Disilangkan m1+ m2 >< m1 m2+ , maka dijumpai askus yang
mengandung pasangan sporal m1 + m2, m1 + m2+, serta m1 m2+. Dalam hal ini, spora-spora
mutan ganda m1 m2 yang merupakan hasil rekombinasi resiprok tidak ada dalam askus. Rasio
m1+ : m2 adalah 3 : 1 bukan 2 : 2 seperti yang diharapkan. Hal ini adalah akibat rekombinasi
yang tidak resiprok.
Rekombinasi illegitimate
Rekombinasi illegitimate merupakan peristiwa rekombinasi yang terjadi antara
molekul-molekul DNA non homolog. Contohnya adalah insersi elemn transposabel yang
tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC.
Rekombinasi independen terhadap replikasi DNA
Kejadian rekombinasi tidak bergantung/ tidak terkait dengan peristiwa replikasi DNA.
Contohnya adalah dua genotip fag a+ dan b+ yang menginfeksi suatu sel inang yang tumbuh
dalam medium ringan dan setelah diamati genotip partikel fag tidak bereplikasi.

Pertanyaan
1. Jelaskan kaitan antara tapak attP dan attB dengan laju rekombinasi?
Jawab
attP adalah tapak pada genom fag λ yang terdiri dari 250 pasang nukleotida dan attB
adalah tapak pada genom bakteri E.coli yang terdiri dari 20 pasang nukleotida. Jika
urutan pada kedua tapak mengalami perubahan maka laju rekombinasi akan berkurang.
Namun, jika terjadi perubahan hanya pada sedikit tapak, maka laju rekombinasi akan
berjalan dengan efisien. Hal ini disebabkan karena enzim integrase yang berperan dalam
proses rekombinasi membutuhkan suatu homologi urutan-urutan khas yang merupakan
tempat pengikatannya.
2. Bagaimana proses rekombinasi dapat memperbaiki molekul DNA yang rusak?
Jawab
Nama/ NIM : Listia Adhayul Faridah/ 150341806622 Tanggal : 29 April 2016
Kelas : S2 Pendidikan Biologi Off. C

Proses rekombinasi dalam memperbaiki molekul DNA yang rusak salah satunya dapat
terjadi dengan mekanisme pindah silang. Pindah silang sering dikatakan dapat
menimbulkan keanekaragaman variasi. Akan tetapi, mekanisme pindah silang juga dapat
memperbaiki susunan DNA yang rusak. Proses rekombinasi dalam memperbaiki molekul
DNA yang rusak diawali dengan penutupan celah pada molekul DNA yang diisi dengan
DNA yang berasal dari salah satu unting yang homolog. Perbaikan tetap terjadi tidak
bergantung apakah perantara itu dipotong untuk menukar lengan samping dari kedua
helix. Informasi genetik pada tempat cacat dapat dibetulkan dengan cara membuangnya
melalui rekombinasi dari suatu duplex homolog.

DAFTAR PUSTAKA
Corebima, A.D. 2000. Genetika Mutasi dan Rekombinasi. Malang: Jurusan Biologi FMIPA
Universitas Negeri Malang
REKOMBINASI
BAB IX DAN X

OLEH
LISTIA ADHAYUL FARIDAH
 BAB IX:
Enzim-enzim Pada Proses Rekombinasi
• Kejadian rekombinasi umum dikatalisasi oleh
enzim-enzim
• Enzim dikodekan oleh beberapa atau banyak gen
• Enzim-enzim tersebut meliputi:
 recA DNA polimerase
 recB DNA ligase
 recC Enzim integrase
 Lex A IHF
Eksionase
 Nuklease
 SSB
recA  Berperan dalam rekombinasi,mengkatalisasi suatu
transfer unting sehingga terbentuk struktur holiday
yang diikuti dengan migrasi jembatan silang

Gambar 9.1
Protein recA manperantarai dua kejadian transfer
unting dalam ragka pembentukan jembatan silang
struktur Holliday.
Tahap 1: Transfer suatu unting tunggal di dalam DNA
unting ganda menuju ke suatu daerah
komplementer dari suatu molekul yang
memiliki celah pada satu untingnya;
Tahap 2: Transfer unting resiprok membentuk suatu
jembatan silang yang akan bermigrasi
sepanjang daerah unting ganda dari ke dua
molekul DNA
recA Suatu enzim yang berperan pada perbaikan DNA

• Misalnya setelah sel-sel E. coli diperlakukan dengan UV

maupun dengan agen-agen kimiawi
• Fungsi perbaikan ini diaktivasi oleh DNA unting tunggal
• Aktivasi proteolitik itu memotong sekurang-kurangnya dua
macam molekul represor
recBC
Fungsi
• Akan berfungsi setelah recA bekerja
• Mengkode subunit suatu nuklease yang tergantung ATP
• Diduga juga memotong jembatan silang pada struktur holiday
• Membuka lilitan DNA (memotong unting tunggal DNA)
 Lex A

FUNGSI  Represor yang mengatur tingkat ekspresi gen recA maupun

sejumlah gen yang terlibat dalam proses perbaikan DNA
Fungsi SOS/ fungsi survival

• Apabila dalam keadaan normal represor lex A hanya mengkondisikan

ekspresi gen recA pada tingkat rendah tetapi menghasilkan cukup
protein recA yang dibutuhkan pada rekombinasi umum (lazim)
• Bila sel terancam mengalami kerusakan DNA, maka aktivitas
proteolitik protein recA diaktivasi untuk menghancurkan represor lex
A
 ENZIM LAIN YANG TERLIBAT

Neuklease Memotong sambungan holiday

SSB Membantu fungsi protein enzim recA
DNA Menyambung bagian yang hilang akibat DNA rekombinan
polimerase terpotong
DNA ligase Menutup celah yang tertinggal setelah enzim DNA polimerase
bekerja
Enzim - Membantu insersi DNA fag ke dalam genom bakteri
integrase - Berperan dalam proses penggabungan
- Berperan sebagai enzim topoisomerase (membuat suatu
pemutusan, posisi tidak berhadap-hadapan, jarak antara
kedua tempat terpotong sejauh 7 nukleotida).

IHF Membantu insersi DNA fag ke dalam genom bakteri

Eksionase Membantu enzim integrase mengkatalisasi rekombinasi
melibatkan tapak-tapak pelekatan hibrid dan profag.
 Insersi genome fag λ

Enzim integrase Integration Host Factor

Terjadi pada tapak-tapak spesifik attP dan attB

Enzim Integrase Enzim topoisomerase
Dapat berperan sebagai

Membuat suatu pemutusan dengan posisi menyamping (tidak saling

berhadapan)

Jarak antar dua tempat yang terpotong adalah 7 nukleotida

Pemutusan unting DNA terjadi pada tapak attP dan attB (Jika
rekombinasi melibatkan genom fag maupun genom bakteri)
 Telah diketahui, jika suatu profag λ diinduksi untuk tumbuh

Maka keadaannya yang terintegrasi akan beralih dari peristiwa itu

Eksisi

DNA fag maupun bakteri terpisah antara satu dengan lainnya

Profag memulai eksisi dengan cara mengekspresikan suatu protein yang

disebut eksinonase
 Eksionase
keberadaannya

Memungkinkan enzim integrase mengkatalisir rekombinasi yang

melibatkan tapak-tapak pelekatan hibrid dari profag

Kompleks gabungan enzim integrase dan eksionase berikatan erat

pada suatu tapak hibrid bakteri profag. Keunikan yang berubah ini
mendukung kemampuan enzim untuk melakukan reaksi yang
sebaliknya (reverse)
 BAB X: BEBERAPA HAL SPESIFIK TENTANG
REKOMBINASI

REKOMBINASI TAPAK SPESIFIK

• Rekombinasi yang selalu terjadi pada tapak-tapak
khusus atau pada urut-urutan molekul DNA
tertentu
• Rekombinasi tapak spesifik adalah integrasi DNA
fag ke genom bakteri (Hampir selalu terjadi pada
tapak attB pada lokus gal & bio).
• JIKA DELESI:
Integrasi fag terjadi pada banyak tapak lain, tapi
frekuensinya rendah
•
 REKOMBINASI TAPAK SPESIFIK

Rekombinasi spesifik tapak menjamin penataan kembali

DNA yang teliti

• Pada kasus-kasus tertentu, peristiwa rekombinasi

terlibat dalam perbaikan molekul DNA. Proses
rekombinasi tertata secara teliti untuk menata
kembali urutan-urutan DNA.
 REKOMBINASI TAPAK SPESIFIK

Rekombinasi spesifik tapak mengatur ekspresi gen

• Pada proses
rekombinasi yang
melibatkan dua tapak
alternatif kejadian
rekombinasi
dipengaruhi oleh
orientasi tapak.
• Bisa terlepasnya
segmen
• Terjadinya inversi
Rekombinasi Memperbaiki Molekul DNA yang
Rusak
Asumsi Awal:
PERAN
Rekombinasi hanya berperan dalam
menghasilkan keanekara-gaman genetik

Sekarang:

Diketahui bahwa fungsi paling vital dari

rekombinasi adalah memperbaiki kerusakan
DNA
 Bagan
Peristiwa
Rekombinasi

www.themegallery.com
 Rekombinasi Tidak Selalu Bersifat Resiprok pada Tapak
Pindah Silang
• Konversi gen adalah peristiwa rekombinasi yang nonresiprok terjadi
antara dua tapak berdekatan dalam satu gen.
• Konversi gen dapat terjadi akibat adanya pemotongan DNA dan
sintesis perbaikan DNA yang terjadi pada daerah heterodupleks
selama proses pemutusan atau penyambungan
• Contoh
persilangan dua mutan Saccaromyces cerevisae (m1 dan m2).
Disilangkan m1+ m2 >< m1 m2+ , maka dijumpai askus yang
mengandung pasangan sporal m1 + m2, m1 + m2+, serta m1 m2+. Dalam
hal ini, spora-spora mutan ganda m1 m2 yang merupakan hasil
rekombinasi resiprok tidak ada dalam askus. Rasio m1+ : m2 adalah 3
: 1 bukan 2 : 2 seperti yang diharapkan. Hal ini adalah akibat
rekombinasi yang tidak resiprok.
 Illegitimate Recombination

Rekombinasi yang terjadi antara molekul-molekul DNA non

homolog.
Tidak sama dengan rekombinasi pada umumnya
Contoh:
• Insersi elemen transposabel (Is ke dalam lokus gen sehingga
fungsi gen akan terganggu atau hilang.
• Tidak membutuhkan fungsi protein recA, recB, dan recC.
Rekombinasi Independen terhadap Replikasi DNA

Telaah-telaah BUKTI:
rekombinasi
menunjukkan:
Dua genotip fag, misal a+ & b+
 menginfeksi sel inang
 Rekombinasi tidak
terkait dengan
peristiwa replikasi DNA
Pengamatan pada partikel-
partikel fag yang tidak bereplikasi
 Beberapa diantaranya
bergenotip ++
TERIMA KASIH