MEKANISME REPARASI DNA ATAU PERBAIKAN DNA

DI SUSUN OLEH :
NAMA : Dina F. Padatindo

NIM : 201504012

PRODI : FARMASI

SEMESTER : V ( LIMA )

MATA KULIAH : BIOLOGI MOLEKULER

YAYASAN PEMBERDAYAN MASYRAKAT PAPUA (YPMP)

SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN (STIKES) PAPUA SORONG

PRODI FARMASI

2018
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur ke hadirat Tuhan Yang Maha ESA atas yang telah
memberikan kesehatan, kepintaran, kekuatan. Sehingga penulis dapat
menyelesaikan makalah ini dengan judul “MEKANISME REPARASI DNA“.

Tidak lupa penulis sampaikan terimakasih kepada dosen pembimbing yang

telah membantu dan membimbing penulis dalam mengerjakan makalah ini hingga
terselesaikan makalah ini sampai selesai. Karena itu penulis berharap semoga
makalah ini dapat menjadi sesuatu yang berguna bagi kita bersama.

Penulis menyadari bahwa dalam menyusun karya tulis ini masih jauh dari
kesempurnaan, untuk itu penulis sangat mengharapkan kritik dan saran yang
bersifat membangun guna sempurnanya makalah ini bermanfaat bagi penulis
khususnya dan bagi pembaca.
 BAB I

PENDAHULUAN

A. LATAR BELAKANG
DNA merupakan singkatan dari deoxyribonucleic acid atau dalam Bahasa
Indonesia disebut asam deoksiribonukleat. DNA berasal dari tiga kata utama
yaitu deoxyribo, dan nucleid acid (asam nukleat). Arti kata deoxyribo adalah gula
yang kehilangan atom oksigennya, sementara arti kata asam nukleat adalah
molekul yang mengandung informasi genetik. DNA juga dapat diartikan sebagai
senyawa kimia pembentuk keterangan genetik suatu sel makhluk hidup, yang
berlaku sebagai generasi ke generasi berikutnya. DNA sebagai cetak biru atau blue
print dimana kode kehidupan setiap makhluk hidup yang tercatat dalam sel.
Molekul-molekul DNA di tubuh kita tersusun dalam paket-paket yang
disebut kromosom. Setiap manusia memiliki 23 pasang kromosom. Satu dari 23
pasang kromosom itu, yang disebut kromosom seks, berbeda pada pria dan wanita.
Wanita memiliki dua kromosom X, laki-laki memiliki kromosom X dan Y. Setiap
organisme memiliki jumlah kromosom yang berbeda. Misalnya, simpanze
memiliki 24 pasang, pisang 11 pasang, dan lalat hanya 4 pasang.
Selanjutnya, kromosom tersusun dalam segmen-segmen pendek DNA yang
disebut gen. Bila DNA adalah buku resep, maka setiap gen adalah resepnya. Resep
ini memberitahu sel-sel bagaimana menjalankan fungsi dan mengekspresikan sifat
tertentu. Manusia memiliki sekitar 25.000 gen. Gen inilah yang menentukan warna
rambut, jenis rambut, warna kulit, warna mata, dll. Misalnya, seseorang memiliki
rambut hitam keriting karena gen-gen yang diwarisi dari orangtuanya
menginstruksikan sel-sel folikel rambut untuk membentuk rambut hitam dan
keriting.
B. RUMUSAN MASALAH
1. Apa yang dimaksud dengan kerusakan DNA?
2. Bagaimana mekanisme reparasi DNA ?
3. Apa saja protein yang berperan dalam reparasi DNA ?

C. TUJUAN
1. Untuk mengetahui terjadinya kerusakan DNA
2. Untuk mengetahui bagaimana mekanisme reparasi DNA
3. Untuk mengetahui apa sajayang berperan dalam repirasi DNA
 BAB II

PEMBAHASAN

DNA juga dapat diartikan sebagai senyawa kimia pembentuk keterangan genetik
suatu sel makhluk hidup, yang berlaku sebagai generasi ke generasi berikutnya. DNA
sebagai cetak biru atau blue print dimana kode kehidupan setiap makhluk hidup yang
tercatat dalam sel DNA merupakan singkatan dari deoxyribonucleic acid atau dalam
Bahasa Indonesia disebut asam deoksiribonukleat. DNA berasal dari tiga kata utama
yaitu deoxyribo, dan nucleid acid (asam nukleat). Arti kata deoxyribo adalah gula yang
kehilangan atom oksigennya, sementara arti kata asam nukleat adalah molekul yang
mengandung informasi genetic.

. Untuk menstabilkan hal tersebut maka DNA memiliki kemampuan untuk

memperbaiki (repair) keselahan yang terjadi pada dirinya sendiri. Jika mutasi DNA yang
terjadi cukup banyak dan DNA tidak sempat untuk memperbaiki (repair) dirinya sendiri
maka akan terjadi kelainan ekspresi genetik bahkan menyebabkan terjadinya penyakit
genetik. DNA repair merupakan suatu mekanisme perbaikan DNA yang mengalami
kerusakan / kesalahan yang diakibatkan oleh proses metabolisme yang tidak normal,
radiasi dengan sinar UV, radiasi ion, radiasi dengan bahan kimia, atau karena adanya
kesalahan dalam replikasi DNA. Mekanisme perbaikan yang terdapat ditingkat selular
secara garis besar disesuaikan dengan jenis kerusakan yang tentu saja terkait erat dengan
jenis factor penyebabnya. Sel-sel menggunakan mekanisme-mekanisme perbaikan DNA
untuk memperbaiki kesalahan-kesalahan pada sekuens basa molekul DNA. Kesalahan
dapat terjadi saat aktivitas selular normal, ataupun dinduksi. DNA merupakan sasaran
untuk berbagai kerusakan: baik eksternal agent maupun secara spontan.

A. KERUSAKAN DNA

Kerusakan DNA dapat terjadi karena: metabolismes seluler, eksposur dengan sinar
UV, radiasi ion, eksposur dengan bahan kimia, kesalahan replikasi. Perbaikan dengan:
 aktivasi cekpoin pada siklus sel, aktivasi program transkripsi, DNA repair (direct
reversal, base excision repair, nucleotide excision repair, mismatch repair, double strand
break repair, homolog recombination), apoptosis.

Kerusakan DNA bisa saja terjadi secara tiba-tiba. Penyebabnya juga bermacam-
macam, bisa berupa radiasi UV, bahan kimia mutagen, ataupun oksidasi; dan salah satu
bentuk kerusakan DNA adalah terpotongnya kedua utas DNA. Hal ini bisa menjadi
masalah yang serius karena sel tidak bisa menggunakan DNA yang terpotong-potong
seperti itu untuk beraktivitas secara normal. Jika dibiarkan saja, maka hal ini juga bisa
menjadi penyebab timbulnya kanker. Namun demikian, kita tidak perlu kuatir karena
sebenarnya sel-sel kita sendiri mempunyai suatu sistem reparasi yang luar biasa canggih,
efisien, dan nyaris tidak pernah salah.

 Apabila ada kesalahan/kerusakan DNA, sel mempunyai dua pilihan :

1. Kesalahan tersebut diperbaiki dengan cara mengaktifkan DNA repair. Namun
apabila kesalahan yang ada sudah tidak mampu lagi ditanggulangi, sel
memutuskan untuk beralih ke pilihan kedua.
2. Apabila DNA tidak mampu diperbaiki lagi, akibat dari adanya kesalahan yang
fatal maka akan dimatikan daripada hidup membawa pengaruh yang buruk bagi
lingkungan sekelilingnya. Kemudian sel dengan DNA yang normal akan
meneruskan perjalanan untuk melengkapi siklus yang tersisa yaitu S (sintesis) G2
(Gap 2) dan M (Mitosis).
 Kerusakan DNA diklasifikasikan dalam beberapa cara, yaitu :
a. Modifikasi basa:
 Perubahan kimia
 Ikatan kovalen antara basa yang berdekatan
 Kehilangan basa
b. Intrastrand cross-linking, mencegah replikasi dan transkripsi DNA
c. Kerusakan DNA tipe tiga
- Kerusakan strand DNA, yang paling hebat yaitu kerusakan double-strand
DNA (DSBs) yang menyebabkan DNA-nya putus.
B. REPARASI DNA
Perbaikan DNA adalah suatu proses yang konstan dan dapat meminimalkan
perubahan aksidental yang terjadi akibat kesalahan selama proses maupun mutasi gen.
Beragam jenis enzim perbaikan DNA secara terus menerus akan memindai molekul DNA
dan mengeluarkan nukleotida yang rusak.
Pada dasarnya perbaikan DNA dapat dikelompokkan menjadi 3 yaitu :
1.Damage reversal : penggantian secara langsung, photoreactivation merupakan cara
perbaikan DNA dengan melibatkan pembuangan atau pembalikan DNA yang rusak oleh
sebuah enzim tunggal yang tergantung oleh cahaya. Pada bakteri E. Coli enzim itu
dikodekan oleh gen phr. Adanya kerusakan pada suatu segmen pirimidin (timin dan
sitosin) yang telah berpasangan (dimer) pada suatu struktur DNA, akan mengaktifkan
suatu proses perbaikan dimana suatu kompleks protein enzim fotoreaktif akan
memutuskan ikatan hydrogen tetapi tanpa memutuskan ikatan fosfodiester antar
nukleotida. Perubahan urutan akan diperbaiki dengan pergantian sesame nukleotida
dengan basa pirimidin, dan akan diikuti proses penangkupan kembali celah yang semula
tercipta.
2. Damage removal : proses ini lebih kompleks karena melibatkan replacing atau
penggantian dengan dipotong-potong. Pada excision repair diawali dengan proses
pengidentifikasian ketidaksesuaian sekuen / urutan DNA dalam suatu proses pengawasan
yang dilakukan oleh endonuklease perbaikan DNA. Kompleks enzim tersebut akan
menginisiasi proses pemisahan DNA heliks utas ganda menjadi suatu segmen utas
tunggal. Proses ini akan diakhiri dengan pertautan kembali antara dua utas tunggal
tersebut untuk kembali menjadi bagian dari heliks utas ganda, dengan perantaraan enzim
DNA ligase.
3. Damage tolerance : Mentoleransi kesalahan.Hal ini dilakukan bila kesalahan tidak
dapat diperbaiki sehingga kesalahan terpaksa ditoleransi dan yang terotong adalah kedua
strand. Mekanisme ini adalah sebentuk replikasi rawan kesalahan (error-phone) yang
memprbaiki kerusakan-kerusakan pada DNA tanpa mengembalikan sekuens basa awal.
Tipe perbaikan ini bisa dipicu oleh kerusakan DNA dalam tingkat tinggi. Pada bakteri E.
Coli, system tersebut diatur oleh gen-gen recA dan umu yang dihipotesiskan mengubah
fidelitas (ketepatan) polymerase DNA setempat. Dalam rose situ, polymerase melakukan
 replikasi melewati kerusakan DNA, sehingga memungkinkan sel untuk bertahan hidup
atau sintas. Jika sel tersebut berhasil sintas melalui seluruh kerusakan DNA, besar
kemungkinan sel itu mengandung satu atau lebih mutasi.
 Ada 3 tipe demage removal yaitu :
1. Base excision repair, hanya 1 basa yang rusak dan digantikan dengan yang lain. Basa-
basa DNA dapat dirusak melalui deaminasi. Tempat kerusakan basa tersebut dinamakan
dengan”Abasic site” atau “AP site”. Pada E.coli enzim DNA glycosilase dapat mengenal
AP site dan membuang basanya. Kemudian AP endonuklease membuang AP site dan
Nukleotida sekitarnya. Kekosongan akan diisi dengan bantuan DNA Polymerase I dan
DNA Ligase. DNA polymerase I berperan didalam mensintesis atau menambahkan
pasangan basa yang sesuai dengan pasangannya.sedangkan DNA Ligase berperan dalam
menyambungkan pasangan basa yang telah disintesis oleh DNA polymerase I.

2. Nucleotide excision repair, adalah memotong pada bagian / salah satu segmen DNA,
dari DNA yang mengalami kerusakan. Kerusakan nukleotida yang disebabkan oleh sinar
UV, sehingga terjadi kesalahan pirimidin dimer (kesalahan dua basa tetangga). Pada E.
Coli terdapat protein yang terlibat dalam proses pembuangan atau pemotongan DNA
yang mengalami kerusakan, protein tersebut adalah UVrA, UVrB, UVrC, setelah protein
tersebut mengenali kesalahan, maka nukleotida yang rusak tersebut dihilangkan
(dipotong) sehingga terjadi kekosongan pada segmen untaian nukleotida tersebut.
Selanjutnya untuk mengisi kekosongan tersebut maka RNA polymerase I mensintesis
nukleotida yang baru untuk dipasangkan pada segmen DNA yang mengalami kekosongan
tadi, tentu saja dengan bekerja sama dengan DNA ligase dalam proses penyambungan
segmen DNA tersebut.

3. Mismatch repair. Pada tahap ini yaitu memperbaiki kesalahan-kesalahan yang terjadi
ketika DNA disalin. Selama replikasi DNA, DNA polymerase sendirilah yang melakukan
perbaikan salah pasang. Polimerase ini mengoreksi setiap nukleotida terhadap cetakannya
begitu nukleotida ditambahkan pada untaian. Dalam rangka mencari nukleotida yang
pasangannya tidak benar, polymerase memindahkan nukleotida tersebut kemudian
melanjutkan kembali sintesis, (tindakan ini mirip dengan mengoreksi kesalahan pada
pengolah kata dengan menggunakan tombol “delete” dan kemudian menuliskan kata
yang benar). Protein-protein lain selain DNA polymerase juga melakukan perbaikan
salah pasang. Para peneliti mempertegas pentingnya protein-protein tersebut ketika
mereka menemukan bahwa suatu cacat herediter pada salah satu dari protein-protein ini
terkait dengan salah satu bentuk dari kanker usus besar. Rupanya cacat ini
mengakibatkan kesalahan penyebab kanker yang berakumulasi di dalam DNA. Pada
intinya mekanisme perbaikan mismatch ini mendeteksi terlebih dahulu pasangan basa
yang tidak “cocok (matched)” atau tidak berpasangan dengan benar. Kesalahan
berpasangan basa atau mismatch dapat terjadi saat replikasi ataupun rekombinasi DNA,
dimana untuk memperbaiki basa yang tidak berpasangan, terlebih dahulu harus diketahui
pasangan basa mana yang mengalami kesalahan basa pada untai DNA. Caranya segmen
DNA yang membawa basa yang salah dibuang, sehingga terdapat celah (gap) di dalam
untai DNA. Selanjutnya dengan bantuan enzim polymerase celah ini akan diisi oleh
segmen baru yang membawa basa yang telah diperbaiki, yang kemudian dilekatkan
dengan bantuan enzim ligase.
 Mismatch Repair

C. PROTEIN YANG BERPERAN DALAM PERBAIKAN DNA (DNA

REPAIR)

1. Protein hHR23a
Rad23 keluarga protein, termasuk protein manusia homologs hHR23a dan
hHR23b, merangsang perbaikan eksisi nukleotida dan telah ditunjukkan untuk
memberikan hubungan antara sebuah novel yang ditengahi proteasome degradasi
protein dan perbaikan DNA. Proteasomal mengatur S5a subunit hHR23a struktur
protein. Rad 23a berisi empat terstruktur domain dihubungkan oleh linker fleksibel
daerah. Domain tersebut berinteraksi dalam mode intramolekul, dan dengan
menggunakan data coupling dipolar residu dalam kombinasi dengan Usikan
pergeseran kimia analisis. hHR23a konformasi yang tertutup didefinisikan oleh
interaksi N-terminal ubiquitin-seperti domain dengan dua ubiquitin-terkait
domain. Pengikatan S5a subunit proteasomal mengganggu hHR23a interaksi
interdomain dan dengan demikian menyebabkannya untuk mengadopsi
konformasi yang dibuka.

2. Protein MLH 1
Fungsi protein MLH 1 :
 Memperbaiki kesalahan saat replikasi, termasuk dalam mismatch repair
(MMR). Protein ini memiliki 3 domain, yaitu domain PSM, MutS a dan
ATP ase.
 Mekanisme kerja : MLH1 berikatan dengan PSM2 membentuk
kompleks MutL a, MutL a berikatan dengan MutS a (MSH2-MSH6),
kompeks ini mengaktivasi protein lain untuk memperbaiki kesalahan
(membuang sekuen DNA yang keliru & mengganti dengan sekuens
yang benar / removal).
 Gangguan patologis protein MLH1 : Mutasi pada MLH1 menyebabkan
rentan terhadap kanker, yaitu pada usus besar (Hereditary non-polyposis
colorectal cancer (HNPCC)) dan risiko kanker pada rahim, ovarium,
payudara, perut, usus halus dan laring.

3 .Protein MSH2.
Gen MutS H2 yang disandi oleh MSH2 terletak pada kromosom 2p22-p21,
dimulai dari 47.483.767 bp sampai 47.593.877 bp, terdiri dari 16 exon dan 15
intron, 80.098 bp, 110,111 basa, 932 asam amino, berat molekul 104.743 Da.
 DAFTAR PUSTAKA

http://hedisasrawan.blogspot.co.id/2013/06/pengertian-dna.html

http://umum-pengertian.blogspot.co.id/2016/01/pengertian-dna-secara-umum-adalah.html

https://www.scribd.com/document/368313066/Makalah-Reparasi-Dna.

https://www.scribd.com/document/165648333/Reparasi-DNA-Adalah-Kumpulan-Dari-Proses-
Dengan-Mana-Sel-Mengidentifikasi-Dan-Memperbaiki-Kerusakan-Pada-Molekul-DNA-Yang-
Menyandikan-Genom