Transcriptome Analisis Adaptive Heat Shock

Tanggapan
Streptococcus thermophilus
Jin-lagu Li
1.
, Yun-tian Bi
2.
, Cheng Dong
3
, Ji-feng Yang
1
, Wan-dong Liang
1
*
1 College of Life Science, Provinsi Zhejiang Kunci Laboratorium Genetika
Kedokteran, Wenzhou Medical College, Wenzhou, China, 2 Sekolah Dasar Ilmu
Kedokteran, Wenzhou
Medical College, Wenzhou, China, 3 Bedah Kardiovaskular, Rumah Sakit
Keempat dari Harbin Medical University, Harbin, Cina
Abstrak
Streptococcus thermophilus, anaerob fakultatif gram positif, merupakan salah satu
bakteri asam laktat yang paling penting banyak digunakan dalam
industri fermentasi susu. Dalam studi ini, kami telah menganalisis profil transkripsi
global S. thermophilus pada
perubahan suhu. Selama pergeseran suhu dari 42uC ke 50uC, ditemukan bahwa
196 (10,4%) menunjukkan gen diferensial
ekspresi dengan 102 up-diatur dan 94 down-diatur di 50uC. Secara khusus, 1) gen
Heat shock, seperti DnaK, GroESL dan
clpL, diidentifikasi untuk ditinggikan di 50uC; 2) regulator transkripsi, seperti
HrcA, CtsR, Fur, Marr dan keluarga Merr, adalah
diferensial dinyatakan, menunjukkan mekanisme molekuler kompleks S.
thermophilus beradaptasi dengan panas syok; 3) Gen
terkait dengan transduksi sinyal, gen dinding sel, homeostasis besi, ABC
transporter dan sistem pembatasan-modifikasi
yang diinduksi; 4) Sejumlah besar gen yang diekspresikan secara berbeda gen
hipotetis fungsi yang tidak diketahui, yang menunjukkan
yang masih banyak yang harus diselidiki tentang panas respon shock S.
thermophilus. Investigasi Eksperimental dipilih
ClpL gen heat shock menunjukkan bahwa ia memainkan peran penting dalam
fisiologi S. thermophilus pada suhu tinggi dan
Sementara kami mengkonfirmasi ClpL sebagai anggota regulon CtsR. Secara
keseluruhan, penelitian ini telah memberikan kontribusi terhadap adaptif yang
mendasari
mekanisme molekuler S. thermophilus pada perubahan suhu dan menyediakan
dasar untuk masa depan studi fungsional mendalam.
Citation: Li Js, Bi Yt, Dong C, Yang Jf, Liang Wd (2011) transcriptome Analisis
Adaptive Heat Shock Response Streptococcus thermophilus. PLoS ONE 6 (10):
e25777. doi: 10.1371 / journal.pone.0025777
Editor: Christophe Herman, Baylor College of Medicine, Amerika Serikat
Diterima 25 Maret 2011; Diterima September 9, 2011; Diterbitkan 13 Oktober
2011
Copyright: ß 2011 Li et al. Ini adalah artikel akses terbuka didistribusikan di
bawah persyaratan Lisensi Creative Commons Attribution, yang memungkinkan
terbatas
penggunaan, distribusi, dan reproduksi dalam media apapun, asalkan penulis asli
dan sumber dikreditkan.
Pendanaan: Karya ini didukung oleh Natural Science Foundation Provinsi Zhejiang
(Y2090642), Cina. Para penyandang dana tidak memiliki peran dalam desain
penelitian, data yang
pengumpulan dan analisis, keputusan untuk mempublikasikan, atau penyusunan
naskah.
Bersaing Interests: Para penulis telah menyatakan bahwa tidak ada kepentingan
bersaing ada.
* E-mail: liliang2011@yahoo.com
. Para penulis ini memberikan kontribusi sama untuk pekerjaan ini.
Pendahuluan
Bakteri asam laktat memainkan peran kuria dalam industri makanan sejak
mereka secara besar-besaran digunakan untuk pembuatan produk susu dan
proses fermentasi [1]. Di antara mereka, Streptococcus thermophilus adalah
salah satu bakteri yang paling penting dalam pembuatan yoghurt
dan dianggap sebagai susu industri kedua yang paling penting
pemula setelah Lactococcus lactis [2]. Dengan demikian, ilustrasi adaptasi
mekanisme S. thermophilus sangat penting dalam rangka mengoptimalkan
pilihan strain dan protokol fermentasi. Selama masa lalu
dekade, meskipun upaya besar di seluruh dunia oleh ilmuwan dan
industri makanan, respon stres genetik dan fisiologis S.
thermophilus masih jauh dari diteliti [2,3].
Bakteri dapat memantau lingkungan dan mengubah gen mereka
ekspresi dinamis setelah terpapar faktor lingkungan,
seperti suhu, pH, aktivitas osmotik, tingkat oksigen dan
sumber nutrisi [4]. Di antara mereka, variasi suhu adalah
biasa ditemui perubahan lingkungan di alam. Untuk
bertahan untuk berbagai tekanan lingkungan, bakteri telah mengembangkan
mekanisme yang kompleks dalam rangka untuk beradaptasi dengan berbagai
toleransi stres
[4]. Hal ini menunjukkan bahwa bakteri dapat memodifikasi ekspresi tentang
10% dari gen mereka sebagai respons terhadap peningkatan atau penurunan
Suhu pertumbuhan [5,6,7,8]. Misalnya, untuk beradaptasi dengan tekanan panas,
bakteri up-diatur sejumlah gen heat shock, termasuk
chaperone dikodekan oleh DnaK dan GROE operon dan ATP-
protease dependen (Clp dan Lon). Selama dekade terakhir,
mekanisme molekuler yang mendasari respon heat shock memiliki
telah diteliti pada banyak spesies bakteri, seperti Listeria
monocytogenes [9], Shewanella oneidensis [6] dan Campylobacter jejuni [5].
Meskipun peran pentingnya S. thermophilus, sedikit yang diketahui tentang
mekanisme molekuler potensinya dalam menanggapi suhu
perubahan. Hanya baru-baru, S. thermophilus telah terbukti untuk mengubah
tingkat ekspresi ClpL pada kedua tinggi dan rendah suhu [10].
Sementara itu, transcriptome pertumbuhan campuran budaya S.
thermophilus dan Lactobacillus telah diteliti [11,12].
Dalam rangka untuk lebih memahami mekanisme molekuler dari S.
thermophilus beradaptasi dengan tekanan lingkungan suhu,
profiling transkripsi global S. thermophilus telah investigat-
ed selama kultivasi di 42uC dan 50uC menggunakan DNA microarray
analisis hibridisasi. Hal ini menunjukkan bahwa transcriptome luas
perbedaan telah terjadi selama pergeseran suhu dari 42uC
untuk 50uC di S. thermophilus. Studi kami mengidentifikasi 196 secara diferensial
gen diekspresikan, yang 102 yang up-diatur dan 94 adalah down
diatur. Temuan yang paling menonjol adalah bahwa panas adaptif
respon shock ditandai dengan perubahan dinamis gen
terlibat dalam gen heat shock, regulator transkripsi, sinyal
transduksi, gen dinding sel, homeostasis besi, ABC transporter
dan sistem pembatasan-modifikasi.
Bahan dan Metode
Strain dan kondisi kultur bakteri
Strain yang digunakan dalam penelitian ini adalah S. thermophilus LMG18311
(Diperoleh dari koleksi BCCM, Belgia) karena genom
PLoS ONE | www.plosone.org
1
Oktober 2011 | Volume 6 | Issue 10 | e25777

Page 2
telah sepenuhnya diurutkan dan organisme telah digunakan dalam
banyak studi genetik [3]. S. thermophilus LMG18311 dikultur
anaerob di 42uC di M17 medium dengan 1%
laktosa. Pertumbuhan bakteri dipantau dengan mengukur
densitas optik pada 600 nm (OD 600) menggunakan spektrofotometer
(Beckman DU-650).
Untuk percobaan heat shock, koloni tunggal diinokulasi dalam
media M17 di 42uC ke fase pertengahan eksponensial (optical
density pada 600 nm OD600 0,2) dan aliquot dari budaya yang
kemudian panas terkejut pada 50uC di air mandi selama 15 menit dan 30 menit,
masing-masing.
Ekstraksi RNA dan hibridisasi
RNA total diisolasi dalam semua kondisi eksperimental menggunakan
Trizol reagen (Invitrogen) sesuai dengan pembuat
instruksi. Jumlah, kualitas dan integritas dari masing-masing RNA
Sampel dinilai spektrofotometri dan gel analisis.
RNA yang diekstraksi dimurnikan menggunakan RNeasy Mini kit
(QIAGEN) sesuai dengan protokol produsen. Sintesis
untai ganda cDNA dilakukan menggunakan superscript
TM
Dua-Stranded Sintesis cDNA Kit (Invitrogen) dengan 10 ug dari
RNA total sesuai dengan protokol produsen. Label- The
ing dan hibridisasi dilakukan oleh mapan
Sistem NimbleGen (Madison, WI) dijelaskan di mana-mana sesuai-
ing untuk Panduan NimbleGen User untuk Expression Analisis
[13,14]. Chip microarray oligonukleotida S. thermophilus
LMG18311 dibeli dari NimbleGen Systems, (Madison,
WI). Ini berisi 192.000 probe oligonukleotida (masing-masing 60-mer
probe) dirancang untuk semua 1,889 ORFs S. thermophilus LMG18311
genom dengan rata-rata masing-masing ORF sembilan belas probe. Dalam
Selain itu, setiap chip microarray memiliki lima ulangan teknis sehingga
ada total 95 probe per ORF.
Real-time RT-PCR kuantitatif
Hasil microarray telah divalidasi oleh real-time
kuantitatif RT-PCR (QRT-PCR) menggunakan QuantiTect
TM
SYBR @ Hijau RT-PCR kit (QIAGEN) sesuai dengan pabrikan
instruksi turer ini. Primer Express Software v2.0 (Terapan
Biosystems) digunakan untuk desain oligonukleotida primer. Sixteen
gen (sembilan up-diatur dan tujuh down-diatur) dipilih
untuk analisis. Untuk menghindari kontaminasi DNA, masing-masing sampel
RNA adalah
mengalami perlakuan DNase dengan TURBO DNase (Ambion)
sebelum QRT-PCR. Ekspresi gen diuji setiap RNA dari
kontrol dan panas shock-diobati sampel dari ketiga experimen-
tal bereplikasi dan kuantifikasi relatif mRNA adalah
dilakukan dengan ABI Prism 7300 Urutan Detection System
(Applied Biosystems). Konsentrasi RNA adalah sebagai berikut: 1 ug
maju primer, 1 ug membalikkan primer dan 2 ug sasaran RNA. PCR
reaksi adalah sebagai berikut: membalikkan transkripsi di 50uC selama 30 menit
dan 95uC selama 15 menit, 40 siklus denaturasi pada 92uC selama 15 s,
dan ekstensi pada 55uC selama 30 s. Gen tuf (stu0487) digunakan sebagai
kontrol internal untuk menormalkan konsentrasi RNA, yang
memiliki tingkat ekspresi yang konsisten di seluruh panas yang berbeda
percobaan kejutan microarray (data tidak ditampilkan). Perubahan kali lipat
ekspresi gen dihitung menggunakan Ct komparatif
(2
2DDCt
) Metode.
Analisis data microarray
Slide dipindai menggunakan Axon GenePix 4000B
scanner (Devices Molecular Corporation, Sunnyvale, CA). The
data mentah intensitas fluoresensi dari scan gambar adalah
dihasilkan dengan menggunakan program v2.5 NimbleScan (http: // www.
nimblegen.com/products/software/nimblescan/). Untuk setiap transit
Kondisi profil scriptional, tiga ulangan biologi yang
diselidiki dan digunakan untuk microarray hibridisasi. Sementara itu,
masing-masing sampel biologis dilakukan tiga kali dalam microarray
hibridisasi. Oleh karena itu, total sembilan pengukuran dapat
diperoleh untuk setiap gen. Data microarray digunakan untuk diferensial yang
Ekspresi analisis adalah rata-rata dari sembilan pengukuran. The
analisis statistik dilakukan dengan menggunakan empiris Bayes fleksibel
Model (model LNN) dalam paket EBArrays di R /
Software Bioconductor (http://www.bioconductor.org). Gen A
dianggap signifikan secara statistik jika lebih dari 1,5 kali lipat
Perubahan ditunjukkan dikombinasikan dengan nilai P .0.001.
Pembangunan DClpL dan DCtsR mutan
Pembangunan DClpL dan DCtsR mutan mirip dengan yang
penelitian sebelumnya menggunakan PG + host9 plasmid [10,15]. Singkatnya,
pertama, dua fragmen DNA internal ClpL dan CtsR diamplifikasi
dari S. thermophilus LMG18311 dengan PCR menggunakan primer spesifik (ClpL,
maju: 59-CTTTTCAATCAATTG ATGGG-39 dan sesudahnya:
59-CATTTGAGATACTGGAATACCAGTCAT-39; CtsR, 59-CA-
AGAAATACATCAGATAG-39 dan sesudahnya: 59-GATAGC C
GCATCTTCGCCTAAAAC-39). Produk PCR dimurnikan
menggunakan PCR pemurnian Kit (QIAGEN) dan dimasukkan ke dalam
PG + host9 plasmid. Kemudian, PG + host9 yang dihasilkan adalah electropo-
dinilai menjadi S. thermophilus LMG18311 dan sel-sel berubah yang
diinkubasi pada kondisi anaerob dengan 0,4
m
g / mL eritromisin pada
30 UC selama 4 jam dan diikuti oleh 48 jam pada 42 UC. Akhirnya, sel-sel
diencerkan dan berlapis pada LM17 piring yang mengandung 0,4
m
g / mL
eritromisin dan diinkubasi pada kondisi anaerob di 42uC.
Integrants diputar sebagai perlawanan eritromisin dan benar
penyisipan fragmen gen target yang diperiksa oleh koloni PCR
analisis menggunakan primer spesifik (ClpL, ke depan: 59-GGGTTTT-
GGTCAGTAAAAGTCAA-39 dan sesudahnya: 59-CGTAGCACC-
CAAGGAAAGTC-39; CtsR, 59-GTCAAATTAGACTGGAGG-39
dan sesudahnya: 59-AATGGCCTGCATTTTTCTTG-39).
Hasil dan Diskusi
Validasi data dan klasifikasi kejutan panas terkait
gen
S. thermophilus, anaerob fakultatif gram positif, adalah
bakteri penting industri banyak digunakan dalam fermentasi susu
[2]. Untuk mendapatkan wawasan baru ke mana gen organisme
terlibat dalam adaptasi suhu, kami menggunakan array DNA untuk
membandingkan profil transkripsional S. thermophilus di atas
pergeseran suhu dari 42uC untuk 50uC pada 15 menit dan 30 menit. A
batas minimum 1,5 lipatan perubahan tingkat ekspresi gen
dan nilai P lebih kecil dari 0,001 digunakan sebagai nilai cutoff.
Dengan kondisi tersebut, secara total, 196 gen menunjukkan signifikan
diferensial ekspresi di 50uC: 180 gen (89 diinduksi dan 91
ditekan) pada 15 menit dan 179 gen (95 diinduksi dan 84 tertekan)
setelah 30 menit (Tabel S1, Tabel 1).
Untuk memvalidasi tingkat keandalan hasil microarray,
enam belas gen ekspresi diferensial yang mewakili berbagai
lipat nilai perubahan dipilih untuk kuantitatif RT-PCR
percobaan dengan sampel RNA yang sama digunakan dalam array
hibridisasi. Di antara mereka, sembilan gen yang terekspresi lebih
selama heat shock (GrpE, DnaK, GrpE, Groes, hrcA, hsdS1, ClpL, livH
dan fatB) dan tujuh gen yang ditekan (dltB, PYK, atpE, dltD, dltC,
CtsR dan Merr). Secara umum, terlihat bahwa itu adalah kebetulan di
tingkat ekspresi gen yang diidentifikasi oleh kedua metode, menunjukkan
korelasi yang baik antara microarray hibridisasi dan kuantitatif
Data tive RT-PCR (Gambar 1). Namun, perubahan kali lipat diamati
dengan microarray yang biasanya lebih rendah dengan yang diamati dengan
RT-PCR kuantitatif, yang telah dilaporkan sebelumnya [5,6].
Hasil ini mungkin karena batas deteksi mikroarray dan
Transcriptome Analisis Streptococcus
PLoS ONE | www.plosone.org
2
Oktober 2011 | Volume 6 | Issue 10 | e25777

Page 3
Tabel 1 Bagian atas tujuh puluh gen yang diekspresikan secara berbeda selama
pergeseran suhu dari 42uC ke 50uC pada 15 menit dan 30 menit di S.
thermophilus.
Gene ID
COGS
Gene
Lipat Perubahan pada 50
6
C
Deskripsi
15 menit
30 menit
stu0120
O
DnaK
17.3
19.8
pendamping molekul
stu0119
O
GrpE
14.5
17.6
protein heat shock
stu0121
O
DnaJ
10.5
11.6
protein pendamping
stu0203
O
Groes
8.1
10.5
co-chaperonin
stu0204
O
GroEL
5.4
5.3
chaperonin
stu1614
O
ClpL
3.2
2.7
ATP-dependent protease Clp
stu0356
O
CLPP
1.9
3.2
ATP-dependent protease Clp
stu0705
V
hsdR1
4.5
4.6
tipe I sistem pembatasan-modifikasi
stu0317
TK
CovR
1.8
4.2
respon regulator
stu1802
R
-
7.6
4.6
protein hipotetis
stu1875
R
-
2.8
4.3
protein hipotetis
stu1666
R
-
22.7
23.3
diduga ABC transporter ATP binding protein
stu1665
R
-
23.3
22.1
diduga ABC transporter protein permease
stu1615
R
-
23.5
23.7
protein hipotetis
stu1005
P
pstB2
5.3
5.6
sistem transportasi fosfat ATP-binding protein
stu1002
P
pstC1
4.5
3.2
sistem transportasi fosfat permease protein
stu1003
P
pstC2
3.8
2
sistem transportasi fosfat permease protein
stu0607
P
FEOA
2.7
3.5
penyerapan zat besi ferrous protein transporter A
stu1025
P
fatB
2.4
3.1
transportasi kompleks besi substrat-binding protein
stu0724
P
Bulu
23
23.4
regulator transkripsi
stu0569
M
-
4.5
4.3
glikosil protein keluarga transferase
stu0762
M
dltB
22.8
23.8
protein membran integral
stu1465
L
radC
3.1
2.5
Perbaikan DNA protein
stu0118
K
hrcA
6.8
4.6
represor transkripsi panas diinduksi
stu0065
K
Marr
3.8
5.2
regulator transkripsi
stu0432
K
Marr
1.8
3.1
regulator transkripsi
stu1600
K
MERR
21.5
24.3
regulator transkripsi
stu0931
K
TetR
21.6
3.3
regulator transkripsi
stu1868
K
rpoB
23.8
23.4
DNA-diarahkan RNA polimerase
stu0076
K
CtsR
24.3
24.8
regulator transkripsi
stu0419
J
-
5.4
4.5
asetiltransferase
stu0094
J
RPSI
4.2
2.3
30S ribosomal protein S9
stu0074
J
TSF
3.6
3.1
Faktor elongasi Ts
stu0451
J
metG
3.2
4.3
methionyl-tRNA sintetase
stu1808
J
rpmH
3.1
2.8
50S ribosom protein L34
stu1932
J
rplW
22.6
3.6
50S ribosom protein L23
stu1926
J
rpmC
23.3
23.6
50S ribosom protein L29
stu0151
J
def
23.4
23.5
peptida deformylase
stu1814
J
gltX
23.6
23.1
glutamil-tRNA sintetase
stu0154
J
rpsO
25.3
25
30S ribosomal protein S15
stu1196
G
PYK
21.8
24.2
piruvat kinase
stu0807
F
cdd
2.4
3.8
cytidine deaminase
stu1316
E
sdaB
4.9
2.5
L-serin beta dehidratase subunit
stu1878
E
thrC
3.4
3
treonin synthase
stu0363
E
livF
1.8
3.8
rantai cabang amino sistem transportasi asam ATP-binding protein
stu0159
E
-
23.6
23.1
transportasi asam amino polar substrat-mengikat protein
stu1461
E
nifS3
25
23.5
Diduga sistein desulfurase
Transcriptome Analisis Streptococcus
PLoS ONE | www.plosone.org
3
Oktober 2011 | Volume 6 | Issue 10 | e25777

Page 4
strategi normalisasi kompleks yang digunakan sebelum
analisis.
Untuk menggambarkan gen berbeda-beda diatur lebih teliti,
kita dikategorikan mereka berdasarkan Cluster orthologous Grup
(COG) kategori. Hal ini menunjukkan bahwa pola dan distribusi
diekspresikan secara berbeda gen berbeda-beda untuk kategori COG berbeda
(Gambar 2). Seperti yang diharapkan, sejumlah besar berbeda-beda diatur
gen terlibat dalam terjemahan, struktur ribosom dan
Gambar 1 Validasi microarray gen diferensial dinyatakan oleh QRT-PCR. (A)
Korelasi hasil microarray dengan QRT-PCR di 50uC di
15 menit. (B) Korelasi hasil microarray dengan QRT-PCR di 50uC setelah 30
menit.
doi: 10.1371 / journal.pone.0025777.g001
Gene ID
COGS
Gene
Lipat Perubahan pada 50
6
C
Deskripsi
15 menit
30 menit
stu0479
C
ATPB
23.2
23.3
F0F1 ATP synthase
stu0478
C
atpE
26.3
24.8
F0F1 ATP synthase
stu0863
-
-
4
3.5
protein hipotetis
stu1575
-
-
4
1.6
protein hipotetis
stu1378
-
-
3.6
2
protein hipotetis
stu0087
-
-
3
1.6
protein hipotetis
stu0829
-
-
2.8
3.3
protein hipotetis
stu1722
-
-
2.8
3.4
protein hipotetis
stu0161
-
-
2.4
3.6
protein hipotetis
stu1075
-
-
1.4
3.7
protein hipotetis
stu0013
-
-
23.2
23.7
protein hipotetis
stu0135
-
-
23.4
25.4
protein hipotetis
stu1454
-
-
23.5
21.6
protein hipotetis
stu1533
-
-
23.6
23
protein hipotetis
stu1639
-
-
23.9
21.9
protein hipotetis
stu1047
-
-
24.2
23.6
protein hipotetis
stu1459
S
-
3.6
2
protein hipotetis
stu0440
S
-
2.8
4.6
protein hipotetis
stu1248
S
-
1.8
3.5
protein hipotetis
stu0423
S
-
23.3
22.7
protein hipotetis
stu1253
S
-
24.1
23.9
protein hipotetis
stu0888
S
-
28
25,6
protein hipotetis
stu0868
S
-
29.3
25.4
protein hipotetis
doi: 10.1371 / journal.pone.0025777.t001
Tabel 1 Cont.
Transcriptome Analisis Streptococcus
PLoS ONE | www.plosone.org
4
Oktober 2011 | Volume 6 | Issue 10 | e25777

Halaman 5
biogenesis (COG J). Seperti yang diharapkan, sejumlah besar ini paling
diferensial gen yang diekspresikan pada protein ribosom (Tabel 1). The
represi ekspresi protein ribosom di 50uC konsisten
dengan melambatnya pertumbuhan sel S. thermophilus selama tinggi
Kondisi suhu.
Induksi heat shock protein
Data transcriptome diperoleh setelah paparan S. thermophilus untuk
heat shock menunjukkan bahwa gen yang mengkode protein yang terlibat COG
kategori O (modifikasi pascatranslasi, protein turn-over dan
chaperone) secara signifikan diferensial diungkapkan. Di antara panas
gen shock, DnaK (stu0120), anggota dari keluarga gen hsp70,
diidentifikasi sebagai gen yang paling signifikan up-diatur, yang
tingkat ekspresi yang diangkat oleh 17.3 lipatan di 15 menit dan
19.8 lipatan pada 30 menit setelah perubahan suhu dari 42uC ke 50uC,
masing-masing. Komponen lain dari operon DnaK (http: //
www.microbesonline.org/operons/gnc264199.html) yang sangat ulang
ditanggapi secara bersamaan, yang meliputi molekul besar
pendamping GrpE (stu0119), DnaJ (stu0121) dan panas-diinduksi
represor transkripsi hrcA (stu0118). Hal ini menunjukkan bahwa klasik
DnaK pendamping yang diatur secara negatif oleh transkripsi
regulator hrcA yang berikatan dengan motif Circe [16]. Kami menemukan bahwa
operon DnaK adalah milik pendamping klasik ini di S.
thermophilus, yang memiliki Circe terbalik mengulangi hulu (TT-
AGCACTC-N9-GAGTGCTAA) penting bagi hrcA mengikat
(Gambar 3A). Namun, urutan S. thermophilus DnaK
Circe Wilayah (TTAGCACTC-N9-GAGTGCTAA) berbeda
dari urutan Circe konsensus (TTGGCGCTC-N9-GA-
GTGCTAA) dengan dua ketidaksesuaian dalam pengulangan pertama [16]. The
organisasi HrcA dengan GrpE, DnaK dan DnaJ menjadi satu
operon dapat memfasilitasi S. thermophilus untuk menanggapi suhu
perubahan mudah dan cepat.
Selain itu, kami menemukan bahwa operon GroESL terdiri dari
Groes (stu0203) dan GroEL (stu0204) juga over-menyatakan
berikut upshifts suhu dari 42uC ke 50uC (Gambar 3B).
GroESL operon didokumentasikan untuk memainkan peran penting dalam
lipat dan stabilitas beberapa protein dalam menanggapi berbagai
tekanan lingkungan, termasuk kejutan panas, pH dan oksidatif
stres [17]. Mencari hulu dari GroESL operon menunjukkan bahwa
juga memiliki urutan motif Circe (TTAGCAGTT-N9-
GAGTGCTAA). Pengamatan ini bersama dengan up-regulasi
dari HrcA (HrcA diberikannya aktivitas melalui mengikat Circe) pada
heat shock menunjukkan bahwa HrcA mungkin terlibat dalam negatif
peraturan GroESL operon di S. thermophilus seperti halnya di B.
subtilis [16]. Menariknya, genom S. thermophilus
LMG18311 ditemukan mengandung hanya HrcA (stu0118) di
DnaK operon dan hanya dua Circe motif yang disebutkan di atas.
Oleh karena itu, disarankan bahwa DnaK dan GroESL operon adalah
diatur negatif pada tingkat transkripsi oleh tunggal HrcA
represor dalam berinteraksi dengan operatornya, motif Circe.
Gen-shock terkait panas lainnya, ClpL (stu1614), htpX (stu0715),
Parc (stu0589) dan CLPP (stu0356) juga naik diatur dalam S.
thermophilus di bawah tekanan panas. Gen ini ditandai dengan
membantu protein folding dan menghapus protein agregat. Hal ini
Gambar 2 gen diferensial dinyatakan dikelompokkan berdasarkan klasifikasi
fungsional COG. Kolom: O: modifikasi pasca-translasi, protein
omset, pendamping; M: sel biogenesis amplop, membran luar; L: DNA replikasi,
rekombinasi dan perbaikan; K: transkripsi; J: penerjemahan,
struktur dan biogenesis ribosom; G: transportasi karbohidrat dan metabolisme; F:
transport nukleotida dan metabolisme; H: metabolisme koenzim; E:
amino transportasi asam dan metabolisme; Mekanisme transduksi sinyal;: T S:
fungsi yang tidak diketahui; R: prediksi fungsi umum saja; P: ion anorganik
transportasi dan metabolisme; D: pembelahan sel dan kromosom partisi; C:
produksi energi dan konversi dan Hy: protein hipotetis.
doi: 10.1371 / journal.pone.0025777.g002
Transcriptome Analisis Streptococcus
PLoS ONE | www.plosone.org
5
Oktober 2011 | Volume 6 | Issue 10 | e25777

Halaman 6
mungkin bahwa mereka perlu lebih diekspresikan untuk membantu
termasuk protein yang tidak diinginkan dan benar tepat protein folding
baru disintesis untuk beradaptasi proses metabolisme selama baru
lingkungan.
Induksi regulator transkripsi
Analisis genom S. thermophilus LMG18311 mengungkapkan bahwa
mengkodekan sejumlah 71 regulator transkripsi (http: //
transcriptionfactor.org), yang terdiri dari sekitar 3,7% dari total
dikodekan gen. Hal ini ditemukan bahwa banyak regulator transkripsi
dikodekan dalam S. thermophilus diekspresikan pada tingkat yang sama di 42uC
dan 50uC. Namun, yang menarik, banyak regulator transkripsi
menunjukkan perubahan ekspresi signifikan pada 50uC, termasuk Fur,
Marr, dan MERR keluarga di samping HrcA, CtsR dan respon
regulator dari sistem pengaturan dua komponen. Secara khusus, sebuah
Bulu regulator (stu0724) dan dpr chelator besi (stu0723) yang
lebih dari 3 kali lipat dan 2 lipatan bawah-diatur di 50uC,
masing-masing. Pengamatan ini sesuai dengan sebelumnya
mempelajari bahwa perubahan suhu dapat mempengaruhi diferensial yang
ekspresi gen yang berhubungan dengan protein homeostasis besi [7]. Bulu adalah
transportasi ion besi regulator global, yang menggunakan Fe
2+
sebagai kofaktor
untuk mengikat promotor (kotak Bulu) dari gen yang terlibat dalam akuisisi besi
proses dan merepresi transkripsi [18]. Konsisten dengan
down-regulasi Fur, kompleks besi ABC transporter,
terdiri dari FATA (stu1026), fatB (stu1025), fatC (stu1027) dan fatD
(Stu1028), yang up-diatur di 50uC di S. thermophilus. Selain itu,
operon kedua feoAB (stu0607 dan stu0608) terlibat dalam penyerapan zat besi
dan transportasi juga up-diatur 2,7-2,9 pada 40 UC di S.
thermophilus. Penyelidikan lebih lanjut dari hulu fatABCD dan
feoAB mengungkapkan penampilan diduga kotak Fur palindromic
untuk Bulu.
Dua regulator transkripsi (stu0065 dan stu0432) milik
ke Marr keluarga adalah up-diatur lebih dari 3,5 kali lipat dan 1,8 kali lipat
di 50uC, masing-masing. Penelitian sebelumnya menunjukkan bahwa keluarga
Marr
regulator transkripsi juga berbeda disajikan dalam dan
Thermothoga sibiricum maritim dan Exiguobacterium bawah tinggi
suhu [8,19]. Dengan demikian, menunjukkan bahwa keluarga Marr
mungkin memainkan peran dalam mekanisme molekuler adaptif pada
perubahan suhu. Sementara itu, homologi MERR keluarga
regulator transkripsi (stu1600) telah turun-diatur sekitar 1,5
lipatan pada 15 menit setelah perubahan suhu dari 42uC ke 50uC.
Namun, hal itu menunjukkan tingkat ekspresi yang lebih rendah dengan 4,3 lipatan
di
30 menit pada 50uC. Meskipun sedikit yang diketahui tentang peran fungsional
dari stu1600, keluarga Merr, sekelompok aktivator transkripsi,
telah terbukti untuk merespon kehadiran penting dan beracun
logam [20].
Selain itu, dua regulator transkripsi menjawab dalam
cara berlawanan pada 15 menit dan 30 menit pada suhu tinggi pada
50uC. Ekspresi regulator stu0452 transkripsi (milik
kepada keluarga LysR) meningkat sekitar 2,7 kali lipat pada 15 menit pada 50uC,
sedangkan kemudian menurun sekitar 1,9 lipatan 30 menit pada 50uC.
The stu0931 regulator transkripsi, regulator positif diduga
milik keluarga TetR, adalah 1,6 lipatan turun-diatur setelah 10 menit
heat shock di 50uC, tapi 3,3 lipatan up-diatur pada 30 menit relatif terhadap
10 menit. Hasil penelitian menunjukkan bahwa regulator positif LytSR dan
TetR dapat memegang mekanisme yang berbeda untuk mengatur ekspresi gen
untuk mengatasi stres panas pada kondisi heat shock yang berbeda.
Secara bersama-sama, secara signifikan diferensial ekspresi banyak
S. thermophilus regulator transkripsi menggambarkan kompleks
mekanisme molekuler S. thermophilus beradaptasi dengan panas shock.
Namun, bagaimana regulator transkripsi menanggapi panas
syok buruk ditandai dan penelitian lebih lanjut perlu untuk mengatasi
masalah ini.
Induksi transduksi sinyal dan protein membran
Transduksi sinyal telah ditunjukkan untuk menjadi salah satu utama
mekanisme bagi bakteri untuk beradaptasi dengan berbagai perubahan lingkungan.
Salah satu mekanisme ini melibatkan dua komponen regulasi
sistem, yang terdiri dari kinase histidin dan regulator respon, oleh
mana bakteri bisa merasakan dan merespon perubahan di banyak
kondisi lingkungan yang berbeda [21]. The histidin kinase
menerima sinyal tertentu dan mengirimkan mereka ke respon mitra
regulator melalui phosphorelay. Analisis genom S. thermophilus
LMG18311 mengungkapkan encode 19 protein dua komponen
(Http://genomics.ornl.gov/mist/view_organism.php?organism_id=
267). Di antara mereka, kami menemukan bahwa dua operon yang berbeda
diekspresikan selama pergeseran suhu dari 42uC ke 50uC. Pertama
covRS operon, yang terdiri dari kinase histidin (CovS, stu0318) dan
Gambar 3 organisasi Gene dari tiga kelompok gen yang diidentifikasi selama
pergeseran suhu dari 42
6
C sampai 50
6
C di
S. thermophilus
. (A):
The DnaK operon dengan motif Circe. (B): The GroESL operon dengan motif
Circe. (C): Gen clpL dengan kotak CtsR.
doi: 10.1371 / journal.pone.0025777.g003
Transcriptome Analisis Streptococcus
PLoS ONE | www.plosone.org
6
Oktober 2011 | Volume 6 | Issue 10 | e25777

Halaman 7
respon regulator (CovR, stu0317) secara signifikan-up diatur di
50uC. Secara khusus, CovS adalah 2 lipatan meningkat pada 50uC relatif terhadap
42uC di kedua 15 menit dan 30 menit. Sementara, CovR diangkat di 50uC
1,8 lipatan dan lipatan 4.2 pada 15 menit dan 30 menit, masing-masing. Hal ini
menyarankan bahwa sistem covRS mungkin juga terlibat dalam panas umum
respon shock karena up-peraturan mereka juga diamati di lain
Spesies Streptococcus [7]. Operon kedua, yang terdiri dari histidin sebuah
kinase (stu1421) dan regulator respon (stu1420), up-diatur
sekitar 2 lipatan di 50uC. The homolog dari operon ini di Lactococcus lactis
subsp. cremoris MG1363 diusulkan untuk terlibat dalam menanggapi
garam atau stres osmotik [22]. Selain itu, kami menemukan bahwa respons
regulator stu1380, milik regulator transkripsional
Keluarga OmpR, telah turun-diatur baik 15 menit dan 30 menit
setelah perubahan suhu dari 42uC ke 50uC. Namun, unfortu-
bergantian, peran fungsional buruk dicirikan Streptococcus.
Dinding sel bakteri adalah struktur yang sangat kompleks, yang
memberikan integritas struktural untuk sel dan memiliki perlindungan utama
fungsi terhadap tekanan lingkungan. Saat ini, bagaimanapun, sedikit
yang diketahui tentang dinding sel S. thermophilus. Di bawah sengatan panas
kemajuan S. thermophilus, pengamatan yang menarik adalah bahwa
beberapa amplop sel dan membran biogenesis yang berbeda-beda
diungkapkan. Misalnya, dua glikosil transferase (stu0569 dan
stu0570) yang terlibat dalam sintesis dinding sel karbohidrat
(Selulosa), telah diatur up-selama pergeseran suhu dari
42uC ke 50uC. Selain itu, sebuah operon, yang terdiri dari dltB (stu0762,
D-alanin protein ekspor), dltC (stu0763, ligase D-alanin) dan dltD
(Stu0764, D-alanin protein transfer), telah turun-diatur
dengan sekitar 1,6-3,8 lipatan perubahan, yang bertanggung jawab untuk D-
alanine esterifikasi asam lipoteikoat dan memainkan peran penting
dalam sintesis dinding sel [23]. murD (stu0731) dan Murg (stu0732)
encoding enzim kunci untuk sintesis peptidoglikan juga
regulated up pada perubahan suhu dari 42uC ke 52uC.
Sementara itu, lipoprotein diduga (stu1024) dan dua diduga
protein membran (stu1993 dan stu1996) terlibat dalam dinding sel /
biogenesis membran telah berbeda diungkapkan di bawah panas
shock. Pengamatan ini menunjukkan bahwa pembentukan dan restruc-
turing dari dinding sel telah dasarnya untuk mencegah lisis sel
selama proses heat shock di S. thermophilus. Secara signifikan
diferensial ekspresi diferensial dinyatakan menyarankan S.
thermophilus dapat berubah secara dinamis yang komposisi membran sel
tion untuk beradaptasi dengan stres suhu tinggi.
Pengamatan Miscellaneous
Beberapa gen yang berhubungan dengan ABC transporter berbeda-beda
diekspresikan pada 50uC. stu0158 (ATP-binding protein) dan stu0159
(Substrat protein yang mengikat), membentuk sebuah operon terlibat dalam kutub
transportasi asam amino, secara signifikan turun-diatur lebih dari
2 dan 3 lipatan di 50uC, masing-masing. Tiga gen yang terkait
dengan rantai cabang asam amino transporter, yang terdiri dari livJ
(Stu0359), livH (stu0360) dan livG (stu0362), yang over-diekspresikan pada
50uC di 15 menit. Dua gen lain dari operon ini, livM
(Stu0361) dan livF (stu0363), yang over-diekspresikan pada 50uC setelah 30
menit.
Pada bakteri, dua sistem transportasi fosfat yang berbeda telah
diidentifikasi: fosfat anorganik sistem transportasi (afinitas rendah Pit)
dan fosfat sistem transportasi tertentu (Pst). Fosfat
spesifik sistem serapan PST terdiri dari lima anggota: substrat
protein yang mengikat, dua protein permease dengan enam membran
mencakup heliks dan dua protein ATP mengikat [24]. Dalam S.
thermophilus, operon pstSCB-Phou, yang terdiri dari PSTS (stu1001),
pstC1 (stu1002), pstC2 (stu1003), pstB1 (stu1004), pstB2 (stu1005)
dan Phou (stu1006), memiliki tingkat ekspresi yang lebih tinggi pada suhu
mengubah ke 50uC. Oleh karena itu, berspekulasi bahwa asam amino dan
transportasi fosfat dapat ditingkatkan selama respon heat shock.
Menariknya, tiga gen yang terkait dengan tipe I pembatasan-modifikasi
sistem tion secara signifikan diferensial ekspresi selama
pergeseran suhu dari 42uC ke 50uC. Mereka adalah hsdR1 (stu0705,
R subunit), hsdS1 (stu0708, S subunit) dan hsdM1 (stu0711, M
subunit). Peran fungsional tipe I pembatasan-modifikasi
sistem masih belum diketahui di S. thermophilus. Fungsi umum
sistem pembatasan-modifikasi berimplikasi dalam pertahanan seluler
dan merupakan penghalang terhadap DNA asing melalui menghancurkan
mereka [25]. Dengan demikian, ekspresi up-regulasi restriction-
enzim modifikasi memungkinkan S. thermophilus untuk melindungi bakteri
dari menyerang DNA asing, seperti genom bakteriofag.
Selain itu, beberapa gen menampilkan ekspresi diferensial
terlibat dalam kategori COG produksi energi dan konversi
(COG C) (Gambar 2). Perwakilan Download-diatur gen
terlibat dalam metabolisme energi encode selama tiga Sintase ATP
(Stu0478, stu0479 dan stu0485), protein ferrodoxin seperti
(Stu1137), kinase piruvat (stu1196), piridin sebuah nucleotide-
disulfida oksidoreduktase (stu0557) dan fasilitator penyerapan gliserol
protein (stu1671). Hasil ini menunjukkan bahwa penurunan
metabolisme energi konsisten dengan pertumbuhan lebih lambat dari S.
thermophilus selama suhu tinggi.
Induksi gen dengan fungsi yang tidak diketahui
Di antara gen secara signifikan diferensial dinyatakan, kita
mengamati bahwa persentase besar (74 gen, 38%) baik up
dan gen down-diatur termasuk dalam kategori fungsional
fungsi yang tidak diketahui (COG S) dan protein hipotetis (Gambar 2
dan Tabel S1). Meskipun dengan fungsi yang tidak diketahui, mereka mungkin
memiliki
peran fisiologis baru yang terkait dengan proses adaptif
pengaturan suhu. Dalam pandangan panjang urutan, yang
Sebagian besar gen ini mengkodekan protein dengan urutan asam amino
panjang lebih pendek dari 100 aa. Dalam pandangan organisasi operon
(Http://www.microbesonline.org/operons/gnc264199.html), kami
menemukan bahwa mayoritas dari gen ini milik operon dengan
hanya gen tunggal. Namun, lima operon dengan lebih dari dua
gen juga telah diamati. Untuk menumpahkan lampu lebih dari ini
beberapa operon gen untuk diekspresikan berbeda-beda, mereka
Blastp terhadap protein disimpan dalam database IMG (http: // img.
jgi.doe.gov/cgi-bin/pub/main.cgi). Potensi ortolog itu-pertimbangan
ered jika keduanya memiliki dua cara terbaik memukul satu sama lain dan
menunjukkan
kesamaan urutan lebih besar dari 35%. Ini investigasi mendalam
telah mengidentifikasi dua operon kandidat dengan orthologous kekal
gen pada organisme lain. Secara khusus, gen yang terdiri dari
stu0868 stu0888 dan operon dipamerkan tingkat ekspresi tertinggi
antara gen yang diekspresikan secara berbeda dengan fungsi yang tidak diketahui.
Stu0888 ini diprediksi akan menjadi protein transmembran dengan sembilan
heliks transmembran (http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/)
dan dilestarikan di banyak spesies bakteri jauh. Selain itu,
operon terdiri dari empat gen hipotetis (stu0830, stu0831,
stu0832 dan stu0833) meningkat dengan tingkat ekspresi bawah
respon heat shock. Di antara mereka, stu0830 diperkirakan menjadi
protein transmembran dengan dua heliks transmembran. Maskapai
calon gen fungsi yang tidak diketahui untuk menjadi diferensial signifikan
dinyatakan dapat berfungsi sebagai dasar untuk peran fisiologis lanjut
investigasi di S. thermophilus.
Peran penting dari ClpL untuk respon heat shock dan
diatur negatif oleh CtsR
Di antara gen heat shock yang diekspresikan secara berbeda, ditemukan
itu, gen ClpL (stu1614), milik keluarga Hsp100 dari Clp
ATPase terlibat dalam respon stres, naik-diatur sekitar 3
lipatan di 50uC (Tabel 1). Dalam S. thermophilus SFi39, itu menunjukkan bahwa
ekspresi ClpL diinduksi oleh panas dan guncangan dingin
[10]. Fenomena tersebut juga dapat dideteksi di beberapa bakteri,
Transcriptome Analisis Streptococcus
PLoS ONE | www.plosone.org
7
Oktober 2011 | Volume 6 | Issue 10 | e25777

Halaman 8
seperti S. pneumoniae [26] dan S. aureus [27], menunjukkan bahwa ClpL adalah
bagian penting dari respon heat shock di S. thermophilus. Untuk
lebih mencirikan fungsi ClpL di S. thermophilus, kami
eksperimental menyelidiki status kelangsungan hidup S. thermophilus di
bentuk tipe liar dan mutan DClpL di 42uC dan 50uC
(Gambar 4A). Hal ini menunjukkan bahwa kedua jenis sel dipamerkan serupa
profil pertumbuhan di 42uC. Namun, setelah pada suhu
upshift di 50uC, status pertumbuhan sel mutan DClpL adalah
secara signifikan menurun dan kurang toleran terhadap panas-shock di
bila dibandingkan dengan sel tipe liar. Observasi tersebut
menunjukkan bahwa ekspresi ClpL setelah kejutan panas penting
S. thermophilus untuk bertahan hidup di lingkungan yang bersuhu tinggi.
Dalam beberapa spesies Lactobacillus terkait erat dengan S. thermophilus,
seperti Lactobacillus gasseri, terlihat bahwa ekspresi ClpL adalah
diatur oleh HrcA [28]. Namun, mencari hulu ClpL
belum terdeteksi setiap urutan motif Circe di S. thermophilus,
menunjukkan regulasi ekspresi ClpL di S. thermophilus mungkin
berbeda dari yang dari spesies Lactobacillus. Sebaliknya, mencari
hulu ClpL telah mengidentifikasi kotak CtsR (konsensus
urutan, RGTCADNNANRGTCADN) dengan urutan
ATTGACTTTTACTGACC di S. thermophilus LMG18311
(Gambar 3C). Menariknya, kami menemukan bahwa transkripsi negatif
regulator CtsR (stu0076) adalah diatur turun pada suhu
upshift di 50uC. Pengamatan tersebut menunjukkan bahwa ekspresi ClpL
mungkin diatur secara negatif oleh regulator CtsR di S. thermophilus
dibandingkan dengan kemerdekaan untuk CtsR di beberapa erat
spesies Lactobacillus terkait. Untuk eksperimen memvalidasi peran
CtsR dalam regulasi ekspresi ClpL, strain mutan DCtsR S.
thermophilus LMG18311 dibangun. Dibandingkan dengan wild
ketik S. thermophilus LMG18311 di 42uC, over-ekspresi
sekitar 3 lipatan ClpL telah ditunjukkan dalam sel DCtsR menurut
real-time RT-PCR kuantitatif (Gambar 4B). Ekspresi Mirip
profil dapat juga diamati untuk sel DCtsR di 50uC 15 menit
dan 30 menit. Hasil-hasil percobaan menegaskan bahwa ClpL adalah
anggota regulon CtsR dan diatur negatif oleh CtsR.
Kesimpulan
Sebagai kesimpulan, penelitian ini telah menggunakan profil transkripsi
strategi untuk genome-wide menyelidiki adaptif respon heat shock
S. thermophilus. Profil transkripsi menunjukkan bahwa heat shock
memiliki dampak yang besar pada ekspresi gen dari S. thermophilus.
Selanjutnya, sejumlah 196 gen telah diidentifikasi untuk menunjukkan
ekspresi diferensial pada perubahan suhu 42uC ke 50uC.
Tema yang paling penting yang diperoleh dari penelitian ini adalah bahwa: 1)
Gen Heat shock, seperti DnaK, GroESL dan clpL, yang terbukti
up-diatur di atas suhu upshift ke 50uC; 2) Banyak
regulator transkripsi, seperti HrcA, CtsR, Fur, Marr dan
Keluarga Merr, disajikan secara berbeda; 3) Banyak gen yang mengkode
protein yang terlibat dalam transduksi sinyal, gen dinding sel, besi
homeostasis, ABC transporter dan sistem pembatasan-modifikasi
yang diatur secara diferensial dalam menanggapi kejutan panas; 4) Banyak
berbeda-beda gen diatur gen hipotetis yang tidak diketahui
fungsi dalam menanggapi perubahan suhu, menunjukkan banyak
masih harus diselidiki tentang respon heat shock S.
thermophilus. Penelitian ini menumpahkan wawasan yang cukup besar ke yang
lebih baik
pemahaman tentang perubahan dinamis genetik terjadi pada
Menanggapi kejutan panas di S. thermophilus. Para kandidat gen untuk
menjadi diferensial signifikan dinyatakan dapat berfungsi sebagai dasar untuk lebih
lanjut
Peran penyelidikan fungsional di S. thermophilus.
Informasi Pendukung
Tabel S1
Gen yang berbeda-beda selama
pergeseran suhu dari 42
6
C sampai 50
6
C pada 15 menit dan
30 menit di S. thermophilus.
(DOC)
Penulis Kontribusi
Disusun dan dirancang percobaan: W-DL. Melakukan
eksperimen: J-SL Y-TB CD. Menganalisis data: J-SL. Berkontribusi
reagen / bahan / alat analisis: J-TA. Menulis kertas: CD.
Referensi
1 Novak L, Cocaign-Bousquet M, Lindley ND, Loubiere P (1997) Metabolisme
dan
Energetika dari Lactococcus lactis selama Pertumbuhan Complex atau sintetis
Media.
Appl Lingkungan Microbiol 63: 2665-2670.
2 Hols P, Hancy F, Fontaine L, Grossiord B, Prozzi D, et al. (2005) Wawasan baru
di
biologi molekuler dan fisiologi Streptococcus thermophilus diungkapkan oleh
genomik komparatif. Janin Microbiol Rev 29: 435-463.
Gambar 4 Peran penting
ClpL
untuk respon heat shock dan diatur oleh regulator transkripsi
CtsR
. (A). Survival of wild type
S. thermophilus LMG18311 dan DClpL mutan di 42uC dan 50uC. (B). Profil
Ekspresi ClpL dari tipe liar S. thermophilus LMG18311 dan DCtsR
mutan di 42uC dan 50uC. Semua hasil yang diperoleh dari tiga percobaan
independen dan data direpresentasikan sebagai means6SD.
doi: 10.1371 / journal.pone.0025777.g004
Transcriptome Analisis Streptococcus
PLoS ONE | www.plosone.org
8
Oktober 2011 | Volume 6 | Issue 10 | e25777

Halaman 9
3 Bolotin A, B Quinquis, Renault P, Sorokin A, Ehrlich SD, et al. (2004) Lengkap
urutan genom dan perbandingan analisis bakteri susu Streptococ-
cus thermophilus. Nat Biotechnol 22: 1554-1558.
4. Ferenci T, Spira B (2007) Variasi dalam respon stres dalam suatu spesies bakteri
dan biaya tidak langsung resistensi stres. Ann NY Acad Sci 1113: 105-113.
5. Stintzi A (2003) profil ekspresi gen dari Campylobacter jejuni dalam
menanggapi
variasi suhu pertumbuhan. J Bacteriol 185: 2009-2016.
6 Gao H, Wang Y, Liu X, Yan T, Wu L, et al. (2004) transcriptome global
analisis panas respon shock Shewanella oneidensis. J Bacteriol 186:
7796-7803.
7 Mereghetti L, Sitkiewicz I, Hijau NM, Musser JM (2008) Renovasi dari
Streptococcus agalactiae transcriptome dalam menanggapi suhu pertumbuhan.
PLoS One 3: e2785.
8 Pysz MA, Ward DE, Shockley KR, Montero CI, Conners SB, et al. (2004)
Analisis transkripsi dinamis respon panas-shock oleh hyperthermo- yang
philic bakteri Thermotoga maritima. Extremophiles 8: 209-217.
9. Azizoglu RO, Osborne J, Wilson S, Kathariou S (2009) Peran pertumbuhan
Suhu toleransi beku-mencair Listeria spp. Appl Lingkungan Microbiol 75:
5315-5320.
10. Varcamonti M, Arsenijevic S, Martirani L, D Fusco, Naclerio G, et al. (2006)
Ekspresi panas kejutan clpL gen Streptococcus thermophilus diinduksi
oleh panas dan shock dingin. MicroB Sel Fakta 5: 6.
11. Herve-Jimenez L, Guillouard I, Guedon E, Boudebbouze S, Hols P, et
al. (2009)
Analisis Postgenomic dari streptococcus thermophilus cocultivated dalam susu
dengan
Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus: keterlibatan nitrogen, purin, dan
metabolisme besi. Appl Lingkungan Microbiol 75: 2062-2073.
12. Sieuwerts S, D Molenaar, van Hijum SA, Beerthuyzen M, Stevens MJ, et al.
(2010) Mixed-budaya analisis transcriptome mengungkapkan dasar molekul
Pertumbuhan campuran budaya Streptococcus thermophilus dan Lactobacillus
bulgar-
ICU. Appl Lingkungan Microbiol 76: 7775-7784.
13. Snyder JA, Haugen BJ, Buckles EL, Lockatell CV, Johnson DE, et al. (2004)
Transcriptome dari uropathogenic Escherichia coli selama infeksi saluran kemih.
Menginfeksi Immun 72: 6373-6381.
14. Ward SK, Hoye EA, Talaat AM (2008) Respon global Mycobacterium
TB ke tingkat fisiologis tembaga. J Bacteriol 190: 2939-2946.
15. Zotta T, Asterinou K, Rossano R, Ricciardi A, Varcamonti M, et al. (2009)
Pengaruh inaktivasi regulator respon stres terhadap pertumbuhan dan
kelangsungan hidup
Streptococcus thermophilus Sfi39. Int J Food Microbiol 129: 211-220.
16. Zuber U, Schumann W (1994) Circe, novel elemen kejutan panas yang terlibat
dalam
peraturan kejutan panas operon DnaK Bacillus subtilis. J Bacteriol 176:
1359-1363.
17. Zeilstra-Ryalls J, Fayet O, Georgopoulos C (1991) The universal dilestarikan
GROE (Hsp60) chaperonins. Annu Rev Microbiol 45: 301-325.
18. Hantke K (2001) peraturan Besi dan logam pada bakteri. Curr Opin Microbiol
4:
172-177.
19. Rodrigues DF, Ivanova N, Dia Z, Huebner M, Zhou J, et al. (2008) Arsitektur
adaptasi termal dalam sibiricum regangan Exiguobacterium diisolasi dari 3
juta tahun permafrost lama: genom dan transcriptome pendekatan. BMC
Genomics 9: 547.
20. Brown NL, Stoyanov JV, Kidd SP, Hobman JL (2003) The MERR keluarga
regulator transkripsi. Janin Microbiol Rev 27: 145-163.
21. Stock AM, Robinson VL, Goudreau PN sinyal (2000) Dua-komponen
transduksi. Annu Rev Biochem 69: 183-215.
22. O'Connell-Motherway M, van Sinderen D, Morel-Deville F, Fitzgerald GF,
Ehrlich SD, et al. (2000) Enam sistem peraturan dua-komponen yang diduga
terisolasi
dari Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363. Mikrobiologi 146 (Pt 4):
935-947.
23. Neuhaus FC, Baddiley J (2003) Sebuah kontinum biaya anionik: struktur dan
fungsi asam D-alanil teikoik pada bakteri gram positif. Microbiol Mol
Biol Rev 67: 686-723.
24. van Veen HW (1997) transportasi fosfat dalam prokariota: molekul, mediator
dan mekanisme. Antonie Van Leeuwenhoek 72: 299-315.
25. Wilson GG, Murray NE (1991) Pembatasan dan modifikasi sistem. Annu Rev
Genet 25: 585-627.
26. Kwon HY, Kim SW, Choi MH, Ogunniyi AD, Paton JC, et al. (2003) Pengaruh
mutasi heat shock dan di ClpL dan CLPP pada ekspresi gen virulensi di
Streptococcus pneumoniae. Menginfeksi Immun 71: 3757-3765.
27. Membebaskan D, Chastanet A, Qazi S, Sorensen K, Bukit P, et al. (2004) Clp
ATPase yang
diperlukan untuk toleransi stres, replikasi intraseluler dan pembentukan biofilm di
Staphylococcus aureus. Mol Microbiol 54: 1445-1462.
28 Suokko A, Poutanen M, Savijoki K, Kalkkinen N, P Varmanen (2008) ClpL
adalah
penting untuk induksi thermotolerance dan berpotensi bagian dari HrcA
regulon di Lactobacillus gasseri. Proteomik 8: 1029-1041