Nama : M.

Ramadhan Saputro (13171070)

Kelas : FA 2 Matrikulasi
Judul : docking (tutorial autodock)

Docking (Tutorial Autodock)

I. Tujuan
Memvalidasi data ibuprofen dengan aplikasi autodock

II. Prosedur
A. Membuat folder kerja dengan isi autodock4, autogrid4, 3r8g
B. Buka aplikasi discovery studio
1. Open file 3r8g, view pilih hierarchy, delete IZP409 dan water
2. Save as format PDB dengan nama protein
3. Open file 3r8g, view pilih hierarchy, delete A, NAP700, EDO332 dan
water.
4. Save as format PDB dengan nama ibuprofen.
C. Buka aplikasi Autodock Tools
1. Open file pilih preference dan di setting
2. Open file lagi pilih read molecule, klik protein
3. Open edit, pilih hydrogen klik Add dan klik Ok, kemudian hilangkan tanda
merah pada protein
4. Open ligand, pilih input klik open dan pilih ibuprofen
5. Open ligand, pilih torsion tree, klik detect root
6. Open ligand, pilih output, klik save as PDBQT
7. Open grid, pilih macromolecule, pilih choose, pilih protein, klik ok dan save
8. Open grid, pilih set map types, pilih choose ligand, pilih ibuprofen, select
ligand
9. Open grid, grid box, pilih center, pilih choose on ligand, open file pilih
close saving current
10. Open grid, pilih output, save GPF
11. Open run, autogrid, pilih browse diganti autogrid4 , diganti dengan data
GPF dan launch kemudian mendapatkan hasil autogrid
12. Tetap aplikasi yang sama tetapi di buka docking, macromolecule, pilih set
ragid filename dan pilih protein
Nama : M. Ramadhan Saputro (13171070)
Kelas : FA 2 Matrikulasi
Judul : docking (tutorial autodock)

13. Open docking, klik ligand, pilih choose, klik ibuprofen dan select ligand
14. Open docking, klik search parameters, klik genetic algorithm, rubah max
number menjadi short,
15. Open docking, docking parameter
16. Open docking, pilih output, klik Lamarckian GA, save DPF
17. Open run, klik autodock, pilih browse diganti dengan autodock4, diganti
dengan save DPF dan launch kemudian mendapatkan hasil autodock.

III. Hasil Pengamatan

1. Protein

2. Ibuprofen
Nama : M. Ramadhan Saputro (13171070)
Kelas : FA 2 Matrikulasi
Judul : docking (tutorial autodock)

3. Protein + hydrogen

4. Ibuprofen gridbox

5. Data Autrogrid
Nama : M. Ramadhan Saputro (13171070)
Kelas : FA 2 Matrikulasi
Judul : docking (tutorial autodock)

6. Data Autodock

IV. Pembahasan
Pada praktikum kali ini berjudul autodock, dengan tujuan memvalidasi
senyawa aktif dengan menggunakan metode docking. Senyawa aktif yang
digunakan dalam hal ini adalah ibuprofen. Ibuprofen obat golongan NSID (non
steroid inflammation drug) yang memiliki aktivitas untuk anagetik, bisa juga
sebagai obat penurun panas serta untuk peradangan.
Aplikasi atau software yang digunakan dalam praktikum kali ini ada 4
diantaranya, Autodock Tools 1.5.6, Autodock 4, Autogrid 4, Discovery Studio 4.1.
Hal yang pertama dilakukan sebelum memvalidasi senyawa adalah melakukan
pemisahan reseptor dengan ligand, software yang digunakan adalah discovery
studio 4.1. Discovery studio merupakan perangkat lunak ini dapat digunakan dalam
berbagai hal seperti memvisualisasi berkas (file) struktur sebuah molekul, menjalankan
simulasi kimia, mengidentifikasi interaksi antara reseptor dengan ligan, dan masih
banyak lagi. Perangkat lunak ini digunakan untuk melakukan perbaikan terhadap berkas
struktur reseptor yang didapat dari basis data (database) dan juga mengkonversi format
berkas (file) sehingga dapat digunakan oleh program lainnya. Aplikasi ini juga dapat
digunakan untuk menganalisis hasil penambatan molekul. Kemudian langkah ini
melakukan penghapusan beberapa residu yang dapat mengganggu proses docking.
Nama : M. Ramadhan Saputro (13171070)
Kelas : FA 2 Matrikulasi
Judul : docking (tutorial autodock)

Kemudian langkah kedua prefarasi makromolekul dan ligand dengan membuka

software autodock tools 1.5.6. Autodock tools merupakan aplikasi front-end dari
aplikasi Autodock dan Autodock Vina. Program Autodock tools dalam penambatan
molekul dapat digunakan dalam mengubah struktur ligan atau reseptor yang digunakan,
mencari parameter grid yang sesuai, menjalankan penambatan, hingga menganalisa
hasil penambatan. Setelah kita membuka aplikasi autodock tool, lakukan lakukan
perubahan protein dan ligan ke dalam bentuk PDBQT hal ini bertujuan agar
protein-ligand dapat dibaca oleh autodock vina.
Pada protein dilakukan penambahan hydrogen yang berfungsi dengan penambahan
ini akan sangat mempengaruhi ikatannya dengan ligan, sehingga dapat berikatan
dengan ligan maka harus dijadikan dalam bentuk polar.
Setelah ini kita membuka makromolekul (ibuprofen) masih aplikasi yang sama.
Lakukan preparasi ligand kemudian barulah kita save dengan PDBQT.
Langkah berikutnya menyiapkan parameter autogrid dimana kita agar setelah ini
kita akan menjalankannya dengan tujuan akan memperoleh data autogrid. Save data
ini dalam bentuk GPF agar data tersebut dapat dibuka ketika hendak menjalankan
autogrid. Berikutnya barulah menjalankan autogrid dengan memilih run autogrid
dan beberapa yang harus diganti dan dihapus agar sesuai dengan data persiapan
autogrid tersebut. Setelah menjalankan autogrid diperolehlah data autogrid seperti
gambar dibawah ini. Dengan keterangan successful completion.

Artinya dengan keterangan seperti yang di atas maka data autogrid telah didapat
dan berhasil.
Langkah berikutnya kembali kita menyiapkan parameter docking, dengan
mengklik docking dan buka makromolekul target dalam bentuk PDBQT. Persiapan
parameter ini melakukan langkah yang cukup panjang karena ada beberapa yang
Nama : M. Ramadhan Saputro (13171070)
Kelas : FA 2 Matrikulasi
Judul : docking (tutorial autodock)

harus disesuaikan dan penyimpanan harus dalam bentuk DPF agar dapat data
tersebut dijalankan. Kemudian menjalankan docking dengan membuka data DPF
dan beberapa hal yang harus dihapus dan diganti. Setelah dijalankan dapatlah data
dari autodock seperti gambar di bawah ini.

V. Kesimpulan
Dapat disimpulkan dari hasil tersebut diperoleh data grid dan autodock dengan
rmstol nya 2 angstrom. Hasil ini menandakan bahwa hasil validasi docking
diterima.
Nama : M. Ramadhan Saputro (13171070)
Kelas : FA 2 Matrikulasi
Judul : docking (tutorial autodock)