BIOINFORMATIKA

DESAIN PRIMER

Oleh :

Al Hidayani
G4C018013
Dosen Pengampu : Dr. Stalis Norma Ethica, M.Si

PROGRAM STUDI S2 SAINS LABORATORIUM MEDIS

FAKULTAS ILMU KEPERAWATAN DAN KESEHATAN
UNIVERSITAS MUHAMMADIYAH SEMARANG
2018
A. Instruksi Tugas
TUGAS DESAIN & ANALISIS PRIMER:
1. Dari database NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov pilihlah nukelotida DNA
suatu gen terkait kanker (apa saja) dengan panjangantara 1000 -5000 bp
dalam format Fasta.t
2. Dengan bantuan Primer3Plus NCBI http://www.bioinformatics.nl/cgi-
bin/primer3plus/primer3plus.cgi, gunakans ekuen DNA dalam format Fasta
yang anda dapatkan pada langkah sebelumnya sebagai input untuk
mendesain primer pada
3. Catat 1 pasang atau lebih primer yang anda dapatkan, dan ujilah kualitas
semua primer dengan oligo calculator
http://www.geneinfinity.org/sms/sms_primanalysis.html#

B. Nama Gen dan Sekuen Fasta dari NCBI

Homo sapiens prostate cancer associated 3 (PCA3), transcript variant 3,

long non-coding RNA
ACAGAAGAAATAGCAAGTGCCGAGAAGCTGGCATCAGAAAAACAGAGGGGAGATTTGTGTGGCTGCAGCC
GAGGGAGACCAGGAAGATCTGCATGGTGGGAAGGACCTGATGATACAGAGCCCCTTTAAATATCCACACA
CACAGGAAGCACAAAAGGAAGCACAGAGATCCCTGGGAGAAATGCCCGGCCGCCATCTTGGGTCATCGAT
GAGCCTCGCCCTGTGCCTGGTCCCGCTTGTGAGGGAAGGACATTAGAAAATGAATTGATGTGTTCCTTAA
AGGATGGGCAGGAAAACAGATCCTGTTGTGGATATTTATTTGAACGGGATTACAGATTTGAAATGAAGTC
ACAAAGTGAGCATTACCAATGAGAGGAAAACAGACGAGAAAATCTTGATGGCTTCACAAGACATGCAACA
AACAAAATGGAATACTGTGATGACATGAGGCAGCCAAGCTGGGGAGGAGATAACCACGGGGCAGAGGGTC
AGGATTCTGGCCCTGCTGCCTAAACTGTGCGTTCATAACCAAATCATTTCATATTTCTAACCCTCAAAAC
AAAGCTGTTGTAATATCTGATCTCTACGGTTCCTTCTGGGCCCAACATTCTCCATATATCCAGCCACACT
CATTTTTAATATTTAGTTCCCAGATCTGTACTGTGACCTTTCTACACTGTAGAATAACATTACTCATTTT
GTTCAAAGACCCTTCGTGTTGCTGCCTAATATGTAGCTGACTGTTTTTCCTAAGGAGTGTTCTGGCCCAG
GGGATCTGTGAACAGGCTGGGAAGCATCTCAAGATCTTTCCAGGGTTATACTTACTAGCACACAGCATGA
TCATTACGGAGTGAATTATCTAATCAACATCATCCTCAGTGTCTTTGCCCATACTGAAATTCATTTCCCA
CTTTTGTGCCCATTCTCAAGACCTCAAAATGTCATTCCATTAATATCACAGGATTAACTTTTTTTTTTAA
CCTGGAAGAATTCAATGTTACATGCAGCTATGGGAATTTAATTACATATTTTGTTTTCCAGTGCAAAGAT
GACTAAGTCCTTTATCCCTCCCCTTTGTTTGATTTTTTTTCCAGTATAAAGTTAAAATGCTTAGCCTTGT
ACTGAGGCTGTATACAGCCACAGCCTCTCCCCATCCCTCCAGCCTTATCTGTCATCACCATCAACCCCTC
CCATGCACCTAAACAAAATCTAACTTGTAATTCCTTGAACATGTCAGGCATACATTATTCCTTCTGCCTG
AGAAGCTCTTCCTTGTCTCTTAAATCTAGAATGATGTAAAGTTTTGAATAAGTTGACTATCTTACTTCAT
GCAAAGAAGGGACACATATGAGATTCATCATCACATGAGACAGCAAATACTAAAAGTGTAATTTGATTAT
AAGAGTTTAGATAAATATATGAAATGCAAGAGCCACAGAGGGAATGTTTATGGGGCACGTTTGTAAGCCT
GGGATGTGAAGCAAAGGCAGGGAACCTCATAGTATCTTATATAATATACTTCATTTCTCTATCTCTATCA
CAATATCCAACAAGCTTTTCACAGAATTCATGCAGTGCAAATCCCCAAAGGTAACCTTTATCCATTTCAT
GGTGAGTGCGCTTTAGAATTTTGGCAAATCATACTGGTCACTTATCTCAACTTTGAGATGTGTTTGTCCT
TGTAGTTAATTGAAAGAAATAGGGCACTCTTGTGAGCCACTTTAGGGTTCACTCCTGGCAATAAAGAATT
TACAAAGAGCTACTCAGGACCAGTTGTTAAGAGCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTACATGCC
AAAGTGTGCCTCTCTCTCTTTGACCCATTATTTCAGACTTAAAAACAAGCATGTTTTCAAATGGCACTAT
GAGCTGCCAATGATGTATCACCACCATATCTCATTATTCTCCAGTAAATGTGATAATAATGTCATCTGTT
AACATAAAAAAAGTTTGACTTCACAAAAGCAGCTGGAAATGGACAACCACAATATGCATAAATCTAACTC
CTACCATCAGCTACACACTGCTTGACATATATTGTTAGAAGCACCTCGCATTTGTGGGTTCTCTTAAGCA
AAATACTTGCATTAGGTCTCAGCTGGGGCTGTGCATCAGGCGGTTTGAGAAATATTCAATTCTCAGCAGA
AGCCAGAATTTGAATTCCCTCATCTTTTAGGAATCATTTACCAGGTTTGGAGAGGATTCAGACAGCTCAG
GTGCTTTCACTAATGTCTCTGAACTTCTGTCCCTCTTTGTGTTCATGGATAGTCCAATAAATAATGTTAT
CTTTGAACTGATGCTCATAGGAGAGAATATAAGAACTCTGAGTGATATCAACATTAGGGATTCAAAGAAA
TATTAGATTTAAGCTCACACTGGTCAAAAGGAACCAAGATACAAAGAACTCTGAGCTGTCATCGTCCCCA
TCTCTGTGAGCCACAACCAACAGCAGGACCCAACGCATGTCTGAGATCCTTAAATCAAGGAAACCAGTGT
CATGAGTTGAATTCTCCTATTATGGATGCTAGCTTCTGGCCATCTCTGGCTCTCCTCTTGACACATATTA
GCTTCTAGCCTTTGCTTCCACGACTTTTATCTTTTCTCCAACACATCGCTTACCAATCCTCTCTCTGCTC
TGTTGCTTTGGACTTCCCCACAAGAATTTCAACGACTCTCAAGTCTTTTCTTCCATCCCCACCACTAACC
TGAATGCCTAGACCCTTATTTTTATTAATTTCCAATAGATGCTGCCTATGGGCTATATTGCTTTAGATGA
ACATTAGATATTTAAAGCTCAAGAGGTTCAAAATCCAACTCATTATCTTCTCTTTCTTTCACCTCCCTGC
TCCTCTCCCTATATTACTGATTGCACTGAACAGCATGGTCCCCAATGTAGCCATGCAAATGAGAAACCCA
GTGGCTCCTTGTGGTACATGCATGCAAGACTGCTGAAGCCAGAAGGATGACTGATTACGCCTCATGGGTG
GAGGGGACCACTCCTGGGCCTTCGTGATTGTCAGGAGCAAGACCTGAGATGCTCCCTGCCTTCAGTGTCC
TCTGCATCTCCCCTTTCTAATGAAGATCCATAGAATTTGCTACATTTGAGAATTCCAATTAGGAACTCAC
ATGTTTTATCTGCCCTATCAATTTTTTAAACTTGCTGAAAATTAAGTTTTTTCAAAATCTGTCCTTGTAA
ATTACTTTTTCTTACAGTGTCTTGGCATACTATATCAACTTTGATTCTTTGTTACAACTTTTCTTACTCT
TTTATCACCAAAGTGGCTTTTATTCTCTTTATTATTATTATTTTCTTTTACTACTATATTACGTTGTTAT
TATTTTGTTCTCTATAGTATCAATTTATTTGATTTAGTTTCAATTTATTTTTATTGCTGACTTTTAAAAT
AAGTGATTCGGGGGGTGGGAGAACAGGGGAGGGAGAGCATTAGGACAAATACCTAATGCATGTGGGACTT
AAAACCTAGATGATGGGTTGATAGGTGCAGCAAACCACTATGGCACACGTATACCTGTGTAACAAACCTA
CACATTCTGCACATGTATCCCAGAACGTAAAGTAAAATTTAAAAAAAAGTGA
C. Screen-shoot keluaran/ output Primer3Plus

D. Hasil desain primer dan analisis kualitasnya dalam bentuk tabel

Product Dimer Hairpin
Primer Tm
Pri mer squence size (ada/tida (ada/tida
pair (0C)
(bp) k ada) k ada)
F 5’
600C 169 0 0
1 CGTTTGTAAGCCTGGGATGT
R 5’
600C 169 0 0
CTAAAGCGCACTCACCATGA
F 5’
600C 170 >3 0
2 ACGTTTGTAAGCCTGGGATG
R 5’
600C 170 0 0
CTAAAGCGCACTCACCATGA
F 5’
610C 180 0 0
3 CTGTCATCGTCCCCATCTCT
R 5’
600C 180 0 0
AGTCGTGGAAGCAAAGGCTA