Review Jurnal

Judul Speciation as a sieve for ancestral polymorphism

Jurnal Journal WILEY molecular ecology
Volume & Halaman Vol. 26, Hal. 5362-5368
Tahun 2017
Penulis Rafael F. Guerrero & Matthew W. Hahn
Reviewer Muhamad Helmi Eka Nugraha ( 4411417066 )
Tanggal 23 januari 2019

Hasil

Pada penelitian ini ditemukan penyaring polimorfisme dipengaruhi faktor-faktor

seperti struktur populasi, kawin asortatif, introgresi, pemilihan latar belakang atau variasi
mutasi dan rekombinasi tarif-kontribusi untuk heterogenitas di tingkat divergensi genom.
Karena kompleksitas dari perbedaan distribusi, kesimpulan yang hanya mengandalkan outlier
dapat menghasilkan hasil yang menyesatkan Bahkan, perbedaan biologis yang signifikan
antara model spesiasi kadang-kadang tidak relevan dari sudut pandang teoritis. Oleh karena
itu penulis menggunakan tingkatan saat polimorfisme sebagai wakil untuk tingkat leluhur
dalam analisis model berbasis analisis juga akan menjadi titik awal yang berguna dalam
mencoba untuk memahami penyebab variasi dalam tingkat divergensi. Akhirnya, analisis dari
banyak populasi baru data genom yang diproduksi dapat menggali berbagai polimorfisme
tersaring, yang bisa menyebabkan kita untuk mempertimbangkan kembali kelangkaan dari
seleksi keseimbangan di luar adaptasi lokal.

Pembahasan

1. introduction

Seleksi dapat meningkatkan keragaman dengan mendukung pemeliharaan polimorfisme

melalui over-dominasi, ketergantungan frekuensi dan seleksi heterogen. Namun demikian,
polimorfisme seimbang dianggap langka di alam, dan lokus tersebut sering diabaikan sebagai
kontributor utama genome-wide variasi dalam tingkat urutan keragaman dan perbedaan. kami
berpendapat bahwa spesiasi dapat bertindak sebagai “saringan” yang akan mengungkapkan
seleksi keseimbangan dengan menyortir leluhur polimorfisme seimbang merata di seluruh
garis keturunan keturunan. polimorfisme leluhur mungkin juga bertanggung jawab untuk
banyak puncak dari perbedaan genom antara taksa yang terkait erat, meniru pola yang
dihasilkan oleh proses lainnya dan studi genom populasi pembaur (termasuk orang-orang dari
aliran gen differen-esensial dan “pulau-pulau spesiasi”).
 2. The Effect Of Balancing Selection On Genetic Diversity

Penulis menyatakan bahwa potensi kesulitan dalam mendeteksi polimorfisme yang

seimbang agak diringankan dalam kasus-kasus adaptasi lokal. Langkah-langkah diferensiasi
antara populasi dapat digunakan sebagai wakil untuk perbedaan antara kelas alel. Selain itu,
struktur penduduk yang sebenarnya dapat menurunkan tingkat rekombinasi yang efektif
antara kelas alel memperburuk perbedaan mereka, sementara seleksi spasial bervariasi
dilaporkan dalam populasi alami jauh lebih sering daripada bentuk-bentuk lain dari seleksi
keseimbangan. sementara overdominasi dan frekuensi negatif ketergantungan terus dianggap
langka, adaptasi lokal dianggap meresap, dan bahkan langkah pertama wajib di beberapa
model spesiasi.

3. The Sieve: Ancestral Lineage Sorting After Speciation

Penulis menyatakan bahwa keseimbangan seleksi bisa lebih mudah terdeteksi setelah
spesiasi (sebagai polimorfisme disaring dengan ele-vated dXY) Dibandingkan nenek moyang
ketika alel kausal tidak diketahui. Seleksi keseimbangan diharapkan menjadi dua kali lebih
kuat pada dXY dari pada ppada lokus dengan alel dipertahankan pada frekuensi yang sama
dalam leluhur, baik sebagai alel menjadi langka, efeknya lebih survive ketika frekuensi alel
kecil adalah 10% di leluhur, peningkatan dXY diharapkan menjadi hampir enam kali lebih
besar dari peningkatan p. Oleh karena itu, dengan memisahkan haplotipe yang relevan,
spesiasi dapat secara dramatis meningkatkan kekuatan untuk menemukan lokus bawah
seleksi keseimbangan.

4. Relevance of Sieved Polymorphisms During Recent Genomic Divergence

Penulis menyatakan bahwa polimorfisme juga dapat disaring. Di antaranya, penyusunan

ulang kromosom (misalnya, inversi, fusi) yang menarik khusus untuk peran mereka selama
adaptasi lokal. Penyusunan ulang dapat berkembang dengan menangkap alel lokal yang telah
beradaptasi. Selain itu, penyusunan ulang seimbang (terutama inversi) biasanya mencolok
dalam data genom penduduk karena mereka biasanya menyebabkan penurunan dramatis
dalam rekombinasi, yang pada gilirannya mengarah subdivisi populasi lebih kuat
dibandingkan dengan polimorfisme seimbang. penyusunan ulang dianggap menjadi pemain
kunci dalam penumpukan diferensiasi yang dapat mengakibatkan spesiasi. Beberapa inversi
kromosom bahkan telah dikaitkan dengan proses spesiasi. Namun inversi pada adaptasi lokal
dipertahankan sebagai polimorfisme dalam spesies atau polimorfisme trans-spesifik-tanpa
terlibat dalam spesiasi. Pembalikan telah disaring setidaknya dua kali, sehingga perbandingan
antara spesies yang tetap untuk aturan alternatif menunjukkan peningkatan perbedaan di
banyak megabases urutan.

5. Implications for Inferences from Population Genomic Studies

Penulis menyatakan bahwa polimorfisme tersaring atau sumber lain dari varians dalam
divergensi genomik dengan pulau-pulau spesiasi dapat mengacaukan dan menyebabkan
kesimpulan yang keliru dengan menyatakan bahwa sejumlah besar variasi dalam perbedaan
menyiratkan perbedaan dalam menghadapi aliran gen. Sampai batas tertentu kesimpulan ini
mengikuti dari pengamatan dari Pulau Spesiasi yaitu jika ada lokus tahan terhadap aliran gen,
maka berikut bahwa pasti ada aliran gen. Tapi kekeliruan sinyal ini juga dapat mempengaruhi
metode untuk aliran gen yang berasumsi bahwa tidak ada seleksi. dan karena itu menafsirkan
kelebihan varians diamati sebagai akibat migrasi. Baru-baru ini telah diakui bahwa
pemodelan efek pilihan pada tingkat sampel polimorfisme penting dalam mengontrol
kekeliruan positif tersebut. Implikasi di sini adalah bahwa variasi dalam tingkat leluhur
polimorfisme juga harus dipertimbangkan, karena dapat menyebabkan kekeliruan kesimpulan
aliran gen terkini dan pilihan saat ini (yaitu, label diayak daerah, yang mungkin sekarang,
netral sebagai tahan terhadap aliran gen).