MODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI

 Transkripsi, Proses Pengakutan RNA, dan Translasi Pada Sel Eukariot

Pada sel eukariot, proses transkripsi tidak terjadi secara bersamaan, transkripsi
terjadi di dalam inti sel sedangkan translasi terjadi di dalam sitoplasma. Proses
transkripsi dan translasi pada eukariot lebih kompleks bila dibandingkan dengan sel
prokariot, termasuk proses pembentukan mRNA.
mRNA pada eukariot diturunkan dari gen primer transkrip dan melibatkan
beberapa proses, yaitu (1) pemotongan sebagian besar precursor mRNA (pre-mRNA)
menjadi molekul mRNA yang lebih kecil, (2) penambahan kelompok 7-metil guanosin
pada ujung 5’ (“topi ujung 5’”)molekul, (3) penambahan sekitar 200 nukleotida dengan
urutan adenilat nukleotida ( ujung “poly-A”) yang panjang pada ujung 3’ molekul, (4)
pembentukan protein spesifik yang kompleks. Proses pemotongan melibatkan
perubahan pre-mRNA menjadi molekul mRNA dan juga sering melibatkan
pemindahan urutan utama dari ujung 5’ ke kodon inisial translasi, dan segmen bukan
kodon diantara daerah kodon.
Tidak semua transkripsi gen melalui keseluruhan 4 tahap di atas. Tidak semua
mRNA mempunyai “topi ujung 5’”, begitu juga ujung “poly-A”. hal ini membuat kita
sulit menentukan fungsi modifikasi pasca transkripsi. Tidak semua ribosom RNAs
disitesis di dalam inti sel eukariot yang mengandung molekul yang memiliki ukuran
yang sangat besar (10S-200S, atau panjangnya sekitar 1000-50000 nukleotida). RNA
ini disebut “heterogeneous nuclear RNA” (hnRNA). Pada proses pembentukan mRNA
dari pre-mRNA dihasilkan gen transkrip di dalam sel eukariot. Proses ini melibatkan
pemotongan daerah nonkodon yang terletak diantara daerah kodon.
Proses translasi pada eukariot analog dengan translasi pada prokariot. Yang
membedakannya hanya inisial tRNA belum dibentuk dan sebagian besar mRNAs pada
sel eukariot bersifat monogenic, oleh karena itu hanya satu molekul polipeptida yang
diterjemahkan dari tiap-tiap mRNA.

 Pemindahan Urutan Intron dari Penyambungan RNA

Sebagian besar gen pada sel eukariot mengandung lebih banyak daerah
nonkodon (intron) yang memisahkan daerah kodon (exons). Tidak banyak gen pada sel
prokariot yang mengandung daerah intron. Proses penyambungan RNA harus
dilakukan secara hati-hati . Daerah exon harus bergabung dengan nukleotida tunggal
dan kodon tersebut harus bisa diterjemahkan dengan tepat.
Pada struktur gen mitokondria dan kloroplas, struktur penghubung exon-intron
berbeda dengan gen pada umumnya sehingga proses penyambungan RNA juga
berbeda. Hanya ada satu urutan pendek yang mengandung intron, yang biasa disebut
“TACTAAC box”. Sisa adeninpada urutan ke-6 pada “TACTAAC box” mempunyai
peranan yang penting dalam proses penyambungan RNA. Ada 3 tipe pemotongan
intron pada proses transkripsi RNA, yaitu:
1. Intron precursor tRNA dipotong tepat pada saat pembelahan inti dan reaksi
ligasi yang dikatalisis oleh enzim endonuklease.
2. Intron pada Tetrahymena precursor rRNA dipindah ke reaksi khusus dan
molekul RNA itu sendiri yang berfungsi sebagai medianya.
3. Intron dari hnRNA digabungkan melalui dua tahap reaksi yang dipengaruhi
kompleks partikel ribonukleoprotein yang disebut “spliceosomes”.

 Penyambungan Precursor tRNA

Proses penyambungan precursor tRNA telah bekerja secara efektif pada jamur
ragi (Saccaromyces sp.). system penyambungan secara invitro maupun penyambungan
mutan telah digunakan pada proses penyambungan tRNA pada jamur ragi. Proses
pemotongan precursor tRNA terjadi dalam dua tahap. Pertama-tama ikatan membran
nuclear menggabungkan endonuklease dan membuat pemotongan tersebut terjadi tepat
pada ujung intron. Kemudian dengan adanya suatu reaksi kompleks, ligase
digabungkan dengan tujuan untuk menggabungkan 2 bagian tRNA sehingga dihasilkan
molekul tRNA yang utuh. Kekhususan dari reaksi ini terletak pada proses
pengkonversian 3 pola struktur precursor tRNA.
Pemotongan precursor menghasilkan ujung 5’-OH dan kelompok 2’-3’ phospat
yang siklik pada ujung 3’. Tahap kedua pada proses ligasi melibatkan 4 reaksi yang
terpisah, yaitu:
1. Penambahan kelompok phospat pada ujung 5’-OH. Reaksi ini membutuhkan
aktifitas enzim kinase dan donor phospat.
2. Kelompok 5’ phospat diaktifkan dengan memindahkan AMP ke ujung molekul.
3. ikatan siklik 2’-3’ phospat terbuka karena aktivitas enzim cyclic
phosphodiesteraseyang menghasilkan 2’ phospat dan gugus 3’ hidroksil.
4. Reaksi ligasi yang terakhir adalah proses pemecahan gugus 3’-OH dengan
melepaskan AMP.
Hampir seluruh organisme memiliki mekanisme pemotongan intron yang sama.
Mekanisme tersebut juga terjadi pada sel-sel tumbuhan. Akan tetapi mekanisme
pemotongan intron pada sel mamalia sedikit berbeda dengan sel-sel yang lain.

 Penyambungan Autokatalisis Pada Precursor Tetrahymena tRNA

Pada ilmu biologi umu dijelaskan bahwa proses metabolisme terjadi karena
reaksi katalisis enzim. Enzim-enzim tersebut merupakan polypeptida tunggal dan ezim
tersebut membutuhkan kofaktor yang mempunyai struktur bukan protein agar enzim
tersebut bisa berfungsi dengan baik. Jadi, intron pada precursor tRNA
dari Tetrahymena dipotong tanpa menggunakan protein dan proses pemotongan ini
sangat penting bagi tRNA itu sendiri. Beberapa proses autokatalisis tersebut terjadi
pada precursor rRNA beberapa eukariot dan precursor rRNA, tRNA, dan mRNA
mitokondria.
 Pemotongan secara autokatalisis pada intron dalam precursor
rRNA Tetrahymena tidak membutuhkan tenaga eksternal dan juga protein. Akan tetapi
proses tersebut membutuhkan transfer phospphodiester untuk memotong intron. Dua
bagian intron yang telah dipotong akan dipindah ke ikatan phosphodiuester yang lain.
Aktivitas autokatalisis ini tergantung pada struktur intron atau struktur sekunder dari
precursor tRNA.

 Penyambungan Pre-mRNA: snRNAs, snRNPs, dan Spliceosome

Intron precursor pada inti sel dipotong melalui dua tahap seperti yang terjadi
pada jamur ragi. Akan tetapi pada precursor inti intronnya tidak dipotong oleh enzim
nuklease atau ligase. Intron tersebut dipotong oleh struktur protein yang
disebut Spliceosome. Spliceosome mengandung suatu molekul RNA yang disebut
snRNA.
Tahap awal pemotongan terjadi pada ujung 5’ intron dan 2’-5’ phosphodiester
dibentuk diantara posisi 5’-G yang ditempatkan dekat ujung3’ intron. Pada tahap kedua
gen digabungkan oleh ikatan 3’-5’ phosphodiester dan intron yang telah dibentuk akan
dilepaskan. Tahap-tahap ini terjadi pada Spliceosome dan membutuhkan hidrolisis
ATP. Molekul lain yang terkandung pada spliceosome adalah molekul RNA yang
disebut snRNP. Molekul snRNP akan ditambahkan pada proses pemotongan adar
prosesnya berlangsung secara sempurna. Molekul snRNP U2 diikat pada suatu jaringan
yang khusus dan membentuk percabangan. Kemudian snRNP U5 dan U4 atau U6
ditambahkan untuk menghasilkan spliceosome yang sempurna. Pada pembelahan
ujung 5’ intron, snRNA U4 dilepaskan dari spliceosome. Setelah intron dipotong, dua
bagian exon digabungkan dengan menyambungan 5’-3’ phosphodiester sehingga
mRNA yang sudah dipotong siap dipindah ke sitoplasma dan melanjutkan proses
transkripsi selanjutnya.