Ekosistem mangrove berada diwilayah pesisir yang merupakan daerah
pertemuan antara ekosistem darat dan laut. Lingkup ekosistem ini dibagi menjadi dua yaitu kearah darat meliputi bagian tanah baik yang kering maupun yang terendam air laut, dan masih dipengaruhi oleh sifat-sifat fisik laut seperti pasang surut, ombak dan gelombang serta perembesan air laut, serta ke arah laut mencakup bagian perairan laut dan dipengaruhi oleh proses alami yang terjadi di darat seperti sedimentasi serta aliran air tawar dari sungai termasuk yang disebabkan oleh kegiatan manusia di darat seperti penggundulan hutan, pembuangan limbah, perluasan permukiman serta intensifikasi pertanian. Walau demikian, hutam mangrove merupakan ekosistem yang dinamis dan memiliki kemampuan pulih dengan cepat jika kondisi geomorfolgi dan hidrologi serta komposisi habitat tidak di ubah oelh penggunaannya (Martinuzzi, 2009). Ekosistem mangrove yang ditemukan di Pulau Karajaan memiliki luasan sekitar 1,2 Ha dengan jenis Rizhopora dan Sonetaria. Kerapatan dan ketebalan mangrove di Pulau Karajaan terbilang kecil namun diameter batangnya sangat besar. Ekosistem mangrove ini hanya di manfaatkan sebagai penahan gelombang secara alami, masih belum dimanfaatkan untuk berbagai hal lainnya. Mangrove memilki berbagai macam manfaat yaitu manfaat fisik, biologi dan ekonomi. Manfaat fisik seperti penahan gelombang, pemerangkap sedimen, abrasi dan erosi, sedangkan biologi sebagai spawning ground dan feeding ground, serta fungsi ekonomi sebagai media ekowisata yang menghasilkan pendapatan. Selain dari manfaat di atas masih terdapat manfaat lainnya yaitu buahnya dapat di olah sebagai sirup, sebagai tepung untuk pembuatan kue, keripik, sedangkan batangnya dapat dijadikan kayu bakar dan beberapa jenis dapat dimanfaatkan sebagai bahan bangunan. Rizhopora – Klasifikasi morfologi Perepah – Klasifikasi morfologi