PENDAHULUAN

1.2 Latar Belakang

Pada dasarnya protein sangat dibutuhkan oleh semua makhluk hidup

dalam proses metabolisme selnya baik pada tumbuhan, hewan, dan
manusia. Protein adalah suatu polipeptida yang mempunyai bobot
molekul yang sangat bervariasi, dari 5000 hingga lebih dari satu juta.
Disamping berat molekul yang berbeda-beda, protein mempunyai sifat
yang berbeda-beda pula. Ada protein yang mudah larut dalam air, tetapi
ada juga yang sukar larut dalam air. Rambut dan kuku adalah suatu
protein yang tidak larut dalam air dan tidak mudah bereaksi, sedangkan
protein yang terdapat dalam bagian putih telur mudah larut dalam air
dan mudah bereaksi. Protein adalah senyawa organik kompleks
berbobot molekul tinggi yang merupakan polimer darimonomer
monomer asam amino yang dihubungkan satu sama lain dengan ikatan
peptida. Tumbuhan menyerap unsur-unsur hara dalam tanah melalui
akar dan disalurkan keseluruh bagian tanaman sampai ke daun sehingga
tumbuhan membentuk protein danmelakukan perombakan (proses
katabolisme). Nitrogen berperan dalam pembentukan sel , jaringan, dan
organ tanaman. Ia berfungsi sebagai sebagai bahan sintetis klorofil,
protein, dan asam amino. Sumber protein yang dibutuhkan manusia dan
hewan didapatkan dari protein nabati dan protein hewani.

1.3 Tujuan

 Mengetahui pengertian protein.

 Mengetahui protein pada tanaman.

 Mengetahui klasifikasi protein.

 Mengetahui ciri-ciri protein.

 Mengetahui struktur protein.

 Mengetahui fungsi protein.

 Mengetahui sumber protein.

 Mengetahui sintesis protein.

1.3 Manfaat

Dengan adanya makalah biokimia tanaman yang membahas tentang

protein ini kita dapat mengerti dan memahami lebih dalam segala hal
yang menyangkut tentang protein khususnya pada tanaman serta
metabolisme protein berupa sintesis protein yang dimulai dari replikasi
DNA sampai menjadi rantai polipeptida atau yang biasa kita sebut
sebagai protein berupa rantai protein primer.

II. PEMBAHASAN

2.1 Potein pada Tanaman

Beberapa penelitian menunjukkan keberadaan protein yang memiliki

letak berbeda-beda pada tumbuhan. Pada famili serealia seperti
gandum, padi, polong-polongan dan jagung proten berada pada bagian
bijinya. Pada tanaman tembakau, protein banyak ditemukan dibagian
daunnya. Sedangkan pada kantong semar, protein banyak ditemukan
pada bagian antara batang dengan bunga, selain itu pada buah petai
terdapat kandungan protein yang tinggi . Terbentuknya protein bermula
dari proses anabolisme dan kemudian dirombak pada tumbuhan
tersebut melalui proses katabolisme. Pada tumbuhan protein dapat
dilihat dari kandungan Nitrogen pada tumbuhan. Kandungan Nitrogen
merupakan unsur yang dominan mempengaruhi pertumbuhan tanaman
tersebut. Sehingga tanaman sangat memerlukan Nitrogen untuk
pembentukan protein pada tanaman dan apabila kekurangan Nitrogen
dapat diartikan sebagai kekurangan protein.

Bila ditanyakan dimana protein itu berada pada tanaman maka

jawabannnya adalah Protein pada bagian tubuh tanaman terdapat
hampir dalam seluruh bagian tubuh tumbuhan. Protein ditemukan pada
daun muda dan pada bagian tubuh lainnya seperti polong, dan buah

Protein adalah senyawa organik kompleks berbobot molekul tinggi yang

merupakan polimer darimonomer monomer asam amino yang
dihubungkan satu sama lain dengan ikatan peptida. Tumbuhan
menyerap unsur-unsur hara dalam tanah melalui akar dan disalurkan
keseluruh bagian tanaman sampai ke daun sehingga tumbuhan
membentuk protein danmelakukan perombakan (proses katabolisme).
Nitrogen berperan dalam pembentukan sel , jaringan, dan organ
tanaman. Ia berfungsi sebagai sebagai bahan sintetis klorofil, protein,
dan asam amino. Karena itu kehadirannya dibutuhkan dalam jumlah
besar, terutama saat pertumbuhan vegetatif. Dalam unsur-unsur
tersebut mengandung unsure Nitrogen yang merupakan unsure
pembentuk pada protein. Unsur Nitrogen yang terdapat pada protein
adalah 16% dari protein tersebut. Yang banyak tersimpan pada pucuk
dan daun muda. Dan masih banyak lagi unsur-unsur yang merupakan
pembentuk dari protein yang tersedia pada tumbuhan.Yang banyak
 tersimpan pada pucuk dan daun muda. Dan masih banyak lagi unsur-
unsur yang merupakan pembentuk dari protein yang tersedia pada
tumbuhan.

Terbentuknya protein bermula dari proses anabolisme dan kemudian

dirombak pada tumbuhan tersebut melalui proses katabolisme. Pada
tumbuhan protein dapat dilihat dari kandungan Nitrogen pada
tumbuhan.Kandungan Nitrogen merupakan unsur yang dominan
mempengaruhi pertumbuhan tanaman tersebut. Sehingga tanaman
sangat memerlukan Nitrogen untuk pembentukan protein pada tanaman
dan apabila kekurangan Nitrogen dapat diartikan sebagai kekurangan
protein.

2.2 Klasifikasi protein

Berdasarkan bentuknya protein dikelompokkan sebagai berikut:

1. Protein bentuk serabut (fibrous)

Karakteristik protein bentuk serabut adalah rendahnya daya larut,

mempunyai kekuatan mekanis yang tinggi untuk tahan terhadap enzim
pencernaan. Kolagen merupakan protein utama jaringan ikat. Elasti
terdapat dalam urat, otot, arteri (pembuluh darah) dan jaringan elastis
lain. Keratini adalah protein rambut dan kuku. Miosin merupakan protein
utama serat otot.

2. Protein globuler

Berbentuk bola terdapat dalam cairan jaringan tubuh. Protein ini larut
dalam larutan garam dan encer, mudah berubah dibawah pengaruh
suhu, konsentrasi garam dan mudah denaturasi. Albumin terdapat
dalam telur, susu, plasma, dan hemoglobin. Globulin terdapat dalam
otot, serum, kuning telur, dan gizi tumbuh-tumbuhan. Histon terdapat
dalam jaringan-jaringan seperti timus dan pancreas. Protamin
dihubungkan dengan asam nukleat.

Menurut kelarutannya, protein globuler dibagi menjadi :

1. Albumin : laut dalam air terkoagulasi oleh panas. Contoh : albumin telur, albumin serum.
2. Globulin : tak larut air, terkoagulasi oleh panas, larut dalam larutan garam, mengendap larutan
garam, konsentrasi meningkat. Contoh : Ixiosinogen dalam otot.
3. Glutelin : tak larut dalam pelarut netral tapi tapi larut dalam asam atau basa encer. Contoh : Histo
dalam Hb.
4. Plolamin/Gliadin : larut dalam alcohol 70-80% dasn tak larut dalam air maupun alcohol absolut.
Contoh : prolaamin dalam gandum.
5. Histon : Larut dalam air dasn tak larut dalam ammonia encer. Contoh : Hisron dalam Hb.
6. Protamin : protein paling sederhana dibanding protein-protein lain, larut dalam air dan tak

terkoagulasi oleh panas. Contoh : salmin dalam ikatan salmon.

3. Protein konjugasi

Merupakan protein sederhana yang terikat dengan baha-bahan non-

asam amino. Nukleoprotein terdaoat dalam inti sel dan merupakan
bagian penting DNA dan RNA. Nukleoprotein adalah kombinasi protein
dengan karbohidrat dalam jumlah besar. Lipoprotein terdapat dalam
plasma-plasma yang terikat melalui ikatan ester dengan asam fosfat
sepertu kasein dalam susu. Metaloprotein adalah protein yang terikat
dengan mineral seperti feritin dan hemosiderin adalah protein dimana
mineralnya adalah zat besi, tembaga dan seng.

2.3 Jenis Protein

Protein yang terdapat pada makhluk hidup memiliki jenis yang berbeda
dan memiliki fungsi masing-masing. Protein yang dihasilkan oleh
tumbuhan berbeda – beda dapat dicontohkan pada beberapa tanaman
sebagai berikut:

Protein prolamin banyak terdapat pada tanaman biji-bijian/sereal

seperti beras polong polongan dan jagung, tidak memiliki lysine. Pada
tanaman polong/kacang-kacangan yang mayoritas mengandung protein
yaitu protein globulin, kekurangan cysteine, danmethionine. Protein ini
memiliki asam amino yang esensial. Selain itu Menurut
Davidson,tanaman memiliki unsur kimia yang dapat melindungi mereka
dari herbivora pemakan daun seperti jenis serangga tertentu dan
monyet.hal ini menunjukan bahwa tanaman memiliki kandungan protein
sebagai pelindung dirinya dari serangan organism pengganggu.

2.4 Ciri-Ciri Tumbuhan yang Kekurangan Protein

Kekurangan protein pada tanaman sama dengan kekurangan Nitrogen

karena pada tanaman terdapat 16% Nitrogen penyusun protein gejala
kekurangannya yaitu:

1. Tanaman tumbuh kerdil.

2. Daun menguning karena kekurangan klorofil. Lebih lanjut mengering dan rontok.
3. Tulang-tulang di bawah permukaan daun muda tampak pucat.
4. Pertumbuhan tanaman lambat , kerdil dan lemah.
5. Produksi bunga dan biji rendah.
6. Jaringan tanaman mengering dan mati.
7. Tanaman akan mati atau kering apabila tidak diatasi.

2.5 Struktur Protein

Struktur protein lainnya yang juga dikenal adalah domain. Struktur ini
terdiri dari 40-350 asam amino. Protein sederhana umumnya hanya
memiliki satu domain. Pada protein yang lebih kompleks, ada beberapa
domain yang terlibat di dalamnya. Hubungan rantai polipeptida yang
berperan di dalamnya akan menimbulkan sebuah fungsi baru berbeda
dengan komponen penyusunnya. Bila strukturdomain pada struktur
kompleks ini berpisah, maka fungsi biologis masing-masing komponen
domain penyusunnya tidak hilang. Inilah yang membedakan struktur
domain dengan struktur kuartener. Pada struktur kuartener, setelah
struktur kompleksnya berpisah, protein tersebut tidak fungsional.

Struktur protein dapat dilihat sebagai hirarki, yaitu berupa struktur

primer (tingkatsatu), sekunder (tingkat dua), tersier (tingkat tiga), dan
kuartener (tingkat empat):

1. Struktur primer protein merupakan urutan asam amino penyusun protein yang dihubungkan
melalui ikatan peptida (amida). Frederick Sange rmerupakan ilmuwan yang berjasa dengan
temuan metode penentuan deret asam amino pada protein, dengan penggunaan beberapa
enzimprotease yang mengiris ikatan antara asam amino tertentu,menjadi fragmen peptida yang
lebih pendek untuk dipisahkan lebih lanjut dengan bantuankertas kromatografik. Urutan asam
amino menentukan fungsi protein, pada tahun1957, Vernon Ingram menemukan bahwa
translokasi asam amino akan mengubah fungsi protein, dan lebih lanjut memicumutasi genetik.
2. Struktur sekunder protein adalah struktur tiga dimensi lokal dari berbagai rangkaian asamamino
pada protein yang distabilkan oleh ikatan hidrogen. Berbagai bentuk struktur sekunder misalnya
ialah sebagai berikut: Alpha helix(α-helix, “puntiran-alfa”), berupa pilinan rantai asam-asam amino
berbentuk seperti spiral; Beta-sheet (β- sheet, “lempeng-beta”), berupa lembaran-lembaran lebar
yang tersusundari sejumlah rantai asam amino yang saling terikat melalui ikatan hidrogen
atauikatan tiol (S-H); Beta a-turn, (β-turn, “lekukan-beta”); dan Gamma-turn, (y-turn, “lekukan-
gamma”).
3. Struktur tersier yang merupakan gabungan dari aneka ragam dari struktur sekunder.Struktur
tersier biasanya berupa gumpalan. Beberapa molekul protein dapat berinteraksisecara fisik tanpa
ikatan kovalen membentuk oligomer yang stabil (misalnya dimer,trimer, atau kuartomer) dan
membentuk struktur kuartener.
4. Struktur kuartener, beberapa protein tersusun atas lebih dari satu rantai polipeptida. Struktur
kuartener menggambarkan subunit-subunit yang berbeda dipak bersama-sama membentuk
struktur protein. Ditinjau dari strukturnya, protein dapat dibagi dalam 2 golongan yaitu:
1. Protein sederhana yang merupakan protein yang hanya terdiri atas molekul-molekul asam amino
2. Protein gabungan yang merupakan protein yang terdiri atas protein dan gugus bukan protein.
Gugus ini disebut gugus prostetik dan terdiri atas karbohidrat, lipid atau asam nukleat.

2.6 Fungsi Protein

 Protein memiliki berbagai fungsi seperti:

1. Protein merupakan enzim atau subunit enzim, misal ribonuklease, tripsin.

2. Protein berperan dalam fungsi struktural atau mekanis, misal protein yang membentuk batang dan
sendisitoskeleton.
3. Protein juga terlibat dalam sistem kekebalan (imun) sebagai antibodi, misal Trombin.
4. Protein sebagai sistem pengendali dalam bentuk hormon, misal insulin, hormontumbuh (auksin).
5. Protein sebagai komponen penyimpanan/ nutrient, misal kasein(susu), ovalgumin (telur), gliadin
(gandum) dan transportasi hara di tumbuhan
6. Protein sebagai salah satu sumber gizi dan berperan sebagai sumber asam amino
bagiorganismeyang tidak mampu membentuk asam amino tersebut (heterotrof).
7. Pada organism lain, protein memiliki fungsi lain seperti ; Monelin; pada suatu tanaman di Afrika
yang mempunyai rasa yang amat manis ataupun protein anti beku pada ikan. Sebagian besar
kimia kehidupan adalah senyawa organik polifungsional. Gugus fungsional tersebut biasanya
mempunyai interaksi agak kuat, seperti gugus yang ada padakarbohidat dan antara gugus amino
dengan karboksil pada asam amino. Protein yang merupakan komponen tak berair di dalam sel
dan begitu banyak dijumpai didalam makhluk hidup mempunyai fungsi yang sangat
mengagumkan. Protein berdasarkan bentuk, dibedakan menjadi 2 macam yaitu protein serabut
dan globular. Protein apabila dihidrolisis dengan asam atau basa akan menjadi asam amino. Hal
ini membuktikan bahwa molekul penyusun protein adalah asam amino.

2.7 Ciri Utama Protein

Ciri-ciri utama molekul protein yaitu:

1. Umumnya terjadi atas 20 macam asam amino yang berikatan secara kovalen dalam variasiurutan
yang bermacam-macam, membentuk suatu rantai polipeptida.
2. Terdapat ikatan kimia lain yang menyebabkan terbentuknya lengkungan-lengkungan rantai
polipeptida menjadi struktur tiga dimensi protein.
3. Strukturnya tidak stabil terhadap beberapa faktor seperti pH, dll.
4. Umumnya reaktis sangat speifik hal ini disebabkan karena adanya gugus samping yang reaktif dan
susunan khas struktur makromolekulnya.

2.8 Sumber Protein

Sumber Protein berdasarkan sumbernya, protein ada dua macam yatu

:

1. Protein hewani, yaitu protein yang berasal dari hewan contohnya daging, ikan, telur.
2. Protein nabati, yaitu protein yang berasal dari tumbuh-tumbuhan contohnya kacang-kacangnya.

2.9 Komposisi Protein

Protein terdiri dari karbon, hidrogen, oksigen, nitrogen, dan, dalam
beberapa kasus, belerang. Protein adalah satu-satunya senyawa organic
yang mengandung nitrogen,sebuah fakta yang menjadikannya kedua
penting dan berpotensi beracun.Asam amino merupakan unit dasar
struktur protein. Beberapa dari asam amino ini dapat synthesized lain
dari asam amino (disebut sebagai nonessential asam amino), sementara
beberapa harus diperoleh dari makanan (disebut sebagai asam amino
essensial).

Struktur asam amino dan nama asam amino penyusun protein Asam
amino yang terjadi secara alami sebagai penyusun protein mempunya
igugus amino (NH2) dan gugus karboksilat (COOH) yang terikat pada
atom yang sama yaitu pada atom karbon alfa. Oleh karena itu asam
amino ini disebut asamα-amino.

2.10 Sintesis Protein

Sintesis protein secara singkat dapat didefinisikan sebagai proses

penerjemahan informasi yang ada pada DNA (sumber materi genetik)
yang mengkode asam-asam amino sehingga menjadi rantai peptida
(rantai protein). Akan tetapi, pengertian yang semacam bisa didapati
berbeda, tergantung dari sumber yang digunakan sebagai acuan
meskipun isinya sebenarnya sama saja.

Komponen yang berperan dalam sintesis protein adalah inti sel, RE

kasar, Ribosom (rRNA), mRNA, tRNA, RNA polimerase.

1. Inti sel

Inti sel merupakan lokasi dimana sumber informasi genetik berada,

yaitu DNA. Jadi, informasi yang akan diterjemahkan pada sintesis
protein berasal dari inti sel.

2. RE kasar & Ribosom (rRNA)

RE kasar merupakan lokasi dimana ribosom melekat. Selain itu, rRNA

atau Ribosomal RNA merupakan tempat terjadinya sintesis protein

3. tRNA (RNA transfer)

tRNA merupakan salah satu jenis RNA yang bertugas untuk mengikat
asam amino dari sitoplasma dan menggabungkannya dengan asam
amino lain pada tahapan sintesis protein.
 4. RNA polimerase

RNA polimerase merupakan enzim yang berperan dalam proses

perangkaian molekul RNA dari molekul DNA.

Tahapan Sintesis Protein

Sintesis protein secara garis besar dibagi menjadi dua tahapan utama,
yaitu proses pembuatan molekul mRNA pada inti sel (transkripsi) dan
proses penerjemahan mRNA oleh rRNA serta perangkaian asam amino
di ribosom (translasi).

a. Transkripsi

Transkripsi terjadi di inti sel. Pada tahapa ini, RNA polimerase akan
melekat pada rantai DNA sehingga rantai membuka. Salah satu rantai
DNA yang akan diterjemahkan (DNA template/rantai sense) mulai
mendapatkan basa pasangannya, sehingga tercipta rantai komplemen.
Rantai komplemen inilah yang kemudian akan menjadi mRNA
(messenger RNA).

Note: pada proses pembuatan mRNA, kode A pada rantai sense akan
berkomplemen dengan kode U (urasil), bukan T atau timin seperti pada
DNA.

RNA polimerase selanjutnya akan bergerak sepenjang rantai DNA

hingga kode-kode yang diperlukan selesai diterjemahkan menjadi mRNA
primer. Peristiwa ini hanya terjadi pada rantai sense atau DNA template
saja, sedangkan pada rantai antisense atau DNA non-template tidak
akan terjadi. Setelah selesai, mRNA primer akan dilepaskan dan
selanjutnya akan melalui beberapa proses.

1. Capping dan polyadenilasi

2. Intron dihilangkan dan ekson akan bergabung splicing
3. Splicing akan berlanjut hingga terbentuk mRNA siap pakai.
Note: mRNA terdiri dari dua macam kode, yaitu ekson dan intron. Ekson adalah kode yang dipakai,
sedangkan intron akan dibuang. mRNA matang selanjutnya akan ditransfer ke sitoplasma untuk
menuju tahapan selanjutnya, yaitu translasi di ribosom

b. Translasi

Tahapan translasi merupakan tahapan dimana mRNA matang dari dalam

inti sel yang telah ditransfer ke sitoplasma, tepatnya diribosom, segera
diterjemahkan.
Translasi sendiri terdiri dari tiga tahapan, yaitu inisiasi, elongasi dan
terminasi.

1. Inisiasi

Pada saat mRNA sampai di ribosom, proses pertama kali yang terjadi
adalah inisiasi. Yaitu proses pengenalan kodon (pasangan 3 kode: cth.
UAA, AUG), yang dimana sintesis akan dimulai dari kodon pemula
(kodon start) yang merupakan asam amino Metionin, dengan kode AUG.
Setelah kodon ini terbaca, asam amino pertama akan berada diribosom
untuk selanjutnya digabungkan dengan asam amino selanjutnya.
Asam amino berada bebas disitoplasma dan dibawa menuju ribosom
oleh RNA transfer atau tRNA.

2. Elongasi

Elongasi merupakan proses kelanjutan dari inisiasi. Pada tahapan ini,

kodon akan terus dibaca dan tRNA akan terus menerus membawa asam
amino ke ribosom sesuai dengan kodon yang ada pada mRNA. Pada
proses elongasi, ribosom biasanya akan berada pada posisi agregat atau
kumpulan. Dua atau lebih ribosom akan melekat pada rantai mRNA
secara bersama-sama sehingga terlihat seperti sedang bergerombol.
Fenomena ribosom yang berkelompok ini disebut dengan polisom dan
fungsinya adalah mempercepat proses sintesis protein.

3. Terminasi

Terminasi merupakan proses terakhir dari translasi. Proses ini mulai

terjadi ketika kodon yang terbaca adalah kodon-kodon yang mengkode
berhentinya sintesis protein. Kodon ini dinamakan dengan kodon stop,
yang terdiri dari tiga kodon yaitu UAA, UAG, dan UGA. Ketika salah satu
kodon-kodon tersebut terbaca, faktor pelepas akan memberhentikan
proses sintesis rantai asam amino. Proses terminasi diakhiri dengan
terbentuknya rantai asam amino yang sangat panjang, atau lebih sering
dinamakan dengan rantai polipeptida. Penamaan ini didasarkan pada
ikatan antara satu asam amino dengan asam amino lainnya yang
dinamakan dengan ikatan peptida. Rantai polipeptida inilah yang kita
sebut dengan protein, lebih tepatnya protein primer. Protein atau rantai
polipeptida dari hasil sintesis protein merupakan rantai protein primer.
Protein ini harus mengalami modifikasi agar bisa digunakan dalam
tubuh. Proses modifikasi akan dilakukan dibadan golgi setelah ditransfer
dari retikulum endoplasma.
 III. PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Dapat disimpulkan bahwa protein sangat banyak memiliki manfaat bagi

kehidupan semua jenis organisme hidup, baik tumbuhan, hewan,
maupun manusia. Pada tumbuhan, dapat mensintesis proteinnya sendiri
sedangkan pada hewan dan manusia tidak dapat mensintesis sendiri
proteinnya tetapi, didapatkan dari organisme hidup lainnya yang biasa
disebut sumber protein hewani yang berasal dari hewan dan sumber
protein nabati yang berasal dari tumbuhan. Fungsi protein sendiri antara
lain, yaitu sebagai enzim yang dapat menpercepat laju reaksi suatu
reaksi kimia, membantu pembentukan struktural batang maupun
sendisitoskeleton, sebagai hormon pertumbuhan, sumber energi,
kekebalan, dll. Adapun tahapan sintesis protein yaitu dimulai dari tahap
replikasi DNA di dalam inti sel, transkripsi RNA, dan translasi RNA
(inisiasi, elongasi, dan terminasi). Kemudian membentuk rantai
polipeptida yang panjang dari kumpulan asam-asam amino. Rantai
polipeptida ini disebut juga sebagai protein atau rantai protein prim