Pada tanaman, senyawa metabolit sekunder memiliki beberapa fungsi, diantaranya sebagai

atraktan (menarik serangga penyerbuk), melindungi dari stress lingkungan, pelindung dari
serangan hama/penyakit (phytoaleksin), pelindung terhadap sinar ultra violet, sebagai zat
pengatur tumbuh dan untuk bersaing dengan tanaman lain (alelopati). Senyawa metabolit
sekunder memiliki struktur yang lebih komplek dan sulit disintesa, jarang dijumpai di pasaran
karena masih sedikit (15%) yang telah berhasil diisolasi sehingga memiliki nilai ekonomi
tinggi (mahal harganya).
Senyawa metabolit sekunder itu bermanfaat bagi manusia tapi produksinya masih sedikit.
Oleh karena itu, diperlukan pengoptimasian senyawa tersebut. Beberapa metode yang telah
dilakukan adalah mengoptimalkan kondisi lingkungan bagi pertumbuhan agen hayati dan
produksi senyawa, dan melakukan rekayasa genetika untuk meningkatkan produksi senyawa
tersebut.