MODUL PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI

BLOK 7.1 (FORENSIK DAN HUKUM KESEHATAN)

DI SUSUN OLEH :

TIM BAGIAN MIKROBIOLOGI

KEMENTERIAN TEKNOLOGI, RISET DAN PENDIDIKAN TINGGI

UNIVERSITAS JENDERAL SOEDIRMAN
FAKULTAS KEDOKTERAN
PURWOKERTO
2017
 I. PENDAHULUAN

Diatom merupakan mikroalga uniseluler dari kelas Bacillariophyceae yang berukuran

1-1000 µm. Diatom telah sejak lama digunakan sebagai indikator perubahan lingkungan akuatik.
Hal ini disebabkan karena kelimpahan dan diversitasnya yang tinggi dan terdistribusi hampir di
seluruh lingkungan akuatik, baik di lingkungan freshwater, transisi maupun salinewater
(Cholnoky, 1968; Conley et al., 1998; Soeprobowati, 2016). Diatom diketahui memiliki struktur
silika sebagai cangkang luarnya yang disebut sebagai frustul (Ludes et al., 1999). Secara
tradisional, klasifikasi diatom berdasarkan bentuk frustul dibagi menjadi 2, diatom centric dan
diatom pennate. Diatom centric memiliki lempeng frustul silinder, sedangkan diatom pennate
memiliki lempeng frustul memanjang (Batarbee et al., 2001).

Gambar 2.1 Mikroarsitektur Diatom a. Diatom Centric b. Diatom Pennate (Gell et al., 1999)

Diatom memiliki niche ekologi yang sangat luas namun memiliki rentang gradien
lingkungan yang sempit untuk bertahan hidup. Distribusi diatom tersebar dari habitat terrestrial,
neritic hingga pelagic. Benito et al. (2015) mengklasifikasikan diatom berdasarkan lingkungan
fisiknya, diatom dapat melayang mengikuti pola gerakan air (planktonik), berasosisasi dengan
makrofit (epifitik), berasosiasi dengan organisme lain (epibiontik), menempel pada pasir atau
substrat (epipsammik), atau permukaan batu (epilitik) .
Diatom dengan struktur cangkang yang terbuat dari silika yang membuatnya mampu
terpreservasi dalam suatu substrat dalam waktu yang sangat lama (Juggins, 2001). Diatom
bahkan mampu terpreservasi di dalam lapisan sedimen dalam waktu ribuan tahun sebagai
mikrofosil. Cangkang silika pada diatom mampu melindungi diatom, sehingga diatom dapat
MODUL PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI BLOK 7.1 2|Page
FAKULTAS KEDOKTERAN
resisten terhadap reaksi asam dan hidrolisis lainnya (Smol and Stoermer, 1999). Dengan
memanfaatkan karakter diatom tersebut, di usulkan penggunaan diatom dalam menganalisis
kematian yang terjadi pada korban yang ditemukan mati mengambang/tenggelam. Teknik
analisis diatom pada dasarnya diusulkan mengingat pada saat proses tenggelam, terjadi inhasi air
ke dalam paru-paru. Air yang terinhalasi ke dalam paru-paru mengandung diatom, sehingga
diatom akan masuk ke dalam sistem sirkulasi korban melalui proses difusi. Selanjutnya akan
terjadi proses embolisasi baik air maupun diatom kedalam organ dalam. Proses ekstraksi diatom
dari jaringan post-mortem korban tenggelam memungkinkan karena diatom masih akan
tersimpan di dalam jaringan karena terlindungi oleh cangkangnya dari reaksi enzimatik dan
digesti asam (Horton et al., 2006).
Penggunan diatom tentunya akan menjadi data primer yang dapat dijadikan sebagai
landasan determinasi kematian korban yang ditemukan mati mengambang/tenggelam. Selain itu,
diatom merupakan organisme yang dapat bervariasi secara spasial, sehingga ekstraksi diatom
yang diperoleh dari jaringan post-mortem korban mampu menjabarkan lokasi tepat dimana
proses tenggelam terjadi. Untuk merekosntruksi penyebab maupun lokasi kematian korban,
maka diperlukan komparasi data diatom hasil ekstraksi dari jaringan, maupun dari sampel air
lokasi korban ditemukan dan lokasi-lokasi dimana korban di duga mengalami tenggelam. Dalam
penelitian ini akan digunakan hewan uji berupa mencit untuk membuktikan signifikan si
penggunaan diatom sebagai bukti forensik dalam kasus kematian yang disebabkan ataupun
diduga disebabkan karena tenggelam.
Diagnosis kejadian tenggelam masih sulit dilakukan dalam patologi forensik. Kematian
karena tenggelam dapat didukung oleh kesamaan data tipe diatom yang terinhalasi masuk ke
dalam organ korban, diatom yang menempel di pakaian korban dengan tipe diatom yang ada
didalam air atau media korban tenggelam (Yamazaki et al., 2002). Kesamaan tersebut dianalisis
korelasi sehingga dapat merepresentasikan data kesamaan yang valid. Dengan demikian semakin
tinggi tingkat kesamaan antara sampel diatom pada organ dan pakaian dengan diatom pada
medium, semakin terkonfirmasi bahwa penyebab kematian adalah tenggelam. Metode ini dapat
mendukung analisis patologi forensik yang masih memiliki banyak kekurangan dalam kasus
kematian karena tenggelam (Piette dan Letter, 2004).
Ludes et al (1999) telah melakukan inisiasi penggunaan diatom untuk mengkonfirmasi
kematian yang diduga disebabkan karena tenggelam. Hasil kesamaan yang signifikan pada
sampel cairan paru-paru yang sudah berisi air media yang terinhalasi saat tenggelam yang
dibandingkan dengan medium lokasi tenggelam yang mereka gunakan dalam penelitian.
Kecocokan dengan presentase lebih besar (100% dan 65%) berhasil diperoleh dari lokasi
MODUL PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI BLOK 7.1 3|Page
FAKULTAS KEDOKTERAN
kejadian tenggelam yang telah diduga sebelumnya. Namun presentase kecocokan diperoleh lebih
sedikit apabila lokasi tenggelam belum diketahui secara pasti dan tidak ada dugaan sama sekali.
Hal ini berhasil mengkonfirmasi lokasi kematian korban yang disebabkan karena.

Gambar 1. Tabel Hasil Analalisis Kesamaan Komposisi Diatom Pada Sampel Korban
dengan Medium Tenggelam (Ludes et al., 1999)

Dalam studi yang dilakukan oleh Horton dan koleganya (2006), berhasil membuktikan
bahwa diatom dapat dijadikan sebagai indikator lokasi tenggelam. Penelitian tersebut dilakukan
dengan mengambil sampel diatom yang melekat pada pakaian, sepatu dan kaos kaki korban
dengan 20 kasus tenggelam dengan lokasi yang telah diketahui dan 20 kasus tenggelam dari
lokasi yang masih belum diketahui secara tepat. Hasil analisis komposisi diatom yang menempel
pada korban tenggelam maupun dengan medium tenggelam menunjukan kecocokan yang
signifikan. Kecocokan komposisis diatom tersebut dilihat dari kesamaan kelimpahan relatif tiap
jenis diatom yang dutemukan dan juga jumlah jenis diatom yang ditemukan. Hasil kecocokan
diatom menunjukan indeks ketidaksamaan atau dissimiliarity yang kecil. Hasil ini dapat
menyimpulkan lokasi kejadian dimana korban tenggelam.

Gambar 2. Tabel Hasil Analalisis Dissimiliarity Komposisi Diatom Pada Sampel Korban Dengan
Medium Tenggelam (Horton et al., 2006)
MODUL PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI BLOK 7.1 4|Page
FAKULTAS KEDOKTERAN
 Berdasarkan penelitian yang telah dilakukan muncul banyak pertanyaan yang
mempertanyakan kevalidan data diatom yang digunakan sehingga metode pengunaan diatom
dalam rekonstruksi forensik kasus tenggelam menjadi kontroversi (Krstic et al., 2002). Diatom
merupakan organisme yang kosmopolit, tersebar luas dan dapat bervariasi secara spasial.
Keraguan data diatom yang diperoleh dari sampel luar, seperti baju, kaos kaki, dan cairan paru-
paru cukup representatif sehingga dibutuhkan metode yang lebih meyakinkan. Dengan
memanfaatkan prinsip proses tenggelam, dimana cairan medium yang mengandung diatom akan
terinhalasi masuk kedalam paru-paru dan akan masuk ke jaringan organ-organ dalam seperti
otak, ginjal dan hati, maka dalam penelitian ini analisis kecocokan diatom akan dilakukan
dengan hasil ekstraksi diatom yang ditemukan didalam jaringan organ dalam. Diatom memilki
ukuran bervariasi. Diatom dengan ukuran frustul yang kecil dimungkinkan masuk ke dalam
jaringan organ dalam tubuh melalui proses embolisasi (Piette dan Letter, 2004). Perbandingan
dan melihat kecocokan antara diatom yang ditemukan antara hasil ekstraksi diatom didalam
jaringan organ dengan diatom dalam medium tenggelam akan menambah kevalidan data.
Kecocokan hasil ekstraksi dari organ dengan medium tenggelm akan menyimpulkan secara
100% bahwa kematian disebabkan karena tenggelam. Apabila korban bukan mati karena
tenggelam, maka jumlah diatom yang ditemukan dalam jaringan akan jauh lebih sedikit dengan
tingkat kecocokan yang lebih rendah. Hal ini disebabkan karena proses embolisasi dan difusi
jauh lebih rendah karena korban yang telah mati diluar medium tidak akan menginhalasi
medium, sehingga laju masuknya diatom kedalam tubuh korban hanya bergantung pada proses
difusi air.

II. TUJUAN PRAKTIKUM

Praktikum ini bertujuan untuk pengenalan tentang diatom dan menginventarisasi diatom
dalam suatu perairan serta aplikasinya dalam kajian forensik (kematian akibat tenggelam).

III. ALAT DAN BAHAN

1. Sampel air medium 7. Gelas Bekker 500 ml

2. Tikus percobaan 8. Pipet tetes
3. Sampel air paru atau jaringan korban 9. Mikropipet 200 mikroliter
4. Botol sampel air 10. Ember plastik
5. H2O2 10% sampai 20% (Disesuaikan) 11. Batang Pengaduk
6. HCl 15% sampai 25% (Disesuaikan) 12. Objectglass

MODUL PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI BLOK 7.1 5|Page

FAKULTAS KEDOKTERAN
 13. CoverGlass 16. Hotplate
14. Mikroskop Cahaya 17. Waterbath
15. Entellan (Agen mounting apabila
diperlukan)

IV. CARA KERJA

A. Persiapan Bahan
1. Siapkan ember yang berisi air sampel 5 liter
2. Masukkan tikus percobaan ke dalam ember supaya tikus tenggelam dan didiamkan
selama 1 x 24 jam atau sampai tikus mati
3. Setelah tikus mati tenggelam, kemudian dilakukan pembedahan untuk diambil organ
paru dan sumsum tulang.
4. Organ tersebut kemudian dilakukan pemeriksaan dextruksi (POINT D)

B. Pengambilan Sampel Air Medium Tenggelam

1. Sediakan botol sampel 200 ml
2. Ambil sampel air dengan baskom 10 Liter, dengan bantuan plankton net (jaring untuk
menyaring diatom dari air).
3. Pindahkan sampel air ke dalam botol sampel 200 ml
4. Tambahkan lugols 3-5 tetes (Apabila diperlukan untuk preservasi sampel amatan yang
akan diobservasi >24 jam

C. Preparasi Sampel air Medium dan Pengamatan Diatom

1. Homogenkan sampel air medium didalam botol sampel yang telah diperoleh (Dikocok
pelan pelan)
2. Ambil sampel air dengan pipet tetes dan diteteskan diatas object glass, lalu tutup
dengan cover glass. Ulangi amatan hingga jumlah diatom ditemukan cukup
representatif untuk dianalisis (Pengamatan dilakukan dibawah mikroskop cahaya
dengan perbesaran total 400X untuk enumerasi, dan determinasi spesies pada
perbesaran 1000X

MODUL PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI BLOK 7.1 6|Page

FAKULTAS KEDOKTERAN
D. Preparasi Sampel Diatom dari Jaringan (Modifikasi metode preparasi dari substrat
perairan (Ardo, 2017))

1. 1-5 gram sampel jaringan atau substrat perairan diambil dan diletakan pada bekker glass
500 ml
2. Tambahkan HCl 15%-25% sebanyak 100 ml, sambil dipanaskan pada waterbath dengan
suhu 80-95 Celcius selama 2 jam (Usahakan untuk melakukan ini di dalam lemari asam,
pengadukan diperlukan untuk memastikan sampel hancur dan homogen)
3. Tambahkan aquades hingga volume menjadi 500 ml, endapkan selama 6-12 jam
4. Buang supernatan secara hati hati, sisakan endapan dibawah
5. Lakukan penetralan dengan menambahkan aquades hingga volume 500 ml, dan
diendapkan selama 6-12 jam
6. Lakukan langkah 10 dan 11 hingga pH netral (Cek dengan kertas lakmus)
7. Tambahkan H2O2 10%-20% sebanyak 100 ml, sambil dipanaskan pada waterbath
dengan suhu 80-95 Celcius selama 2 jam (Usahakan untuk melakukan ini di dalam
lemari asam, pengadukan diperlukan untuk memastikan sampel hancur dan homogen)
8. Tambahkan aquades hingga volume menjadi 500 ml, endapkan selama 6-12 jam
9. Buang supernatan secara hati hati, sisakan endapan dibawah
10. Lakukan penetralan dengan menambahkan aquades hingga volume 500 ml, dan
diendapkan selama 6-12 jam
11. Lakukan langkah 15 dan 16 hingga pH netral (Cek dengan kertas lakmus)
12. Pada proses pengendapan terakhir, buang supernatan dengan hati hati, lalu lakukan
pengenceran dengan menambahkan aquades hingga volume menjadi 100 atau 200 ml
13. Homogenkan, ambil supernatan dengan pipet tetes, lalu amati dibawah mikroskop
cahaya seperti pada langkah B
14. Untuk hasil yang lebih presisi, lakukan dengan mikropipet, teteskan 200 mikroliter
supernatan, lalu diamati.

E. Pemeriksaan Dextruksi (Digesti Asam) pada Paru

1. Ambil 10 gram jaringan paru, masukkan ke dalam labu Kjedahl dan tambahkan asam
sulfat pekat sampai jaringan paru terendam dan diamkan kurang lebih setengah hari.
2. Kemudian panaskan dalam lemari asam sambil ditetesi asam nitrat pekat sampai
terbentuk cairan dan pusingkan dalam centrifuge

MODUL PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI BLOK 7.1 7|Page

FAKULTAS KEDOKTERAN
 3. Cairan dibuang, sedimen yang terbentuk ditambah akuades dan dipusingkan kembali.
Sedimen yang terbentuk diamati di bawah mikroskop.
4. Pemeriksaan diatom positif apabila pada jaringan paru ditemukan diatom cukup banyak,
4-5/LPB, atau 10 -20 per satu sediaan, atau pada sumsum tulang cukup ditemukan hanya
satu.

CATATAN :
Pencocokan gambar untuk menentukan spesies diatom dapat dilakukan di website
https://westerndiatoms.colorado.edu/

MODUL PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI BLOK 7.1 8|Page

FAKULTAS KEDOKTERAN
Petunjuk Pengenalan Diatom Berdasarkan Klasifikasi Morfologi

MODUL PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI BLOK 7.1 9|Page

FAKULTAS KEDOKTERAN