MAKALAH

BIOTEKNOLOGI
(DNA Rekombinan)

OLEH

KELOMPOK VI

ANGGOTA :

1. Mega Laranssakti Ndoi

2. Ofriani Bale Rame
3. Rahelin Marlis Kido
4. Sri Francisca Natalia Seran

KELAS :A

SEMESTER : III (TIGA)

PROGRAM STUDI S1 FARMASI

SEKOLAH TINGGI ILMU KESEHATAN
CITRA HUSADA MANDIRI
KUPANG
2016/2017
 KATA PENGANTAR

Puji dan syukur penulis panjatkan ke hadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena
hanya atas tuntunan dan bimbingan-Nya penulis dapat menyelesaikan makalah
Bioteknologi dengan judul “DNA Rekombinan” tepat pada waktunya.

Dalam makalah ini akan dibahas mengenai DNA rekombinan. Karena

keterbatasan pengetahuan dan pengalaman, penulis menyadari bahwa makalah ini
masih memiliki banyak kekurangan. Oleh karena itu, penulis mengharapkan kritik
dan saran yang membangun dari pembaca untuk kesempurnaan makalah ini.

Semoga makalah ini dapat bermanfaat bagi penulis maupun bagi para
pembaca.

Kupang, 23 September 2016

Penulis

i
 DAFTAR ISI

KATA PENGANTAR …………………………………………………........ i

DAFTAR ISI ……………………………………………………………........ ii

BAB I PENDAHULUAN

1.1. Latar Belakang ………………………………………….. 1

1.2. Rumusan Masalah ………………………………………. 1
1.3. Tujuan Penulisan ………………………………………... 2

BAB II PEMBAHASAN

2.1. Pengertian DNA Rekombinan …………………………... 3

2.2. Komponen dalam Pembentukan DNA Rekombinan ……. 3
2.3. Tahap-tahap Rekombinasi DNA ………………………… 8
2.4. Manfaat DNA Rekombinan ……………………………... 13

BAB III PENUTUP

3.1. Kesimpulan ………………………………………………. 15

DAFTAR PUSTAKA ………………………………………………………... 16

ii
 BAB I

PENDAHULUAN

1.1. LATAR BELAKANG

Bioteknologi adalah cabang ilmu yang mempelajari pemanfaatan
makhluk hidup maupun produk dari makhluk hidup untuk menghasilkan
barang atau jasa. Berbagai penelitian mengenai bioteknologi terus
berkembang sehingga menghasilkan berbagai produk baru yang lebih unggul
dan menguntungkan. Salah satu teknologi yang digunakan dalam
bioteknologi adalah DNA rekombinan. DNA rekombinan atau yang lebih
dikenal dengan rekayasa genetika adalah suatu teknik yang memanfaatkan
DNA (deoxyribonucleic acid) sebagai materi genetik yang menentukan sifat
suatu organisme, dimana DNA tersebut urutannya telah dikombinasikan agar
memiliki sifat-sifat tertentu (sifat baru) sehingga organisme penerimanya
dapat mengekspresikan sifat tersebut.
Produk DNA rekombinan telah membantu kita dalam berbagai
bidang, baik itu dalam bidang kesehatan, pertanian, maupun dalam bidang-
bidang lainnya. Untuk itu, pada makalah ini kami akan membahas mengenai
DNA rekombinan.

1.2. RUMUSAN MASALAH

a. Apa itu DNA rekombinan?
b. Apa saja komponen yang digunakan dalam pembentukan DNA
rekombinan?
c. Bagaimana tahap-tahap rekombinasi DNA?
d. Apa saja manfaat dari DNA rekombinan?

1
1.3. TUJUAN PENULISAN
a. Untuk memenuhi tugas mata kuliah Bioteknologi;
b. Untuk mengetahui pengertian DNA rekombinan;
c. Untuk mengetahui komponen yang digunakan dalam pembentukan
DNA rekombinan;
d. Untuk mengetahui tahapan dalam rekombinasi DNA;
e. Untuk mengetahui manfaat dari DNA rekombinan.

2
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1. PENGERTIAN DNA REKOMBINAN

DNA rekombinan adalah proses pembentukan rekombinan baru dari
material genetik dengan cara penyisipan suatu molekul asam nukleat asing
(yang dihasilkan di luar sel) ke dalam suatu vektor, sehingga memungkinkan
penggabungan dan kelanjutan berkembang/diperbanyak di dalam sel inang
yang baru, dengan demikian diperoleh individu baru dengan sifat baru sesuai
yang diinginkan. DNA dari setiap makhluk hidup memiliki penyusun yang
sama dan DNA juga yang mengatur sifat-sifat makhluk hidup secara turun-
temurun, sehingga jika ingin mengubah sifat makhluk hidup dapat dilakukan
dengan mengubah struktur DNA yang dikandungnya.
Semua organisme mengandung DNA dari bahan yang sama yaitu
gula, asam fosfat, dan basa nitrogen, sehingga DNA dapat disambung-
sambungkan. Penyambungan DNA tersebut disebut rekombinasi gen.

2.2. KOMPONEN DALAM PEMBENTUKAN DNA REKOMBINAN

Komponen utama yang digunakan dalam pembentukan DNA
rekombinan adalah DNA genomik/kromosom, plasmid, enzim restriksi, DNA
ligase, dan bakteri.
a. DNA Genomik (DNA Kromosom)
DNA kromosom merupakan DNA yang akan diklon. DNA
merupakan materi yang memebentuk kromosom-kromosom dan juga
merupakan informasi genetik yang tersimpan dalam tubuh makhluk
hidup. DNA tersusun dari polimer nuklotida. Satu nukleotida tersusun
atas satu gugus fosfat, satu komponen gula pentosa (5 karbon), dan
satu basa nitrogen. Hanya ada 4 kemungkinan basa yang terdapat pada
tiap satu nukleotida, yaitu adenin (A), guanin (G), timin (T), atau

3
sitosin (C). Variasi urutan dari keempat basa inilah yang membentuk
suatu kode genetik pada sel.
James Watson dan Francis Crick memenangkan Nobel di
tahun 1962 mengenai model penyatuan struktur DNA. Bersama
dengan Rosalind Franklin dan Maurice Wilkins, mereka menyatakan
bahwa struktur DNA merupakan dua untaian nukleotida yang disebut
dengan double helix, dimana untaian tersebut tersusun secara spiral
dengan posisi gula dan gugus fosfat terletak di sisi luar dan basa-basa
nitrogen saling berpasangan di sisi dalam (menyambung kedua
untaian tersebut). Perlu diingat bahwa basa-basa tersebut tidak
berpasangan secara acak. Erwin Chargaff meneliti lebih jauh pada
basa-basa yang terkandung dalam DNA. Dia menyatakan persentase
adenin (A) di dalam DNA selalu sama dengan persentase timin (T),
dan persentase guanin (G) selalu sama dengan persentase sitosin (C).
Gambaran yang diutarakan Watson dan Crick menjelaskan
hasil penelitian tersebut dengan memperkirakan bahwa basa A selalu
berpasangan dengan basa T sedangkan basa G selalu berpasangan
dengan basa C dalam rantai DNA. Oleh karena itu, A dan T serta G
dan C, merupakan pasangan basa. Jika suatu rantai DNA terkode
ATGCCAGT, maka rantai pasangannya ialah TACGGTCA.

4
b. Plasmid
- Digunakan sebagai vektor
- Terdapat pada bakteri
- Merupakan DNA selain kromosom
- Berbentuk sirkuler
- Umumnya berukuran kecil (lebih kecil dari ukuran kromosom
bakteri)
- DNA pada plasmid mampu direplikasi sendiri (autonomous
replication)
- Jenis, jumlah, dan ukurannya bervariasi antar sel dan antar jenis
bakteri

Plasmid berbentuk kecil, ekstrakromosomal, dan potongan yang tidak

penting dari DNA. Bakteri menggunakan plasmid untuk beradaptasi
dengan tekanan lingkungan. Sebuah plasmid merupakan segmen

5
 pendek, biasanya melingkar, dan DNA untai ganda yang ditemukan
dalam sitoplasma terpisah dari kromosom bakteri utama. Plasmid
biasanya mengandung 5-100 gen yang tidak diperlukan untuk
kelangsungan hidup bakteri. Gen untuk pertumbuhan, metabolisme,
dan struktur sel yang normal berada pada kromosom bakteri utama.
Selama bakteri yang berkembang dalam lingkungan rendah tekanan,
menghapus/menghilangkan semua plasmid tidak akan mempengaruhi
kemampuan bakteri untuk bertahan hidup.

c. Enzim Restriksi
Enzim retriksi merupakan suatu endonuklease yang mengenal urutan
spesifik pada molekul DNA dan memotong pada urutan yang spesifik
tersebut.
Contoh : Enzim EcoRI telah diisolasi pertama kali oleh Herbert Boyer
pada tahun 1969 dari bakteri E. coli. Enzim EcoRI ini akan memotong
pada bagian antara basa G dan basa A pada sekuens GAATTC.

6
 Setiap enzim restriksi (endonuklease restriksi) mengenal sekuen
pemotongan yang khas dan memotong DNA pada situs pemotongan
yang khas.

d. Enzim DNA Ligase

Enzim ligase merupakan enzim yang digunakan untuk
menyambungkan fragmen DNA. DNA ligase merupakan enzim yang
mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester antara ujung 5’-fosfat
dan 3’-hidroksil pada DNA.

7
 e. Bakteri
Bakteri digunakan sebagai media perkembangan/perbanyakan DNA
rekombinan.

2.3. TAHAP-TAHAP REKOMBINASI DNA

Secara garis besar, tahapan rekombinasi DNA meliputi isolasi DNA
genomik atau kromosom yang akan diklon dan isolasi DNA vektor,
pemotongan DNA menggunakan enzim restriksi, penggabungan DNA
(penyisipan fragmen DNA ke dalam vektor untuk menghasilkan molekul
DNA rekombinan), dan pemasukkan DNA ke dalam sel inang.
a. Isolasi DNA
- Isolasi DNA diawali dengan perusakan dan atau pembuangan
dinding sel, yang dapat dilakukan baik dengan cara mekanis
seperti sonikasi (suatu teknologi yang memanfaatkan gelombang
ultrasonik. Ultrasonik adalah suara atau getaran dengan frekuensi
yang terlalu tinggi untuk bisa didengar oleh manusia, yaitu kira-
kira di atas 20 kHz), tekanan tinggi, beku-leleh maupun dengan
cara enzimatis seperti pemberian lisozim.
- Setelah dinding sel dirusak, langkah selanjutnya adalah lisis sel.
Bahan-bahan sel yang relatif lunak dapat dengan mudah
diresuspensi di dalam medium buffer nonosmotik, sedangkan
bahan-bahan yang lebih kasar perlu diperlakukan dengan deterjen
yang kuat seperti triton X-100 atau dengan sodium dodesil sulfat
(SDS). Pada eukariot langkah ini harus disertai dengan

8
 perusakan membran nukleus. Setelah sel mengalami lisis,
remukan-remukan sel harus dibuang dengan cara sentrifugasi.
- Hilangkan protein dengan menambahkan fenol atau pelarut
organik seperti kloroform sehingga protein dipresipitasi kemudian
disentrifugasi dan dihancurkan secara enzimatis dengan
proteinase.
- DNA yang telah dibersihkan dari protein dan remukan sel masih
tercampur dengan RNA sehingga perlu ditambahkan RNAse
untuk membersihkan DNA dari RNA.
- Molekul DNA yang telah diisolasi tersebut kemudian dimurnikan
dengan penambahan amonium asetat dan alkohol atau dengan
sentrifugasi kerapatan menggunakan CsCl.

Teknik isolasi DNA tersebut dapat diaplikasikan, baik untuk

DNA genomik maupun DNA vektor, untuk dapat memisahkan
plasmid dan kromosom digunakan dua cara yaitu :

1. Aplikasi kondisi denaturasi akan dapat memisahkan DNA plasmid

dengan DNA kromosom.
2. DNA plasmid akan menyerap etidium bromid jauh lebih sedikit
daripada jumlah yang diserap oleh DNA kromosom per satuan
panjangnya. Dengan demikian, perlakuan menggunakan etidium
bromid akan menjadikan kerapatan DNA kromosom lebih tinggi
daripada kerapatan DNA plasmid sehingga keduanya dapat
dipisahkan melalui sentrifugasi kerapatan.

b. Pemotongan DNA
Pemotongan DNA dengan menggunakan enzim restriksi
endonuklease. Pemutusan ini dilakukan di dalam strain tertentu yang
bertujuan untuk mencegah agar tidak merusak DNA. Selain itu strain
tersebut juga mempunyai suatu sistem modifikasi yang menyebabkan
pemutusan basa pada urutan tertentu yang merupakan recognition
sites bagi enzim restriksi tersebut. Pemotongan DNA genomik dan

9
 DNA vektor dengan menggunakan enzim restriksi ini harus
menghasilkan ujung-ujung potongan yang kompatibel dalam arti
setiap fragmen DNA-nya harus dapat disambungkan dengan DNA
vektor yang sudah berbentuk linier. Untuk itu, enzim restriksi yang
digunakan untuk memotong DNA genomik dan DNA vektor haruslah
sama.

c. Penyambungan DNA
Apabila dua molekul DNA mempunyai ujung rantai tunggal yang
komplementer, maka kedua ujung DNA tersebut dapat berpasangan,
kemudian enzim ligase dapat membentuk ikatan fosfodiester antara
kedua molekul DNA tersebut. Reaksi enzimatik ini memerlukan
energi dari ATP. Setelah kedua DNA menyatu maka dihasilkanlah
suatu DNA dengan sifat yang baru yang disebut dengan DNA
rekombinan.

d. Pemasukkan DNA Rekombinan ke Dalam Sel Inang

Tujuan pemasukkan DNA rekombinan ke dalam sel inang adalah agar
DNA rekombinan dapat bereplikasi dan dapat diekspresikan.
Teknologi DNA rekombinan berdasarkan pada mekanisme yang
terdapat pada bakteri. Hasil percobaan Lederberg dan Tatum (1946)
menunjukkan bahwa bakteri mempunyai mekanisme seksual.
Mekanisme seksual pada bakteri ini menyebabkan terbentuknya
kombinasi gen-gen yang berasal dari dua sel yang berbeda.
Mekanisme seksual pada bakteri ini merupakan pertukaran DNA atau
gen dari satu sel ke sel lainnya. Jadi mekanisme seksual pada bakteri
ini tidak bersifat reproduktif (tidak menghasilkan anak atau zuriat).
Transfer DNA atau perpindahan DNA ke dalam bakteri dapat melalui
tiga cara yaitu konjugasi, transformasi, dan transduksi.
- Konjugasi merupakan perpindahan DNA dari satu sel (sel donor)
ke dalam sel bakteri lainnya (sel resipien) melalui kontak fisik
antara kedua sel. Konjugasi adalah pemindahan materi gen dan

10
suatu sel bakteri ke sel bakteri lain secara langsung melalui
jembatan konjugasi. Mula-mula, kedua sel bakteri berdekatan,
kemudian membentuk tonjolan atau struktur jembatan yang
menghubungkan kedua sel tersebut. Transfer kromosom maupun
transfer plasmid akan terjadi melalui jembatan konjugasi. Sel yang
mengandung materi gen rekombinan kemudian memisah dan
terbentuklah dua sel bakteri dengan sifat baru (sifat rekombinan).
Contoh bakteri yang mampu berkonjugasi antara lain Salmonella
typhi dan Pseudomonas sp. Transfer kromosom dapat pula terjadi
melalui pilus seks, seperti yang terjadi pada Escherichia coli.
Konjugasi bakteri sering dianggap sebagai setara dengan
reproduksi bakteri generatif atau kawin karena melibatkan
pertukaran materi genetik. Selama konjugasi sel donor
menyediakan unsur genetik konjugatif atau mobilizable yang
paling sering berupa plasmid atau transposon. Kebanyakan
plasmid konjugatif memiliki sistem yang memastikan bahwa sel
penerima sudah tidak mengandung unsur yang sama.

11
- Transformasi merupakan pengambilan DNA oleh bakteri dari
lingkungan di sekelilingnya.

- Transduksi adalah cara pemindahan DNA dari satu sel ke dalam

sel lainnya melalui perantaraan fage.

12
 DNA yang masuk ke dalam sel bakteri selanjutnya dapat ber-integrasi
dengan DNA atau kromosom bakteri sehingga terbentuk kromosom
rekombinan.

Gambar. Tahap Rekombinasi DNA

2.4. MANFAAT DNA REKOMBINAN

Teknologi DNA rekombinan telah memberikan manfaat di berbagai
bidang. Contohnya :

13
a. Bidang Kesehatan
- Insulin manusia; telah diproduksi secara massal menggunakan
bakteri E. coli dan telah diperdagangkan untuk mengobati
penyakit diabetes.
- Vaksin hepatitis B; digunakan untuk mencegah infeksi virus
hepatitis. Telah diproduksi secara komersial menggunakan S.
cereviciae dalam skala industri.
- Hormon tumbuh manusia (GH); diproduksi menggunakan E. coli
dan digunakan untuk mengobati kelainan pertumbuhan (misal:
cebol).
- Terapi Gen; dilakukan dengan mengganti gen yang mengalami
kerusakan dengan gen yang normal. Digunakan untuk mengobati
penyakit-penyakit keturunan (genetic disorders) dan penyakit lain
yang disebabkan oleh kerusakan gen (misal: kanker).

b. Bidang Pertanian
- Bakteri ice (ice minus); merupakan bakteri yang telah direkayasa
sehingga tidak membeku pada suhu rendah. Digunakan
(disemprotkan) pada tanaman agar tanaman tersebut tidak
membeku pada musim dingin.
- Mikroba pendegradasi limbah.
- Tanaman tahan hama; seperti kapas-Bt, tomat-Bt. Kedua tanaman
ini tahan terhadap serangan hama karena menghasilkan toksin
yang dapat membunuh hamanya. Toksin ini disandikan oleh gen
yang berasal dari bakteri Bacillus thuringiesis (Bt).
- Tanaman tahan herbisida.

c. Bidang Perikanan
- Penggunaan hormon pertumbuhan untuk meningkatkan ukuran
ikan.

14
 BAB III

PENUTUP

3.1. KESIMPULAN
DNA rekombinan adalah proses pembentukan rekombinan baru dari
material genetik dengan cara penyisipan suatu molekul asam nukleat asing
(yang dihasilkan di luar sel) ke dalam suatu vektor, sehingga memungkinkan
penggabungan dan kelanjutan berkembang/diperbanyak di dalam sel inang
yang baru, dengan demikian diperoleh individu baru dengan sifat baru sesuai
yang diinginkan.
Komponen utama yang digunakan dalam pembentukan DNA
rekombinan adalah DNA genomik/kromosom, plasmid, enzim restriksi, DNA
ligase, dan bakteri.
Tahapan rekombinasi DNA meliputi isolasi DNA genomik atau
kromosom yang akan diklon dan isolasi DNA vektor, pemotongan DNA
menggunakan enzim restriksi, penggabungan DNA (penyisipan fragmen
DNA ke dalam vektor untuk menghasilkan molekul DNA rekombinan), dan
pemasukkan DNA ke dalam sel inang.
Teknologi DNA rekombinan telah memberikan manfaat di berbagai
bidang, baik bidang ilmu pengetahuan maupun bidang terapan.

15
 DAFTAR PUSTAKA

Anonim. 2015. Mengenal Teknologi DNA Rekombinan.

(http://www.pintarbiologi.com/2015/03/mengenal-teknologi-dna-
rekombinan.html?m=1)

Kurnia, Ashfar. 2011. Dasar Teknologi DNA Rekombinan. Universitas Indonesia.

(https://www.academia.edu/7223285/DNA_REKOMBINAN)

Muhaiminrifai.lecture.ub.ac.id

Novi. 2016. Pengertian plasmid bakteri dan fungsinya.

(http://www.sridianti.com/pengertian-plasmid-bakteri-dan-fungsinya.html)

Syamsuri Istamar, dkk. 2007. Biologi untuk SMA kelas XII. Malang : Penerbit
Erlangga.

Tjahjoleksono, Aris. Materi Genetik dan DNA Rekombinan.

(http://web.ipb.ac.id/~tpb/files/materi/genetika/dnarekombinan/dnarekombinan.htm)

Zulfarosda, Ratna. 2012. Pengertian DNA beserta Struktur dan Fungsinya.

(http://informasitips.com/dna-pengertian-struktur-dan-fungsinya)

16